bin/jalview/datamodel/HiddenSequences.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.datamodel.HiddenSequences", ["jalview.datamodel.Alignment", "java.util.ArrayList"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.hiddenSequences = null;\r
   5 this.alignment = null;\r
   6 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   7 }, jalview.datamodel, "HiddenSequences");\r
   8 Clazz.makeConstructor (c$, \r
   9 function (al) {\r
  10 this.alignment = al;\r
  11 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");\r
  12 Clazz.defineMethod (c$, "getSize", \r
  13 function () {\r
  14 if (this.hiddenSequences == null) {\r
  15 return 0;\r
  16 }var count = 0;\r
  17 for (var i = 0; i < this.hiddenSequences.length; i++) {\r
  18 if (this.hiddenSequences[i] != null) {\r
  19 count++;\r
  20 }}\r
  21 return count;\r
  22 });\r
  23 Clazz.defineMethod (c$, "getWidth", \r
  24 function () {\r
  25 var width = 0;\r
  26 for (var i = 0; i < this.hiddenSequences.length; i++) {\r
  27 if (this.hiddenSequences[i] != null && this.hiddenSequences[i].getLength () > width) {\r
  28 width = this.hiddenSequences[i].getLength ();\r
  29 }}\r
  30 return width;\r
  31 });\r
  32 Clazz.defineMethod (c$, "adjustHeightSequenceDeleted", \r
  33 function (seqIndex) {\r
  34 if (this.hiddenSequences == null) {\r
  35 return;\r
  36 }var alHeight = this.alignment.getHeight ();\r
  37 var tmp =  new Array (alHeight + this.getSize ());\r
  38 var deletionIndex = this.adjustForHiddenSeqs (seqIndex);\r
  39 for (var i = 0; i < this.hiddenSequences.length; i++) {\r
  40 if (this.hiddenSequences[i] == null) {\r
  41 continue;\r
  42 }if (i > deletionIndex) {\r
  43 tmp[i - 1] = this.hiddenSequences[i];\r
  44 } else {\r
  45 tmp[i] = this.hiddenSequences[i];\r
  46 }}\r
  47 this.hiddenSequences = tmp;\r
  48 }, "~N");\r
  49 Clazz.defineMethod (c$, "adjustHeightSequenceAdded", \r
  50 function () {\r
  51 if (this.hiddenSequences == null) {\r
  52 return;\r
  53 }var alHeight = this.alignment.getHeight ();\r
  54 var tmp =  new Array (alHeight + this.getSize ());\r
  55 System.arraycopy (this.hiddenSequences, 0, tmp, 0, this.hiddenSequences.length);\r
  56 this.hiddenSequences = tmp;\r
  57 });\r
  58 Clazz.defineMethod (c$, "hideSequence", \r
  59 function (sequence) {\r
  60 if (this.hiddenSequences == null) {\r
  61 this.hiddenSequences =  new Array (this.alignment.getHeight ());\r
  62 }var alignmentIndex = this.alignment.findIndex (sequence);\r
  63 alignmentIndex = this.adjustForHiddenSeqs (alignmentIndex);\r
  64 if (this.hiddenSequences[alignmentIndex] != null) {\r
  65 System.out.println ("ERROR!!!!!!!!!!!");\r
  66 }this.hiddenSequences[alignmentIndex] = sequence;\r
  67 this.alignment.deleteSequence (sequence);\r
  68 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
  69 Clazz.defineMethod (c$, "showAll", \r
  70 function (hiddenRepSequences) {\r
  71 var revealedSeqs =  new java.util.ArrayList ();\r
  72 for (var i = 0; i < this.hiddenSequences.length; i++) {\r
  73 if (this.hiddenSequences[i] != null) {\r
  74 var tmp = this.showSequence (i, hiddenRepSequences);\r
  75 for (var seq, $seq = tmp.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {\r
  76 revealedSeqs.add (seq);\r
  77 }\r
  78 }}\r
  79 return revealedSeqs;\r
