bin/jalview/io/FileParse.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.io.FileParse", ["jalview.io.AppletFormatAdapter", "jalview.util.MessageManager", "java.io.BufferedReader", "$.IOException", "$.InputStreamReader", "$.StringReader", "java.lang.Error", "java.net.URL", "java.util.zip.GZIPInputStream"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.dataName = "unknown source";\r
   5 this.inFile = null;\r
   6 this.viewport = null;\r
   7 this.exportSettings = null;\r
   8 this.index = 1;\r
   9 this.suffixSeparator = '#';\r
  10 this.newline = null;\r
  11 this.suffix = null;\r
  12 this.type = null;\r
  13 this.dataIn = null;\r
  14 this.errormessage = "UNITIALISED SOURCE";\r
  15 this.error = true;\r
  16 this.warningMessage = null;\r
  17 this.READAHEAD_LIMIT = 2048;\r
  18 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  19 }, jalview.io, "FileParse");\r
  20 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  21 this.newline = System.getProperty ("line.separator");\r
  22 });\r
  23 Clazz.defineMethod (c$, "setNewlineString", \r
  24 function (nl) {\r
  25 this.newline = nl;\r
  26 }, "~S");\r
  27 Clazz.defineMethod (c$, "getNewlineString", \r
  28 function () {\r
  29 return this.newline;\r
  30 });\r
  31 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  32 function () {\r
  33 });\r
  34 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  35 function (from) {\r
  36 if (from == null) {\r
  37 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_null_fileparse"));\r
  38 }if (from === this) {\r
  39 return;\r
  40 }this.index = ++from.index;\r
  41 this.inFile = from.inFile;\r
  42 this.suffixSeparator = from.suffixSeparator;\r
  43 this.suffix = from.suffix;\r
  44 this.errormessage = from.errormessage;\r
  45 this.error = false;\r
  46 this.type = from.type;\r
  47 this.dataIn = from.dataIn;\r
  48 if (this.dataIn != null) {\r
  49 this.mark ();\r
  50 }this.dataName = from.dataName;\r
  51 }, "jalview.io.FileParse");\r
  52 Clazz.defineMethod (c$, "tryAsGzipSource", \r
  53 ($fz = function (inputStream) {\r
  54 var inData =  new java.io.BufferedReader ( new java.io.InputStreamReader ( new java.util.zip.GZIPInputStream (inputStream)));\r
  55 inData.mark (2048);\r
  56 inData.read ();\r
  57 inData.reset ();\r
  58 return inData;\r
  59 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "java.io.InputStream");\r
  60 Clazz.defineMethod (c$, "checkURLSource", \r
  61 ($fz = function (fileStr) {\r
  62 this.errormessage = "URL NOT FOUND";\r
  63 var url =  new java.net.URL (fileStr);\r
  64 var e = null;\r
  65 if (fileStr.toLowerCase ().endsWith (".gz")) {\r
  66 try {\r
  67 var inputStream = url.openStream ();\r
  68 this.dataIn = this.tryAsGzipSource (inputStream);\r
  69 this.dataName = fileStr;\r
  70 return false;\r
  71 } catch (ex) {\r
  72 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
  73 e = ex;\r
  74 } else {\r
  75 throw ex;\r
  76 }\r
  77 }\r
  78 }try {\r
  79 this.dataIn =  new java.io.BufferedReader ( new java.io.InputStreamReader (url.openStream ()));\r
  80 } catch (q) {\r
  81 if (Clazz.exceptionOf (q, java.io.IOException)) {\r
  82 if (e != null) {\r
  83 throw  new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.getString ("exception.failed_to_resolve_gzip_stream"), e);\r
  84 }throw q;\r
  85 } else {\r
  86 throw q;\r
  87 }\r
  88 }\r
  89 this.dataName = fileStr;\r
  90 return false;\r
  91 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~S");\r
  92 Clazz.defineMethod (c$, "extractSuffix", \r
  93 ($fz = function (fileStr) {\r
  94 var sfpos = fileStr.lastIndexOf (this.suffixSeparator);\r
  95 if (sfpos > -1 && sfpos < fileStr.length - 1) {\r
  96 this.suffix = fileStr.substring (sfpos + 1);\r
  97 return fileStr.substring (0, sfpos);\r
  98 }return null;\r
  99 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~S");\r
 100 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 101 function (fileStr, type) {\r
 102 this.type = type;\r
 103 this.error = false;\r
 104 if (type.equals (jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE)) {\r
 105 {\r
 106 }} else if (type.equals (jalview.io.AppletFormatAdapter.URL)) {\r
 107 try {\r
 108 try {\r
 109 this.checkURLSource (fileStr);\r
 110 if (this.suffixSeparator == '#') {\r
 111 this.extractSuffix (fileStr);\r
 112 }} catch (e) {\r
 113 if (Clazz.exceptionOf (e, java.io.IOException)) {\r
 114 var suffixLess = this.extractSuffix (fileStr);\r
 115 if (suffixLess == null) {\r
 116 throw (e);\r
 117 } else {\r
 118 try {\r
 119 this.checkURLSource (suffixLess);\r
 120 } catch (e2) {\r
 121 if (Clazz.exceptionOf (e2, java.io.IOException)) {\r
 122 this.errormessage = "BAD URL WITH OR WITHOUT SUFFIX";\r
