bin/jalview/io/JnetAnnotationMaker.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.io.JnetAnnotationMaker", ["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation", "$.Annotation", "jalview.util.MessageManager", "java.lang.Exception", "$.Float"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.io, "JnetAnnotationMaker");\r
   4 c$.add_annotation = Clazz.defineMethod (c$, "add_annotation", \r
   5 function (prediction, al, firstSeq, noMsa) {\r
   6 jalview.io.JnetAnnotationMaker.add_annotation (prediction, al, firstSeq, noMsa, Clazz.castNullAs ("Array"));\r
   7 }, "jalview.io.AlignFile,jalview.datamodel.AlignmentI,~N,~B");\r
   8 c$.add_annotation = Clazz.defineMethod (c$, "add_annotation", \r
   9 function (prediction, al, firstSeq, noMsa, delMap) {\r
  10 var i = 0;\r
  11 var preds = prediction.getSeqsAsArray ();\r
  12 var seqRef = al.getSequenceAt (firstSeq);\r
  13 var width = preds[0].getSequence ().length;\r
  14 var gapmap = al.getSequenceAt (firstSeq).gapMap ();\r
  15 if ((delMap != null && delMap.length > width) || (delMap == null && gapmap.length != width)) {\r
  16 throw ( new Exception (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction",  Clazz.newArray (-1, [(delMap == null ? "" : jalview.util.MessageManager.getString ("label.mapped")), al.getSequenceAt (firstSeq).getName (), al.getSequenceAt (firstSeq).getSequenceAsString (), Integer.$valueOf (width).toString ()]))));\r
  17 }var annot;\r
  18 var annotations = null;\r
  19 var existingAnnotations = 0;\r
  20 if (al.getAlignmentAnnotation () != null) {\r
  21 existingAnnotations = al.getAlignmentAnnotation ().length;\r
  22 }var sol =  new Array (al.getWidth ());\r
  23 var firstsol = true;\r
  24 while (i < preds.length) {\r
  25 var id = preds[i].getName ().toUpperCase ();\r
  26 if (id.startsWith ("LUPAS") || id.startsWith ("JNET") || id.startsWith ("JPRED")) {\r
  27 if (id.startsWith ("JNETSOL")) {\r
  28 var amnt = (id.endsWith ("25") ? 3 : id.endsWith ("5") ? 6 : 9);\r
  29 for (var spos = 0; spos < width; spos++) {\r
  30 var sposw = (delMap == null) ? gapmap[spos] : gapmap[delMap[spos]];\r
  31 if (firstsol) {\r
  32 sol[sposw] =  new jalview.datamodel.Annotation (0);\r
  33 }if (preds[i].getCharAt (spos) == 'B' && (sol[sposw].value == 0 || sol[sposw].value < amnt)) {\r
  34 sol[sposw].value = amnt;\r
  35 }}\r
  36 firstsol = false;\r
  37 } else {\r
  38 annotations =  new Array (al.getWidth ());\r
  39 if (id.equals ("JNETPRED") || id.equals ("JNETPSSM") || id.equals ("JNETFREQ") || id.equals ("JNETHMM") || id.equals ("JNETALIGN") || id.equals ("JPRED")) {\r
  40 if (delMap == null) {\r
  41 for (var j = 0; j < width; j++) {\r
  42 annotations[gapmap[j]] =  new jalview.datamodel.Annotation ("", "", preds[i].getCharAt (j), 0);\r
  43 }\r
  44 } else {\r
  45 for (var j = 0; j < width; j++) {\r
  46 annotations[gapmap[delMap[j]]] =  new jalview.datamodel.Annotation ("", "", preds[i].getCharAt (j), 0);\r
  47 }\r
  48 }} else if (id.equals ("JNETCONF")) {\r
  49 if (delMap == null) {\r
  50 for (var j = 0; j < width; j++) {\r
  51 var value =  new Float (preds[i].getCharAt (j) + "").floatValue ();\r
  52 annotations[gapmap[j]] =  new jalview.datamodel.Annotation (preds[i].getCharAt (j) + "", "", preds[i].getCharAt (j), value);\r
  53 }\r
  54 } else {\r
  55 for (var j = 0; j < width; j++) {\r
  56 var value =  new Float (preds[i].getCharAt (j) + "").floatValue ();\r
  57 annotations[gapmap[delMap[j]]] =  new jalview.datamodel.Annotation (preds[i].getCharAt (j) + "", "", preds[i].getCharAt (j), value);\r
  58 }\r
  59 }} else {\r
  60 if (delMap == null) {\r
  61 for (var j = 0; j < width; j++) {\r
  62 annotations[gapmap[j]] =  new jalview.datamodel.Annotation (preds[i].getCharAt (j) + "", "", ' ', 0);\r
  63 }\r
  64 } else {\r
  65 for (var j = 0; j < width; j++) {\r
  66 annotations[gapmap[delMap[j]]] =  new jalview.datamodel.Annotation (preds[i].getCharAt (j) + "", "", ' ', 0);\r
  67 }\r
  68 }}if (id.equals ("JNETCONF")) {\r
  69 annot =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (preds[i].getName (), "JNet Output", annotations, 0, 10, 1);\r
  70 } else {\r
  71 annot =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (preds[i].getName (), "JNet Output", annotations);\r
  72 }if (seqRef != null) {\r
  73 annot.createSequenceMapping (seqRef, 1, true);\r
  74 seqRef.addAlignmentAnnotation (annot);\r
  75 }al.addAnnotation (annot);\r
  76 al.setAnnotationIndex (annot, al.getAlignmentAnnotation ().length - existingAnnotations - 1);\r
  77 }if (noMsa) {\r
  78 al.deleteSequence (preds[i]);\r
  79 }}i++;\r
  80 }\r
  81 if (!firstsol) {\r
  82 annot =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation ("Jnet Burial", "<html>Prediction of Solvent Accessibility<br/>levels are<ul><li>0 - Exposed</li><li>3 - 25% or more S.A. accessible</li><li>6 - 5% or more S.A. accessible</li><li>9 - Buried (<5% exposed)</li></ul>", sol, 0, 9, 1);\r
  83 annot.validateRangeAndDisplay ();\r
  84 if (seqRef != null) {\r
  85 annot.createSequenceMapping (seqRef, 1, true);\r
  86 seqRef.addAlignmentAnnotation (annot);\r
  87 }al.addAnnotation (annot);\r
  88 al.setAnnotationIndex (annot, al.getAlignmentAnnotation ().length - existingAnnotations - 1);\r
  89 }}, "jalview.io.AlignFile,jalview.datamodel.AlignmentI,~N,~B,~A");\r
  90 });\r