bin/jalview/datamodel/SecondaryStructureAnnotation.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");\r
   2 Clazz.load (["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"], "jalview.datamodel.SecondaryStructureAnnotation", ["jalview.datamodel.Annotation"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.datamodel, "SecondaryStructureAnnotation", jalview.datamodel.AlignmentAnnotation);\r
   4 Clazz.makeConstructor (c$, \r
   5 function (rna) {\r
   6 Clazz.superConstructor (this, jalview.datamodel.SecondaryStructureAnnotation, ["Secondary Structure", "Un truc trop cool", jalview.datamodel.SecondaryStructureAnnotation.getAnnotation (rna)]);\r
   7 jalview.datamodel.SecondaryStructureAnnotation._rna = rna;\r
   8 }, "fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA");\r
   9 Clazz.defineMethod (c$, "getRNA", \r
  10 function () {\r
  11 return jalview.datamodel.SecondaryStructureAnnotation._rna;\r
  12 });\r
  13 c$.getAnnotation = Clazz.defineMethod (c$, "getAnnotation", \r
  14 function (rna) {\r
  15 var ann =  new Array (rna.getSize ());\r
  16 for (var i = 0; i < ann.length; i++) {\r
  17 ann[i] =  new jalview.datamodel.Annotation (jalview.datamodel.SecondaryStructureAnnotation._rna.getStructDBN (true), "", ' ', 0);\r
  18 ;}\r
  19 return ann;\r
  20 }, "fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA");\r
  21 Clazz.defineStatics (c$,\r
  22 "_rna", null);\r
  23 });\r