bin/jalview/datamodel/SequenceNode.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");\r
   2 Clazz.load (["jalview.datamodel.BinaryNode", "java.awt.Color"], "jalview.datamodel.SequenceNode", null, function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.dist = 0;\r
   5 this.count = 0;\r
   6 this.height = 0;\r
   7 this.ycount = 0;\r
   8 this.color = null;\r
   9 this.dummy = false;\r
  10 this.placeholder = false;\r
  11 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  12 }, jalview.datamodel, "SequenceNode", jalview.datamodel.BinaryNode);\r
  13 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  14 this.color = java.awt.Color.black;\r
  15 });\r
  16 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  17 function (val, parent, dist, name) {\r
  18 Clazz.superConstructor (this, jalview.datamodel.SequenceNode, [val, parent, name]);\r
  19 this.dist = dist;\r
  20 }, "~O,jalview.datamodel.SequenceNode,~N,~S");\r
  21 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  22 function (val, parent, name, dist, bootstrap, dummy) {\r
  23 Clazz.superConstructor (this, jalview.datamodel.SequenceNode, [val, parent, name]);\r
  24 this.dist = dist;\r
  25 this.bootstrap = bootstrap;\r
  26 this.dummy = dummy;\r
  27 }, "~O,jalview.datamodel.SequenceNode,~S,~N,~N,~B");\r
  28 Clazz.defineMethod (c$, "isDummy", \r
  29 function () {\r
  30 return this.dummy;\r
  31 });\r
  32 Clazz.defineMethod (c$, "isPlaceholder", \r
  33 function () {\r
  34 return this.placeholder;\r
  35 });\r
  36 Clazz.defineMethod (c$, "setDummy", \r
  37 function (newstate) {\r
  38 var oldstate = this.dummy;\r
  39 this.dummy = newstate;\r
  40 return oldstate;\r
  41 }, "~B");\r
  42 Clazz.defineMethod (c$, "setPlaceholder", \r
  43 function (Placeholder) {\r
  44 this.placeholder = Placeholder;\r
  45 }, "~B");\r
  46 Clazz.defineMethod (c$, "AscendTree", \r
  47 function () {\r
  48 var c = this;\r
  49 do {\r
  50 c = c.parent ();\r
  51 } while ((c != null) && c.dummy);\r
  52 return c;\r
  53 });\r
  54 Clazz.defineMethod (c$, "isSequenceLabel", \r
  55 function () {\r
  56 if (this.name != null && this.name.length > 0) {\r
  57 for (var c = 0, s = this.name.length; c < s; c++) {\r
  58 var q = this.name.charAt (c);\r
  59 if ('0' <= q && q <= '9') continue;\r
  60 return true;\r
  61 }\r
  62 }return false;\r
  63 });\r
  64 });\r