  80 }, "java.util.Map");\r
  81 Clazz.defineMethod (c$, "showSequence", \r
  82 function (alignmentIndex, hiddenRepSequences) {\r
  83 var revealedSeqs =  new java.util.ArrayList ();\r
  84 var repSequence = this.alignment.getSequenceAt (alignmentIndex);\r
  85 if (repSequence != null && hiddenRepSequences != null && hiddenRepSequences.containsKey (repSequence)) {\r
  86 hiddenRepSequences.remove (repSequence);\r
  87 revealedSeqs.add (repSequence);\r
  88 }var start = this.adjustForHiddenSeqs (alignmentIndex - 1);\r
  89 var end = this.adjustForHiddenSeqs (alignmentIndex);\r
  90 if (end >= this.hiddenSequences.length) {\r
  91 end = this.hiddenSequences.length - 1;\r
  92 }var asequences;\r
  93 {\r
  94 for (var index = end; index > start; index--) {\r
  95 var seq = this.hiddenSequences[index];\r
  96 this.hiddenSequences[index] = null;\r
  97 if (seq != null) {\r
  98 if (seq.getLength () > 0) {\r
  99 revealedSeqs.add (seq);\r
 100 asequences.add (alignmentIndex, seq);\r
 101 } else {\r
 102 System.out.println (seq.getName () + " has been deleted whilst hidden");\r
 103 }}}\r
 104 }return revealedSeqs;\r
 105 }, "~N,java.util.Map");\r
 106 Clazz.defineMethod (c$, "getHiddenSequence", \r
 107 function (alignmentIndex) {\r
 108 return this.hiddenSequences[alignmentIndex];\r
 109 }, "~N");\r
 110 Clazz.defineMethod (c$, "findIndexWithoutHiddenSeqs", \r
 111 function (alignmentIndex) {\r
 112 var index = 0;\r
 113 var hiddenSeqs = 0;\r
 114 if (this.hiddenSequences.length <= alignmentIndex) {\r
 115 alignmentIndex = this.hiddenSequences.length - 1;\r
 116 }while (index <= alignmentIndex) {\r
 117 if (this.hiddenSequences[index] != null) {\r
 118 hiddenSeqs++;\r
 119 }index++;\r
 120 }\r
 121 ;return (alignmentIndex - hiddenSeqs);\r
 122 }, "~N");\r
 123 Clazz.defineMethod (c$, "adjustForHiddenSeqs", \r
 124 function (alignmentIndex) {\r
 125 var index = 0;\r
 126 var hSize = this.hiddenSequences.length;\r
 127 while (index <= alignmentIndex && index < hSize) {\r
 128 if (this.hiddenSequences[index] != null) {\r
 129 alignmentIndex++;\r
 130 }index++;\r
 131 }\r
 132 ;return alignmentIndex;\r
 133 }, "~N");\r
 134 Clazz.defineMethod (c$, "getFullAlignment", \r
 135 function () {\r
 136 var isize = this.hiddenSequences.length;\r
 137 var seq =  new Array (isize);\r
 138 var index = 0;\r
 139 for (var i = 0; i < this.hiddenSequences.length; i++) {\r
 140 if (this.hiddenSequences[i] != null) {\r
 141 seq[i] = this.hiddenSequences[i];\r
 142 } else {\r
 143 seq[i] = this.alignment.getSequenceAt (index);\r
 144 index++;\r
 145 }}\r
 146 var fAlignmt =  new jalview.datamodel.Alignment (seq);\r
 147 fAlignmt.annotations = this.alignment.getAlignmentAnnotation ();\r
 148 fAlignmt.alignmentProperties = this.alignment.getProperties ();\r
 149 fAlignmt.groups = this.alignment.getGroups ();\r
 150 fAlignmt.$hasRNAStructure = this.alignment.hasRNAStructure ();\r
 151 return fAlignmt;\r
 152 });\r
 153 Clazz.defineMethod (c$, "isHidden", \r
 154 function (seq) {\r
 155 if (this.hiddenSequences != null) {\r
 156 for (var i = 0; i < this.hiddenSequences.length; i++) {\r
 157 if (this.hiddenSequences[i] != null && this.hiddenSequences[i] === seq) {\r
 158 return true;\r
 159 }}\r
 160 }return false;\r
 161 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 162 });\r