bin/jalview/renderer/AnnotationRenderer.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.renderer");
   2 Clazz.load (["jalview.util.Platform", "java.awt.Color"], "jalview.renderer.AnnotationRenderer", ["jalview.analysis.AAFrequency", "$.CodingUtils", "$.StructureFrequency", "jalview.jsdev.RegExp", "jalview.schemes.NucleotideColourScheme", "$.ResidueProperties", "$.ZappoColourScheme", "java.awt.BasicStroke", "java.awt.geom.AffineTransform", "java.util.BitSet"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.debugRedraw = false;
   5 this.charWidth = 0;
   6 this.endRes = 0;
   7 this.charHeight = 0;
   8 this.validCharWidth = false;
   9 this.hasHiddenColumns = false;
  10 this.fm = null;
  11 this.MAC = false;
  12 this.av_renderHistogram = true;
  13 this.av_renderProfile = true;
  14 this.av_normaliseProfile = false;
  15 this.profcolour = null;
  16 this.columnSelection = null;
  17 this.hconsensus = null;
  18 this.complementConsensus = null;
  19 this.hStrucConsensus = null;
  20 this.av_ignoreGapsConsensus = false;
  21 this.fadedImage = null;
  22 this.annotationPanel = null;
  23 this.imgWidth = 0;
  24 this.sOffset = 0;
  25 this.visHeight = 0;
  26 this.useClip = true;
  27 this.canClip = false;
  28 this.rna = false;
  29 this.sdNOTCANONICAL_COLOUR = null;
  30 Clazz.instantialize (this, arguments);
  31 }, jalview.renderer, "AnnotationRenderer");
  32 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  33 this.MAC = jalview.util.Platform.isAMac ();
  34 });
  35 Clazz.makeConstructor (c$,
  36 function () {
  37 this.construct (false);
  38 });
  39 Clazz.makeConstructor (c$,
  40 function (debugRedraw) {
  41 this.debugRedraw = debugRedraw;
  42 }, "~B");
  43 Clazz.defineMethod (c$, "drawStemAnnot",
  44 function (g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd) {
  45 g.setColor (jalview.renderer.AnnotationRenderer.STEM_COLOUR);
  46 var sCol = (Clazz.doubleToInt (lastSSX / this.charWidth)) + startRes;
  47 var x1 = lastSSX;
  48 var x2 = (x * this.charWidth);
  49 var closeparen = jalview.jsdev.RegExp.newRegex (["(\\))"]);
  50 var dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' ' : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
  51 var diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
  52 var diffdownstream = !validRes || !validEnd || row_annotations[column] == null || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
  53 if (column > 0 && jalview.schemes.ResidueProperties.isCloseParenRNA (dc)) {
  54 if (diffupstream) {
  55 g.fillPolygon ( Clazz.newIntArray (-1, [lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX]),  Clazz.newIntArray (-1, [y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset]), 3);
  56 x1 += 5;
  57 }if (diffdownstream) {
  58 x2 -= 1;
  59 }} else {
  60 if (diffdownstream) {
  61 g.fillPolygon ( Clazz.newIntArray (-1, [x2 - 5, x2 - 5, x2]),  Clazz.newIntArray (-1, [y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset]), 3);
  62 x2 -= 5;
  63 }if (diffupstream) {
  64 x1 += 1;
  65 }}g.fillRect (x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
  66 }, "java.awt.Graphics,~A,~N,~N,~N,~N,~N,~N,~B,~B");
  67 Clazz.defineMethod (c$, "drawNotCanonicalAnnot",
  68 function (g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd) {
  69 g.setColor (nonCanColor);
  70 var sCol = (Clazz.doubleToInt (lastSSX / this.charWidth)) + startRes;
  71 var x1 = lastSSX;
  72 var x2 = (x * this.charWidth);
  73 var closeparen = jalview.jsdev.RegExp.newRegex (["}|]|<|[a-z]"]);
  74 var dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? "" : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
  75 var diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null || !dc.equals (row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
  76 var diffdownstream = !validRes || !validEnd || row_annotations[column] == null || !dc.equals (row_annotations[column].displayCharacter);
  77 if (column > 0 && closeparen.search (dc)) {
