bin/jalview/schemes/ScoreColourScheme.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");
   2 Clazz.load (["jalview.schemes.ResidueColourScheme"], "jalview.schemes.ScoreColourScheme", ["jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.Comparison", "java.awt.Color"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.min = 0;
   5 this.max = 0;
   6 this.scores = null;
   7 Clazz.instantialize (this, arguments);
   8 }, jalview.schemes, "ScoreColourScheme", jalview.schemes.ResidueColourScheme);
   9 Clazz.makeConstructor (c$,
  10 function (symbolIndex, scores, min, max) {
  11 Clazz.superConstructor (this, jalview.schemes.ScoreColourScheme, [symbolIndex]);
  12 this.scores = scores;
  13 this.min = min;
  14 this.max = max;
  15 var i;
  16 var iSize = scores.length;
  17 this.colors =  new Array (scores.length);
  18 for (i = 0; i < iSize; i++) {
  19 var red = (scores[i] - min) / (max - min);
  20 if (red > 1.0) {
  21 red = 1.0;
  22 }if (red < 0.0) {
  23 red = 0.0;
  24 }this.colors[i] = this.makeColour (red);
  25 }
  26 }, "~A,~A,~N,~N");
  27 Clazz.defineMethod (c$, "findColour",
  28 function (c, j, seq) {
  29 if (this.threshold > 0) {
  30 if (!this.aboveThreshold (c, j)) {
  31 return java.awt.Color.white;
  32 }}if (jalview.util.Comparison.isGap (c)) {
  33 return java.awt.Color.white;
  34 }var currentColour = this.colors[jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[c.charCodeAt (0)]];
  35 if (this.conservationColouring) {
  36 currentColour = this.applyConservation (currentColour, j);
  37 }return currentColour;
  38 }, "~S,~N,jalview.datamodel.SequenceI");
  39 Clazz.defineMethod (c$, "makeColour",
  40 function (c) {
  41 return  new java.awt.Color (c, 0.0, 1.0 - c);
  42 }, "~N");
  43 });