bin/jalview/datamodel/FeatureProperties.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");
   2 Clazz.load (null, "jalview.datamodel.FeatureProperties", ["jalview.datamodel.DBRefSource"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.datamodel, "FeatureProperties");
   4 c$.isCodingFeature = Clazz.defineMethod (c$, "isCodingFeature",
   5 function (dbrefsource, type) {
   6 if (type.equalsIgnoreCase ("CDS")) {
   7 return (dbrefsource == null || dbrefsource.equalsIgnoreCase (jalview.datamodel.DBRefSource.EMBL) || dbrefsource.equalsIgnoreCase (jalview.datamodel.DBRefSource.EMBLCDS));
   8 }return false;
   9 }, "~S,~S");
  10 c$.getCodingFeature = Clazz.defineMethod (c$, "getCodingFeature",
  11 function (dbrefsource) {
  12 if (jalview.datamodel.DBRefSource.EMBL.equalsIgnoreCase (dbrefsource) || jalview.datamodel.DBRefSource.EMBLCDS.equalsIgnoreCase (dbrefsource)) {
  13 return "CDS";
  14 }return null;
  15 }, "~S");
  16 Clazz.defineStatics (c$,
  17 "EMBL_CODING_FEATURE", "CDS",
  18 "EXONPOS", "exon number",
  19 "EXONPRODUCT", "product");
  20 });