bin/jalview/datamodel/CigarCigar.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");
   2 Clazz.load (["jalview.datamodel.CigarSimple"], "jalview.datamodel.CigarCigar", null, function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.refCigar = null;
   5 Clazz.instantialize (this, arguments);
   6 }, jalview.datamodel, "CigarCigar", jalview.datamodel.CigarSimple);
   7 Clazz.makeConstructor (c$,
   8 function (cigar) {
   9 Clazz.superConstructor (this, jalview.datamodel.CigarCigar);
  10 this.refCigar = cigar;
  11 }, "jalview.datamodel.SeqCigar");
  12 Clazz.overrideMethod (c$, "getSequenceString",
  13 function (GapChar) {
  14 if (this.length == 0) {
  15 return "";
  16 }var refString = this.refCigar.getSequenceString (GapChar);
  17 if (refString != null) {
  18 return (this.length == 0) ? "" : this.getSequenceAndDeletions (refString, GapChar)[0];
  19 } else {
  20 return null;
  21 }}, "~S");
  22 });