  78 if (diffupstream) {
  79 g.fillPolygon ( Clazz.newIntArray (-1, [lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX]),  Clazz.newIntArray (-1, [y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset]), 3);
  80 x1 += 5;
  81 }if (diffdownstream) {
  82 x2 -= 1;
  83 }} else {
  84 if (diffdownstream) {
  85 g.fillPolygon ( Clazz.newIntArray (-1, [x2 - 5, x2 - 5, x2]),  Clazz.newIntArray (-1, [y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset]), 3);
  86 x2 -= 5;
  87 }if (diffupstream) {
  88 x1 += 1;
  89 }}g.fillRect (x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
  90 }, "java.awt.Graphics,java.awt.Color,~A,~N,~N,~N,~N,~N,~N,~B,~B");
  91 Clazz.defineMethod (c$, "updateFromAwtRenderPanel",
  92 function (annotPanel, av) {
  93 this.fm = annotPanel.getFontMetrics ();
  94 this.annotationPanel = annotPanel;
  95 this.fadedImage = annotPanel.getFadedImage ();
  96 this.imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth ();
  97 var bounds = annotPanel.getVisibleVRange ();
  98 if (bounds != null) {
  99 this.sOffset = bounds[0];
 100 this.visHeight = bounds[1];
 101 if (this.visHeight == 0) {
 102 this.useClip = false;
 103 } else {
 104 this.useClip = this.canClip;
 105 }} else {
 106 this.useClip = false;
 107 }this.updateFromAlignViewport (av);
 108 }, "jalview.renderer.AwtRenderPanelI,jalview.api.AlignViewportI");
 109 Clazz.defineMethod (c$, "updateFromAlignViewport",
 110 function (av) {
 111 this.charWidth = av.getCharWidth ();
 112 this.endRes = av.getEndRes ();
 113 this.charHeight = av.getCharHeight ();
 114 this.hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns ();
 115 this.validCharWidth = av.isValidCharWidth ();
 116 this.av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram ();
 117 this.av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo ();
 118 this.av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo ();
 119 this.profcolour = av.getGlobalColourScheme ();
 120 if (this.profcolour == null) {
 121 this.profcolour = av.getAlignment ().isNucleotide () ?  new jalview.schemes.NucleotideColourScheme () :  new jalview.schemes.ZappoColourScheme ();
 122 }this.columnSelection = av.getColumnSelection ();
 123 this.hconsensus = av.getSequenceConsensusHash ();
 124 this.complementConsensus = av.getComplementConsensusHash ();
 125 this.hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash ();
 126 this.av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus ();
 127 }, "jalview.api.AlignViewportI");
 128 Clazz.defineMethod (c$, "getProfileFor",
 129 function (aa, column) {
 130 if (aa.autoCalculated && (aa.label.startsWith ("Consensus") || aa.label.startsWith ("cDNA Consensus"))) {
 131 var forComplement = aa.label.startsWith ("cDNA Consensus");
 132 if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null && aa.groupRef.isShowSequenceLogo ()) {
 133 return jalview.analysis.AAFrequency.extractProfile (aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus ());
 134 }if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null) {
 135 if (forComplement) {
 136 return jalview.analysis.AAFrequency.extractCdnaProfile (this.complementConsensus[column], this.av_ignoreGapsConsensus);
 137 } else {
 138 return jalview.analysis.AAFrequency.extractProfile (this.hconsensus[column], this.av_ignoreGapsConsensus);
 139 }}} else {
 140 if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith ("StrucConsensus")) {
 141 if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null && this.hStrucConsensus != null && this.hStrucConsensus.length > column) {
 142 return jalview.analysis.StructureFrequency.extractProfile (this.hStrucConsensus[column], this.av_ignoreGapsConsensus);
 143 }}}return null;
 144 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~N");
 145 Clazz.defineMethod (c$, "drawComponent",
 146 function (annotPanel, av, g, activeRow, startRes, endRes) {
 147 var stime = System.currentTimeMillis ();
 148 var usedFaded = false;
