bin/jalview/io/SequenceAnnotationReport.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.io.SequenceAnnotationReport", ["jalview.util.DBRefUtils", "$.UrlLink", "java.lang.Float", "java.util.ArrayList"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.linkImageURL = null;\r
   5 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   6 }, jalview.io, "SequenceAnnotationReport");\r
   7 Clazz.makeConstructor (c$, \r
   8 function (linkImageURL) {\r
   9 this.linkImageURL = linkImageURL;\r
  10 }, "~S");\r
  11 Clazz.defineMethod (c$, "appendFeatures", \r
  12 function (tooltipText2, rpos, features) {\r
  13 this.appendFeatures (tooltipText2, rpos, features, null);\r
  14 }, "StringBuffer,~N,java.util.List");\r
  15 Clazz.defineMethod (c$, "appendFeatures", \r
  16 function (tooltipText2, rpos, features, minmax) {\r
  17 var tmpString;\r
  18 if (features != null) {\r
  19 for (var feature, $feature = features.iterator (); $feature.hasNext () && ((feature = $feature.next ()) || true);) {\r
  20 if (feature.getType ().equals ("disulfide bond")) {\r
  21 if (feature.getBegin () == rpos || feature.getEnd () == rpos) {\r
  22 if (tooltipText2.length () > 6) {\r
  23 tooltipText2.append ("<br>");\r
  24 }tooltipText2.append ("disulfide bond " + feature.getBegin () + ":" + feature.getEnd ());\r
  25 }} else {\r
  26 if (tooltipText2.length () > 6) {\r
  27 tooltipText2.append ("<br>");\r
  28 }var linkOnly = feature.getValue ("linkonly") != null;\r
  29 if (!linkOnly) {\r
  30 tooltipText2.append (feature.getType () + " ");\r
  31 if (rpos != 0) {\r
  32 tooltipText2.append (feature.begin);\r
  33 }if (feature.begin != feature.end) {\r
  34 tooltipText2.append (" " + feature.end);\r
  35 }if (feature.getDescription () != null && !feature.description.equals (feature.getType ())) {\r
  36 tmpString = feature.getDescription ();\r
  37 var tmp2up = tmpString.toUpperCase ();\r
  38 var startTag = tmp2up.indexOf ("<HTML>");\r
  39 if (startTag > -1) {\r
  40 tmpString = tmpString.substring (startTag + 6);\r
  41 tmp2up = tmp2up.substring (startTag + 6);\r
  42 }var endTag = tmp2up.indexOf ("</BODY>");\r
  43 if (endTag > -1) {\r
  44 tmpString = tmpString.substring (0, endTag);\r
  45 tmp2up = tmp2up.substring (0, endTag);\r
  46 }endTag = tmp2up.indexOf ("</HTML>");\r
  47 if (endTag > -1) {\r
  48 tmpString = tmpString.substring (0, endTag);\r
  49 }if (startTag > -1) {\r
  50 tooltipText2.append ("; " + tmpString);\r
  51 } else {\r
  52 if (tmpString.indexOf ("<") > -1 || tmpString.indexOf (">") > -1) {\r
  53 tmpString = tmpString.replaceAll ("<", "&lt;");\r
  54 tmpString = tmpString.replaceAll (">", "&gt;");\r
  55 tooltipText2.append ("; ");\r
  56 tooltipText2.append (tmpString);\r
  57 } else {\r
  58 tooltipText2.append ("; " + tmpString);\r
  59 }}}if (!Float.isNaN (feature.getScore ())) {\r
  60 var rng = (minmax == null) ? null : (minmax.get (feature.getType ()));\r
  61 if (rng != null && rng[0] != null && rng[0][0] != rng[0][1]) {\r
  62 tooltipText2.append (" Score=" + feature.getScore ());\r
  63 }}if (feature.getValue ("status") != null) {\r
  64 var status = feature.getValue ("status").toString ();\r
  65 if (status.length > 0) {\r
  66 tooltipText2.append ("; (" + feature.getValue ("status") + ")");\r
  67 }}}}if (feature.links != null) {\r
  68 if (this.linkImageURL != null) {\r
  69 tooltipText2.append (" <img src=\"" + this.linkImageURL + "\">");\r
  70 } else {\r
  71 for (var urlstring, $urlstring = feature.links.iterator (); $urlstring.hasNext () && ((urlstring = $urlstring.next ()) || true);) {\r
  72 try {\r
  73 for (var urllink, $urllink = 0, $$urllink = this.createLinksFrom (null, urlstring); $urllink < $$urllink.length && ((urllink = $$urllink[$urllink]) || true); $urllink++) {\r
  74 tooltipText2.append ("<br/> <a href=\"" + urllink[3] + "\" target=\"" + urllink[0] + "\">" + (urllink[0].toLowerCase ().equals (urllink[1].toLowerCase ()) ? urllink[0] : (urllink[0] + ":" + urllink[1])) + "</a></br>");\r
  75 }\r
  76 } catch (x) {\r
  77 if (Clazz.exceptionOf (x, Exception)) {\r
  78 System.err.println ("problem when creating links from " + urlstring);\r
  79 x.printStackTrace ();\r
  80 } else {\r
  81 throw x;\r
  82 }\r
  83 }\r
  84 }\r
  85 }}}\r
