bin/jalview/io/PIRFile.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");
   2 Clazz.load (["jalview.io.AlignFile", "java.util.Vector"], "jalview.io.PIRFile", ["jalview.io.ModellerDescription", "jalview.util.Comparison", "java.lang.StringBuffer"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.words = null;
   5 Clazz.instantialize (this, arguments);
   6 }, jalview.io, "PIRFile", jalview.io.AlignFile);
   7 Clazz.prepareFields (c$, function () {
   8 this.words =  new java.util.Vector ();
   9 });
  10 Clazz.makeConstructor (c$,
  11 function () {
  12 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.PIRFile, []);
  13 });
  14 Clazz.overrideMethod (c$, "parse",
  15 function () {
  16 var sequence;
  17 var line = null;
  18 var md;
  19 while ((line = this.nextLine ()) != null) {
  20 if (line.length == 0) {
  21 continue;
  22 }if (line.indexOf ("C;") == 0 || line.indexOf ("#") == 0) {
  23 continue;
  24 }var newSeq = this.parseId (line.substring (line.indexOf (";") + 1));
  25 sequence =  new StringBuffer ();
  26 newSeq.setDescription (this.nextLine ());
  27 var starFound = false;
  28 while (!starFound) {
  29 line = this.nextLine ();
  30 sequence.append (line);
  31 if (line == null) {
  32 break;
  33 }if (line.indexOf ("*") > -1) {
  34 starFound = true;
  35 }}
  36 if (sequence.length () > 0) {
  37 sequence.setLength (sequence.length () - 1);
  38 newSeq.setSequence (sequence.toString ());
  39 this.seqs.addElement (newSeq);
  40 md =  new jalview.io.ModellerDescription (newSeq.getDescription ());
  41 md.updateSequenceI (newSeq);
  42 }}
  43 });
  44 Clazz.defineMethod (c$, "print",
  45 function () {
  46 return this.print (this.getSeqsAsArray ());
  47 });
  48 Clazz.defineMethod (c$, "print",
  49 function (s) {
  50 var is_NA = jalview.util.Comparison.isNucleotide (s);
  51 var len = 72;
  52 var out =  new StringBuffer ();
  53 var i = 0;
  54 var md;
  55 while ((i < s.length) && (s[i] != null)) {
  56 var seq = s[i].getSequenceAsString ();
  57 seq = seq + "*";
  58 if (is_NA) {
  59 out.append (">N1;" + s[i].getName ());
  60 out.append (this.newline);
  61 if (s[i].getDescription () == null) {
  62 out.append (s[i].getName () + " " + (s[i].getEnd () - s[i].getStart () + 1));
  63 out.append (is_NA ? " bases" : " residues");
  64 out.append (this.newline);
  65 } else {
  66 out.append (s[i].getDescription ());
  67 out.append (this.newline);
  68 }} else {
  69 if (jalview.io.PIRFile.useModellerOutput) {
  70 out.append (">P1;" + s[i].getName ());
  71 out.append (this.newline);
  72 md =  new jalview.io.ModellerDescription (s[i]);
  73 out.append (md.getDescriptionLine ());
  74 out.append (this.newline);
  75 } else {
  76 out.append (">P1;" + this.printId (s[i]));
  77 out.append (this.newline);
  78 if (s[i].getDescription () != null) {
  79 out.append (s[i].getDescription ());
  80 out.append (this.newline);
  81 } else {
  82 out.append (s[i].getName () + " " + (s[i].getEnd () - s[i].getStart () + 1) + " residues");
  83 out.append (this.newline);
  84 }}}var nochunks = (Clazz.doubleToInt (seq.length / len)) + 1;
  85 for (var j = 0; j < nochunks; j++) {
  86 var start = j * len;
  87 var end = start + len;
  88 if (end < seq.length) {
  89 out.append (seq.substring (start, end));
  90 out.append (this.newline);
  91 } else if (start < seq.length) {
  92 out.append (seq.substring (start));
  93 out.append (this.newline);
  94 }}
  95 i++;
  96 }
  97 return out.toString ();
  98 }, "~A");
  99 Clazz.defineStatics (c$,
 100 "useModellerOutput", false);
 101 });