bin/jalview/io/FeaturesFile.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");
   2 Clazz.load (["jalview.io.AlignFile", "java.lang.Enum", "$.Exception"], "jalview.io.FeaturesFile", ["jalview.analysis.SequenceIdMatcher", "jalview.datamodel.AlignedCodonFrame", "$.SequenceDummy", "$.SequenceFeature", "jalview.jsdev.GenericFileAdapter", "jalview.schemes.GraduatedColor", "$.UserColourScheme", "jalview.util.Format", "$.MapList", "$.ParseHtmlBodyAndLinks", "java.awt.Color", "java.lang.Float", "$.StringBuffer", "java.util.ArrayList", "$.Arrays", "$.HashMap", "$.Hashtable", "$.StringTokenizer", "$.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.doGffSource = true;
   5 this.gffversion = 0;
   6 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.io.FeaturesFile.InvalidGFF3FieldException")) {
   7 jalview.io.FeaturesFile.$FeaturesFile$InvalidGFF3FieldException$ ();
   8 }
   9 this.lastmatchedAl = null;
  10 this.matcher = null;
  11 Clazz.instantialize (this, arguments);
  12 }, jalview.io, "FeaturesFile", jalview.io.AlignFile);
  13 Clazz.makeConstructor (c$,
  14 function () {
  15 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.FeaturesFile, []);
  16 });
  17 Clazz.defineMethod (c$, "parse",
  18 function (align, colours, removeHTML) {
  19 return this.parse (align, colours, null, removeHTML, false);
  20 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.Hashtable,~B");
  21 Clazz.defineMethod (c$, "parse",
  22 function (align, colours, removeHTML, relaxedIdMatching) {
  23 return this.parse (align, colours, null, removeHTML, relaxedIdMatching);
  24 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.Map,~B,~B");
  25 Clazz.defineMethod (c$, "parse",
  26 function (align, colours, featureLink, removeHTML) {
  27 return this.parse (align, colours, featureLink, removeHTML, false);
  28 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.Map,java.util.Map,~B");
  29 Clazz.defineMethod (c$, "parse",
  30 function (align, colours, featureLink, removeHTML, relaxedIdmatching) {
  31 var line = null;
  32 try {
  33 var seq = null;
  34 var newseqs =  new java.util.ArrayList ();
  35 var type;
  36 var desc;
  37 var token = null;
  38 var index;
  39 var start;
  40 var end;
  41 var score;
  42 var st;
  43 var sf;
  44 var featureGroup = null;
  45 var groupLink = null;
  46 var typeLink =  new java.util.Hashtable ();
  47 var GFFFile = true;
  48 var gffProps =  new java.util.HashMap ();
  49 while ((line = this.nextLine ()) != null) {
  50 if (line.startsWith ("#")) {
  51 if (line.startsWith ("##")) {
  52 this.processGffPragma (line, gffProps, align, newseqs);
  53 line = "";
  54 }continue;
  55 }st =  new java.util.StringTokenizer (line, "\t");
  56 if (st.countTokens () == 1) {
  57 if (line.trim ().equalsIgnoreCase ("GFF")) {
  58 GFFFile = true;
  59 continue;
  60 }}if (st.countTokens () > 1 && st.countTokens () < 4) {
  61 GFFFile = false;
  62 type = st.nextToken ();
  63 if (type.equalsIgnoreCase ("startgroup")) {
  64 featureGroup = st.nextToken ();
  65 if (st.hasMoreElements ()) {
  66 groupLink = st.nextToken ();
  67 featureLink.put (featureGroup, groupLink);
  68 }} else if (type.equalsIgnoreCase ("endgroup")) {
  69 st.nextToken ();
  70 featureGroup = null;
  71 groupLink = null;
  72 } else {
  73 var colour = null;
  74 var colscheme = st.nextToken ();
  75 if (colscheme.indexOf ("|") > -1 || colscheme.trim ().equalsIgnoreCase ("label")) {
  76 var gcol =  new java.util.StringTokenizer (colscheme, "|", true);
  77 var threshtype = -1;
  78 var min = 1.4E-45;
  79 var max = 3.4028235E38;
  80 var threshval = NaN;
  81 var labelCol = false;
  82 var mincol = gcol.nextToken ();
  83 if (mincol === "|") {
  84 System.err.println ("Expected either 'label' or a colour specification in the line: " + line);
  85 continue;
  86 }var maxcol = null;
  87 if (mincol.toLowerCase ().indexOf ("label") == 0) {
  88 labelCol = true;
