bin/jalview/math/Matrix.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.math");
   2 Clazz.load (null, "jalview.math.Matrix", ["jalview.util.Format", "$.MessageManager", "java.lang.Exception"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.value = null;
   5 this.rows = 0;
   6 this.cols = 0;
   7 this.d = null;
   8 this.e = null;
   9 this.maxIter = 45;
  10 Clazz.instantialize (this, arguments);
  11 }, jalview.math, "Matrix");
  12 Clazz.makeConstructor (c$,
  13 function (value, rows, cols) {
  14 this.rows = rows;
  15 this.cols = cols;
  16 this.value = value;
  17 }, "~A,~N,~N");
  18 Clazz.defineMethod (c$, "transpose",
  19 function () {
  20 var out =  Clazz.newDoubleArray (this.cols, this.rows, 0);
  21 for (var i = 0; i < this.cols; i++) {
  22 for (var j = 0; j < this.rows; j++) {
  23 out[i][j] = this.value[j][i];
  24 }
  25 }
  26 return  new jalview.math.Matrix (out, this.cols, this.rows);
  27 });
  28 Clazz.defineMethod (c$, "print",
  29 function (ps) {
  30 for (var i = 0; i < this.rows; i++) {
  31 for (var j = 0; j < this.cols; j++) {
  32 jalview.util.Format.printDouble (ps, "%8.2f", this.value[i][j]);
  33 }
  34 ps.println ();
  35 }
  36 }, "java.io.PrintStream");
  37 Clazz.defineMethod (c$, "preMultiply",
  38 function ($in) {
  39 var tmp =  Clazz.newDoubleArray ($in.rows, this.cols, 0);
  40 for (var i = 0; i < $in.rows; i++) {
  41 for (var j = 0; j < this.cols; j++) {
  42 tmp[i][j] = 0.0;
  43 for (var k = 0; k < $in.cols; k++) {
  44 tmp[i][j] += ($in.value[i][k] * this.value[k][j]);
  45 }
  46 }
  47 }
  48 return  new jalview.math.Matrix (tmp, $in.rows, this.cols);
  49 }, "jalview.math.Matrix");
  50 Clazz.defineMethod (c$, "vectorPostMultiply",
  51 function ($in) {
  52 var out =  Clazz.newDoubleArray ($in.length, 0);
  53 for (var i = 0; i < $in.length; i++) {
  54 out[i] = 0.0;
  55 for (var k = 0; k < $in.length; k++) {
  56 out[i] += (this.value[i][k] * $in[k]);
  57 }
  58 }
  59 return out;
  60 }, "~A");
  61 Clazz.defineMethod (c$, "postMultiply",
  62 function ($in) {
  63 var out =  Clazz.newDoubleArray (this.rows, $in.cols, 0);
  64 for (var i = 0; i < this.rows; i++) {
  65 for (var j = 0; j < $in.cols; j++) {
  66 out[i][j] = 0.0;
  67 for (var k = 0; k < this.rows; k++) {
  68 out[i][j] = out[i][j] + (this.value[i][k] * $in.value[k][j]);
  69 }
  70 }
  71 }
  72 return  new jalview.math.Matrix (out, this.cols, $in.rows);
  73 }, "jalview.math.Matrix");
  74 Clazz.defineMethod (c$, "copy",
  75 function () {
  76 var newmat =  Clazz.newDoubleArray (this.rows, this.cols, 0);
  77 for (var i = 0; i < this.rows; i++) {
  78 for (var j = 0; j < this.cols; j++) {
  79 newmat[i][j] = this.value[i][j];
  80 }
  81 }
  82 return  new jalview.math.Matrix (newmat, this.rows, this.cols);
  83 });
  84 Clazz.defineMethod (c$, "tred",
  85 function () {
  86 var n = this.rows;
  87 var l;
  88 var k;
  89 var j;
  90 var i;
  91 var scale;
  92 var hh;
