bin/jalview/io/JPredFile.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");
   2 Clazz.load (["jalview.io.AlignFile"], "jalview.io.JPredFile", ["jalview.datamodel.Alignment", "$.Sequence", "jalview.io.JnetAnnotationMaker", "jalview.util.MessageManager", "java.io.IOException", "java.lang.Float", "$.StringBuffer", "java.util.Hashtable", "$.StringTokenizer", "$.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.ids = null;
   5 this.conf = null;
   6 this.Scores = null;
   7 this.Symscores = null;
   8 this.QuerySeqPosition = 0;
   9 this.annotSeqs = null;
  10 Clazz.instantialize (this, arguments);
  11 }, jalview.io, "JPredFile", jalview.io.AlignFile);
  12 Clazz.defineMethod (c$, "setQuerySeqPosition",
  13 function (QuerySeqPosition) {
  14 this.QuerySeqPosition = QuerySeqPosition;
  15 }, "~N");
  16 Clazz.defineMethod (c$, "getQuerySeqPosition",
  17 function () {
  18 return this.QuerySeqPosition;
  19 });
  20 Clazz.defineMethod (c$, "getScores",
  21 function () {
  22 return this.Scores;
  23 });
  24 Clazz.defineMethod (c$, "getSymscores",
  25 function () {
  26 return this.Symscores;
  27 });
  28 Clazz.defineMethod (c$, "initData",
  29 function () {
  30 Clazz.superCall (this, jalview.io.JPredFile, "initData", []);
  31 this.Scores =  new java.util.Hashtable ();
  32 this.ids = null;
  33 this.conf = null;
  34 });
  35 Clazz.overrideMethod (c$, "parse",
  36 function () {
  37 var line;
  38 this.QuerySeqPosition = -1;
  39 this.noSeqs = 0;
  40 var seq_entries =  new java.util.Vector ();
  41 var ids =  new java.util.Vector ();
  42 var Symscores =  new java.util.Hashtable ();
  43 while ((line = this.nextLine ()) != null) {
  44 var str =  new java.util.StringTokenizer (line, ":");
  45 var id = "";
  46 if (!str.hasMoreTokens ()) {
  47 continue;
  48 }id = str.nextToken ();
  49 var seqsym = str.nextToken ();
  50 var symbols =  new java.util.StringTokenizer (seqsym, ",");
  51 var numSymbols = symbols.countTokens ();
  52 if (numSymbols == 0) {
  53 continue;
  54 }if (seqsym.length != (2 * numSymbols)) {
  55 if (this.Scores.containsKey (id)) {
  56 var i = 1;
  57 while (this.Scores.containsKey (id + "_" + i)) {
  58 i++;
  59 }
  60 id = id + "_" + i;
  61 }var scores =  new java.util.Vector ();
  62 var i = 0;
  63 var ascore = "dead";
  64 try {
  65 while (symbols.hasMoreTokens ()) {
  66 ascore = symbols.nextToken ();
  67 var score =  new Float (ascore);
  68 scores.addElement (score);
  69 }
  70 this.Scores.put (id, scores);
  71 } catch (e) {
  72 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
  73 i = scores.size ();
  74 for (var j = 0; j < i; j++) {
  75 scores.setElementAt ((scores.elementAt (j)).toString (), j);
  76 }
  77 scores.addElement (ascore);
  78 while (symbols.hasMoreTokens ()) {
  79 ascore = symbols.nextToken ();
  80 scores.addElement (ascore);
  81 }
  82 this.Scores.put (id, scores);
  83 } else {
  84 throw e;
  85 }
  86 }
  87 } else if (id.equals ("jnetconf")) {
  88 id = "Prediction Confidence";
  89 this.conf =  new java.util.Vector (numSymbols);
  90 for (var i = 0; i < numSymbols; i++) {
  91 this.conf.setElementAt (symbols.nextToken (), i);
  92 }
  93 } else {
  94 var newseq =  new StringBuffer ();
  95 for (var i = 0; i < numSymbols; i++) {
  96 newseq.append (symbols.nextToken ());
  97 }
  98 if (id.indexOf (";") > -1) {