  89 mincol = (gcol.hasMoreTokens () ? gcol.nextToken () : null);
  90 mincol = (gcol.hasMoreTokens () ? gcol.nextToken () : null);
  91 }var abso = null;
  92 var minval;
  93 var maxval;
  94 if (mincol != null) {
  95 if (mincol.equals ("|")) {
  96 mincol = "";
  97 } else {
  98 gcol.nextToken ();
  99 }maxcol = gcol.nextToken ();
 100 if (maxcol.equals ("|")) {
 101 maxcol = "";
 102 } else {
 103 gcol.nextToken ();
 104 }abso = gcol.nextToken ();
 105 gcol.nextToken ();
 106 if (abso.toLowerCase ().indexOf ("abso") != 0) {
 107 minval = abso;
 108 abso = null;
 109 } else {
 110 minval = gcol.nextToken ();
 111 gcol.nextToken ();
 112 }maxval = gcol.nextToken ();
 113 if (gcol.hasMoreTokens ()) {
 114 gcol.nextToken ();
 115 }try {
 116 if (minval.length > 0) {
 117 min =  new Float (minval).floatValue ();
 118 }} catch (e) {
 119 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 120 System.err.println ("Couldn't parse the minimum value for graduated colour for type (" + colscheme + ") - did you misspell 'auto' for the optional automatic colour switch ?");
 121 e.printStackTrace ();
 122 } else {
 123 throw e;
 124 }
 125 }
 126 try {
 127 if (maxval.length > 0) {
 128 max =  new Float (maxval).floatValue ();
 129 }} catch (e) {
 130 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 131 System.err.println ("Couldn't parse the maximum value for graduated colour for type (" + colscheme + ")");
 132 e.printStackTrace ();
 133 } else {
 134 throw e;
 135 }
 136 }
 137 } else {
 138 mincol = "FFFFFF";
 139 maxcol = "000000";
 140 }try {
 141 colour =  new jalview.schemes.GraduatedColor ( new jalview.schemes.UserColourScheme (mincol).findColour ('A'),  new jalview.schemes.UserColourScheme (maxcol).findColour ('A'), min, max);
 142 } catch (e) {
 143 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 144 System.err.println ("Couldn't parse the graduated colour scheme (" + colscheme + ")");
 145 e.printStackTrace ();
 146 } else {
 147 throw e;
 148 }
 149 }
 150 if (colour != null) {
 151 (colour).setColourByLabel (labelCol);
 152 (colour).setAutoScaled (abso == null);
 153 var ttype = null;
 154 var tval = null;
 155 if (gcol.hasMoreTokens ()) {
 156 ttype = gcol.nextToken ();
 157 if (ttype.toLowerCase ().startsWith ("below")) {
 158 (colour).setThreshType (0);
 159 } else if (ttype.toLowerCase ().startsWith ("above")) {
 160 (colour).setThreshType (1);
 161 } else {
 162 (colour).setThreshType (-1);
 163 if (!ttype.toLowerCase ().startsWith ("no")) {
 164 System.err.println ("Ignoring unrecognised threshold type : " + ttype);
 165 }}}if ((colour).getThreshType () != -1) {
 166 try {
 167 gcol.nextToken ();
 168 tval = gcol.nextToken ();
 169 (colour).setThresh ( new Float (tval).floatValue ());
 170 } catch (e) {
 171 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 172 System.err.println ("Couldn't parse threshold value as a float: (" + tval + ")");
 173 e.printStackTrace ();
 174 } else {
 175 throw e;
 176 }
 177 }
 178 }if (gcol.hasMoreTokens ()) {
 179 System.err.println ("Ignoring additional tokens in parameters in graduated colour specification\n");
 180 while (gcol.hasMoreTokens ()) {
 181 System.err.println ("|" + gcol.nextToken ());
 182 }
 183 System.err.println ("\n");
 184 }}} else {
 185 var ucs =  new jalview.schemes.UserColourScheme (colscheme);
 186 colour = ucs.findColour ('A');
 187 }if (colour != null) {
 188 colours.put (type, colour);
 189 }if (st.hasMoreElements ()) {
 190 var link = st.nextToken ();
 191 typeLink.put (type, link);
 192 if (featureLink == null) {
 193 featureLink =  new java.util.Hashtable ();
 194 }featureLink.put (type, link);
 195 }}continue;
 196 }var seqId = "";
 197 while (st.hasMoreElements ()) {
 198 if (GFFFile) {
 199 seqId = token = st.nextToken ();
 200 seq = this.findName (align, seqId, relaxedIdmatching, newseqs);
 201 if (seq != null) {
 202 desc = st.nextToken ();
 203 var group = null;
