bin/jalview/io/FastaFile.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");
   2 Clazz.load (["jalview.io.AlignFile"], "jalview.io.FastaFile", ["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation", "$.Annotation", "java.lang.StringBuffer"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.len = 72;
   5 this.out = null;
   6 Clazz.instantialize (this, arguments);
   7 }, jalview.io, "FastaFile", jalview.io.AlignFile);
   8 Clazz.makeConstructor (c$,
   9 function () {
  10 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.FastaFile, []);
  11 });
  12 Clazz.overrideMethod (c$, "parse",
  13 function () {
  14 var sb =  new StringBuffer ();
  15 var firstLine = true;
  16 var line;
  17 var uline;
  18 var seq = null;
  19 var annotation = false;
  20 while ((uline = this.nextLine ()) != null) {
  21 line = uline.trim ();
  22 if (line.length > 0) {
  23 if (line.charAt (0) == '>') {
  24 if (line.startsWith (">#_")) {
  25 if (annotation) {
  26 this.annotations.addElement (this.makeAnnotation (seq, sb));
  27 }} else {
  28 annotation = false;
  29 }if (!firstLine) {
  30 seq.setSequence (sb.toString ());
  31 if (!annotation) {
  32 this.seqs.addElement (seq);
  33 }}seq = this.parseId (line.substring (1));
  34 firstLine = false;
  35 sb =  new StringBuffer ();
  36 if (line.startsWith (">#_")) {
  37 annotation = true;
  38 }} else {
  39 sb.append (annotation ? uline : line);
  40 }}}
  41 if (annotation) {
  42 this.annotations.addElement (this.makeAnnotation (seq, sb));
  43 } else if (!firstLine) {
  44 seq.setSequence (sb.toString ());
  45 this.seqs.addElement (seq);
  46 }});
  47 Clazz.defineMethod (c$, "makeAnnotation",
  48 ($fz = function (seq, sb) {
  49 var anots =  new Array (sb.length ());
  50 var cb;
  51 for (var i = 0; i < anots.length; i++) {
  52 var cn = sb.charAt (i);
  53 if (cn != ' ') {
  54 anots[i] =  new jalview.datamodel.Annotation ("" + cn, null, ' ', NaN);
  55 }}
  56 var aa =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (seq.getName ().substring (2), seq.getDescription (), anots);
  57 return aa;
  58 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.datamodel.SequenceI,StringBuffer");
  59 Clazz.defineMethod (c$, "addAnnotations",
  60 function (al) {
  61 this.addProperties (al);
  62 for (var i = 0; i < this.annotations.size (); i++) {
  63 var aa = this.annotations.elementAt (i);
  64 aa.setPadGaps (true, al.getGapCharacter ());
  65 al.addAnnotation (aa);
  66 }
  67 }, "jalview.datamodel.Alignment");
  68 Clazz.defineMethod (c$, "print",
  69 function (s) {
  70 this.out =  new StringBuffer ();
  71 var i = 0;
  72 while ((i < s.length) && (s[i] != null)) {
  73 this.out.append (">" + this.printId (s[i]));
  74 if (s[i].getDescription () != null) {
  75 this.out.append (" " + s[i].getDescription ());
  76 }this.out.append (this.newline);
  77 var nochunks = (Clazz.doubleToInt (s[i].getLength () / this.len)) + 1;
  78 for (var j = 0; j < nochunks; j++) {
  79 var start = j * this.len;
  80 var end = start + this.len;
  81 if (end < s[i].getLength ()) {
  82 this.out.append (s[i].getSequenceAsString (start, end) + this.newline);
  83 } else if (start < s[i].getLength ()) {
  84 this.out.append (s[i].getSequenceAsString (start, s[i].getLength ()) + this.newline);
  85 }}
  86 i++;
  87 }
  88 return this.out.toString ();
  89 }, "~A");
  90 Clazz.defineMethod (c$, "print",
  91 function () {
  92 return this.print (this.getSeqsAsArray ());
  93 });
  94 });