bin/jalview/structures/models/AAStructureBindingModel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.structures.models");
   2 Clazz.load (["jalview.api.StructureSelectionManagerProvider", "jalview.structure.StructureListener", "jalview.structures.models.SequenceStructureBindingModel"], "jalview.structures.models.AAStructureBindingModel", ["jalview.util.Comparison", "$.MessageManager", "java.lang.Error", "$.StringBuilder", "java.util.ArrayList", "$.Arrays"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.ssm = null;
   5 this.pdbEntry = null;
   6 this.sequence = null;
   7 this.chains = null;
   8 this.protocol = null;
   9 this.colourBySequence = true;
  10 this.nucleotide = false;
  11 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.structures.models.AAStructureBindingModel.SuperposeData")) {
  12 jalview.structures.models.AAStructureBindingModel.$AAStructureBindingModel$SuperposeData$ ();
  13 }
  14 Clazz.instantialize (this, arguments);
  15 }, jalview.structures.models, "AAStructureBindingModel", jalview.structures.models.SequenceStructureBindingModel, [jalview.structure.StructureListener, jalview.api.StructureSelectionManagerProvider]);
  16 Clazz.makeConstructor (c$,
  17 function (ssm, seqs) {
  18 Clazz.superConstructor (this, jalview.structures.models.AAStructureBindingModel, []);
  19 this.ssm = ssm;
  20 this.sequence = seqs;
  21 }, "jalview.structure.StructureSelectionManager,~A");
  22 Clazz.makeConstructor (c$,
  23 function (ssm, pdbentry, sequenceIs, chains, protocol) {
  24 Clazz.superConstructor (this, jalview.structures.models.AAStructureBindingModel, []);
  25 this.ssm = ssm;
  26 this.sequence = sequenceIs;
  27 this.nucleotide = jalview.util.Comparison.isNucleotide2 (sequenceIs);
  28 this.chains = chains;
  29 this.pdbEntry = pdbentry;
  30 this.protocol = protocol;
  31 if (chains == null) {
  32 this.chains =  new Array (pdbentry.length);
  33 }}, "jalview.structure.StructureSelectionManager,~A,~A,~A,~S");
  34 Clazz.defineMethod (c$, "getSsm",
  35 function () {
  36 return this.ssm;
  37 });
  38 Clazz.defineMethod (c$, "getPdbEntry",
  39 function (i) {
  40 return (this.pdbEntry != null && this.pdbEntry.length > i) ? this.pdbEntry[i] : null;
  41 }, "~N");
  42 Clazz.defineMethod (c$, "hasPdbId",
  43 function (pdbId) {
  44 if (this.pdbEntry != null) {
  45 for (var pdb, $pdb = 0, $$pdb = this.pdbEntry; $pdb < $$pdb.length && ((pdb = $$pdb[$pdb]) || true); $pdb++) {
  46 if (pdb.getId ().equals (pdbId)) {
  47 return true;
  48 }}
  49 }return false;
  50 }, "~S");
  51 Clazz.defineMethod (c$, "getPdbCount",
  52 function () {
  53 return this.pdbEntry == null ? 0 : this.pdbEntry.length;
  54 });
  55 Clazz.defineMethod (c$, "getSequence",
  56 function () {
  57 return this.sequence;
  58 });
  59 Clazz.defineMethod (c$, "getChains",
  60 function () {
  61 return this.chains;
  62 });
  63 Clazz.defineMethod (c$, "getProtocol",
  64 function () {
  65 return this.protocol;
  66 });
  67 Clazz.defineMethod (c$, "setPdbentry",
  68 function (pdbentry) {
  69 this.pdbEntry = pdbentry;
  70 }, "~A");
  71 Clazz.defineMethod (c$, "setSequence",
  72 function (sequence) {
  73 this.sequence = sequence;
  74 }, "~A");
  75 Clazz.defineMethod (c$, "setChains",
  76 function (chains) {
  77 this.chains = chains;
  78 }, "~A");
  79 Clazz.defineMethod (c$, "getViewerTitle",
  80 function (viewerName, verbose) {
  81 if (this.getSequence () == null || this.getSequence ().length < 1 || this.getPdbCount () < 1 || this.getSequence ()[0].length < 1) {
  82 return ("Jalview " + viewerName + " Window");
  83 }var title =  new StringBuilder (64);
  84 var pdbEntry = this.getPdbEntry (0);
  85 title.append (viewerName + " view for " + this.getSequence ()[0][0].getName () + ":" + pdbEntry.getId ());
  86 if (verbose) {
  87 if (pdbEntry.getProperty () != null) {
  88 if (pdbEntry.getProperty ().get ("method") != null) {
  89 title.append (" Method: ");
  90 title.append (pdbEntry.getProperty ().get ("method"));
  91 }if (pdbEntry.getProperty ().get ("chains") != null) {
