bin/jalview/schemes/ResidueColourScheme.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");\r
   2 Clazz.load (["jalview.schemes.ColourSchemeI"], "jalview.schemes.ResidueColourScheme", ["jalview.util.Comparison", "$.MessageManager", "java.awt.Color", "java.lang.Error"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.symbolIndex = null;\r
   5 this.conservationColouring = false;\r
   6 this.colors = null;\r
   7 this.threshold = 0;\r
   8 this.ignoreGaps = "G";\r
   9 this.consensus = null;\r
  10 this.conservation = null;\r
  11 this.conservationLength = 0;\r
  12 this.inc = 30;\r
  13 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  14 }, jalview.schemes, "ResidueColourScheme", null, jalview.schemes.ColourSchemeI);\r
  15 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  16 function (aaOrnaIndex, colours, threshold) {\r
  17 this.symbolIndex = aaOrnaIndex;\r
  18 this.colors = colours;\r
  19 this.threshold = threshold;\r
  20 }, "~A,~A,~N");\r
  21 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  22 function (aaOrNaIndex) {\r
  23 this.symbolIndex = aaOrNaIndex;\r
  24 }, "~A");\r
  25 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  26 function () {\r
  27 this.symbolIndex = null;\r
  28 });\r
  29 Clazz.defineMethod (c$, "findColour", \r
  30 function (c) {\r
  31 return this.colors == null ? java.awt.Color.white : this.colors[this.symbolIndex[c.charCodeAt (0)]];\r
  32 }, "~S");\r
  33 Clazz.defineMethod (c$, "findColour", \r
  34 function (c, j, seq) {\r
  35 var currentColour;\r
  36 if (this.colors != null && this.symbolIndex != null && (this.threshold == 0) || this.aboveThreshold (c, j)) {\r
  37 currentColour = this.colors[this.symbolIndex[c.charCodeAt (0)]];\r
  38 } else {\r
  39 currentColour = java.awt.Color.white;\r
  40 }if (this.conservationColouring) {\r
  41 currentColour = this.applyConservation (currentColour, j);\r
  42 }return currentColour;\r
  43 }, "~S,~N,jalview.datamodel.SequenceI");\r
  44 Clazz.overrideMethod (c$, "getThreshold", \r
  45 function () {\r
  46 return this.threshold;\r
  47 });\r
  48 Clazz.overrideMethod (c$, "setThreshold", \r
  49 function (ct, ignoreGaps) {\r
  50 this.threshold = ct;\r
  51 if (ignoreGaps) {\r
  52 this.ignoreGaps = "N";\r
  53 } else {\r
  54 this.ignoreGaps = "G";\r
  55 }}, "~N,~B");\r
  56 Clazz.defineMethod (c$, "aboveThreshold", \r
  57 function (c, j) {\r
  58 if ('a' <= c && c <= 'z') {\r
  59 c = String.fromCharCode (c.charCodeAt (0) - (32));\r
  60 }if (this.consensus == null || this.consensus.length < j || this.consensus[j] == null) {\r
  61 return false;\r
  62 }if (((this.consensus[j].get ("C")).intValue () != -1) && this.consensus[j].contains (String.valueOf (c))) {\r
  63 if ((this.consensus[j].get (this.ignoreGaps)).floatValue () >= this.threshold) {\r
  64 return true;\r
  65 }}return false;\r
  66 }, "~S,~N");\r
  67 Clazz.overrideMethod (c$, "conservationApplied", \r
  68 function () {\r
  69 return this.conservationColouring;\r
  70 });\r
  71 Clazz.overrideMethod (c$, "setConservationApplied", \r
  72 function (conservationApplied) {\r
  73 this.conservationColouring = conservationApplied;\r
  74 }, "~B");\r
  75 Clazz.overrideMethod (c$, "setConservationInc", \r
  76 function (i) {\r
  77 this.inc = i;\r
  78 }, "~N");\r
  79 Clazz.overrideMethod (c$, "getConservationInc", \r
  80 function () {\r
  81 return this.inc;\r
  82 });\r
  83 Clazz.overrideMethod (c$, "setConsensus", \r
  84 function (consensus) {\r
  85 if (consensus == null) {\r
  86 return;\r
  87 }this.consensus = consensus;\r
  88 }, "~A");\r
  89 Clazz.overrideMethod (c$, "setConservation", \r
  90 function (cons) {\r
  91 if (cons == null) {\r
  92 this.conservationColouring = false;\r
  93 this.conservation = null;\r
  94 } else {\r
  95 this.conservationColouring = true;\r
  96 var i;\r
  97 var iSize = cons.getConsSequence ().getLength ();\r
  98 this.conservation =  Clazz.newCharArray (iSize, '\0');\r
  99 for (i = 0; i < iSize; i++) {\r
 100 this.conservation[i] = cons.getConsSequence ().getCharAt (i);\r
 101 }\r
 102 this.conservationLength = this.conservation.length;\r
 103 }}, "jalview.analysis.Conservation");\r
 104 Clazz.defineMethod (c$, "applyConservation", \r
 105 function (currentColour, i) {\r
 106 if ((this.conservationLength > i) && (this.conservation[i] != '*') && (this.conservation[i] != '+')) {\r
 107 if (jalview.util.Comparison.isGap (this.conservation[i])) {\r
 108 currentColour = java.awt.Color.white;\r
 109 } else {\r
 110 var t = 11 - ((this.conservation[i]).charCodeAt (0) - 48);\r
 111 if (t == 0) {\r
 112 return java.awt.Color.white;\r
 113 }var red = currentColour.getRed ();\r
 114 var green = currentColour.getGreen ();\r
 115 var blue = currentColour.getBlue ();\r
 116 var dr = 255 - red;\r
 117 var dg = 255 - green;\r
 118 var db = 255 - blue;\r
 119 dr *= t / 10;\r
 120 dg *= t / 10;\r
 121 db *= t / 10;\r
 122 red += (this.inc / 20) * dr;\r
 123 green += (this.inc / 20) * dg;\r
 124 blue += (this.inc / 20) * db;\r
 125 if (red > 255 || green > 255 || blue > 255) {\r
 126 currentColour = java.awt.Color.white;\r
 127 } else {\r
 128 currentColour =  new java.awt.Color (red, green, blue);\r
 129 }}}return currentColour;\r
 130 }, "java.awt.Color,~N");\r
 131 Clazz.overrideMethod (c$, "alignmentChanged", \r
 132 function (alignment, hiddenReps) {\r
 133 }, "jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI,java.util.Map");\r
 134 Clazz.overrideMethod (c$, "applyTo", \r
 135 function (sg, hiddenRepSequences) {\r
 136 try {\r
 137 return this.getClass ().newInstance ();\r
 138 } catch (q) {\r
 139 if (Clazz.exceptionOf (q, Exception)) {\r
 140 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("error.implementation_error_cannot_duplicate_colour_scheme",  Clazz.newArray (-1, [this.getClass ().getName ()])), q);\r
 141 } else {\r
 142 throw q;\r
 143 }\r
 144 }\r
 145 }, "jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI,java.util.Map");\r
 146 });\r