 149 this.updateFromAwtRenderPanel (annotPanel, av);
 150 this.fm = g.getFontMetrics ();
 151 var aa = av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();
 152 var temp = 0;
 153 if (aa == null) {
 154 return false;
 155 }var x = 0;
 156 var y = 0;
 157 var column = 0;
 158 var lastSS;
 159 var lastSSX;
 160 var iconOffset = 0;
 161 var validRes = false;
 162 var validEnd = false;
 163 var labelAllCols = false;
 164 var centreColLabels;
 165 var centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels ();
 166 var scaleColLabel = false;
 167 var consensusAnnot = av.getAlignmentConsensusAnnotation ();
 168 var structConsensusAnnot = av.getAlignmentStrucConsensusAnnotation ();
 169 var complementConsensusAnnot = av.getComplementConsensusAnnotation ();
 170 var renderHistogram = true;
 171 var renderProfile = true;
 172 var normaliseProfile = false;
 173 var isRNA = this.rna;
 174 var graphGroupDrawn =  new java.util.BitSet ();
 175 var charOffset = 0;
 176 var fmWidth;
 177 var fmScaling = 1;
 178 var ofont = g.getFont ();
 179 var yfrom = 0;
 180 var f_i = 0;
 181 var yto = 0;
 182 var f_to = 0;
 183 var clipst = false;
 184 var clipend = false;
 185 for (var i = 0; i < aa.length; i++) {
 186 var row = aa[i];
 187 isRNA = row.isRNA ();
 188 {
 189 if (row.groupRef != null && row === row.groupRef.getConsensus ()) {
 190 renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram ();
 191 renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo ();
 192 normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo ();
 193 } else if (row === consensusAnnot || row === structConsensusAnnot || row === complementConsensusAnnot) {
 194 renderHistogram = this.av_renderHistogram;
 195 renderProfile = this.av_renderProfile;
 196 normaliseProfile = this.av_normaliseProfile;
 197 } else {
 198 renderHistogram = true;
 199 }}var row_annotations = row.annotations;
 200 if (!row.visible) {
 201 continue;
 202 }centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 203 labelAllCols = row.showAllColLabels;
 204 scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 205 lastSS = ' ';
 206 lastSSX = 0;
 207 if (!this.useClip || ((y - this.charHeight) < this.visHeight && (y + row.height + this.charHeight * 2) >= this.sOffset)) {
 208 if (!clipst) {
 209 clipst = true;
 210 yfrom = y;
 211 f_i = i;
 212 }yto = y;
 213 f_to = i;
 214 if (row.graph > 0) {
 215 if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get (row.graphGroup)) {
 216 continue;
 217 }y += row.height;
 218 if (row.hasText) {
 219 iconOffset = this.charHeight - this.fm.getDescent ();
 220 y -= this.charHeight;
 221 }} else if (row.hasText) {
 222 iconOffset = this.charHeight - this.fm.getDescent ();
 223 } else {
 224 iconOffset = 0;
 225 }if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress (row)) {
 226 y += this.charHeight;
 227 usedFaded = true;
 228 g.drawImage (this.fadedImage, 0, y - row.height, this.imgWidth, y, 0, y - row.height, this.imgWidth, y, this.annotationPanel);
 229 g.setColor (java.awt.Color.black);
 230 continue;
 231 }x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 232 while (x < endRes - startRes) {
 233 if (this.hasHiddenColumns) {
 234 column = this.columnSelection.adjustForHiddenColumns (startRes + x);
 235 if (column > row_annotations.length - 1) {
 236 break;
 237 }} else {
 238 column = startRes + x;
 239 }if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column) || (row_annotations[column] == null)) {
 240 validRes = false;
 241 } else {
 242 validRes = true;
 243 }var displayChar = validRes ? row_annotations[column].displayCharacter : null;
 244 if (x > -1) {
 245 if (activeRow == i) {
 246 g.setColor (java.awt.Color.red);
 247 if (this.columnSelection != null) {
 248 for (var n = 0; n < this.columnSelection.size (); n++) {
 249 var v = this.columnSelection.columnAt (n);
 250 if (v == column) {
 251 g.fillRect (x * this.charWidth, y, this.charWidth, this.charHeight);
 252 }}
