bin/jalview/structure/StructureMapping.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.structure");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.structure.StructureMapping", ["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.mappingDetails = null;\r
   5 this.sequence = null;\r
   6 this.pdbfile = null;\r
   7 this.pdbid = null;\r
   8 this.pdbchain = null;\r
   9 this.mapping = null;\r
  10 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  11 }, jalview.structure, "StructureMapping");\r
  12 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  13 function (seq, pdbfile, pdbid, chain, mapping, mappingDetails) {\r
  14 this.sequence = seq;\r
  15 this.pdbfile = pdbfile;\r
  16 this.pdbid = pdbid;\r
  17 this.pdbchain = chain;\r
  18 this.mapping = mapping;\r
  19 this.mappingDetails = mappingDetails;\r
  20 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S,~S,~S,~A,~S");\r
  21 Clazz.defineMethod (c$, "getSequence", \r
  22 function () {\r
  23 return this.sequence;\r
  24 });\r
  25 Clazz.defineMethod (c$, "getChain", \r
  26 function () {\r
  27 return this.pdbchain;\r
  28 });\r
  29 Clazz.defineMethod (c$, "getPdbId", \r
  30 function () {\r
  31 return this.pdbid;\r
  32 });\r
  33 Clazz.defineMethod (c$, "getAtomNum", \r
  34 function (seqpos) {\r
  35 if (this.mapping.length > seqpos) {\r
  36 return this.mapping[seqpos][1];\r
  37 } else {\r
  38 return 0;\r
  39 }}, "~N");\r
  40 Clazz.defineMethod (c$, "getPDBResNum", \r
  41 function (seqpos) {\r
  42 if (this.mapping.length > seqpos) {\r
  43 return this.mapping[seqpos][0];\r
  44 } else {\r
  45 return 0;\r
  46 }}, "~N");\r
  47 Clazz.defineMethod (c$, "getSeqPos", \r
  48 function (pdbResNum) {\r
  49 for (var i = 0; i < this.mapping.length; i++) {\r
  50 if (this.mapping[i][0] == pdbResNum) {\r
  51 return i;\r
  52 }}\r
  53 return -1;\r
  54 }, "~N");\r
  55 Clazz.defineMethod (c$, "transfer", \r
  56 function (ana) {\r
  57 var ala_copy =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (ana);\r
  58 var ds = this.sequence;\r
  59 while (ds.getDatasetSequence () != null) {\r
  60 ds = ds.getDatasetSequence ();\r
  61 }\r
  62 ala_copy.remap (ds, this.mapping, -1, -1, 0);\r
  63 ds.addAlignmentAnnotation (ala_copy);\r
  64 if (ds !== this.sequence) {\r
  65 ala_copy =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (ala_copy);\r
  66 this.sequence.addAlignmentAnnotation (ala_copy);\r
  67 }return ala_copy;\r
  68 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
  69 });\r