bin/jalview/datamodel/DBRefSource.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");\r
   2 c$ = Clazz.declareType (jalview.datamodel, "DBRefSource");\r
   3 Clazz.defineStatics (c$,\r
   4 "UNIPROT", "UNIPROT");\r
   5 c$.UP_NAME = c$.prototype.UP_NAME = "UNIPROT_NAME".toUpperCase ();\r
   6 c$.UNIPROTKB = c$.prototype.UNIPROTKB = "UniProtKB/TrEMBL".toUpperCase ();\r
   7 c$.EMBLCDSProduct = c$.prototype.EMBLCDSProduct = "EMBLCDSProtein".toUpperCase ();\r
   8 Clazz.defineStatics (c$,\r
   9 "PDB", "PDB",\r
  10 "EMBL", "EMBL",\r
  11 "EMBLCDS", "EMBLCDS",\r
  12 "PFAM", "PFAM",\r
  13 "RFAM", "RFAM");\r
  14 c$.GENEDB = c$.prototype.GENEDB = "GeneDB".toUpperCase ();\r
  15 c$.DNACODINGDBS = c$.prototype.DNACODINGDBS =  Clazz.newArray (-1, [jalview.datamodel.DBRefSource.EMBL, jalview.datamodel.DBRefSource.EMBLCDS, jalview.datamodel.DBRefSource.GENEDB]);\r
  16 c$.CODINGDBS = c$.prototype.CODINGDBS =  Clazz.newArray (-1, [jalview.datamodel.DBRefSource.EMBLCDS, jalview.datamodel.DBRefSource.GENEDB]);\r
  17 c$.PROTEINDBS = c$.prototype.PROTEINDBS =  Clazz.newArray (-1, [jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT, jalview.datamodel.DBRefSource.PDB, jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROTKB, jalview.datamodel.DBRefSource.EMBLCDSProduct]);\r
  18 c$.PROTEINSEQ = c$.prototype.PROTEINSEQ =  Clazz.newArray (-1, [jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT, jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROTKB, jalview.datamodel.DBRefSource.EMBLCDSProduct]);\r
  19 c$.PROTEINSTR = c$.prototype.PROTEINSTR =  Clazz.newArray (-1, [jalview.datamodel.DBRefSource.PDB]);\r
  20 c$.DOMAINDBS = c$.prototype.DOMAINDBS =  Clazz.newArray (-1, [jalview.datamodel.DBRefSource.PFAM, jalview.datamodel.DBRefSource.RFAM]);\r
  21 Clazz.defineStatics (c$,\r
  22 "SEQDB", "SQ",\r
  23 "DNASEQDB", "NASQ",\r
  24 "PROTSEQDB", "PROTSQ",\r
  25 "CODINGSEQDB", "CODING",\r
  26 "DNACODINGSEQDB", "XONCODING",\r
  27 "DOMAINDB", "DOMAIN",\r
  28 "MULTIACC", "MULTIACC",\r
  29 "ALIGNMENTDB", "ALIGNMENTS");\r