 253 }}if (row.getInvalidStrucPos () > x) {
 254 g.setColor (java.awt.Color.orange);
 255 g.fillRect (x * this.charWidth, y, this.charWidth, this.charHeight);
 256 } else if (row.getInvalidStrucPos () == x) {
 257 g.setColor (java.awt.Color.orange.darker ());
 258 g.fillRect (x * this.charWidth, y, this.charWidth, this.charHeight);
 259 }if (this.validCharWidth && validRes && displayChar != null && (displayChar.length > 0)) {
 260 fmWidth = this.fm.charsWidth (displayChar.toCharArray (), 0, displayChar.length);
 261 if (scaleColLabel) {
 262 if (fmWidth > this.charWidth) {
 263 fmScaling = this.charWidth;
 264 fmScaling /= fmWidth;
 265 g.setFont (ofont.deriveFont (java.awt.geom.AffineTransform.getScaleInstance (fmScaling, 1.0)));
 266 fmWidth = this.charWidth;
 267 }}charOffset = Clazz.floatToInt ((this.charWidth - fmWidth) / 2);
 268 if (row_annotations[column].colour == null) {
 269 g.setColor (java.awt.Color.black);
 270 } else {
 271 g.setColor (row_annotations[column].colour);
 272 }if (column == 0 || row.graph > 0) {
 273 g.drawString (displayChar, (x * this.charWidth) + charOffset, y + iconOffset);
 274 } else if (row_annotations[column - 1] == null || (labelAllCols || !displayChar.equals (row_annotations[column - 1].displayCharacter) || (displayChar.length < 2 && row_annotations[column].secondaryStructure == ' '))) {
 275 g.drawString (displayChar, x * this.charWidth + charOffset, y + iconOffset);
 276 }g.setFont (ofont);
 277 }}if (row.hasIcons) {
 278 var ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure : '-';
 279 if (ss == '(') {
 280 if (displayChar.indexOf (')') > -1) {
 281 ss = ')';
 282 }}if (ss == '[') {
 283 if ((displayChar.indexOf (']') > -1)) {
 284 ss = ']';
 285 }}if (ss == '{') {
 286 if (displayChar.indexOf ('}') > -1) {
 287 ss = '}';
 288 }}if (ss == '<') {
 289 if (displayChar.indexOf ('<') > -1) {
 290 ss = '>';
 291 }}if (ss.charCodeAt (0) >= 65) {
 292 if (displayChar.indexOf (ss.charCodeAt (0) + 32) > -1) {
 293 ss = String.fromCharCode (ss.charCodeAt (0) + 32);
 294 }}if (!validRes || (ss != lastSS)) {
 295 if (x > -1) {
 296 var nb_annot = x - temp;
 297 switch (lastSS) {
 298 case '(':
 299 case ')':
 300 this.drawStemAnnot (g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 301 temp = x;
 302 break;
 303 case 'H':
 304 if (!isRNA) {
 305 this.drawHelixAnnot (g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 306 break;
 307 }case 'E':
 308 if (!isRNA) {
 309 this.drawSheetAnnot (g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 310 break;
 311 }case '{':
 312 case '}':
 313 case '[':
 314 case ']':
 315 case '>':
 316 case '<':
 317 case 'A':
 318 case 'a':
 319 case 'B':
 320 case 'b':
 321 case 'C':
 322 case 'c':
 323 case 'D':
 324 case 'd':
 325 case 'e':
 326 case 'F':
 327 case 'f':
 328 case 'G':
 329 case 'g':
 330 case 'h':
 331 case 'I':
 332 case 'i':
 333 case 'J':
 334 case 'j':
 335 case 'K':
 336 case 'k':
 337 case 'L':
 338 case 'l':
 339 case 'M':
 340 case 'm':
 341 case 'N':
 342 case 'n':
 343 case 'O':
 344 case 'o':
 345 case 'P':
 346 case 'p':
 347 case 'Q':
 348 case 'q':
 349 case 'R':
 350 case 'r':
 351 case 'S':
 352 case 's':
 353 case 'T':
 354 case 't':
 355 case 'U':
 356 case 'u':
 357 case 'V':
 358 case 'v':
 359 case 'W':
 360 case 'w':
 361 case 'X':
 362 case 'x':
 363 case 'Y':
 364 case 'y':
 365 case 'Z':
 366 case 'z':
 367 var nonCanColor = this.getNotCanonicalColor (lastSS);
 368 this.drawNotCanonicalAnnot (g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 369 temp = x;
 370 break;
 371 default:
 372 g.setColor (java.awt.Color.gray);
 373 g.fillRect (lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * this.charWidth) - lastSSX, 2);
 374 temp = x;
 375 break;
 376 }
 377 }if (validRes) {
 378 lastSS = ss;
 379 } else {
 380 lastSS = ' ';
 381 }if (x > -1) {
 382 lastSSX = (x * this.charWidth);
 383 }}}column++;
 384 x++;
 385 }
 386 if (column >= row_annotations.length) {
