bin/jalview/javascript/MouseOverStructureListener.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.javascript");\r
   2 Clazz.load (["jalview.javascript.JSFunctionExec", "$.JsCallBack", "jalview.structure.StructureListener"], "jalview.javascript.MouseOverStructureListener", ["jalview.api.AlignmentViewPanel", "jalview.appletgui.FeatureRenderer", "jalview.ext.jmol.JmolCommands", "jalview.structure.StructureSelectionManager", "java.net.URL", "java.util.ArrayList"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this._listenerfn = null;\r
   5 this.modelSet = null;\r
   6 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   7 }, jalview.javascript, "MouseOverStructureListener", jalview.javascript.JSFunctionExec, [jalview.javascript.JsCallBack, jalview.structure.StructureListener]);\r
   8 Clazz.makeConstructor (c$, \r
   9 function (jalviewLite, listener, modelList) {\r
  10 Clazz.superConstructor (this, jalview.javascript.MouseOverStructureListener, [jalviewLite]);\r
  11 this._listenerfn = listener;\r
  12 this.modelSet = modelList;\r
  13 if (this.modelSet != null) {\r
  14 for (var i = 0; i < this.modelSet.length; i++) {\r
  15 try {\r
  16 if ( new java.net.URL (this.modelSet[i]).openConnection () != null) {\r
  17 continue;\r
  18 }} catch (x) {\r
  19 if (Clazz.exceptionOf (x, Exception)) {\r
  20 } else {\r
  21 throw x;\r
  22 }\r
  23 }\r
  24 ;try {\r
  25 var db = this.jvlite.getDocumentBase ().toString ();\r
  26 db = db.substring (0, db.lastIndexOf ("/"));\r
  27 if ( new java.net.URL (db + "/" + this.modelSet[i]).openConnection () != null) {\r
  28 this.modelSet[i] = db + "/" + this.modelSet[i];\r
  29 continue;\r
  30 }} catch (x) {\r
  31 if (Clazz.exceptionOf (x, Exception)) {\r
  32 } else {\r
  33 throw x;\r
  34 }\r
  35 }\r
  36 ;try {\r
  37 if ( new java.net.URL (this.jvlite.getCodeBase () + this.modelSet[i]).openConnection () != null) {\r
  38 this.modelSet[i] = this.jvlite.getCodeBase () + this.modelSet[i];\r
  39 continue;\r
  40 }} catch (x) {\r
  41 if (Clazz.exceptionOf (x, Exception)) {\r
  42 } else {\r
  43 throw x;\r
  44 }\r
  45 }\r
  46 ;}\r
  47 }}, "jalview.bin.JalviewLite,~S,~A");\r
  48 Clazz.overrideMethod (c$, "getPdbFile", \r
  49 function () {\r
  50 return this.modelSet;\r
  51 });\r
  52 Clazz.defineMethod (c$, "mouseOverStructure", \r
  53 function (atomIndex, strInfo) {\r
  54 }, "~N,~S");\r
  55 Clazz.overrideMethod (c$, "highlightAtoms", \r
  56 function (atoms) {\r
  57 for (var atom, $atom = atoms.iterator (); $atom.hasNext () && ((atom = $atom.next ()) || true);) {\r
  58 try {\r
  59 this.executeJavascriptFunction (this._listenerfn,  Clazz.newArray (-1, ["mouseover", "" + atom.getPdbFile (), "" + atom.getChain (), "" + (atom.getPdbResNum ()), "" + atom.getAtomIndex ()]));\r
  60 } catch (ex) {\r
  61 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
  62 System.err.println ("Couldn't execute callback with " + this._listenerfn + " for atomSpec: " + atom);\r
  63 ex.printStackTrace ();\r
  64 } else {\r
  65 throw ex;\r
  66 }\r
  67 }\r
  68 }\r
  69 }, "java.util.List");\r
  70 Clazz.overrideMethod (c$, "updateColours", \r
  71 function (srce) {\r
  72 var source = srce;\r
