bin/jalview/schemes/UserColourScheme.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");\r
   2 Clazz.load (["jalview.schemes.ResidueColourScheme"], "jalview.schemes.UserColourScheme", ["jalview.schemes.ColourSchemeProperty", "$.ResidueProperties", "java.awt.Color", "java.util.StringTokenizer"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.lowerCaseColours = null;\r
   5 this.schemeName = null;\r
   6 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   7 }, jalview.schemes, "UserColourScheme", jalview.schemes.ResidueColourScheme);\r
   8 Clazz.makeConstructor (c$, \r
   9 function () {\r
  10 Clazz.superConstructor (this, jalview.schemes.UserColourScheme, [jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex]);\r
  11 });\r
  12 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  13 function (newColors) {\r
  14 Clazz.superConstructor (this, jalview.schemes.UserColourScheme, [jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex]);\r
  15 this.colors = newColors;\r
  16 }, "~A");\r
  17 Clazz.overrideMethod (c$, "applyTo", \r
  18 function (sg, hiddenRepSequences) {\r
  19 var usc =  new jalview.schemes.UserColourScheme (this.colors);\r
  20 if (this.lowerCaseColours != null) {\r
  21 usc.schemeName =  String.instantialize (this.schemeName);\r
  22 usc.lowerCaseColours =  new Array (this.lowerCaseColours.length);\r
  23 System.arraycopy (this.lowerCaseColours, 0, usc.lowerCaseColours, 0, this.lowerCaseColours.length);\r
  24 }return usc;\r
  25 }, "jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI,java.util.Map");\r
  26 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  27 function (colour) {\r
  28 Clazz.superConstructor (this, jalview.schemes.UserColourScheme, [jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex]);\r
  29 var col = this.getColourFromString (colour);\r
  30 if (col == null) {\r
  31 System.out.println ("Unknown colour!! " + colour);\r
  32 col = this.createColourFromName (colour);\r
  33 }this.colors =  new Array (24);\r
  34 for (var i = 0; i < 24; i++) {\r
  35 this.colors[i] = col;\r
  36 }\r
  37 this.schemeName = colour;\r
  38 }, "~S");\r
  39 Clazz.defineMethod (c$, "getColours", \r
  40 function () {\r
  41 return this.colors;\r
  42 });\r
  43 Clazz.defineMethod (c$, "getLowerCaseColours", \r
  44 function () {\r
  45 return this.lowerCaseColours;\r
  46 });\r
  47 Clazz.defineMethod (c$, "setName", \r
  48 function (name) {\r
  49 this.schemeName = name;\r
  50 }, "~S");\r
  51 Clazz.defineMethod (c$, "getName", \r
  52 function () {\r
  53 return this.schemeName;\r
  54 });\r
  55 Clazz.defineMethod (c$, "getColourFromString", \r
  56 function (colour) {\r
  57 colour = colour.trim ();\r
  58 var col = null;\r
  59 try {\r
  60 var value = Integer.parseInt (colour, 16);\r
  61 col =  new java.awt.Color (value);\r
  62 } catch (ex) {\r
  63 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {\r
  64 } else {\r
  65 throw ex;\r
  66 }\r
  67 }\r
  68 if (col == null) {\r
  69 col = jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getAWTColorFromName (colour);\r
  70 }if (col == null) {\r
  71 try {\r
  72 var st =  new java.util.StringTokenizer (colour, ",");\r
  73 var r = Integer.parseInt (st.nextToken ());\r
  74 var g = Integer.parseInt (st.nextToken ());\r
  75 var b = Integer.parseInt (st.nextToken ());\r
  76 col =  new java.awt.Color (r, g, b);\r
  77 } catch (ex) {\r