 387 column = row_annotations.length - 1;
 388 validEnd = false;
 389 } else {
 390 validEnd = true;
 391 }if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column) || (row_annotations[column] == null)) {
 392 validRes = false;
 393 } else {
 394 validRes = true;
 395 }if (row.hasIcons) {
 396 switch (lastSS) {
 397 case 'H':
 398 if (!isRNA) {
 399 this.drawHelixAnnot (g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 400 break;
 401 }case 'E':
 402 if (!isRNA) {
 403 this.drawSheetAnnot (g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 404 break;
 405 }case '(':
 406 case ')':
 407 this.drawStemAnnot (g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 408 break;
 409 case '{':
 410 case '}':
 411 case '[':
 412 case ']':
 413 case '>':
 414 case '<':
 415 case 'A':
 416 case 'a':
 417 case 'B':
 418 case 'b':
 419 case 'C':
 420 case 'c':
 421 case 'D':
 422 case 'd':
 423 case 'e':
 424 case 'F':
 425 case 'f':
 426 case 'G':
 427 case 'g':
 428 case 'h':
 429 case 'I':
 430 case 'i':
 431 case 'J':
 432 case 'j':
 433 case 'K':
 434 case 'k':
 435 case 'L':
 436 case 'l':
 437 case 'M':
 438 case 'm':
 439 case 'N':
 440 case 'n':
 441 case 'O':
 442 case 'o':
 443 case 'P':
 444 case 'p':
 445 case 'Q':
 446 case 'q':
 447 case 'R':
 448 case 'r':
 449 case 'T':
 450 case 't':
 451 case 'U':
 452 case 'u':
 453 case 'V':
 454 case 'v':
 455 case 'W':
 456 case 'w':
 457 case 'X':
 458 case 'x':
 459 case 'Y':
 460 case 'y':
 461 case 'Z':
 462 case 'z':
 463 var nonCanColor = this.getNotCanonicalColor (lastSS);
 464 this.drawNotCanonicalAnnot (g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 465 break;
 466 default:
 467 this.drawGlyphLine (g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 468 break;
 469 }
 470 }if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0) {
 471 if (row.graph == 2) {
 472 if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get (row.graphGroup)) {
 473 var groupmax = -999999;
 474 var groupmin = 9999999;
 475 for (var gg = 0; gg < aa.length; gg++) {
 476 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup) {
 477 continue;
 478 }if (aa[gg] !== row) {
 479 aa[gg].visible = false;
 480 }if (aa[gg].graphMax > groupmax) {
 481 groupmax = aa[gg].graphMax;
 482 }if (aa[gg].graphMin < groupmin) {
 483 groupmin = aa[gg].graphMin;
 484 }}
 485 for (var gg = 0; gg < aa.length; gg++) {
 486 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup) {
 487 this.drawLineGraph (g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes, endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
 488 }}
 489 graphGroupDrawn.set (row.graphGroup);
 490 } else {
 491 this.drawLineGraph (g, row, row_annotations, startRes, endRes, y, row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
 492 }} else if (row.graph == 1) {
 493 this.drawBarGraph (g, row, row_annotations, startRes, endRes, row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram, renderProfile, normaliseProfile);
 494 }}} else {
 495 if (clipst && !clipend) {
 496 clipend = true;
 497 }}if (row.graph > 0 && row.hasText) {
 498 y += this.charHeight;
 499 }if (row.graph == 0) {
 500 y += aa[i].height;
 501 }}
 502 if (this.debugRedraw) {
 503 if (this.canClip) {
 504 if (clipst) {
 505 System.err.println ("Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i + ")");
 506 }if (clipend) {
 507 System.err.println ("End clip at : " + yto + " (index " + f_to + ")");
 508 }};System.err.println ("Annotation Rendering time:" + (System.currentTimeMillis () - stime));
 509 };return !usedFaded;
 510 }, "jalview.renderer.AwtRenderPanelI,jalview.api.AlignViewportI,java.awt.Graphics,~N,~N,~N");
 511 Clazz.defineMethod (c$, "drawGlyphLine",
 512 function (g, row, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd) {
 513 g.setColor (jalview.renderer.AnnotationRenderer.GLYPHLINE_COLOR);
 514 g.fillRect (lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * this.charWidth) - lastSSX, 2);