  73 var ssm = jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this.jvlite);\r
  74 if (Clazz.instanceOf (source, jalview.api.AlignmentViewPanel)) {\r
  75 var sequence =  new Array (this.modelSet.length);\r
  76 for (var m = 0; m < this.modelSet.length; m++) {\r
  77 var sm = ssm.getMapping (this.modelSet[m]);\r
  78 if (sm != null && sm.length > 0) {\r
  79 sequence[m] =  new Array (sm.length);\r
  80 for (var i = 0; i < sm.length; i++) {\r
  81 sequence[m][i] = sm[i].getSequence ();\r
  82 }\r
  83 } else {\r
  84 sequence[m] =  new Array (0);\r
  85 }}\r
  86 var sr = (source).getSequenceRenderer ();\r
  87 var fr = (source).av.isShowSequenceFeatures () ?  new jalview.appletgui.FeatureRenderer ((source).av) : null;\r
  88 if (fr != null) {\r
  89 (fr).transferSettings ((source).getFeatureRenderer ());\r
  90 };var ccomands =  new java.util.ArrayList ();\r
  91 var pdbfn =  new java.util.ArrayList ();\r
  92 var colcommands = jalview.ext.jmol.JmolCommands.getColourBySequenceCommand (ssm, this.modelSet, sequence, sr, fr, (source).getAlignment ());\r
  93 if (colcommands == null) {\r
  94 return;\r
  95 }var sz = 0;\r
  96 for (var ccset, $ccset = 0, $$ccset = colcommands; $ccset < $$ccset.length && ((ccset = $$ccset[$ccset]) || true); $ccset++) {\r
  97 sz += ccset.commands.length;\r
  98 ccomands.add (ccset.commands);\r
  99 pdbfn.add (ccset.mapping);\r
 100 }\r
 101 var mclass;\r
 102 var mhandle;\r
 103 var ccomandset =  new Array (sz);\r
 104 sz = 0;\r
 105 for (var ccset, $ccset = ccomands.iterator (); $ccset.hasNext () && ((ccset = $ccset.next ()) || true);) {\r
 106 System.arraycopy (ccset, 0, ccomandset, sz, ccset.length);\r
 107 sz += ccset.length;\r
 108 }\r
 109 if (this.jvlite.isJsMessageSetChanged (mclass = "colourstruct", mhandle = (source).av.getViewId (), ccomandset)) {\r
 110 this.jvlite.setJsMessageSet (mclass, mhandle, ccomandset);\r
 111 var st =  Clazz.newArray (-1, ["colourstruct", "" + (source).av.getViewId (), "" + ccomandset.length, this.jvlite.arrayToSeparatorList (pdbfn.toArray ( new Array (pdbfn.size ())))]);\r
 112 try {\r
 113 this.executeJavascriptFunction (true, this._listenerfn, st);\r
 114 } catch (ex) {\r
 115 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 116 System.err.println ("Couldn't execute callback with " + this._listenerfn + " using args { " + st[0] + ", " + st[1] + ", " + st[2] + "," + st[3] + "}");\r
 117 ex.printStackTrace ();\r
 118 } else {\r
 119 throw ex;\r
 120 }\r
 121 }\r
 122 }}}, "~O");\r
 123 Clazz.overrideMethod (c$, "getAlignFrame", \r
 124 function () {\r
 125 return null;\r
 126 });\r
 127 Clazz.overrideMethod (c$, "getListenerFunction", \r
 128 function () {\r
 129 return this._listenerfn;\r
 130 });\r
 131 Clazz.defineMethod (c$, "finalise", \r
 132 function () {\r
 133 this.jvlite = null;\r
 134 Clazz.superCall (this, jalview.javascript.MouseOverStructureListener, "finalize", []);\r
 135 });\r
 136 Clazz.overrideMethod (c$, "releaseReferences", \r
 137 function (svl) {\r
 138 }, "~O");\r
 139 Clazz.overrideMethod (c$, "isListeningFor", \r
 140 function (seq) {\r
 141 return true;\r
 142 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 143 });\r