 204 if (this.doGffSource && desc.indexOf (' ') == -1) {
 205 group =  String.instantialize (desc);
 206 }type = st.nextToken ();
 207 try {
 208 var stt = st.nextToken ();
 209 if (stt.length == 0 || stt.equals ("-")) {
 210 start = 0;
 211 } else {
 212 start = Integer.parseInt (stt);
 213 }} catch (ex) {
 214 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {
 215 start = 0;
 216 } else {
 217 throw ex;
 218 }
 219 }
 220 try {
 221 var stt = st.nextToken ();
 222 if (stt.length == 0 || stt.equals ("-")) {
 223 end = 0;
 224 } else {
 225 end = Integer.parseInt (stt);
 226 }} catch (ex) {
 227 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {
 228 end = 0;
 229 } else {
 230 throw ex;
 231 }
 232 }
 233 if (end == 0) {
 234 start = 0;
 235 }try {
 236 score =  new Float (st.nextToken ()).floatValue ();
 237 } catch (ex) {
 238 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {
 239 score = 0;
 240 } else {
 241 throw ex;
 242 }
 243 }
 244 sf =  new jalview.datamodel.SequenceFeature (type, desc, start, end, score, group);
 245 try {
 246 sf.setValue ("STRAND", st.nextToken ());
 247 sf.setValue ("FRAME", st.nextToken ());
 248 } catch (ex) {
 249 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 250 } else {
 251 throw ex;
 252 }
 253 }
 254 if (st.hasMoreTokens ()) {
 255 var attributes =  new StringBuffer ();
 256 var sep = false;
 257 while (st.hasMoreTokens ()) {
 258 attributes.append ((sep ? "\t" : "") + st.nextElement ());
 259 sep = true;
 260 }
 261 sf.setValue ("ATTRIBUTES", attributes.toString ());
 262 }if (this.processOrAddSeqFeature (align, newseqs, seq, sf, GFFFile, relaxedIdmatching)) {
 263 while ((seq = align.findName (seq, seqId, true)) != null) {
 264 seq.addSequenceFeature ( new jalview.datamodel.SequenceFeature (sf));
 265 }
 266 }break;
 267 }}if (GFFFile && seq == null) {
 268 desc = token;
 269 } else {
 270 desc = st.nextToken ();
 271 }if (!st.hasMoreTokens ()) {
 272 System.err.println ("DEBUG: Run out of tokens when trying to identify the destination for the feature.. giving up.");
 273 return false;
 274 }token = st.nextToken ();
 275 if (!token.equals ("ID_NOT_SPECIFIED")) {
 276 seq = this.findName (align, seqId = token, relaxedIdmatching, null);
 277 st.nextToken ();
 278 } else {
 279 seqId = null;
 280 try {
 281 index = Integer.parseInt (st.nextToken ());
 282 seq = align.getSequenceAt (index);
 283 } catch (ex) {
 284 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {
 285 seq = null;
 286 } else {
 287 throw ex;
 288 }
 289 }
 290 }if (seq == null) {
 291 System.out.println ("Sequence not found: " + line);
 292 break;
 293 }start = Integer.parseInt (st.nextToken ());
 294 end = Integer.parseInt (st.nextToken ());
 295 type = st.nextToken ();
 296 if (!colours.containsKey (type)) {
 297 var ucs =  new jalview.schemes.UserColourScheme (type);
 298 colours.put (type, ucs.findColour ('A'));
 299 }sf =  new jalview.datamodel.SequenceFeature (type, desc, "", start, end, featureGroup);
 300 if (st.hasMoreTokens ()) {
 301 try {
 302 score =  new Float (st.nextToken ()).floatValue ();
 303 } catch (ex) {
 304 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {
 305 score = 0;
 306 } else {
 307 throw ex;
 308 }
 309 }
 310 sf.setScore (score);
 311 }if (groupLink != null && removeHTML) {
 312 sf.addLink (groupLink);
 313 sf.description += "%LINK%";
 314 }if (typeLink.containsKey (type) && removeHTML) {
 315 sf.addLink (typeLink.get (type).toString ());
 316 sf.description += "%LINK%";
 317 }this.parseDescriptionHTML (sf, removeHTML);
 318 seq.addSequenceFeature (sf);
 319 while (seqId != null && (seq = align.findName (seq, seqId, false)) != null) {
 320 seq.addSequenceFeature ( new jalview.datamodel.SequenceFeature (sf));
 321 }
 322 GFFFile = false;
 323 }
 324 }
 325 this.resetMatcher ();
 326 } catch (ex) {
 327 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 328 this.warningMessage = ((this.warningMessage == null) ? "" : this.warningMessage) + "Parsing error at\n" + line;