  92 title.append (" Chain:");
  93 title.append (pdbEntry.getProperty ().get ("chains"));
  94 }}}return title.toString ();
  95 }, "~S,~B");
  96 Clazz.defineMethod (c$, "releaseUIResources",
  97 function () {
  98 });
  99 Clazz.defineMethod (c$, "isColourBySequence",
 100 function () {
 101 return this.colourBySequence;
 102 });
 103 Clazz.defineMethod (c$, "setColourBySequence",
 104 function (colourBySequence) {
 105 this.colourBySequence = colourBySequence;
 106 }, "~B");
 107 Clazz.defineMethod (c$, "addSequenceAndChain",
 108 function (pe, seq, tchain) {
 109 if (pe < 0 || pe >= this.getPdbCount ()) {
 110 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("error.implementation_error_no_pdbentry_from_index",  Clazz.newArray (-1, [Integer.$valueOf (pe).toString ()])));
 111 }var nullChain = "TheNullChain";
 112 var s =  new java.util.ArrayList ();
 113 var c =  new java.util.ArrayList ();
 114 if (this.getChains () == null) {
 115 this.setChains ( new Array (this.getPdbCount ()));
 116 }if (this.getSequence ()[pe] != null) {
 117 for (var i = 0; i < this.getSequence ()[pe].length; i++) {
 118 s.add (this.getSequence ()[pe][i]);
 119 if (this.getChains ()[pe] != null) {
 120 if (i < this.getChains ()[pe].length) {
 121 c.add (this.getChains ()[pe][i]);
 122 } else {
 123 c.add ("TheNullChain");
 124 }} else {
 125 if (tchain != null && tchain.length > 0) {
 126 c.add ("TheNullChain");
 127 }}}
 128 }for (var i = 0; i < seq.length; i++) {
 129 if (!s.contains (seq[i])) {
 130 s.add (seq[i]);
 131 if (tchain != null && i < tchain.length) {
 132 c.add (tchain[i] == null ? "TheNullChain" : tchain[i]);
 133 }}}
 134 var tmp = s.toArray ( new Array (s.size ()));
 135 this.getSequence ()[pe] = tmp;
 136 if (c.size () > 0) {
 137 var tch = c.toArray ( new Array (c.size ()));
 138 for (var i = 0; i < tch.length; i++) {
 139 if (tch[i] === "TheNullChain") {
 140 tch[i] = null;
 141 }}
 142 this.getChains ()[pe] = tch;
 143 } else {
 144 this.getChains ()[pe] = null;
 145 }}, "~N,~A,~A");
 146 Clazz.defineMethod (c$, "addSequenceAndChain",
 147 function (pdbe, seq, chns) {
 148 var v =  new java.util.ArrayList ();
 149 var rtn =  new java.util.ArrayList ();
 150 for (var i = 0; i < this.getPdbCount (); i++) {
 151 v.add (this.getPdbEntry (i));
 152 }
 153 for (var i = 0; i < pdbe.length; i++) {
 154 var r = v.indexOf (pdbe[i]);
 155 if (r == -1 || r >= this.getPdbCount ()) {
 156 rtn.add ( Clazz.newIntArray (-1, [v.size (), i]));
 157 v.add (pdbe[i]);
 158 } else {
 159 this.addSequenceAndChain (r, seq[i], chns[i]);
 160 }}
 161 pdbe = v.toArray ( new Array (v.size ()));
 162 this.setPdbentry (pdbe);
 163 if (rtn.size () > 0) {
 164 var sqs =  new Array (this.getPdbCount ());
 165 var sch =  new Array (this.getPdbCount ());
 166 System.arraycopy (this.getSequence (), 0, sqs, 0, this.getSequence ().length);
 167 System.arraycopy (this.getChains (), 0, sch, 0, this.getChains ().length);
 168 this.setSequence (sqs);
 169 this.setChains (sch);
 170 pdbe =  new Array (rtn.size ());
 171 for (var r = 0; r < pdbe.length; r++) {
 172 var stri = (rtn.get (r));
 173 pdbe[r] = this.getPdbEntry (stri[0]);
 174 this.addSequenceAndChain (stri[0], seq[stri[1]], chns[stri[1]]);
 175 }
 176 } else {
 177 pdbe = null;
 178 }return pdbe;
 179 }, "~A,~A,~A");
 180 Clazz.defineMethod (c$, "addSequence",
 181 function (pe, seq) {
 182 this.addSequenceAndChain (pe, seq, null);
 183 }, "~N,~A");
 184 Clazz.defineMethod (c$, "addSequenceForStructFile",
 185 function (pdbFile, seq) {
 186 for (var pe = 0; pe < this.getPdbCount (); pe++) {
 187 if (this.getPdbEntry (pe).getFile ().equals (pdbFile)) {
 188 this.addSequence (pe, seq);
 189 }}
 190 }, "~S,~A");
 191 Clazz.defineMethod (c$, "isNucleotide",
 192 function () {
 193 return this.nucleotide;
 194 });
 195 Clazz.defineMethod (c$, "printMappings",
 196 function () {
 197 if (this.pdbEntry == null) {
 198 return "";
 199 }var sb =  new StringBuilder (128);
 200 for (var pdbe = 0; pdbe < this.getPdbCount (); pdbe++) {