 515 }, "java.awt.Graphics,~A,~N,~N,~N,~N,~N,~N,~B,~B");
 516 Clazz.defineMethod (c$, "drawSheetAnnot",
 517 function (g, row, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd) {
 518 g.setColor (jalview.renderer.AnnotationRenderer.SHEET_COLOUR);
 519 if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null || row[column].secondaryStructure != 'E') {
 520 g.fillRect (lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x * this.charWidth) - lastSSX - 4, 7);
 521 g.fillPolygon ( Clazz.newIntArray (-1, [(x * this.charWidth) - 4, (x * this.charWidth) - 4, (x * this.charWidth)]),  Clazz.newIntArray (-1, [y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset]), 3);
 522 } else {
 523 g.fillRect (lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x + 1) * this.charWidth - lastSSX, 7);
 524 }}, "java.awt.Graphics,~A,~N,~N,~N,~N,~N,~N,~B,~B");
 525 Clazz.defineMethod (c$, "drawHelixAnnot",
 526 function (g, row, lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd) {
 527 g.setColor (jalview.renderer.AnnotationRenderer.HELIX_COLOUR);
 528 var sCol = (Clazz.doubleToInt (lastSSX / this.charWidth)) + startRes;
 529 var x1 = lastSSX;
 530 var x2 = (x * this.charWidth);
 531 if (this.MAC) {
 532 var ofs = Clazz.doubleToInt (this.charWidth / 2);
 533 g.fillRoundRect (lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
 534 if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H') {
 535 } else {
 536 g.fillRoundRect (lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8, 0, 0);
 537 }if (!validRes || row[column] == null || row[column].secondaryStructure != 'H') {
 538 } else {
 539 g.fillRoundRect (lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8, 0, 0);
 540 }return;
 541 }if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H') {
 542 g.fillArc (lastSSX, y + 4 + iconOffset, this.charWidth, 8, 90, 180);
 543 x1 += Clazz.doubleToInt (this.charWidth / 2);
 544 }if (!validRes || row[column] == null || row[column].secondaryStructure != 'H') {
 545 g.fillArc ((x * this.charWidth) - this.charWidth, y + 4 + iconOffset, this.charWidth, 8, 270, 180);
 546 x2 -= Clazz.doubleToInt (this.charWidth / 2);
 547 }g.fillRect (x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
 548 }, "java.awt.Graphics,~A,~N,~N,~N,~N,~N,~N,~B,~B");
 549 Clazz.defineMethod (c$, "drawLineGraph",
 550 function (g, _aa, aa_annotations, sRes, eRes, y, min, max, graphHeight) {
 551 if (sRes > aa_annotations.length) {
 552 return;
 553 }var x = 0;
 554 if (eRes < this.endRes) {
 555 eRes++;
 556 }eRes = Math.min (eRes, aa_annotations.length);
 557 if (sRes == 0) {
 558 x++;
 559 }var y1 = y;
 560 var y2 = y;
 561 var range = max - min;
 562 if (min < 0) {
 563 y2 = y - Clazz.floatToInt ((0 - min / range) * graphHeight);
 564 }g.setColor (java.awt.Color.gray);
 565 g.drawLine (x - this.charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * this.charWidth, y2);
 566 eRes = Math.min (eRes, aa_annotations.length);
 567 var column;
 568 var aaMax = aa_annotations.length - 1;
 569 while (x < eRes - sRes) {
 570 column = sRes + x;
 571 if (this.hasHiddenColumns) {
 572 column = this.columnSelection.adjustForHiddenColumns (column);
 573 }if (column > aaMax) {
 574 break;
 575 }if (aa_annotations[column] == null || aa_annotations[column - 1] == null) {
 576 x++;
 577 continue;
 578 }if (aa_annotations[column].colour == null) {
 579 g.setColor (java.awt.Color.black);
 580 } else {
 581 g.setColor (aa_annotations[column].colour);
 582 }y1 = y - Clazz.floatToInt (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range) * graphHeight);
 583 y2 = y - Clazz.floatToInt (((aa_annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);
 584 g.drawLine (x * this.charWidth - Clazz.doubleToInt (this.charWidth / 2), y1, x * this.charWidth + Clazz.doubleToInt (this.charWidth / 2), y2);
 585 x++;
 586 }
 587 if (_aa.threshold != null) {
 588 g.setColor (_aa.threshold.colour);
 589 var g2 = g;
 590 g2.setStroke ( new java.awt.BasicStroke (1, 2, 1, 3,  Clazz.newFloatArray (-1, [5, 3]), 0));
