bin/jalview/util/Comparison.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.util");
   2 Clazz.load (null, "jalview.util.Comparison", ["java.util.ArrayList"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.util, "Comparison");
   4 c$.compare = Clazz.defineMethod (c$, "compare",
   5 function (ii, jj) {
   6 return jalview.util.Comparison.compare (ii, jj, 0, ii.getLength () - 1);
   7 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI");
   8 c$.compare = Clazz.defineMethod (c$, "compare",
   9 function (ii, jj, start, end) {
  10 var si = ii.getSequenceAsString ();
  11 var sj = jj.getSequenceAsString ();
  12 var ilen = si.length - 1;
  13 var jlen = sj.length - 1;
  14 while (jalview.util.Comparison.isGap (si.charAt (start + ilen))) {
  15 ilen--;
  16 }
  17 while (jalview.util.Comparison.isGap (sj.charAt (start + jlen))) {
  18 jlen--;
  19 }
  20 var count = 0;
  21 var match = 0;
  22 var pid = -1;
  23 if (ilen > jlen) {
  24 for (var j = 0; j < jlen; j++) {
  25 if (si.substring (start + j, start + j + 1).equals (sj.substring (start + j, start + j + 1))) {
  26 match++;
  27 }count++;
  28 }
  29 pid = match / ilen * 100;
  30 } else {
  31 for (var j = 0; j < jlen; j++) {
  32 if (si.substring (start + j, start + j + 1).equals (sj.substring (start + j, start + j + 1))) {
  33 match++;
  34 }count++;
  35 }
  36 pid = match / jlen * 100;
  37 }return pid;
  38 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N");
  39 c$.PID = Clazz.defineMethod (c$, "PID",
  40 function (seq1, seq2) {
  41 return jalview.util.Comparison.PID (seq1, seq2, 0, seq1.length);
  42 }, "~S,~S");
  43 c$.PID = Clazz.defineMethod (c$, "PID",
  44 function (seq1, seq2, start, end) {
  45 return jalview.util.Comparison.PID (seq1, seq2, start, end, true, false);
  46 }, "~S,~S,~N,~N");
  47 c$.PID = Clazz.defineMethod (c$, "PID",
  48 function (seq1, seq2, start, end, wcGaps, ungappedOnly) {
  49 var s1len = seq1.length;
  50 var s2len = seq2.length;
  51 var len = Math.min (s1len, s2len);
  52 if (end < len) {
  53 len = end;
  54 }if (len < start) {
  55 start = len - 1;
  56 }var elen = len - start;
  57 var bad = 0;
  58 var chr1;
  59 var chr2;
  60 var agap;
  61 for (var i = start; i < len; i++) {
  62 chr1 = seq1.charAt (i);
  63 chr2 = seq2.charAt (i);
  64 agap = jalview.util.Comparison.isGap (chr1) || jalview.util.Comparison.isGap (chr2);
  65 if ('a' <= chr1 && chr1 <= 'z') {
  66 chr1 = String.fromCharCode (chr1.charCodeAt (0) - 32);
  67 }if ('a' <= chr2 && chr2 <= 'z') {
  68 chr2 = String.fromCharCode (chr2.charCodeAt (0) - 32);
  69 }if (chr1 != chr2) {
  70 if (agap) {
  71 if (ungappedOnly) {
  72 elen--;
  73 } else if (!wcGaps) {
  74 bad++;
  75 }} else {
  76 bad++;
  77 }}}
  78 if (elen < 1) {
  79 return 0;
  80 }return (100 * (elen - bad)) / elen;
  81 }, "~S,~S,~N,~N,~B,~B");
  82 c$.isGap = Clazz.defineMethod (c$, "isGap",
  83 function (c) {
  84 return (c == '-' || c == '.' || c == ' ') ? true : false;
  85 }, "~S");
  86 c$.isNucleotide = Clazz.defineMethod (c$, "isNucleotide",
  87 function (seqs) {
  88 if (seqs == null) {
  89 return false;
  90 }var ntCount = 0;
  91 var aaCount = 0;
  92 for (var seq, $seq = 0, $$seq = seqs; $seq < $$seq.length && ((seq = $$seq[$seq]) || true); $seq++) {
  93 if (seq == null) {
  94 continue;
  95 }for (var c, $c = 0, $$c = seq.getSequence (); $c < $$c.length && ((c = $$c[$c]) || true); $c++) {
  96 if ('a' <= c && c <= 'z') {
  97 c = String.fromCharCode (c.charCodeAt (0) - 32);
  98 }if (c == 'A' || c == 'G' || c == 'C' || c == 'T' || c == 'U') {
  99 ntCount++;
 100 } else if (!jalview.util.Comparison.isGap (c)) {
 101 aaCount++;
 102 }}
 103 }
 104 if (ntCount * 100 > 85 * (ntCount + aaCount)) {
 105 return true;
 106 } else {
 107 return false;
 108 }}, "~A");
 109 c$.isNucleotide2 = Clazz.defineMethod (c$, "isNucleotide2",
 110 function (seqs) {
 111 if (seqs == null) {
 112 return false;
 113 }var flattened =  new java.util.ArrayList ();
 114 for (var ss, $ss = 0, $$ss = seqs; $ss < $$ss.length && ((ss = $$ss[$ss]) || true); $ss++) {
 115 for (var s, $s = 0, $$s = ss; $s < $$s.length && ((s = $$s[$s]) || true); $s++) {
 116 flattened.add (s);
 117 }
 118 }
 119 var oneDArray = flattened.toArray ( new Array (flattened.size ()));
 120 return jalview.util.Comparison.isNucleotide (oneDArray);
 121 }, "~A");
 122 Clazz.defineStatics (c$,
 123 "EIGHTY_FIVE", 85,
 124 "TO_UPPER_CASE", 32,
 125 "GAP_SPACE", ' ',
 126 "GAP_DOT", '.',
 127 "GAP_DASH", '-');
 128 c$.GapChars = c$.prototype.GapChars =  String.instantialize ( Clazz.newCharArray (-1, [' ', '.', '-']));
 129 Clazz.defineStatics (c$,
 130 "caseShift", 32);
 131 });