 329 System.out.println ("Error parsing feature file: " + ex + "\n" + line);
 330 ex.printStackTrace (System.err);
 331 this.resetMatcher ();
 332 return false;
 333 } else {
 334 throw ex;
 335 }
 336 }
 337 return true;
 338 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.Map,java.util.Map,~B,~B");
 339 Clazz.defineMethod (c$, "processGffPragma",
 340 ($fz = function (line, gffProps, align, newseqs) {
 341 var spacepos = line.indexOf (' ');
 342 var pragma = spacepos == -1 ? line.substring (2).trim () : line.substring (2, spacepos);
 343 var gffpragma = jalview.io.FeaturesFile.GFFPRAGMA.get (pragma.toLowerCase ());
 344 if (gffpragma == null) {
 345 return;
 346 }switch (gffpragma) {
 347 case jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.gff_version:
 348 try {
 349 this.gffversion = Integer.parseInt (line.substring (spacepos + 1));
 350 } finally {
 351 }
 352 break;
 353 case jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.feature_ontology:
 354 break;
 355 case jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.attribute_ontology:
 356 break;
 357 case jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.source_ontology:
 358 break;
 359 case jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.species_build:
 360 break;
 361 case jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.hash:
 362 break;
 363 case jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.fasta:
 364 this.process_as_fasta (align, newseqs);
 365 break;
 366 default:
 367 System.err.println ("Ignoring unknown pragma:\n" + line);
 368 }
 369 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~S,java.util.Map,jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.ArrayList");
 370 Clazz.defineMethod (c$, "process_as_fasta",
 371 ($fz = function (align, newseqs) {
 372 try {
 373 this.mark ();
 374 } catch (q) {
 375 if (Clazz.exceptionOf (q, java.io.IOException)) {
 376 } else {
 377 throw q;
 378 }
 379 }
 380 var parser = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("FastaFile", []);
 381 var includedseqs = parser.getSeqs ();
 382 var smatcher =  new jalview.analysis.SequenceIdMatcher (newseqs);
 383 for (var p = 0, pSize = includedseqs.size (); p < pSize; p++) {
 384 var dummyseq = smatcher.findIdMatch (includedseqs.get (p));
 385 if (dummyseq != null) {
 386 var mseq = includedseqs.get (p);
 387 if (Clazz.instanceOf (dummyseq, jalview.datamodel.SequenceDummy)) {
 388 (dummyseq).become (mseq);
 389 includedseqs.set (p, dummyseq);
 390 }}}
 391 for (var seq, $seq = includedseqs.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {
 392 align.addSequence (seq);
 393 }
 394 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.List");
 395 Clazz.defineMethod (c$, "processOrAddSeqFeature",
 396 function (align, newseqs, seq, sf, gFFFile, relaxedIdMatching) {
 397 var attr = sf.getValue ("ATTRIBUTES");
 398 var add = true;
 399 if (gFFFile && attr != null) {
 400 var nattr = 8;
 401 for (var attset, $attset = 0, $$attset = attr.$plit ("\t"); $attset < $$attset.length && ((attset = $$attset[$attset]) || true); $attset++) {
 402 if (attset == null || attset.trim ().length == 0) {
 403 continue;
 404 }nattr++;
 405 var set =  new java.util.HashMap ();
 406 for (var pair, $pair = 0, $$pair = attset.trim ().$plit (";"); $pair < $$pair.length && ((pair = $$pair[$pair]) || true); $pair++) {
 407 pair = pair.trim ();
 408 if (pair.length == 0) {
 409 continue;
 410 }var eqpos = pair.indexOf ('=');
 411 var sppos = pair.indexOf (' ');
 412 var key = null;
 413 var value = null;
 414 if (sppos > -1 && (eqpos == -1 || sppos < eqpos)) {
 415 key = pair.substring (0, sppos);
 416 value = pair.substring (sppos + 1);
 417 } else {
 418 if (eqpos > -1 && (sppos == -1 || eqpos < sppos)) {
 419 key = pair.substring (0, eqpos);
 420 value = pair.substring (eqpos + 1);
 421 } else {
 422 key = pair;
 423 }}if (key != null) {