 591 y2 = Clazz.floatToInt (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
 592 g.drawLine (0, y2, (eRes - sRes) * this.charWidth, y2);
 593 g2.setStroke ( new java.awt.BasicStroke ());
 594 }}, "java.awt.Graphics,jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~A,~N,~N,~N,~N,~N,~N");
 595 Clazz.defineMethod (c$, "drawBarGraph",
 596 function (g, _aa, aa_annotations, sRes, eRes, min, max, y, renderHistogram, renderProfile, normaliseProfile) {
 597 if (sRes > aa_annotations.length) {
 598 return;
 599 }var ofont = g.getFont ();
 600 eRes = Math.min (eRes, aa_annotations.length);
 601 var x = 0;
 602 var y1 = y;
 603 var y2 = y;
 604 var range = max - min;
 605 if (min < 0) {
 606 y2 = y - Clazz.floatToInt ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
 607 }g.setColor (java.awt.Color.gray);
 608 g.drawLine (x, y2, (eRes - sRes) * this.charWidth, y2);
 609 var column;
 610 var aaMax = aa_annotations.length - 1;
 611 while (x < eRes - sRes) {
 612 column = sRes + x;
 613 if (this.hasHiddenColumns) {
 614 column = this.columnSelection.adjustForHiddenColumns (column);
 615 }if (column > aaMax) {
 616 break;
 617 }if (aa_annotations[column] == null) {
 618 x++;
 619 continue;
 620 }if (aa_annotations[column].colour == null) {
 621 g.setColor (java.awt.Color.black);
 622 } else {
 623 g.setColor (aa_annotations[column].colour);
 624 }y1 = y - Clazz.floatToInt (((aa_annotations[column].value - min) / (range)) * _aa.graphHeight);
 625 if (renderHistogram) {
 626 if (y1 - y2 > 0) {
 627 g.fillRect (x * this.charWidth, y2, this.charWidth, y1 - y2);
 628 } else {
 629 g.fillRect (x * this.charWidth, y1, this.charWidth, y2 - y1);
 630 }}if (renderProfile) {
 631 var profl = this.getProfileFor (_aa, column);
 632 if (profl != null && profl[2] != 0) {
 633 var isStructureProfile = profl[0] == 1;
 634 var isCdnaProfile = profl[0] == 2;
 635 var ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
 636 var htn = normaliseProfile ? _aa.graphHeight : (y2 - y1);
 637 var hght;
 638 var wdth;
 639 var ht2 = 0;
 640 var dc;
 641 dc =  Clazz.newCharArray (isStructureProfile ? 2 : (isCdnaProfile ? 3 : 1), '\0');
 642 var lm = g.getFontMetrics (ofont).getLineMetrics ("Q", g);
 643 var scale = 1 / (normaliseProfile ? profl[2] : 100);
 644 var ofontHeight = 1 / lm.getAscent ();
 645 var scl = 0.0;
 646 var c = 3;
 647 var valuesProcessed = 0;
 648 while (valuesProcessed < profl[1]) {
 649 if (isStructureProfile) {
 650 dc[0] = String.fromCharCode (profl[c++]);
 651 dc[1] = String.fromCharCode (profl[c++]);
 652 } else if (isCdnaProfile) {
 653 dc = jalview.analysis.CodingUtils.decodeCodon (profl[c++]);
 654 } else {
 655 dc[0] = String.fromCharCode (profl[c++]);
 656 }wdth = this.charWidth;
 657 wdth /= this.fm.charsWidth (dc, 0, dc.length);
 658 ht += scl;
 659 scl = htn * scale * profl[c++];
 660 lm = ofont.getLineMetrics (dc, 0, 1, g.getFontMetrics ().getFontRenderContext ());
 661 g.setFont (ofont.deriveFont (java.awt.geom.AffineTransform.getScaleInstance (wdth, scl / lm.getAscent ())));
 662 lm = g.getFontMetrics ().getLineMetrics (dc, 0, 1, g);
 663 var colour = null;
 664 if (isCdnaProfile) {
 665 var codonTranslation = jalview.schemes.ResidueProperties.codonTranslate ( String.instantialize (dc));
 666 colour = this.profcolour.findColour (codonTranslation.charAt (0), column, null);
 667 } else {
 668 colour = this.profcolour.findColour (dc[0], column, null);
 669 }g.setColor (colour === java.awt.Color.white ? java.awt.Color.lightGray : colour);
 670 hght = (ht + (scl - lm.getDescent () - lm.getBaselineOffsets ()[lm.getBaselineIndex ()]));
 671 g.drawChars (dc, 0, dc.length, x * this.charWidth, Clazz.doubleToInt (hght));
 672 valuesProcessed++;
 673 }
 674 g.setFont (ofont);
 675 }}x++;
 676 }
 677 if (_aa.threshold != null) {
 678 g.setColor (_aa.threshold.colour);
 679 var g2 = g;
 680 g2.setStroke ( new java.awt.BasicStroke (1, 2, 1, 3,  Clazz.newFloatArray (-1, [5, 3]), 0));
