bin/jalview/io/IdentifyFile.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.io.IdentifyFile", ["jalview.io.FileParse"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.io, "IdentifyFile");\r
   4 Clazz.defineMethod (c$, "Identify", \r
   5 function (file, protocol) {\r
   6 var emessage = "UNIDENTIFIED FILE PARSING ERROR";\r
   7 var parser = null;\r
   8 try {\r
   9 parser =  new jalview.io.FileParse (file, protocol);\r
  10 if (parser.isValid ()) {\r
  11 return this.Identify (parser);\r
  12 }} catch (e) {\r
  13 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
  14 System.err.println ("Error whilst identifying");\r
  15 e.printStackTrace (System.err);\r
  16 emessage = e.getMessage ();\r
  17 } else {\r
  18 throw e;\r
  19 }\r
  20 }\r
  21 if (parser != null) {\r
  22 return parser.errormessage;\r
  23 }return emessage;\r
  24 }, "~S,~S");\r
  25 Clazz.defineMethod (c$, "Identify", \r
  26 function (source) {\r
  27 return this.Identify (source, true);\r
  28 }, "jalview.io.FileParse");\r
  29 Clazz.defineMethod (c$, "Identify", \r
  30 function (source, closeSource) {\r
  31 var reply = "PFAM";\r
  32 var data;\r
  33 var length = 0;\r
  34 var lineswereskipped = false;\r
  35 var isBinary = false;\r
  36 try {\r
  37 if (!closeSource) {\r
  38 source.mark ();\r
  39 }while ((data = source.nextLine ()) != null) {\r
  40 length += data.trim ().length;\r
  41 if (!lineswereskipped) {\r
  42 for (var i = 0; !isBinary && i < data.length; i++) {\r
  43 var c = data.charAt (i);\r
  44 isBinary = (c.charCodeAt (0) < 32 && c != '\t' && c != '\n' && c != '\r' && c.charCodeAt (0) != 5 && c.charCodeAt (0) != 27);\r
  45 }\r
  46 }if (isBinary) {\r
  47 if (source.inFile != null) {\r
  48 var fileStr = source.inFile.getName ();\r
  49 if (fileStr.lastIndexOf (".jar") > -1 || fileStr.lastIndexOf (".zip") > -1) {\r
  50 reply = "Jalview";\r
  51 }}if (!lineswereskipped && data.startsWith ("PK")) {\r
  52 reply = "Jalview";\r
  53 break;\r
  54 }}data = data.toUpperCase ();\r
  55 if (data.startsWith ("##GFF-VERSION")) {\r
  56 reply = "GFF v2 or v3";\r
  57 break;\r
  58 }if (data.indexOf ("# STOCKHOLM") > -1) {\r
  59 reply = "STH";\r
  60 break;\r
  61 }if (data.matches ("<HTML(\"[^\"]*\"|'[^']*'|[^'\">])*>")) {\r
  62 reply = "HTML";\r
  63 break;\r
  64 }if (data.matches ("<RNAML (\"[^\"]*\"|'[^']*'|[^'\">])*>")) {\r
  65 reply = "RNAML";\r
  66 break;\r
  67 }if (data.indexOf ("{\"") > -1) {\r
  68 reply = "JSON";\r
  69 break;\r
  70 }if ((data.length < 1) || (data.indexOf ("#") == 0)) {\r
  71 lineswereskipped = true;\r
  72 continue;\r
  73 }if (data.indexOf ("PILEUP") > -1) {\r
  74 reply = "PileUp";\r
  75 break;\r
  76 }if ((data.indexOf ("//") == 0) || ((data.indexOf ("!!") > -1) && (data.indexOf ("!!") < data.indexOf ("_MULTIPLE_ALIGNMENT ")))) {\r
  77 reply = "MSF";\r
  78 break;\r
  79 } else if (data.indexOf ("CLUSTAL") > -1) {\r
  80 reply = "CLUSTAL";\r
  81 break;\r
  82 } else if (data.indexOf (">") > -1) {\r
  83 var checkPIR = false;\r
  84 var starterm = false;\r
  85 if ((data.indexOf (">P1;") > -1) || (data.indexOf (">DL;") > -1)) {\r
  86 checkPIR = true;\r
  87 reply = "PIR";\r
  88 }data = source.nextLine ();\r
  89 if (data.indexOf (">") > -1) {\r
  90 reply = "BLC";\r
  91 } else {\r
  92 var data1 = source.nextLine ();\r
  93 var data2 = source.nextLine ();\r
  94 var c1;\r
  95 if (checkPIR) {\r
  96 starterm = (data1 != null && data1.indexOf ("*") > -1) || (data2 != null && data2.indexOf ("*") > -1);\r
  97 }if (data2 != null && (c1 = data.indexOf ("*")) > -1) {\r
  98 if (c1 == 0 && c1 == data2.indexOf ("*")) {\r
  99 reply = "BLC";\r
 100 } else {\r
 101 reply = "FASTA";\r
 102 }} else {\r
 103 reply = "FASTA";\r
 104 if (!checkPIR) {\r
 105 break;\r
 106 }}}if (checkPIR) {\r
 107 var dta = null;\r
 108 if (!starterm) {\r
 109 do {\r
 110 try {\r
 111 dta = source.nextLine ();\r
 112 } catch (ex) {\r
 113 if (Clazz.exceptionOf (ex, java.io.IOException)) {\r
 114 } else {\r
 115 throw ex;\r
 116 }\r
 117 }\r
 118 ;if (dta != null && dta.indexOf ("*") > -1) {\r
 119 starterm = true;\r
 120 }} while (dta != null && !starterm);\r
 121 }if (starterm) {\r
 122 reply = "PIR";\r
 123 break;\r
 124 } else {\r
 125 reply = "FASTA";\r
 126 }}break;\r
 127 } else if (data.indexOf ("HEADER") == 0 || data.indexOf ("ATOM") == 0) {\r
 128 reply = "PDB";\r
 129 break;\r
 130 } else if (data.matches ("\\s*\\d+\\s+\\d+\\s*")) {\r
 131 reply = "PHYLIP";\r
 132 break;\r
 133 } else if (!lineswereskipped && data.charAt (0) != '*' && data.charAt (0) != ' ' && data.indexOf (":") < data.indexOf (",")) {\r
 134 reply = "JnetFile";\r
 135 break;\r
 136 }lineswereskipped = true;\r
 137 }\r
 138 if (closeSource) {\r
 139 source.close ();\r
 140 } else {\r
 141 source.reset ();\r
 142 }} catch (ex) {\r
 143 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 144 System.err.println ("File Identification failed!\n" + ex);\r
 145 return source.errormessage;\r
 146 } else {\r
 147 throw ex;\r
 148 }\r
 149 }\r
 150 if (length == 0) {\r
 151 System.err.println ("File Identification failed! - Empty file was read.");\r
 152 return "EMPTY DATA FILE";\r
 153 }return reply;\r
 154 }, "jalview.io.FileParse,~B");\r
 155 Clazz.defineStatics (c$,\r
 156 "GFF3File", "GFF v2 or v3");\r
 157 });\r