bin/jalview/io/PfamFile.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");
   2 Clazz.load (["jalview.io.AlignFile"], "jalview.io.PfamFile", ["jalview.util.Format", "$.MessageManager", "java.io.IOException", "java.lang.StringBuffer", "java.util.Hashtable", "$.StringTokenizer", "$.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.io, "PfamFile", jalview.io.AlignFile);
   4 Clazz.makeConstructor (c$,
   5 function () {
   6 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.PfamFile, []);
   7 });
   8 Clazz.overrideMethod (c$, "parse",
   9 function () {
  10 var i = 0;
  11 var line;
  12 var seqhash =  new java.util.Hashtable ();
  13 var headers =  new java.util.Vector ();
  14 while ((line = this.nextLine ()) != null) {
  15 if (line.indexOf (" ") != 0) {
  16 if (line.indexOf ("#") != 0) {
  17 var str =  new java.util.StringTokenizer (line, " ");
  18 var id = "";
  19 if (str.hasMoreTokens ()) {
  20 id = str.nextToken ();
  21 var tempseq;
  22 if (seqhash.containsKey (id)) {
  23 tempseq = seqhash.get (id);
  24 } else {
  25 tempseq =  new StringBuffer ();
  26 seqhash.put (id, tempseq);
  27 }if (!(headers.contains (id))) {
  28 headers.addElement (id);
  29 }if (str.hasMoreTokens ()) {
  30 tempseq.append (str.nextToken ());
  31 }}}}}
  32 this.noSeqs = headers.size ();
  33 if (this.noSeqs < 1) {
  34 throw  new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.getString ("exception.pfam_no_sequences_found"));
  35 }for (i = 0; i < headers.size (); i++) {
  36 if (seqhash.get (headers.elementAt (i)) != null) {
  37 if (this.maxLength < seqhash.get (headers.elementAt (i)).toString ().length) {
  38 this.maxLength = seqhash.get (headers.elementAt (i)).toString ().length;
  39 }var newSeq = this.parseId (headers.elementAt (i).toString ());
  40 newSeq.setSequence (seqhash.get (headers.elementAt (i).toString ()).toString ());
  41 this.seqs.addElement (newSeq);
  42 } else {
  43 System.err.println ("PFAM File reader: Can't find sequence for " + headers.elementAt (i));
  44 }}
  45 });
  46 Clazz.defineMethod (c$, "print",
  47 function (s) {
  48 var out =  new StringBuffer ("");
  49 var max = 0;
  50 var maxid = 0;
  51 var i = 0;
  52 while ((i < s.length) && (s[i] != null)) {
  53 var tmp = this.printId (s[i]);
  54 if (s[i].getSequence ().length > max) {
  55 max = s[i].getSequence ().length;
  56 }if (tmp.length > maxid) {
  57 maxid = tmp.length;
  58 }i++;
  59 }
  60 if (maxid < 15) {
  61 maxid = 15;
  62 }var j = 0;
  63 while ((j < s.length) && (s[j] != null)) {
  64 out.append ( new jalview.util.Format ("%-" + maxid + "s").form (this.printId (s[j]) + " "));
  65 out.append (s[j].getSequenceAsString ());
  66 out.append (this.newline);
  67 j++;
  68 }
  69 out.append (this.newline);
  70 return out.toString ();
  71 }, "~A");
  72 Clazz.defineMethod (c$, "print",
  73 function () {
  74 return this.print (this.getSeqsAsArray ());
  75 });
  76 });