bin/jalview/util/Comparison.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.util");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.util.Comparison", ["java.util.ArrayList"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.util, "Comparison");\r
   4 c$.compare = Clazz.defineMethod (c$, "compare", \r
   5 function (ii, jj) {\r
   6 return jalview.util.Comparison.compare (ii, jj, 0, ii.getLength () - 1);\r
   7 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI");\r
   8 c$.compare = Clazz.defineMethod (c$, "compare", \r
   9 function (ii, jj, start, end) {\r
  10 var si = ii.getSequenceAsString ();\r
  11 var sj = jj.getSequenceAsString ();\r
  12 var ilen = si.length - 1;\r
  13 var jlen = sj.length - 1;\r
  14 while (jalview.util.Comparison.isGap (si.charAt (start + ilen))) {\r
  15 ilen--;\r
  16 }\r
  17 while (jalview.util.Comparison.isGap (sj.charAt (start + jlen))) {\r
  18 jlen--;\r
  19 }\r
  20 var count = 0;\r
  21 var match = 0;\r
  22 var pid = -1;\r
  23 if (ilen > jlen) {\r
  24 for (var j = 0; j < jlen; j++) {\r
  25 if (si.substring (start + j, start + j + 1).equals (sj.substring (start + j, start + j + 1))) {\r
  26 match++;\r
  27 }count++;\r
  28 }\r
  29 pid = match / ilen * 100;\r
  30 } else {\r
  31 for (var j = 0; j < jlen; j++) {\r
  32 if (si.substring (start + j, start + j + 1).equals (sj.substring (start + j, start + j + 1))) {\r
  33 match++;\r
  34 }count++;\r
  35 }\r
  36 pid = match / jlen * 100;\r
  37 }return pid;\r
  38 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N");\r
  39 c$.PID = Clazz.defineMethod (c$, "PID", \r
  40 function (seq1, seq2) {\r
  41 return jalview.util.Comparison.PID (seq1, seq2, 0, seq1.length);\r
  42 }, "~S,~S");\r
  43 c$.PID = Clazz.defineMethod (c$, "PID", \r
  44 function (seq1, seq2, start, end) {\r
  45 return jalview.util.Comparison.PID (seq1, seq2, start, end, true, false);\r
  46 }, "~S,~S,~N,~N");\r
  47 c$.PID = Clazz.defineMethod (c$, "PID", \r
  48 function (seq1, seq2, start, end, wcGaps, ungappedOnly) {\r
  49 var s1len = seq1.length;\r
  50 var s2len = seq2.length;\r
  51 var len = Math.min (s1len, s2len);\r
  52 if (end < len) {\r
  53 len = end;\r
  54 }if (len < start) {\r
  55 start = len - 1;\r
  56 }var elen = len - start;\r
  57 var bad = 0;\r
  58 var chr1;\r
  59 var chr2;\r
  60 var agap;\r
  61 for (var i = start; i < len; i++) {\r
  62 chr1 = seq1.charAt (i);\r
  63 chr2 = seq2.charAt (i);\r
  64 agap = jalview.util.Comparison.isGap (chr1) || jalview.util.Comparison.isGap (chr2);\r
  65 if ('a' <= chr1 && chr1 <= 'z') {\r
  66 chr1 = String.fromCharCode (chr1.charCodeAt (0) - 32);\r
  67 }if ('a' <= chr2 && chr2 <= 'z') {\r
  68 chr2 = String.fromCharCode (chr2.charCodeAt (0) - 32);\r
  69 }if (chr1 != chr2) {\r
  70 if (agap) {\r
  71 if (ungappedOnly) {\r
  72 elen--;\r
  73 } else if (!wcGaps) {\r
  74 bad++;\r
  75 }} else {\r
  76 bad++;\r
  77 }}}\r
  78 if (elen < 1) {\r
  79 return 0;\r
  80 }return (100 * (elen - bad)) / elen;\r
  81 }, "~S,~S,~N,~N,~B,~B");\r
  82 c$.isGap = Clazz.defineMethod (c$, "isGap", \r
  83 function (c) {\r
  84 return (c == '-' || c == '.' || c == ' ') ? true : false;\r
  85 }, "~S");\r
  86 c$.isNucleotide = Clazz.defineMethod (c$, "isNucleotide", \r
  87 function (seqs) {\r
  88 if (seqs == null) {\r
  89 return false;\r
  90 }var ntCount = 0;\r
  91 var aaCount = 0;\r
  92 for (var seq, $seq = 0, $$seq = seqs; $seq < $$seq.length && ((seq = $$seq[$seq]) || true); $seq++) {\r
  93 if (seq == null) {\r
  94 continue;\r
  95 }for (var c, $c = 0, $$c = seq.getSequence (); $c < $$c.length && ((c = $$c[$c]) || true); $c++) {\r
  96 if ('a' <= c && c <= 'z') {\r
  97 c = String.fromCharCode (c.charCodeAt (0) - 32);\r
  98 }if (c == 'A' || c == 'G' || c == 'C' || c == 'T' || c == 'U') {\r
  99 ntCount++;\r
 100 } else if (!jalview.util.Comparison.isGap (c)) {\r
 101 aaCount++;\r
 102 }}\r
 103 }\r
 104 if (ntCount * 100 > 85 * (ntCount + aaCount)) {\r
 105 return true;\r
 106 } else {\r
 107 return false;\r
 108 }}, "~A");\r
 109 c$.isNucleotide2 = Clazz.defineMethod (c$, "isNucleotide2", \r
 110 function (seqs) {\r
 111 if (seqs == null) {\r
 112 return false;\r
 113 }var flattened =  new java.util.ArrayList ();\r
 114 for (var ss, $ss = 0, $$ss = seqs; $ss < $$ss.length && ((ss = $$ss[$ss]) || true); $ss++) {\r
 115 for (var s, $s = 0, $$s = ss; $s < $$s.length && ((s = $$s[$s]) || true); $s++) {\r
 116 flattened.add (s);\r
 117 }\r
 118 }\r
 119 var oneDArray = flattened.toArray ( new Array (flattened.size ()));\r
 120 return jalview.util.Comparison.isNucleotide (oneDArray);\r
 121 }, "~A");\r
 122 Clazz.defineStatics (c$,\r
 123 "EIGHTY_FIVE", 85,\r
 124 "TO_UPPER_CASE", 32,\r
 125 "GAP_SPACE", ' ',\r
 126 "GAP_DOT", '.',\r
 127 "GAP_DASH", '-');\r
 128 c$.GapChars = c$.prototype.GapChars =  String.instantialize ( Clazz.newCharArray (-1, [' ', '.', '-']));\r
 129 Clazz.defineStatics (c$,\r
 130 "caseShift", 32);\r
 131 });\r