 424 var vals = set.get (key);
 425 if (vals == null) {
 426 vals =  new java.util.ArrayList ();
 427 set.put (key, vals);
 428 }if (value != null) {
 429 vals.add (value.trim ());
 430 }}}
 431 try {
 432 add = new Boolean (add & this.processGffKey (set, nattr, seq, sf, align, newseqs, relaxedIdMatching)).valueOf ();
 433 } catch (ivfe) {
 434 if (Clazz.exceptionOf (ivfe, jalview.io.FeaturesFile.InvalidGFF3FieldException)) {
 435 System.err.println (ivfe);
 436 } else {
 437 throw ivfe;
 438 }
 439 }
 440 }
 441 }if (add) {
 442 seq.addSequenceFeature (sf);
 443 }return add;
 444 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.List,jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceFeature,~B,~B");
 445 Clazz.defineMethod (c$, "processGffKey",
 446 function (set, nattr, seq, sf, align, newseqs, relaxedIdMatching) {
 447 var attr;
 448 if (sf.getType ().equals ("similarity")) {
 449 var strand = sf.getStrand ();
 450 var querySeq = this.findNames (align, newseqs, relaxedIdMatching, set.get (attr = "Query"));
 451 if (querySeq == null || querySeq.size () != 1) {
 452 throw Clazz.innerTypeInstance (jalview.io.FeaturesFile.InvalidGFF3FieldException, this, null, attr, set, "Expecting exactly one sequence in Query field (got " + set.get (attr) + ")");
 453 }if (set.containsKey (attr = "Align")) {
 454 var alco =  new jalview.datamodel.AlignedCodonFrame ();
 455 var codonmapping = this.constructCodonMappingFromAlign (set, attr, strand);
 456 alco.addMap (seq, querySeq.get (0), codonmapping);
 457 align.addCodonFrame (alco);
 458 return false;
 459 }}return true;
 460 }, "java.util.Map,~N,jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceFeature,jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.List,~B");
 461 Clazz.defineMethod (c$, "constructCodonMappingFromAlign",
 462 ($fz = function (set, attr, strand) {
 463 if (strand == 0) {
 464 throw Clazz.innerTypeInstance (jalview.io.FeaturesFile.InvalidGFF3FieldException, this, null, attr, set, "Invalid strand for a codon mapping (cannot be 0)");
 465 }var fromrange =  new java.util.ArrayList ();
 466 var torange =  new java.util.ArrayList ();
 467 var lastppos = 0;
 468 var lastpframe = 0;
 469 for (var range, $range = set.get (attr).iterator (); $range.hasNext () && ((range = $range.next ()) || true);) {
 470 var ints =  new java.util.ArrayList ();
 471 var st =  new java.util.StringTokenizer (range, " ");
 472 while (st.hasMoreTokens ()) {
 473 var num = st.nextToken ();
 474 try {
 475 ints.add ( new Integer (num));
 476 } catch (nfe) {
 477 if (Clazz.exceptionOf (nfe, NumberFormatException)) {
 478 throw Clazz.innerTypeInstance (jalview.io.FeaturesFile.InvalidGFF3FieldException, this, null, attr, set, "Invalid number in field " + num);
 479 } else {
 480 throw nfe;
 481 }
 482 }
 483 }
 484 if (ints.size () != 3) {
 485 throw Clazz.innerTypeInstance (jalview.io.FeaturesFile.InvalidGFF3FieldException, this, null, attr, set, "Invalid number of fields for this attribute (" + ints.size () + ")");
 486 }fromrange.add ( new Integer (ints.get (0).intValue ()));
 487 fromrange.add ( new Integer (ints.get (0).intValue () + strand * ints.get (2).intValue ()));
 488 if (ints.get (1).equals (new Integer (lastppos)) && lastpframe > 0) {
 489 lastppos += (ints.get (2)).intValue () / 3;
 490 lastpframe = (ints.get (2)).intValue () % 3;
 491 torange.set (torange.size () - 1,  new Integer (lastppos));
 492 } else {
 493 torange.add (ints.get (1));
 494 lastppos = (ints.get (1)).intValue () + (ints.get (2)).intValue () / 3;
 495 lastpframe = (ints.get (2)).intValue () % 3;
 496 torange.add ( new Integer (lastppos));
 497 }}
 498 if (fromrange.size () % 2 == 1) {
 499 throw Clazz.innerTypeInstance (jalview.io.FeaturesFile.InvalidGFF3FieldException, this, null, attr, set, "Couldn't parse the DNA alignment range correctly");
 500 }if (torange.size () % 2 == 1) {