 123 throw (e);\r
 124 } else {\r
 125 throw e2;\r
 126 }\r
 127 }\r
 128 }} else {\r
 129 throw e;\r
 130 }\r
 131 }\r
 132 } catch (e) {\r
 133 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 134 this.errormessage = "CANNOT ACCESS DATA AT URL '" + fileStr + "' (" + e.getMessage () + ")";\r
 135 this.error = true;\r
 136 } else {\r
 137 throw e;\r
 138 }\r
 139 }\r
 140 } else if (type.equals (jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE)) {\r
 141 this.errormessage = "PASTE INACCESSIBLE!";\r
 142 this.dataIn =  new java.io.BufferedReader ( new java.io.StringReader (fileStr));\r
 143 this.dataName = "Paste";\r
 144 } else if (type.equals (jalview.io.AppletFormatAdapter.CLASSLOADER)) {\r
 145 this.errormessage = "RESOURCE CANNOT BE LOCATED";\r
 146 var is = this.getClass ().getResourceAsStream ("/" + fileStr);\r
 147 if (is == null) {\r
 148 var suffixLess = this.extractSuffix (fileStr);\r
 149 if (suffixLess != null) {\r
 150 is = this.getClass ().getResourceAsStream ("/" + suffixLess);\r
 151 }}if (is != null) {\r
 152 this.dataIn =  new java.io.BufferedReader ( new java.io.InputStreamReader (is));\r
 153 this.dataName = fileStr;\r
 154 } else {\r
 155 this.error = true;\r
 156 }} else {\r
 157 this.errormessage = "PROBABLE IMPLEMENTATION ERROR : Datasource Type given as '" + (type != null ? type : "null") + "'";\r
 158 this.error = true;\r
 159 }if (this.dataIn == null || this.error) {\r
 160 throw  new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("exception.failed_to_read_data_from_source",  Clazz.newArray (-1, [this.errormessage])));\r
 161 }this.error = false;\r
 162 this.dataIn.mark (2048);\r
 163 }, "~S,~S");\r
 164 Clazz.defineMethod (c$, "mark", \r
 165 function () {\r
 166 if (this.dataIn != null) {\r
 167 this.dataIn.mark (2048);\r
 168 } else {\r
 169 throw  new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.getString ("exception.no_init_source_stream"));\r
 170 }});\r
 171 Clazz.defineMethod (c$, "nextLine", \r
 172 function () {\r
 173 if (!this.error) {\r
 174 return this.dataIn.readLine ();\r
 175 }throw  new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("exception.invalid_source_stream",  Clazz.newArray (-1, [this.errormessage])));\r
 176 });\r
 177 Clazz.defineMethod (c$, "isExporting", \r
 178 function () {\r
 179 return !this.error && this.dataIn == null;\r
 180 });\r
 181 Clazz.defineMethod (c$, "isValid", \r
 182 function () {\r
 183 return !this.error;\r
 184 });\r
 185 Clazz.defineMethod (c$, "close", \r
 186 function () {\r
 187 this.errormessage = "EXCEPTION ON CLOSE";\r
 188 this.error = true;\r
 189 this.dataIn.close ();\r
 190 this.dataIn = null;\r
 191 this.errormessage = "SOURCE IS CLOSED";\r
 192 });\r
 193 Clazz.defineMethod (c$, "reset", \r
 194 function () {\r
 195 if (this.dataIn != null && !this.error) {\r
 196 this.dataIn.reset ();\r
 197 } else {\r
 198 throw  new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source"));\r
 199 }});\r
 200 Clazz.defineMethod (c$, "hasWarningMessage", \r
 201 function () {\r
 202 return (this.warningMessage != null && this.warningMessage.length > 0);\r
 203 });\r
 204 Clazz.defineMethod (c$, "getWarningMessage", \r
 205 function () {\r
 206 return this.warningMessage;\r
 207 });\r
 208 Clazz.defineMethod (c$, "getInFile", \r
 209 function () {\r
 210 if (this.inFile != null) {\r
 211 return this.inFile.getAbsolutePath () + " (" + this.index + ")";\r
 212 } else {\r
 213 return "From Paste + (" + this.index + ")";\r
 214 }});\r
 215 Clazz.defineMethod (c$, "getDataName", \r
 216 function () {\r
 217 return this.dataName;\r
 218 });\r
 219 Clazz.defineMethod (c$, "setDataName", \r
 220 function (dataname) {\r
 221 this.dataName = dataname;\r
 222 }, "~S");\r
 223 Clazz.defineMethod (c$, "getReader", \r
 224 function () {\r
 225 if (this.dataIn != null) {\r
 226 return this.dataIn;\r
 227 }return null;\r
 228 });\r
 229 Clazz.defineMethod (c$, "getViewport", \r
 230 function () {\r
 231 return this.viewport;\r
 232 });\r
 233 Clazz.defineMethod (c$, "setViewport", \r
 234 function (viewport) {\r
 235 this.viewport = viewport;\r
 236 }, "jalview.api.AlignViewportI");\r
 237 Clazz.defineMethod (c$, "getExportSettings", \r
 238 function () {\r
 239 return this.exportSettings;\r
 240 });\r
 241 Clazz.defineMethod (c$, "setExportSettings", \r
 242 function (exportSettings) {\r
 243 this.exportSettings = exportSettings;\r
 244 }, "jalview.api.AlignExportSettingI");\r
 245 Clazz.defineMethod (c$, "configureForView", \r
 246 function (avpanel) {\r
 247 if (avpanel != null) {\r
 248 this.setViewport (avpanel.getAlignViewport ());\r
 249 }}, "jalview.api.AlignmentViewPanel");\r
 250 });\r