  99 seq_entries.addElement (newseq);
 100 var i = 1;
 101 var name = id.substring (id.indexOf (";") + 1);
 102 while (ids.lastIndexOf (name) > -1) {
 103 name = id.substring (id.indexOf (";") + 1) + "_" + ++i;
 104 }
 105 if (this.QuerySeqPosition == -1) this.QuerySeqPosition = ids.size ();
 106 ids.addElement (name);
 107 this.noSeqs++;
 108 } else {
 109 if (id.equals ("JNETPRED")) {
 110 id = "Predicted Secondary Structure";
 111 }seq_entries.addElement (newseq.toString ());
 112 ids.addElement (id);
 113 Symscores.put (id,  new Integer (ids.size () - 1));
 114 }}}
 115 this.maxLength = seq_entries.elementAt (0).toString ().length;
 116 for (var i = 0; i < ids.size (); i++) {
 117 var newSeq =  new jalview.datamodel.Sequence (ids.elementAt (i).toString (), seq_entries.elementAt (i).toString (), 1, seq_entries.elementAt (i).toString ().length);
 118 if (this.maxLength != seq_entries.elementAt (i).toString ().length) {
 119 throw  new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns",  Clazz.newArray (-1, [ids.elementAt (i).toString ()])));
 120 }if ((newSeq.getName ().startsWith ("QUERY") || newSeq.getName ().startsWith ("align;")) && (this.QuerySeqPosition == -1)) {
 121 this.QuerySeqPosition = this.seqs.size ();
 122 }this.seqs.addElement (newSeq);
 123 }
 124 if (this.seqs.size () > 0 && this.QuerySeqPosition > -1) {
 125 var tal =  new jalview.datamodel.Alignment (this.getSeqsAsArray ());
 126 try {
 127 jalview.io.JnetAnnotationMaker.add_annotation (this, tal, this.QuerySeqPosition, true);
 128 } catch (e) {
 129 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 130 tal = null;
 131 var ex =  new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction",  Clazz.newArray (-1, [e.getMessage ()])));
 132 e.printStackTrace ();
 133 throw ex;
 134 } else {
 135 throw e;
 136 }
 137 }
 138 this.annotations =  new java.util.Vector ();
 139 var aan = tal.getAlignmentAnnotation ();
 140 for (var aai = 0; aan != null && aai < aan.length; aai++) {
 141 this.annotations.addElement (aan[aai]);
 142 }
 143 }});
 144 Clazz.overrideMethod (c$, "print",
 145 function () {
 146 return "Not Supported";
 147 });
 148 c$.main = Clazz.defineMethod (c$, "main",
 149 function (args) {
 150 try {
 151 var blc =  new jalview.io.JPredFile (args[0], "File");
 152 for (var i = 0; i < blc.seqs.size (); i++) {
 153 System.out.println ((blc.seqs.elementAt (i)).getName () + "\n" + (blc.seqs.elementAt (i)).getSequenceAsString () + "\n");
 154 }
 155 } catch (e) {
 156 if (Clazz.exceptionOf (e, java.io.IOException)) {
 157 System.err.println ("Exception " + e);
 158 } else {
 159 throw e;
 160 }
 161 }
 162 }, "~A");
 163 Clazz.defineMethod (c$, "removeNonSequences",
 164 function () {
 165 if (this.annotSeqs != null) {
 166 return;
 167 }this.annotSeqs =  new java.util.Vector ();
 168 var newseqs =  new java.util.Vector ();
 169 var i = 0;
 170 var j = this.seqs.size ();
 171 for (; i < this.QuerySeqPosition; i++) {
 172 this.annotSeqs.addElement (this.seqs.elementAt (i));
 173 }
 174 {
 175 var sq = this.seqs.elementAt (j - 1);
 176 if (sq.getName ().toUpperCase ().startsWith ("JPRED")) {
 177 this.annotSeqs.addElement (sq);
 178 this.seqs.removeElementAt (--j);
 179 }}for (; i < j; i++) {
 180 newseqs.addElement (this.seqs.elementAt (i));
 181 }
 182 this.seqs.removeAllElements ();
 183 this.seqs = newseqs;
 184 });
 185 });