  93 var h;
  94 var g;
  95 var f;
  96 this.d =  Clazz.newDoubleArray (this.rows, 0);
  97 this.e =  Clazz.newDoubleArray (this.rows, 0);
  98 for (i = n; i >= 2; i--) {
  99 l = i - 1;
 100 h = 0.0;
 101 scale = 0.0;
 102 if (l > 1) {
 103 for (k = 1; k <= l; k++) {
 104 scale += Math.abs (this.value[i - 1][k - 1]);
 105 }
 106 if (scale == 0.0) {
 107 this.e[i - 1] = this.value[i - 1][l - 1];
 108 } else {
 109 for (k = 1; k <= l; k++) {
 110 this.value[i - 1][k - 1] /= scale;
 111 h += (this.value[i - 1][k - 1] * this.value[i - 1][k - 1]);
 112 }
 113 f = this.value[i - 1][l - 1];
 114 if (f > 0) {
 115 g = -1.0 * Math.sqrt (h);
 116 } else {
 117 g = Math.sqrt (h);
 118 }this.e[i - 1] = scale * g;
 119 h -= (f * g);
 120 this.value[i - 1][l - 1] = f - g;
 121 f = 0.0;
 122 for (j = 1; j <= l; j++) {
 123 this.value[j - 1][i - 1] = this.value[i - 1][j - 1] / h;
 124 g = 0.0;
 125 for (k = 1; k <= j; k++) {
 126 g += (this.value[j - 1][k - 1] * this.value[i - 1][k - 1]);
 127 }
 128 for (k = j + 1; k <= l; k++) {
 129 g += (this.value[k - 1][j - 1] * this.value[i - 1][k - 1]);
 130 }
 131 this.e[j - 1] = g / h;
 132 f += (this.e[j - 1] * this.value[i - 1][j - 1]);
 133 }
 134 hh = f / (h + h);
 135 for (j = 1; j <= l; j++) {
 136 f = this.value[i - 1][j - 1];
 137 g = this.e[j - 1] - (hh * f);
 138 this.e[j - 1] = g;
 139 for (k = 1; k <= j; k++) {
 140 this.value[j - 1][k - 1] -= ((f * this.e[k - 1]) + (g * this.value[i - 1][k - 1]));
 141 }
 142 }
 143 }} else {
 144 this.e[i - 1] = this.value[i - 1][l - 1];
 145 }this.d[i - 1] = h;
 146 }
 147 this.d[0] = 0.0;
 148 this.e[0] = 0.0;
 149 for (i = 1; i <= n; i++) {
 150 l = i - 1;
 151 if (this.d[i - 1] != 0.0) {
 152 for (j = 1; j <= l; j++) {
 153 g = 0.0;
 154 for (k = 1; k <= l; k++) {
 155 g += (this.value[i - 1][k - 1] * this.value[k - 1][j - 1]);
 156 }
 157 for (k = 1; k <= l; k++) {
 158 this.value[k - 1][j - 1] -= (g * this.value[k - 1][i - 1]);
 159 }
 160 }
 161 }this.d[i - 1] = this.value[i - 1][i - 1];
 162 this.value[i - 1][i - 1] = 1.0;
 163 for (j = 1; j <= l; j++) {
 164 this.value[j - 1][i - 1] = 0.0;
 165 this.value[i - 1][j - 1] = 0.0;
 166 }
 167 }
 168 });
 169 Clazz.defineMethod (c$, "tqli",
 170 function () {
 171 var n = this.rows;
 172 var m;
 173 var l;
 174 var iter;
 175 var i;
 176 var k;
 177 var s;
 178 var r;
 179 var p;
 180 ;var g;
 181 var f;
 182 var dd;
 183 var c;
 184 var b;
 185 for (i = 2; i <= n; i++) {
 186 this.e[i - 2] = this.e[i - 1];
 187 }
 188 this.e[n - 1] = 0.0;
 189 for (l = 1; l <= n; l++) {
 190 iter = 0;
 191 do {
 192 for (m = l; m <= (n - 1); m++) {
 193 dd = Math.abs (this.d[m - 1]) + Math.abs (this.d[m]);
 194 if ((Math.abs (this.e[m - 1]) + dd) == dd) {
 195 break;
 196 }}
 197 if (m != l) {
 198 iter++;
 199 if (iter == this.maxIter) {
 200 throw  new Exception (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("exception.matrix_too_many_iteration",  Clazz.newArray (-1, ["tqli", Integer.$valueOf (this.maxIter).toString ()])));
