bin/jalview/schemes/RNAHelicesColourChooser.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");
   2 Clazz.load (null, "jalview.schemes.RNAHelicesColourChooser", ["jalview.schemes.RNAHelicesColour", "java.util.Hashtable", "$.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.av = null;
   5 this.ap = null;
   6 this.oldcs = null;
   7 this.oldgroupColours = null;
   8 this.currentAnnotation = null;
   9 this.adjusting = false;
  10 Clazz.instantialize (this, arguments);
  11 }, jalview.schemes, "RNAHelicesColourChooser");
  12 Clazz.makeConstructor (c$,
  13 function (av, ap) {
  14 this.oldcs = av.getGlobalColourScheme ();
  15 if (av.getAlignment ().getGroups () != null) {
  16 this.oldgroupColours =  new java.util.Hashtable ();
  17 for (var sg, $sg = ap.getAlignment ().getGroups ().iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {
  18 if (sg.cs != null) {
  19 this.oldgroupColours.put (sg, sg.cs);
  20 }}
  21 }this.av = av;
  22 this.ap = ap;
  23 if (Clazz.instanceOf (this.oldcs, jalview.schemes.RNAHelicesColour)) {
  24 var rhc = this.oldcs;
  25 }this.adjusting = true;
  26 var list =  new java.util.Vector ();
  27 var index = 1;
  28 for (var i = 0; i < av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ().length; i++) {
  29 var label = av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[i].label;
  30 if (!list.contains (label)) list.addElement (label);
  31  else list.addElement (label + "_" + (index++));
  32 }
  33 this.adjusting = false;
  34 this.changeColour ();
  35 }, "jalview.api.AlignViewportI,jalview.api.AlignmentViewPanel");
  36 Clazz.defineMethod (c$, "changeColour",
  37 function () {
  38 if (this.adjusting) {
  39 return;
  40 }var rhc = null;
  41 rhc =  new jalview.schemes.RNAHelicesColour (this.av.getAlignment ());
  42 this.av.setGlobalColourScheme (rhc);
  43 if (this.av.getAlignment ().getGroups () != null) {
  44 for (var sg, $sg = this.ap.getAlignment ().getGroups ().iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {
  45 if (sg.cs == null) {
  46 continue;
  47 }sg.cs =  new jalview.schemes.RNAHelicesColour (sg);
  48 }
  49 }this.ap.paintAlignment (false);
  50 });
  51 Clazz.defineMethod (c$, "reset",
  52 function () {
  53 this.av.setGlobalColourScheme (this.oldcs);
  54 if (this.av.getAlignment ().getGroups () != null) {
  55 for (var sg, $sg = this.ap.getAlignment ().getGroups ().iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {
  56 sg.cs = this.oldgroupColours.get (sg);
  57 }
  58 }});
  59 Clazz.defineMethod (c$, "annotations_actionPerformed",
  60 function (e) {
  61 this.changeColour ();
  62 }, "java.awt.event.ActionEvent");
  63 });