 501 throw Clazz.innerTypeInstance (jalview.io.FeaturesFile.InvalidGFF3FieldException, this, null, attr, set, "Couldn't parse the protein alignment range correctly");
 502 }var frommap =  Clazz.newIntArray (fromrange.size (), 0);
 503 var tomap =  Clazz.newIntArray (torange.size (), 0);
 504 var p = 0;
 505 for (var ip, $ip = fromrange.iterator (); $ip.hasNext () && ((ip = $ip.next ()) || true);) {
 506 frommap[p++] = ip.intValue ();
 507 }
 508 p = 0;
 509 for (var ip, $ip = torange.iterator (); $ip.hasNext () && ((ip = $ip.next ()) || true);) {
 510 tomap[p++] = ip.intValue ();
 511 }
 512 return  new jalview.util.MapList (frommap, tomap, 3, 1);
 513 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "java.util.Map,~S,~N");
 514 Clazz.defineMethod (c$, "findNames",
 515 ($fz = function (align, newseqs, relaxedIdMatching, list) {
 516 var found =  new java.util.ArrayList ();
 517 for (var seqId, $seqId = list.iterator (); $seqId.hasNext () && ((seqId = $seqId.next ()) || true);) {
 518 var seq = this.findName (align, seqId, relaxedIdMatching, newseqs);
 519 if (seq != null) {
 520 found.add (seq);
 521 }}
 522 return found;
 523 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.List,~B,java.util.List");
 524 Clazz.defineMethod (c$, "resetMatcher",
 525 ($fz = function () {
 526 this.lastmatchedAl = null;
 527 this.matcher = null;
 528 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
 529 Clazz.defineMethod (c$, "findName",
 530 ($fz = function (align, seqId, relaxedIdMatching, newseqs) {
 531 var match = null;
 532 if (relaxedIdMatching) {
 533 if (this.lastmatchedAl !== align) {
 534 this.matcher =  new jalview.analysis.SequenceIdMatcher ((this.lastmatchedAl = align).getSequencesArray ());
 535 if (newseqs != null) {
 536 this.matcher.addAll (newseqs);
 537 }}match = this.matcher.findIdMatch (seqId);
 538 } else {
 539 match = align.findName (seqId, true);
 540 if (match == null && newseqs != null) {
 541 for (var m, $m = newseqs.iterator (); $m.hasNext () && ((m = $m.next ()) || true);) {
 542 if (seqId.equals (m.getName ())) {
 543 return m;
 544 }}
 545 }}if (match == null && newseqs != null) {
 546 match =  new jalview.datamodel.SequenceDummy (seqId);
 547 if (relaxedIdMatching) {
 548 this.matcher.addAll (java.util.Arrays.asList ( Clazz.newArray (-1, [match])));
 549 }newseqs.add (match);
 550 }return match;
 551 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.datamodel.AlignmentI,~S,~B,java.util.List");
 552 Clazz.defineMethod (c$, "parseDescriptionHTML",
 553 function (sf, removeHTML) {
 554 if (sf.getDescription () == null) {
 555 return;
 556 }var parsed =  new jalview.util.ParseHtmlBodyAndLinks (sf.getDescription (), removeHTML, this.newline);
 557 sf.description = (removeHTML) ? parsed.getNonHtmlContent () : sf.description;
 558 for (var link, $link = parsed.getLinks ().iterator (); $link.hasNext () && ((link = $link.next ()) || true);) {
 559 sf.addLink (link);
 560 }
 561 }, "jalview.datamodel.SequenceFeature,~B");
 562 Clazz.defineMethod (c$, "printJalviewFormat",
 563 function (seqs, visible) {
 564 return this.printJalviewFormat (seqs, visible, true, true);
 565 }, "~A,java.util.Map");
 566 Clazz.defineMethod (c$, "printJalviewFormat",
 567 function (seqs, visible, visOnly, nonpos) {
 568 var out =  new StringBuffer ();
 569 var next;
 570 var featuresGen = false;
 571 if (visOnly && !nonpos && (visible == null || visible.size () < 1)) {
 572 return "No Features Visible";
 573 }if (visible != null && visOnly) {
 574 var en = visible.keySet ().iterator ();
 575 var type;
 576 var color;
 577 while (en.hasNext ()) {
 578 type = en.next ().toString ();
 579 if (Clazz.instanceOf (visible.get (type), jalview.schemes.GraduatedColor)) {
 580 var gc = visible.get (type);
 581 color = (gc.isColourByLabel () ? "label|" : "") + jalview.util.Format.getHexString (gc.getMinColor ()) + "|" + jalview.util.Format.getHexString (gc.getMaxColor ()) + (gc.isAutoScale () ? "|" : "|abso|") + gc.getMin () + "|" + gc.getMax () + "|";
