bin/jalview/schemes/CovariationColourScheme.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");\r
   2 Clazz.load (["jalview.schemes.ResidueColourScheme", "java.util.Hashtable"], "jalview.schemes.CovariationColourScheme", ["jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.ColorUtils", "java.awt.Color"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.helixcolorhash = null;\r
   5 this.positionsToHelix = null;\r
   6 this.numHelix = 0;\r
   7 this.annotation = null;\r
   8 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   9 }, jalview.schemes, "CovariationColourScheme", jalview.schemes.ResidueColourScheme);\r
  10 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  11 this.helixcolorhash =  new java.util.Hashtable ();\r
  12 this.positionsToHelix =  new java.util.Hashtable ();\r
  13 });\r
  14 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  15 function (annotation) {\r
  16 Clazz.superConstructor (this, jalview.schemes.CovariationColourScheme, []);\r
  17 this.annotation = annotation;\r
  18 for (var x = 0; x < this.annotation._rnasecstr.length; x++) {\r
  19 this.positionsToHelix.put (new Integer (this.annotation._rnasecstr[x].getBegin ()), this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup ());\r
  20 this.positionsToHelix.put (new Integer (this.annotation._rnasecstr[x].getEnd ()), this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup ());\r
  21 if (Integer.parseInt (this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup ()) > this.numHelix) {\r
  22 this.numHelix = Integer.parseInt (this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup ());\r
  23 }}\r
  24 for (var j = 0; j <= this.numHelix; j++) {\r
  25 this.helixcolorhash.put (Integer.toString (j), jalview.util.ColorUtils.generateRandomColor (java.awt.Color.white));\r
  26 }\r
  27 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
  28 Clazz.defineMethod (c$, "findColour", \r
  29 function (c) {\r
  30 return jalview.schemes.ResidueProperties.purinepyrimidine[jalview.schemes.ResidueProperties.purinepyrimidineIndex[c.charCodeAt (0)]];\r
  31 }, "~S");\r
  32 Clazz.defineMethod (c$, "findColour", \r
  33 function (c, j) {\r
  34 var currentColour = java.awt.Color.white;\r
  35 var currentHelix = null;\r
  36 currentHelix = this.positionsToHelix.get (new Integer (j));\r
  37 if (currentHelix != null) {\r
  38 currentColour = this.helixcolorhash.get (currentHelix);\r
  39 }return currentColour;\r
  40 }, "~S,~N");\r
  41 });\r