 681 y2 = Clazz.floatToInt (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * _aa.graphHeight);
 682 g.drawLine (0, y2, (eRes - sRes) * this.charWidth, y2);
 683 g2.setStroke ( new java.awt.BasicStroke ());
 684 }}, "java.awt.Graphics,jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~A,~N,~N,~N,~N,~N,~B,~B,~B");
 685 Clazz.defineMethod (c$, "drawGraph",
 686 function (g, _aa, aa_annotations, width, y, sRes, eRes) {
 687 eRes = Math.min (eRes, aa_annotations.length);
 688 g.setColor (java.awt.Color.white);
 689 g.fillRect (0, 0, width, y);
 690 g.setColor ( new java.awt.Color (0, 0, 180));
 691 var x = 0;
 692 var height;
 693 for (var j = sRes; j < eRes; j++) {
 694 if (aa_annotations[j] != null) {
 695 if (aa_annotations[j].colour == null) {
 696 g.setColor (java.awt.Color.black);
 697 } else {
 698 g.setColor (aa_annotations[j].colour);
 699 }height = Clazz.floatToInt ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
 700 if (height > y) {
 701 height = y;
 702 }g.fillRect (x, y - height, this.charWidth, height);
 703 }x += this.charWidth;
 704 }
 705 }, "java.awt.Graphics,jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~A,~N,~N,~N,~N");
 706 Clazz.defineMethod (c$, "getNotCanonicalColor",
 707 function (lastss) {
 708 switch (lastss) {
 709 case '{':
 710 case '}':
 711 return  new java.awt.Color (255, 125, 5);
 712 case '[':
 713 case ']':
 714 return  new java.awt.Color (245, 115, 10);
 715 case '>':
 716 case '<':
 717 return  new java.awt.Color (235, 135, 15);
 718 case 'A':
 719 case 'a':
 720 return  new java.awt.Color (225, 105, 20);
 721 case 'B':
 722 case 'b':
 723 return  new java.awt.Color (215, 145, 30);
 724 case 'C':
 725 case 'c':
 726 return  new java.awt.Color (205, 95, 35);
 727 case 'D':
 728 case 'd':
 729 return  new java.awt.Color (195, 155, 45);
 730 case 'E':
 731 case 'e':
 732 return  new java.awt.Color (185, 85, 55);
 733 case 'F':
 734 case 'f':
 735 return  new java.awt.Color (175, 165, 65);
 736 case 'G':
 737 case 'g':
 738 return  new java.awt.Color (170, 75, 75);
 739 case 'H':
 740 case 'h':
 741 return  new java.awt.Color (160, 175, 85);
 742 case 'I':
 743 case 'i':
 744 return  new java.awt.Color (150, 65, 95);
 745 case 'J':
 746 case 'j':
 747 return  new java.awt.Color (140, 185, 105);
 748 case 'K':
 749 case 'k':
 750 return  new java.awt.Color (130, 55, 110);
 751 case 'L':
 752 case 'l':
 753 return  new java.awt.Color (120, 195, 120);
 754 case 'M':
 755 case 'm':
 756 return  new java.awt.Color (110, 45, 130);
 757 case 'N':
 758 case 'n':
 759 return  new java.awt.Color (100, 205, 140);
 760 case 'O':
 761 case 'o':
 762 return  new java.awt.Color (90, 35, 150);
 763 case 'P':
 764 case 'p':
 765 return  new java.awt.Color (85, 215, 160);
 766 case 'Q':
 767 case 'q':
 768 return  new java.awt.Color (75, 25, 170);
 769 case 'R':
 770 case 'r':
 771 return  new java.awt.Color (65, 225, 180);
 772 case 'S':
 773 case 's':
 774 return  new java.awt.Color (55, 15, 185);
 775 case 'T':
 776 case 't':
 777 return  new java.awt.Color (45, 235, 195);
 778 case 'U':
 779 case 'u':
 780 return  new java.awt.Color (35, 5, 205);
 781 case 'V':
 782 case 'v':
 783 return  new java.awt.Color (25, 245, 215);
 784 case 'W':
 785 case 'w':
 786 return  new java.awt.Color (15, 0, 225);
 787 case 'X':
 788 case 'x':
 789 return  new java.awt.Color (10, 255, 235);
 790 case 'Y':
 791 case 'y':
 792 return  new java.awt.Color (5, 150, 245);
 793 case 'Z':
 794 case 'z':
 795 return  new java.awt.Color (0, 80, 255);
 796 default:
 797 System.out.println ("This is not a interaction : " + lastss);
 798 return null;
 799 }
 800 }, "~S");
 801 c$.GLYPHLINE_COLOR = c$.prototype.GLYPHLINE_COLOR = java.awt.Color.gray;
 802 c$.SHEET_COLOUR = c$.prototype.SHEET_COLOUR = java.awt.Color.green;
 803 c$.HELIX_COLOUR = c$.prototype.HELIX_COLOUR = java.awt.Color.red;
 804 c$.STEM_COLOUR = c$.prototype.STEM_COLOUR = java.awt.Color.blue;
 805 });