 582 if (gc.getThreshType () != -1) {
 583 if (gc.getThreshType () == 0) {
 584 color += "below";
 585 } else {
 586 if (gc.getThreshType () != 1) {
 587 System.err.println ("WARNING: Unsupported threshold type (" + gc.getThreshType () + ") : Assuming 'above'");
 588 }color += "above";
 589 }color += "|" + gc.getThresh ();
 590 } else {
 591 color += "none";
 592 }} else if (Clazz.instanceOf (visible.get (type), java.awt.Color)) {
 593 color = jalview.util.Format.getHexString (visible.get (type));
 594 } else {
 595 color = jalview.util.Format.getHexString ( new java.awt.Color (Integer.parseInt (visible.get (type).toString ())));
 596 }out.append (type);
 597 out.append ("\t");
 598 out.append (color);
 599 out.append (this.newline);
 600 }
 601 }var groups =  new java.util.Vector ();
 602 var groupIndex = 0;
 603 var isnonpos = false;
 604 for (var i = 0; i < seqs.length; i++) {
 605 next = seqs[i].getSequenceFeatures ();
 606 if (next != null) {
 607 for (var j = 0; j < next.length; j++) {
 608 isnonpos = next[j].begin == 0 && next[j].end == 0;
 609 if ((!nonpos && isnonpos) || (!isnonpos && visOnly && !visible.containsKey (next[j].type))) {
 610 continue;
 611 }if (next[j].featureGroup != null && !groups.contains (next[j].featureGroup)) {
 612 groups.addElement (next[j].featureGroup);
 613 }}
 614 }}
 615 var group = null;
 616 do {
 617 if (groups.size () > 0 && groupIndex < groups.size ()) {
 618 group = groups.elementAt (groupIndex).toString ();
 619 out.append (this.newline);
 620 out.append ("STARTGROUP\t");
 621 out.append (group);
 622 out.append (this.newline);
 623 } else {
 624 group = null;
 625 }for (var i = 0; i < seqs.length; i++) {
 626 next = seqs[i].getSequenceFeatures ();
 627 if (next != null) {
 628 for (var j = 0; j < next.length; j++) {
 629 isnonpos = next[j].begin == 0 && next[j].end == 0;
 630 if ((!nonpos && isnonpos) || (!isnonpos && visOnly && !visible.containsKey (next[j].type))) {
 631 continue;
 632 }if (group != null && (next[j].featureGroup == null || !next[j].featureGroup.equals (group))) {
 633 continue;
 634 }if (group == null && next[j].featureGroup != null) {
 635 continue;
 636 }featuresGen = true;
 637 if (next[j].description == null || next[j].description.equals ("")) {
 638 out.append (next[j].type + "\t");
 639 } else {
 640 if (next[j].links != null && next[j].getDescription ().indexOf ("<html>") == -1) {
 641 out.append ("<html>");
 642 }out.append (next[j].description + " ");
 643 if (next[j].links != null) {
 644 for (var l = 0; l < next[j].links.size (); l++) {
 645 var label = next[j].links.elementAt (l).toString ();
 646 var href = label.substring (label.indexOf ("|") + 1);
 647 label = label.substring (0, label.indexOf ("|"));
 648 if (next[j].description.indexOf (href) == -1) {
 649 out.append ("<a href=\"" + href + "\">" + label + "</a>");
 650 }}
 651 if (next[j].getDescription ().indexOf ("</html>") == -1) {
 652 out.append ("</html>");
 653 }}out.append ("\t");
 654 }out.append (seqs[i].getName ());
 655 out.append ("\t-1\t");
 656 out.append ("" + next[j].begin);
 657 out.append ("\t");
 658 out.append ("" + next[j].end);
 659 out.append ("\t");
 660 out.append (next[j].type);
 661 if (!Float.isNaN (next[j].score)) {
 662 out.append ("\t");
 663 out.append (next[j].score);
 664 }out.append (this.newline);
 665 }
 666 }}
 667 if (group != null) {
 668 out.append ("ENDGROUP\t");
 669 out.append (group);
 670 out.append (this.newline);
 671 groupIndex++;
 672 } else {
 673 break;
 674 }} while (groupIndex < groups.size () + 1);
 675 if (!featuresGen) {
 676 return "No Features Visible";
 677 }return out.toString ();
 678 }, "~A,java.util.Map,~B,~B");
 679 Clazz.defineMethod (c$, "printGFFFormat",
 680 function (seqs, visible) {
 681 return this.printGFFFormat (seqs, visible, true, true);
 682 }, "~A,java.util.Map");
 683 Clazz.defineMethod (c$, "printGFFFormat",
 684 function (seqs, visible, visOnly, nonpos) {