 201 } else {
 202 }g = (this.d[l] - this.d[l - 1]) / (2.0 * this.e[l - 1]);
 203 r = Math.sqrt ((g * g) + 1.0);
 204 g = this.d[m - 1] - this.d[l - 1] + (this.e[l - 1] / (g + this.sign (r, g)));
 205 c = 1.0;
 206 s = c;
 207 p = 0.0;
 208 for (i = m - 1; i >= l; i--) {
 209 f = s * this.e[i - 1];
 210 b = c * this.e[i - 1];
 211 if (Math.abs (f) >= Math.abs (g)) {
 212 c = g / f;
 213 r = Math.sqrt ((c * c) + 1.0);
 214 this.e[i] = f * r;
 215 s = 1.0 / r;
 216 c *= s;
 217 } else {
 218 s = f / g;
 219 r = Math.sqrt ((s * s) + 1.0);
 220 this.e[i] = g * r;
 221 c = 1.0 / r;
 222 s *= c;
 223 }g = this.d[i] - p;
 224 r = ((this.d[i - 1] - g) * s) + (2.0 * c * b);
 225 p = s * r;
 226 this.d[i] = g + p;
 227 g = (c * r) - b;
 228 for (k = 1; k <= n; k++) {
 229 f = this.value[k - 1][i];
 230 this.value[k - 1][i] = (s * this.value[k - 1][i - 1]) + (c * f);
 231 this.value[k - 1][i - 1] = (c * this.value[k - 1][i - 1]) - (s * f);
 232 }
 233 }
 234 this.d[l - 1] = this.d[l - 1] - p;
 235 this.e[l - 1] = g;
 236 this.e[m - 1] = 0.0;
 237 }} while (m != l);
 238 }
 239 });
 240 Clazz.defineMethod (c$, "tred2",
 241 function () {
 242 var n = this.rows;
 243 var l;
 244 var k;
 245 var j;
 246 var i;
 247 var scale;
 248 var hh;
 249 var h;
 250 var g;
 251 var f;
 252 this.d =  Clazz.newDoubleArray (this.rows, 0);
 253 this.e =  Clazz.newDoubleArray (this.rows, 0);
 254 for (i = n - 1; i >= 1; i--) {
 255 l = i - 1;
 256 h = 0.0;
 257 scale = 0.0;
 258 if (l > 0) {
 259 for (k = 0; k < l; k++) {
 260 scale += Math.abs (this.value[i][k]);
 261 }
 262 if (scale == 0.0) {
 263 this.e[i] = this.value[i][l];
 264 } else {
 265 for (k = 0; k < l; k++) {
 266 this.value[i][k] /= scale;
 267 h += (this.value[i][k] * this.value[i][k]);
 268 }
 269 f = this.value[i][l];
 270 if (f > 0) {
 271 g = -1.0 * Math.sqrt (h);
 272 } else {
 273 g = Math.sqrt (h);
 274 }this.e[i] = scale * g;
 275 h -= (f * g);
 276 this.value[i][l] = f - g;
 277 f = 0.0;
 278 for (j = 0; j < l; j++) {
 279 this.value[j][i] = this.value[i][j] / h;
 280 g = 0.0;
 281 for (k = 0; k < j; k++) {
 282 g += (this.value[j][k] * this.value[i][k]);
 283 }
 284 for (k = j; k < l; k++) {
 285 g += (this.value[k][j] * this.value[i][k]);
 286 }
 287 this.e[j] = g / h;
 288 f += (this.e[j] * this.value[i][j]);
 289 }
 290 hh = f / (h + h);
 291 for (j = 0; j < l; j++) {
 292 f = this.value[i][j];
 293 g = this.e[j] - (hh * f);
 294 this.e[j] = g;
 295 for (k = 0; k < j; k++) {
 296 this.value[j][k] -= ((f * this.e[k]) + (g * this.value[i][k]));
 297 }
 298 }
 299 }} else {
 300 this.e[i] = this.value[i][l];
 301 }this.d[i] = h;
 302 }
 303 this.d[0] = 0.0;
 304 this.e[0] = 0.0;
 305 for (i = 0; i < n; i++) {
 306 l = i - 1;
 307 if (this.d[i] != 0.0) {
 308 for (j = 0; j < l; j++) {
 309 g = 0.0;
 310 for (k = 0; k < l; k++) {
 311 g += (this.value[i][k] * this.value[k][j]);
 312 }
 313 for (k = 0; k < l; k++) {
