bin/jalview/javascript/JsSelectionSender.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.javascript");
   2 Clazz.load (["jalview.javascript.JSFunctionExec", "$.JsCallBack", "jalview.structure.SelectionListener"], "jalview.javascript.JsSelectionSender", ["jalview.appletgui.AlignViewport", "netscape.javascript.JSException"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this._af = null;
   5 this._listener = null;
   6 Clazz.instantialize (this, arguments);
   7 }, jalview.javascript, "JsSelectionSender", jalview.javascript.JSFunctionExec, [jalview.structure.SelectionListener, jalview.javascript.JsCallBack]);
   8 Clazz.makeConstructor (c$,
   9 function (jvlite, af, listener) {
  10 Clazz.superConstructor (this, jalview.javascript.JsSelectionSender, [jvlite]);
  11 this._af = af;
  12 this._listener = listener;
  13 }, "jalview.bin.JalviewLite,jalview.appletgui.AlignFrame,~S");
  14 Clazz.overrideMethod (c$, "selection",
  15 function (seqsel, colsel, source) {
  16 try {
  17 var setid = "";
  18 var viewid = "";
  19 var src = this._af;
  20 if (source != null) {
  21 if (Clazz.instanceOf (source, jalview.appletgui.AlignViewport) && (source).applet.currentAlignFrame.viewport === source) {
  22 src = (source).applet.currentAlignFrame;
  23 }}var seqs =  Clazz.newArray (-1, []);
  24 var cols =  Clazz.newArray (-1, []);
  25 var strt = 0;
  26 var end = (src == null) ? -1 : src.alignPanel.av.getAlignment ().getWidth ();
  27 if (seqsel != null && seqsel.getSize () > 0) {
  28 seqs =  new Array (seqsel.getSize ());
  29 for (var i = 0; i < seqs.length; i++) {
  30 seqs[i] = seqsel.getSequenceAt (i).getName ();
  31 }
  32 if (strt < seqsel.getStartRes ()) {
  33 strt = seqsel.getStartRes ();
  34 }if (end == -1 || end > seqsel.getEndRes ()) {
  35 end = seqsel.getEndRes ();
  36 }}if (colsel != null && colsel.size () > 0) {
  37 if (end == -1) {
  38 end = colsel.getMax () + 1;
  39 }cols =  new Array (colsel.getSelected ().size ());
  40 var d = 0;
  41 var r = -1;
  42 for (var i = 0; i < cols.length; i++) {
  43 cols[i] = "" + (1 + colsel.getSelected ().elementAt (i).intValue ());
  44 }
  45 } else {
  46 if (seqsel != null && seqsel.getSize () > 0) {
  47 cols =  new Array (2);
  48 cols[0] = "" + (1 + strt) + "-" + (1 + end);
  49 };}System.err.println ("Relaying selection to jsfunction:" + this._listener);
  50 this.executeJavascriptFunction (this._listener,  Clazz.newArray (-1, [src, setid, this.jvlite.arrayToSeparatorList (seqs), this.jvlite.arrayToSeparatorList (cols)]));
  51 } catch (ex) {
  52 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
  53 System.err.println ("Jalview Javascript exec error: Couldn't send selection message using function '" + this._listener + "'");
  54 ex.printStackTrace ();
  55 if (Clazz.instanceOf (ex, netscape.javascript.JSException)) {
  56 System.err.println ("Javascript Exception: " + (ex).getCause ().toString ());
  57 }} else {
  58 throw ex;
  59 }
  60 }
  61 }, "jalview.datamodel.SequenceGroup,jalview.datamodel.ColumnSelection,jalview.structure.SelectionSource");
  62 Clazz.overrideMethod (c$, "getAlignFrame",
  63 function () {
  64 return this._af;
  65 });
  66 Clazz.overrideMethod (c$, "getListenerFunction",
  67 function () {
  68 return this._listener;
  69 });
  70 });