 685 var out =  new StringBuffer ();
 686 var next;
 687 var source;
 688 var isnonpos;
 689 for (var i = 0; i < seqs.length; i++) {
 690 if (seqs[i].getSequenceFeatures () != null) {
 691 next = seqs[i].getSequenceFeatures ();
 692 for (var j = 0; j < next.length; j++) {
 693 isnonpos = next[j].begin == 0 && next[j].end == 0;
 694 if ((!nonpos && isnonpos) || (!isnonpos && visOnly && !visible.containsKey (next[j].type))) {
 695 continue;
 696 }source = next[j].featureGroup;
 697 if (source == null) {
 698 source = next[j].getDescription ();
 699 }out.append (seqs[i].getName ());
 700 out.append ("\t");
 701 out.append (source);
 702 out.append ("\t");
 703 out.append (next[j].type);
 704 out.append ("\t");
 705 out.append ("" + next[j].begin);
 706 out.append ("\t");
 707 out.append ("" + next[j].end);
 708 out.append ("\t");
 709 out.append (next[j].score);
 710 out.append ("\t");
 711 if (next[j].getValue ("STRAND") != null) {
 712 out.append (next[j].getValue ("STRAND"));
 713 out.append ("\t");
 714 } else {
 715 out.append (".\t");
 716 }if (next[j].getValue ("FRAME") != null) {
 717 out.append (next[j].getValue ("FRAME"));
 718 } else {
 719 out.append (".");
 720 }if (next[j].getValue ("ATTRIBUTES") != null) {
 721 out.append (next[j].getValue ("ATTRIBUTES"));
 722 }out.append (this.newline);
 723 }
 724 }}
 725 return out.toString ();
 726 }, "~A,java.util.Map,~B,~B");
 727 Clazz.defineMethod (c$, "parse",
 728 function () {
 729 });
 730 Clazz.overrideMethod (c$, "print",
 731 function () {
 732 return "USE printGFFFormat() or printJalviewFormat()";
 733 });
 734 c$.$FeaturesFile$InvalidGFF3FieldException$ = function () {
 735 Clazz.pu$h ();
 736 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
 737 Clazz.prepareCallback (this, arguments);
 738 this.field = null;
 739 this.value = null;
 740 Clazz.instantialize (this, arguments);
 741 }, jalview.io.FeaturesFile, "InvalidGFF3FieldException", Exception);
 742 Clazz.makeConstructor (c$,
 743 function (a, b, c) {
 744 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.FeaturesFile.InvalidGFF3FieldException, [c + " (Field was " + a + " and value was " + b.get (a).toString ()]);
 745 this.field = a;
 746 this.value = b.get (a).toString ();
 747 }, "~S,java.util.Map,~S");
 748 c$ = Clazz.p0p ();
 749 };
 750 Clazz.pu$h ();
 751 c$ = Clazz.declareType (jalview.io.FeaturesFile, "GffPragmas", Enum);
 752 Clazz.defineEnumConstant (c$, "gff_version", 0, []);
 753 Clazz.defineEnumConstant (c$, "sequence_region", 1, []);
 754 Clazz.defineEnumConstant (c$, "feature_ontology", 2, []);
 755 Clazz.defineEnumConstant (c$, "attribute_ontology", 3, []);
 756 Clazz.defineEnumConstant (c$, "source_ontology", 4, []);
 757 Clazz.defineEnumConstant (c$, "species_build", 5, []);
 758 Clazz.defineEnumConstant (c$, "fasta", 6, []);
 759 Clazz.defineEnumConstant (c$, "hash", 7, []);
 760 c$ = Clazz.p0p ();
 761 Clazz.defineStatics (c$,
 762 "GFFPRAGMA", null);
 763 {
 764 jalview.io.FeaturesFile.GFFPRAGMA =  new java.util.HashMap ();
 765 jalview.io.FeaturesFile.GFFPRAGMA.put ("sequence-region", jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.sequence_region);
 766 jalview.io.FeaturesFile.GFFPRAGMA.put ("feature-ontology", jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.feature_ontology);
 767 jalview.io.FeaturesFile.GFFPRAGMA.put ("#", jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.hash);
 768 jalview.io.FeaturesFile.GFFPRAGMA.put ("fasta", jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.fasta);
 769 jalview.io.FeaturesFile.GFFPRAGMA.put ("species-build", jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.species_build);
 770 jalview.io.FeaturesFile.GFFPRAGMA.put ("source-ontology", jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.source_ontology);
 771 jalview.io.FeaturesFile.GFFPRAGMA.put ("attribute-ontology", jalview.io.FeaturesFile.GffPragmas.attribute_ontology);
 772 }});