bin/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");
   2 Clazz.load (["jalview.schemes.ResidueColourScheme"], "jalview.schemes.NucleotideColourScheme", ["jalview.schemes.ResidueProperties", "java.awt.Color"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.schemes, "NucleotideColourScheme", jalview.schemes.ResidueColourScheme);
   4 Clazz.makeConstructor (c$,
   5 function () {
   6 Clazz.superConstructor (this, jalview.schemes.NucleotideColourScheme, [jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex, jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotide, 0]);
   7 });
   8 Clazz.defineMethod (c$, "findColour",
   9 function (c) {
  10 return this.colors[jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex[c.charCodeAt (0)]];
  11 }, "~S");
  12 Clazz.defineMethod (c$, "findColour",
  13 function (c, j, seq) {
  14 var currentColour;
  15 if ((this.threshold == 0) || this.aboveThreshold (c, j)) {
  16 try {
  17 currentColour = this.colors[jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex[c.charCodeAt (0)]];
  18 } catch (ex) {
  19 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
  20 return java.awt.Color.white;
  21 } else {
  22 throw ex;
  23 }
  24 }
  25 } else {
  26 return java.awt.Color.white;
  27 }if (this.conservationColouring) {
  28 currentColour = this.applyConservation (currentColour, j);
  29 }return currentColour;
  30 }, "~S,~N,jalview.datamodel.SequenceI");
  31 });