 314 this.value[k][j] -= (g * this.value[k][i]);
 315 }
 316 }
 317 }this.d[i] = this.value[i][i];
 318 this.value[i][i] = 1.0;
 319 for (j = 0; j < l; j++) {
 320 this.value[j][i] = 0.0;
 321 this.value[i][j] = 0.0;
 322 }
 323 }
 324 });
 325 Clazz.defineMethod (c$, "tqli2",
 326 function () {
 327 var n = this.rows;
 328 var m;
 329 var l;
 330 var iter;
 331 var i;
 332 var k;
 333 var s;
 334 var r;
 335 var p;
 336 ;var g;
 337 var f;
 338 var dd;
 339 var c;
 340 var b;
 341 for (i = 2; i <= n; i++) {
 342 this.e[i - 2] = this.e[i - 1];
 343 }
 344 this.e[n - 1] = 0.0;
 345 for (l = 1; l <= n; l++) {
 346 iter = 0;
 347 do {
 348 for (m = l; m <= (n - 1); m++) {
 349 dd = Math.abs (this.d[m - 1]) + Math.abs (this.d[m]);
 350 if ((Math.abs (this.e[m - 1]) + dd) == dd) {
 351 break;
 352 }}
 353 if (m != l) {
 354 iter++;
 355 if (iter == this.maxIter) {
 356 throw  new Exception (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("exception.matrix_too_many_iteration",  Clazz.newArray (-1, ["tqli2", Integer.$valueOf (this.maxIter).toString ()])));
 357 } else {
 358 }g = (this.d[l] - this.d[l - 1]) / (2.0 * this.e[l - 1]);
 359 r = Math.sqrt ((g * g) + 1.0);
 360 g = this.d[m - 1] - this.d[l - 1] + (this.e[l - 1] / (g + this.sign (r, g)));
 361 c = 1.0;
 362 s = c;
 363 p = 0.0;
 364 for (i = m - 1; i >= l; i--) {
 365 f = s * this.e[i - 1];
 366 b = c * this.e[i - 1];
 367 if (Math.abs (f) >= Math.abs (g)) {
 368 c = g / f;
 369 r = Math.sqrt ((c * c) + 1.0);
 370 this.e[i] = f * r;
 371 s = 1.0 / r;
 372 c *= s;
 373 } else {
 374 s = f / g;
 375 r = Math.sqrt ((s * s) + 1.0);
 376 this.e[i] = g * r;
 377 c = 1.0 / r;
 378 s *= c;
 379 }g = this.d[i] - p;
 380 r = ((this.d[i - 1] - g) * s) + (2.0 * c * b);
 381 p = s * r;
 382 this.d[i] = g + p;
 383 g = (c * r) - b;
 384 for (k = 1; k <= n; k++) {
 385 f = this.value[k - 1][i];
 386 this.value[k - 1][i] = (s * this.value[k - 1][i - 1]) + (c * f);
 387 this.value[k - 1][i - 1] = (c * this.value[k - 1][i - 1]) - (s * f);
 388 }
 389 }
 390 this.d[l - 1] = this.d[l - 1] - p;
 391 this.e[l - 1] = g;
 392 this.e[m - 1] = 0.0;
 393 }} while (m != l);
 394 }
 395 });
 396 Clazz.defineMethod (c$, "sign",
 397 function (a, b) {
 398 if (b < 0) {
 399 return -Math.abs (a);
 400 } else {
 401 return Math.abs (a);
 402 }}, "~N,~N");
 403 Clazz.defineMethod (c$, "getColumn",
 404 function (n) {
 405 var out =  Clazz.newDoubleArray (this.rows, 0);
 406 for (var i = 0; i < this.rows; i++) {
 407 out[i] = this.value[i][n];
 408 }
 409 return out;
 410 }, "~N");
 411 Clazz.defineMethod (c$, "printD",
 412 function (ps) {
 413 for (var j = 0; j < this.rows; j++) {
 414 jalview.util.Format.printDouble (ps, "%15.4e", this.d[j]);
 415 }
 416 }, "java.io.PrintStream");
 417 Clazz.defineMethod (c$, "printE",
 418 function (ps) {
 419 for (var j = 0; j < this.rows; j++) {
 420 jalview.util.Format.printDouble (ps, "%15.4e", this.e[j]);
 421 }
 422 }, "java.io.PrintStream");
 423 });