bin/jalview/io/SequenceAnnotationReport.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");
   2 Clazz.load (null, "jalview.io.SequenceAnnotationReport", ["jalview.util.DBRefUtils", "$.UrlLink", "java.lang.Float", "java.util.ArrayList"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.linkImageURL = null;
   5 Clazz.instantialize (this, arguments);
   6 }, jalview.io, "SequenceAnnotationReport");
   7 Clazz.makeConstructor (c$,
   8 function (linkImageURL) {
   9 this.linkImageURL = linkImageURL;
  10 }, "~S");
  11 Clazz.defineMethod (c$, "appendFeatures",
  12 function (tooltipText2, rpos, features) {
  13 this.appendFeatures (tooltipText2, rpos, features, null);
  14 }, "StringBuffer,~N,java.util.List");
  15 Clazz.defineMethod (c$, "appendFeatures",
  16 function (tooltipText2, rpos, features, minmax) {
  17 var tmpString;
  18 if (features != null) {
  19 for (var feature, $feature = features.iterator (); $feature.hasNext () && ((feature = $feature.next ()) || true);) {
  20 if (feature.getType ().equals ("disulfide bond")) {
  21 if (feature.getBegin () == rpos || feature.getEnd () == rpos) {
  22 if (tooltipText2.length () > 6) {
  23 tooltipText2.append ("<br>");
  24 }tooltipText2.append ("disulfide bond " + feature.getBegin () + ":" + feature.getEnd ());
  25 }} else {
  26 if (tooltipText2.length () > 6) {
  27 tooltipText2.append ("<br>");
  28 }var linkOnly = feature.getValue ("linkonly") != null;
  29 if (!linkOnly) {
  30 tooltipText2.append (feature.getType () + " ");
  31 if (rpos != 0) {
  32 tooltipText2.append ("" + feature.begin);
  33 }if (feature.begin != feature.end) {
  34 tooltipText2.append (" " + feature.end);
  35 }if (feature.getDescription () != null && !feature.description.equals (feature.getType ())) {
  36 tmpString = feature.getDescription ();
  37 var tmp2up = tmpString.toUpperCase ();
  38 var startTag = tmp2up.indexOf ("<HTML>");
  39 if (startTag > -1) {
  40 tmpString = tmpString.substring (startTag + 6);
  41 tmp2up = tmp2up.substring (startTag + 6);
  42 }var endTag = tmp2up.indexOf ("</BODY>");
  43 if (endTag > -1) {
  44 tmpString = tmpString.substring (0, endTag);
  45 tmp2up = tmp2up.substring (0, endTag);
  46 }endTag = tmp2up.indexOf ("</HTML>");
  47 if (endTag > -1) {
  48 tmpString = tmpString.substring (0, endTag);
  49 }if (startTag > -1) {
  50 tooltipText2.append ("; " + tmpString);
  51 } else {
  52 if (tmpString.indexOf ("<") > -1 || tmpString.indexOf (">") > -1) {
  53 tmpString = tmpString.replaceAll ("<", "&lt;");
  54 tmpString = tmpString.replaceAll (">", "&gt;");
  55 tooltipText2.append ("; ");
  56 tooltipText2.append (tmpString);
  57 } else {
  58 tooltipText2.append ("; " + tmpString);
  59 }}}if (!Float.isNaN (feature.getScore ())) {
  60 var rng = (minmax == null) ? null : (minmax.get (feature.getType ()));
  61 if (rng != null && rng[0] != null && rng[0][0] != rng[0][1]) {
  62 tooltipText2.append (" Score=" + feature.getScore ());
  63 }}if (feature.getValue ("status") != null) {
  64 var status = feature.getValue ("status").toString ();
  65 if (status.length > 0) {
  66 tooltipText2.append ("; (" + feature.getValue ("status") + ")");
  67 }}}}if (feature.links != null) {
  68 if (this.linkImageURL != null) {
  69 tooltipText2.append (" <img src=\"" + this.linkImageURL + "\">");
  70 } else {
  71 for (var urlstring, $urlstring = feature.links.iterator (); $urlstring.hasNext () && ((urlstring = $urlstring.next ()) || true);) {
  72 try {
  73 for (var urllink, $urllink = 0, $$urllink = this.createLinksFrom (null, urlstring); $urllink < $$urllink.length && ((urllink = $$urllink[$urllink]) || true); $urllink++) {
  74 tooltipText2.append ("<br/> <a href=\"" + urllink[3] + "\" target=\"" + urllink[0] + "\">" + (urllink[0].toLowerCase ().equals (urllink[1].toLowerCase ()) ? urllink[0] : (urllink[0] + ":" + urllink[1])) + "</a></br>");
  75 }
  76 } catch (x) {
  77 if (Clazz.exceptionOf (x, Exception)) {
  78 System.err.println ("problem when creating links from " + urlstring);
  79 x.printStackTrace ();
  80 } else {
  81 throw x;
  82 }
  83 }
