bin/jalview/io/FileParse.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");
   2 Clazz.load (null, "jalview.io.FileParse", ["jalview.io.AppletFormatAdapter", "jalview.util.MessageManager", "java.io.BufferedReader", "$.IOException", "$.InputStreamReader", "$.StringReader", "java.lang.Error", "java.net.URL", "java.util.zip.GZIPInputStream"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.dataName = "unknown source";
   5 this.inFile = null;
   6 this.viewport = null;
   7 this.exportSettings = null;
   8 this.index = 1;
   9 this.suffixSeparator = '#';
  10 this.newline = null;
  11 this.suffix = null;
  12 this.type = null;
  13 this.dataIn = null;
  14 this.errormessage = "UNITIALISED SOURCE";
  15 this.error = true;
  16 this.warningMessage = null;
  17 this.READAHEAD_LIMIT = 2048;
  18 Clazz.instantialize (this, arguments);
  19 }, jalview.io, "FileParse");
  20 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  21 this.newline = System.getProperty ("line.separator");
  22 });
  23 Clazz.defineMethod (c$, "setNewlineString",
  24 function (nl) {
  25 this.newline = nl;
  26 }, "~S");
  27 Clazz.defineMethod (c$, "getNewlineString",
  28 function () {
  29 return this.newline;
  30 });
  31 Clazz.makeConstructor (c$,
  32 function () {
  33 });
  34 Clazz.makeConstructor (c$,
  35 function (from) {
  36 if (from == null) {
  37 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_null_fileparse"));
  38 }if (from === this) {
  39 return;
  40 }this.index = ++from.index;
  41 this.inFile = from.inFile;
  42 this.suffixSeparator = from.suffixSeparator;
  43 this.suffix = from.suffix;
  44 this.errormessage = from.errormessage;
  45 this.error = false;
  46 this.type = from.type;
  47 this.dataIn = from.dataIn;
  48 if (this.dataIn != null) {
  49 this.mark ();
  50 }this.dataName = from.dataName;
  51 }, "jalview.io.FileParse");
  52 Clazz.defineMethod (c$, "tryAsGzipSource",
  53 ($fz = function (inputStream) {
  54 var inData =  new java.io.BufferedReader ( new java.io.InputStreamReader ( new java.util.zip.GZIPInputStream (inputStream)));
  55 inData.mark (2048);
  56 inData.read ();
  57 inData.reset ();
  58 return inData;
  59 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "java.io.InputStream");
  60 Clazz.defineMethod (c$, "checkURLSource",
  61 ($fz = function (fileStr) {
  62 this.errormessage = "URL NOT FOUND";
  63 var url =  new java.net.URL (fileStr);
  64 var e = null;
  65 if (fileStr.toLowerCase ().endsWith (".gz")) {
  66 try {
  67 var inputStream = url.openStream ();
  68 this.dataIn = this.tryAsGzipSource (inputStream);
  69 this.dataName = fileStr;
  70 return false;
  71 } catch (ex) {
  72 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
  73 e = ex;
  74 } else {
  75 throw ex;
  76 }
  77 }
  78 }try {
  79 this.dataIn =  new java.io.BufferedReader ( new java.io.InputStreamReader (url.openStream ()));
  80 } catch (q) {
  81 if (Clazz.exceptionOf (q, java.io.IOException)) {
  82 if (e != null) {
  83 throw  new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.getString ("exception.failed_to_resolve_gzip_stream"), e);
  84 }throw q;
  85 } else {
  86 throw q;
  87 }
  88 }
  89 this.dataName = fileStr;
  90 return false;
  91 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~S");
  92 Clazz.defineMethod (c$, "extractSuffix",
  93 ($fz = function (fileStr) {
  94 var sfpos = fileStr.lastIndexOf (this.suffixSeparator);
  95 if (sfpos > -1 && sfpos < fileStr.length - 1) {
  96 this.suffix = fileStr.substring (sfpos + 1);
  97 return fileStr.substring (0, sfpos);
  98 }return null;
  99 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~S");
 100 Clazz.makeConstructor (c$,
 101 function (fileStr, type) {
 102 this.type = type;
 103 this.error = false;
 104 if (type.equals (jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE)) {
 105 {
 106 }} else if (type.equals (jalview.io.AppletFormatAdapter.URL)) {
 107 try {
 108 try {
 109 this.checkURLSource (fileStr);
 110 if (this.suffixSeparator == '#') {
 111 this.extractSuffix (fileStr);
 112 }} catch (e) {
 113 if (Clazz.exceptionOf (e, java.io.IOException)) {
 114 var suffixLess = this.extractSuffix (fileStr);
 115 if (suffixLess == null) {
 116 throw (e);
 117 } else {
 118 try {
 119 this.checkURLSource (suffixLess);
 120 } catch (e2) {
 121 if (Clazz.exceptionOf (e2, java.io.IOException)) {
 122 this.errormessage = "BAD URL WITH OR WITHOUT SUFFIX";