  78 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
  79 } else {\r
  80 throw ex;\r
  81 }\r
  82 }\r
  83 }return col;\r
  84 }, "~S");\r
  85 Clazz.defineMethod (c$, "createColourFromName", \r
  86 function (name) {\r
  87 var r;\r
  88 var g;\r
  89 var b;\r
  90 var lsize = name.length;\r
  91 var start = 0;\r
  92 var end = Clazz.doubleToInt (lsize / 3);\r
  93 var rgbOffset = Math.abs (name.hashCode () % 10) * 15;\r
  94 r = Math.abs (name.substring (start, end).hashCode () + rgbOffset) % 210 + 20;\r
  95 start = end;\r
  96 end += Clazz.doubleToInt (lsize / 3);\r
  97 if (end > lsize) {\r
  98 end = lsize;\r
  99 }g = Math.abs (name.substring (start, end).hashCode () + rgbOffset) % 210 + 20;\r
 100 b = Math.abs (name.substring (end).hashCode () + rgbOffset) % 210 + 20;\r
 101 var color =  new java.awt.Color (r, g, b);\r
 102 return color;\r
 103 }, "~S");\r
 104 Clazz.defineMethod (c$, "parseAppletParameter", \r
 105 function (paramValue) {\r
 106 var st =  new java.util.StringTokenizer (paramValue, ";");\r
 107 var st2;\r
 108 var token = null;\r
 109 var colour;\r
 110 var residues;\r
 111 try {\r
 112 while (st.hasMoreElements ()) {\r
 113 token = st.nextToken ().trim ();\r
 114 residues = token.substring (0, token.indexOf ("="));\r
 115 colour = token.substring (token.indexOf ("=") + 1);\r
 116 st2 =  new java.util.StringTokenizer (residues, " ,");\r
 117 while (st2.hasMoreTokens ()) {\r
 118 token = st2.nextToken ();\r
 119 if (jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[token.charCodeAt (0)] == -1) {\r
 120 continue;\r
 121 }var colIndex = jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[token.charCodeAt (0)];\r
 122 if (token.equalsIgnoreCase ("lowerCase")) {\r
 123 if (this.lowerCaseColours == null) {\r
 124 this.lowerCaseColours =  new Array (23);\r
 125 }for (var i = 0; i < 23; i++) {\r
 126 if (this.lowerCaseColours[i] == null) {\r
 127 this.lowerCaseColours[i] = this.getColourFromString (colour);\r
 128 }}\r
 129 continue;\r
 130 }if (token.equals (token.toLowerCase ())) {\r
 131 if (this.lowerCaseColours == null) {\r
 132 this.lowerCaseColours =  new Array (23);\r
 133 }this.lowerCaseColours[colIndex] = this.getColourFromString (colour);\r
 134 } else {\r
 135 this.colors[colIndex] = this.getColourFromString (colour);\r
 136 }}\r
 137 }\r
 138 } catch (ex) {\r
 139 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 140 System.out.println ("Error parsing userDefinedColours:\n" + token + "\n" + ex);\r
 141 } else {\r
 142 throw ex;\r
 143 }\r
 144 }\r
 145 }, "~S");\r
 146 Clazz.defineMethod (c$, "findColour", \r
 147 function (c, j, seq) {\r
 148 var currentColour;\r
 149 var index = jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[c.charCodeAt (0)];\r
 150 if ((this.threshold == 0) || this.aboveThreshold (c, j)) {\r
 151 if (this.lowerCaseColours != null && 'a' <= c && c <= 'z') {\r
 152 currentColour = this.lowerCaseColours[index];\r
 153 } else {\r
 154 currentColour = this.colors[index];\r
 155 }} else {\r
 156 currentColour = java.awt.Color.white;\r
 157 }if (this.conservationColouring) {\r
 158 currentColour = this.applyConservation (currentColour, j);\r
 159 }return currentColour;\r
 160 }, "~S,~N,jalview.datamodel.SequenceI");\r
 161 Clazz.defineMethod (c$, "setLowerCaseColours", \r
 162 function (lcolours) {\r
 163 this.lowerCaseColours = lcolours;\r
 164 }, "~A");\r
 165 });\r