  86 }}, "StringBuffer,~N,java.util.List,java.util.Hashtable");\r
  87 Clazz.defineMethod (c$, "createLinksFrom", \r
  88 function (seq, link) {\r
  89 var urlSets =  new java.util.ArrayList ();\r
  90 var uniques =  new java.util.ArrayList ();\r
  91 var urlLink =  new jalview.util.UrlLink (link);\r
  92 if (!urlLink.isValid ()) {\r
  93 System.err.println (urlLink.getInvalidMessage ());\r
  94 return null;\r
  95 }var target = urlLink.getTarget ();\r
  96 var label = urlLink.getLabel ();\r
  97 if (seq != null && urlLink.isDynamic ()) {\r
  98 var dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs (seq.getDBRef (),  Clazz.newArray (-1, [target]));\r
  99 var id = seq.getName ();\r
 100 var descr = seq.getDescription ();\r
 101 if (descr != null && descr.length < 1) {\r
 102 descr = null;\r
 103 }if (dbr != null) {\r
 104 for (var r = 0; r < dbr.length; r++) {\r
 105 if (id != null && dbr[r].getAccessionId ().equals (id)) {\r
 106 id = null;\r
 107 }var urls = urlLink.makeUrls (dbr[r].getAccessionId (), true);\r
 108 if (urls != null) {\r
 109 for (var u = 0; u < urls.length; u += 2) {\r
 110 var unq = urls[u] + "|" + urls[u + 1];\r
 111 if (!uniques.contains (unq)) {\r
 112 urlSets.add ( Clazz.newArray (-1, [target, label, urls[u], urls[u + 1]]));\r
 113 uniques.add (unq);\r
 114 }}\r
 115 }}\r
 116 }if (id != null) {\r
 117 var urls = urlLink.makeUrls (id, true);\r
 118 if (urls != null) {\r
 119 for (var u = 0; u < urls.length; u += 2) {\r
 120 var unq = urls[u] + "|" + urls[u + 1];\r
 121 if (!uniques.contains (unq)) {\r
 122 urlSets.add ( Clazz.newArray (-1, [target, label, urls[u], urls[u + 1]]));\r
 123 uniques.add (unq);\r
 124 }}\r
 125 }}if (descr != null && urlLink.getRegexReplace () != null) {\r
 126 var urls = urlLink.makeUrls (descr, true);\r
 127 if (urls != null) {\r
 128 for (var u = 0; u < urls.length; u += 2) {\r
 129 var unq = urls[u] + "|" + urls[u + 1];\r
 130 if (!uniques.contains (unq)) {\r
 131 urlSets.add ( Clazz.newArray (-1, [target, label, urls[u], urls[u + 1]]));\r
 132 uniques.add (unq);\r
 133 }}\r
 134 }}} else {\r
 135 var unq = label + "|" + urlLink.getUrl_prefix ();\r
 136 if (!uniques.contains (unq)) {\r
 137 uniques.add (unq);\r
 138 urlSets.add ( Clazz.newArray (-1, [target, label, null, urlLink.getUrl_prefix ()]));\r
 139 }}return urlSets.toArray ( Clazz.newArray (-1, []));\r
 140 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S");\r
 141 Clazz.defineMethod (c$, "createSequenceAnnotationReport", \r
 142 function (tip, sequence, showDbRefs, showNpFeats, minmax) {\r
 143 this.createSequenceAnnotationReport (tip, sequence, showDbRefs, showNpFeats, true, minmax);\r
 144 }, "StringBuffer,jalview.datamodel.SequenceI,~B,~B,java.util.Hashtable");\r
 145 Clazz.defineMethod (c$, "createSequenceAnnotationReport", \r
 146 function (tip, sequence, showDbRefs, showNpFeats, tableWrap, minmax) {\r
 147 var tmp;\r
 148 tip.append ("<i>");\r
 149 var maxWidth = 0;\r
 150 if (sequence.getDescription () != null) {\r
 151 tmp = sequence.getDescription ();\r
 152 tip.append ("<br>" + tmp);\r
 153 maxWidth = Math.max (maxWidth, tmp.length);\r
 154 }var ds = sequence;\r
 155 while (ds.getDatasetSequence () != null) {\r
 156 ds = ds.getDatasetSequence ();\r
 157 }\r
 158 var dbrefs = ds.getDBRef ();\r
 159 if (showDbRefs && dbrefs != null) {\r
 160 for (var i = 0; i < dbrefs.length; i++) {\r
 161 tip.append ("<br>");\r
 162 tmp = dbrefs[i].getSource () + " " + dbrefs[i].getAccessionId ();\r
 163 tip.append (tmp);\r
 164 maxWidth = Math.max (maxWidth, tmp.length);\r
 165 }\r
 166 }var features = sequence.getSequenceFeatures ();\r
 167 if (showNpFeats && features != null) {\r
 168 for (var i = 0; i < features.length; i++) {\r
 169 if (features[i].begin == 0 && features[i].end == 0) {\r
 170 var sz = -tip.length ();\r
 171 var tfeat =  new java.util.ArrayList ();\r
 172 tfeat.add (features[i]);\r
 173 this.appendFeatures (tip, 0, tfeat, minmax);\r
 174 sz += tip.length ();\r
 175 maxWidth = Math.max (maxWidth, sz);\r
 176 }}\r
 177 }if (tableWrap && maxWidth > 60) {\r
 178 tip.insert (0, "<table width=350 border=0><tr><td><i>");\r
 179 tip.append ("</i></td></tr></table>");\r
 180 }}, "StringBuffer,jalview.datamodel.SequenceI,~B,~B,~B,java.util.Hashtable");\r
 181 });\r