 201 var pdbfile = this.getPdbEntry (pdbe).getFile ();
 202 var seqs = java.util.Arrays.asList (this.getSequence ()[pdbe]);
 203 sb.append (this.getSsm ().printMappings (pdbfile, seqs));
 204 }
 205 return sb.toString ();
 206 });
 207 Clazz.defineMethod (c$, "getMappedPosition",
 208 function (seq, alignedPos, mapping) {
 209 if (alignedPos >= seq.getLength ()) {
 210 return -1;
 211 }if (jalview.util.Comparison.isGap (seq.getCharAt (alignedPos))) {
 212 return -1;
 213 }var seqPos = seq.findPosition (alignedPos);
 214 var pos = mapping.getPDBResNum (seqPos);
 215 return pos;
 216 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,jalview.structure.StructureMapping");
 217 Clazz.defineMethod (c$, "findSuperposableResidues",
 218 function (alignment, matched, structures) {
 219 var refStructure = -1;
 220 var files = this.getPdbFile ();
 221 for (var pdbfnum = 0; pdbfnum < files.length; pdbfnum++) {
 222 var mappings = this.getSsm ().getMapping (files[pdbfnum]);
 223 var lastPos = -1;
 224 var seqCountForPdbFile = this.getSequence ()[pdbfnum].length;
 225 for (var s = 0; s < seqCountForPdbFile; s++) {
 226 for (var mapping, $mapping = 0, $$mapping = mappings; $mapping < $$mapping.length && ((mapping = $$mapping[$mapping]) || true); $mapping++) {
 227 var theSequence = this.getSequence ()[pdbfnum][s];
 228 if (mapping.getSequence () === theSequence && alignment.findIndex (theSequence) > -1) {
 229 if (refStructure < 0) {
 230 refStructure = pdbfnum;
 231 }for (var r = 0; r < matched.length; r++) {
 232 if (!matched[r]) {
 233 continue;
 234 }var pos = this.getMappedPosition (theSequence, r, mapping);
 235 if (pos < 1 || pos == lastPos) {
 236 matched[r] = false;
 237 continue;
 238 }lastPos = pos;
 239 structures[pdbfnum].pdbResNo[r] = pos;
 240 }
 241 var chain = mapping.getChain ();
 242 if (chain != null && chain.trim ().length > 0) {
 243 structures[pdbfnum].chain = chain;
 244 }structures[pdbfnum].pdbId = mapping.getPdbId ();
 245 structures[pdbfnum].isRna = theSequence.getRNA () != null;
 246 s = seqCountForPdbFile;
 247 break;
 248 }}
 249 }
 250 }
 251 return refStructure;
 252 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,~A,~A");
 253 Clazz.defineMethod (c$, "waitForFileLoad",
 254 function (files) {
 255 var starttime = System.currentTimeMillis ();
 256 var endTime = 10000 + 1000 * files.length + starttime;
 257 var notLoaded = null;
 258 var waiting = true;
 259 while (waiting && System.currentTimeMillis () < endTime) {
 260 waiting = false;
 261 for (var file, $file = 0, $$file = files; $file < $$file.length && ((file = $$file[$file]) || true); $file++) {
 262 notLoaded = file;
 263 try {
 264 var sm = this.getSsm ().getMapping (file);
 265 if (sm == null || sm.length == 0) {
 266 waiting = true;
 267 }} catch (x) {
 268 waiting = true;
 269 }
 270 }
 271 }
 272 if (waiting) {
 273 System.err.println ("Timed out waiting for structure viewer to load file " + notLoaded);
 274 return false;
 275 }return true;
 276 }, "~A");
 277 Clazz.overrideMethod (c$, "isListeningFor",
 278 function (seq) {
 279 if (this.sequence != null) {
 280 for (var seqs, $seqs = 0, $$seqs = this.sequence; $seqs < $$seqs.length && ((seqs = $$seqs[$seqs]) || true); $seqs++) {
 281 if (seqs != null) {
 282 for (var s, $s = 0, $$s = seqs; $s < $$s.length && ((s = $$s[$s]) || true); $s++) {
 283 if (s === seq) {
 284 return true;
 285 }}
 286 }}
 287 }return false;
 288 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
 289 c$.$AAStructureBindingModel$SuperposeData$ = function () {
 290 Clazz.pu$h ();
 291 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
 292 Clazz.prepareCallback (this, arguments);
 293 this.filename = null;
 294 this.pdbId = null;
 295 this.chain = "";
 296 this.isRna = false;
 297 this.pdbResNo = null;
 298 Clazz.instantialize (this, arguments);
 299 }, jalview.structures.models.AAStructureBindingModel, "SuperposeData");
 300 Clazz.makeConstructor (c$,
 301 function (a) {
 302 this.pdbResNo =  Clazz.newIntArray (a, 0);
 303 }, "~N");
 304 c$ = Clazz.p0p ();
 305 };
 306 });