  84 }
  85 }}}
  86 }}, "StringBuffer,~N,java.util.List,java.util.Hashtable");
  87 Clazz.defineMethod (c$, "createLinksFrom",
  88 function (seq, link) {
  89 var urlSets =  new java.util.ArrayList ();
  90 var uniques =  new java.util.ArrayList ();
  91 var urlLink =  new jalview.util.UrlLink (link);
  92 if (!urlLink.isValid ()) {
  93 System.err.println (urlLink.getInvalidMessage ());
  94 return null;
  95 }var target = urlLink.getTarget ();
  96 var label = urlLink.getLabel ();
  97 if (seq != null && urlLink.isDynamic ()) {
  98 var dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs (seq.getDBRef (),  Clazz.newArray (-1, [target]));
  99 var id = seq.getName ();
 100 var descr = seq.getDescription ();
 101 if (descr != null && descr.length < 1) {
 102 descr = null;
 103 }if (dbr != null) {
 104 for (var r = 0; r < dbr.length; r++) {
 105 if (id != null && dbr[r].getAccessionId ().equals (id)) {
 106 id = null;
 107 }var urls = urlLink.makeUrls (dbr[r].getAccessionId (), true);
 108 if (urls != null) {
 109 for (var u = 0; u < urls.length; u += 2) {
 110 var unq = urls[u] + "|" + urls[u + 1];
 111 if (!uniques.contains (unq)) {
 112 urlSets.add ( Clazz.newArray (-1, [target, label, urls[u], urls[u + 1]]));
 113 uniques.add (unq);
 114 }}
 115 }}
 116 }if (id != null) {
 117 var urls = urlLink.makeUrls (id, true);
 118 if (urls != null) {
 119 for (var u = 0; u < urls.length; u += 2) {
 120 var unq = urls[u] + "|" + urls[u + 1];
 121 if (!uniques.contains (unq)) {
 122 urlSets.add ( Clazz.newArray (-1, [target, label, urls[u], urls[u + 1]]));
 123 uniques.add (unq);
 124 }}
 125 }}if (descr != null && urlLink.getRegexReplace () != null) {
 126 var urls = urlLink.makeUrls (descr, true);
 127 if (urls != null) {
 128 for (var u = 0; u < urls.length; u += 2) {
 129 var unq = urls[u] + "|" + urls[u + 1];
 130 if (!uniques.contains (unq)) {
 131 urlSets.add ( Clazz.newArray (-1, [target, label, urls[u], urls[u + 1]]));
 132 uniques.add (unq);
 133 }}
 134 }}} else {
 135 var unq = label + "|" + urlLink.getUrl_prefix ();
 136 if (!uniques.contains (unq)) {
 137 uniques.add (unq);
 138 urlSets.add ( Clazz.newArray (-1, [target, label, null, urlLink.getUrl_prefix ()]));
 139 }}return urlSets.toArray ( Clazz.newArray (-1, []));
 140 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S");
 141 Clazz.defineMethod (c$, "createSequenceAnnotationReport",
 142 function (tip, sequence, showDbRefs, showNpFeats, minmax) {
 143 this.createSequenceAnnotationReport (tip, sequence, showDbRefs, showNpFeats, true, minmax);
 144 }, "StringBuffer,jalview.datamodel.SequenceI,~B,~B,java.util.Hashtable");
 145 Clazz.defineMethod (c$, "createSequenceAnnotationReport",
 146 function (tip, sequence, showDbRefs, showNpFeats, tableWrap, minmax) {
 147 var tmp;
 148 tip.append ("<i>");
 149 var maxWidth = 0;
 150 if (sequence.getDescription () != null) {
 151 tmp = sequence.getDescription ();
 152 tip.append ("<br>" + tmp);
 153 maxWidth = Math.max (maxWidth, tmp.length);
 154 }var ds = sequence;
 155 while (ds.getDatasetSequence () != null) {
 156 ds = ds.getDatasetSequence ();
 157 }
 158 var dbrefs = ds.getDBRef ();
 159 if (showDbRefs && dbrefs != null) {
 160 for (var i = 0; i < dbrefs.length; i++) {
 161 tip.append ("<br>");
 162 tmp = dbrefs[i].getSource () + " " + dbrefs[i].getAccessionId ();
 163 tip.append (tmp);
 164 maxWidth = Math.max (maxWidth, tmp.length);
 165 }
 166 }var features = sequence.getSequenceFeatures ();
 167 if (showNpFeats && features != null) {
 168 for (var i = 0; i < features.length; i++) {
 169 if (features[i].begin == 0 && features[i].end == 0) {
 170 var sz = -tip.length ();
 171 var tfeat =  new java.util.ArrayList ();
 172 tfeat.add (features[i]);
 173 this.appendFeatures (tip, 0, tfeat, minmax);
 174 sz += tip.length ();
 175 maxWidth = Math.max (maxWidth, sz);
 176 }}
 177 }if (tableWrap && maxWidth > 60) {
 178 tip.insert (0, "<table width=350 border=0><tr><td><i>");
 179 tip.append ("</i></td></tr></table>");
 180 }}, "StringBuffer,jalview.datamodel.SequenceI,~B,~B,~B,java.util.Hashtable");
 181 });