 123 throw (e);
 124 } else {
 125 throw e2;
 126 }
 127 }
 128 }} else {
 129 throw e;
 130 }
 131 }
 132 } catch (e) {
 133 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 134 this.errormessage = "CANNOT ACCESS DATA AT URL '" + fileStr + "' (" + e.getMessage () + ")";
 135 this.error = true;
 136 } else {
 137 throw e;
 138 }
 139 }
 140 } else if (type.equals (jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE)) {
 141 this.errormessage = "PASTE INACCESSIBLE!";
 142 this.dataIn =  new java.io.BufferedReader ( new java.io.StringReader (fileStr));
 143 this.dataName = "Paste";
 144 } else if (type.equals (jalview.io.AppletFormatAdapter.CLASSLOADER)) {
 145 this.errormessage = "RESOURCE CANNOT BE LOCATED";
 146 var is = this.getClass ().getResourceAsStream ("/" + fileStr);
 147 if (is == null) {
 148 var suffixLess = this.extractSuffix (fileStr);
 149 if (suffixLess != null) {
 150 is = this.getClass ().getResourceAsStream ("/" + suffixLess);
 151 }}if (is != null) {
 152 this.dataIn =  new java.io.BufferedReader ( new java.io.InputStreamReader (is));
 153 this.dataName = fileStr;
 154 } else {
 155 this.error = true;
 156 }} else {
 157 this.errormessage = "PROBABLE IMPLEMENTATION ERROR : Datasource Type given as '" + (type != null ? type : "null") + "'";
 158 this.error = true;
 159 }if (this.dataIn == null || this.error) {
 160 throw  new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("exception.failed_to_read_data_from_source",  Clazz.newArray (-1, [this.errormessage])));
 161 }this.error = false;
 162 this.dataIn.mark (2048);
 163 }, "~S,~S");
 164 Clazz.defineMethod (c$, "mark",
 165 function () {
 166 if (this.dataIn != null) {
 167 this.dataIn.mark (2048);
 168 } else {
 169 throw  new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.getString ("exception.no_init_source_stream"));
 170 }});
 171 Clazz.defineMethod (c$, "nextLine",
 172 function () {
 173 if (!this.error) {
 174 return this.dataIn.readLine ();
 175 }throw  new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("exception.invalid_source_stream",  Clazz.newArray (-1, [this.errormessage])));
 176 });
 177 Clazz.defineMethod (c$, "isExporting",
 178 function () {
 179 return !this.error && this.dataIn == null;
 180 });
 181 Clazz.defineMethod (c$, "isValid",
 182 function () {
 183 return !this.error;
 184 });
 185 Clazz.defineMethod (c$, "close",
 186 function () {
 187 this.errormessage = "EXCEPTION ON CLOSE";
 188 this.error = true;
 189 this.dataIn.close ();
 190 this.dataIn = null;
 191 this.errormessage = "SOURCE IS CLOSED";
 192 });
 193 Clazz.defineMethod (c$, "reset",
 194 function () {
 195 if (this.dataIn != null && !this.error) {
 196 this.dataIn.reset ();
 197 } else {
 198 throw  new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source"));
 199 }});
 200 Clazz.defineMethod (c$, "hasWarningMessage",
 201 function () {
 202 return (this.warningMessage != null && this.warningMessage.length > 0);
 203 });
 204 Clazz.defineMethod (c$, "getWarningMessage",
 205 function () {
 206 return this.warningMessage;
 207 });
 208 Clazz.defineMethod (c$, "getInFile",
 209 function () {
 210 if (this.inFile != null) {
 211 return this.inFile.getAbsolutePath () + " (" + this.index + ")";
 212 } else {
 213 return "From Paste + (" + this.index + ")";
 214 }});
 215 Clazz.defineMethod (c$, "getDataName",
 216 function () {
 217 return this.dataName;
 218 });
 219 Clazz.defineMethod (c$, "setDataName",
 220 function (dataname) {
 221 this.dataName = dataname;
 222 }, "~S");
 223 Clazz.defineMethod (c$, "getReader",
 224 function () {
 225 if (this.dataIn != null) {
 226 return this.dataIn;
 227 }return null;
 228 });
 229 Clazz.defineMethod (c$, "getViewport",
 230 function () {
 231 return this.viewport;
 232 });
 233 Clazz.defineMethod (c$, "setViewport",
 234 function (viewport) {
 235 this.viewport = viewport;
 236 }, "jalview.api.AlignViewportI");
 237 Clazz.defineMethod (c$, "getExportSettings",
 238 function () {
 239 return this.exportSettings;
 240 });
 241 Clazz.defineMethod (c$, "setExportSettings",
 242 function (exportSettings) {
 243 this.exportSettings = exportSettings;
 244 }, "jalview.api.AlignExportSettingI");
 245 Clazz.defineMethod (c$, "configureForView",
 246 function (avpanel) {
 247 if (avpanel != null) {
 248 this.setViewport (avpanel.getAlignViewport ());
 249 }}, "jalview.api.AlignmentViewPanel");
 250 });