bin/jalview/util/MapList.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.util");\r
   2 Clazz.load (["java.util.ArrayList"], "jalview.util.MapList", ["java.lang.StringBuilder", "java.util.Arrays"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.fromShifts = null;\r
   5 this.toShifts = null;\r
   6 this.fromRatio = 0;\r
   7 this.toRatio = 0;\r
   8 this.fromLowest = 0;\r
   9 this.fromHighest = 0;\r
  10 this.toLowest = 0;\r
  11 this.toHighest = 0;\r
  12 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  13 }, jalview.util, "MapList");\r
  14 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  15 this.fromShifts =  new java.util.ArrayList ();\r
  16 this.toShifts =  new java.util.ArrayList ();\r
  17 });\r
  18 Clazz.overrideMethod (c$, "equals", \r
  19 function (o) {\r
  20 if (o == null || !(Clazz.instanceOf (o, jalview.util.MapList))) {\r
  21 return false;\r
  22 }var obj = o;\r
  23 if (obj === this) {\r
  24 return true;\r
  25 }if (obj.fromRatio != this.fromRatio || obj.toRatio != this.toRatio || obj.fromShifts == null || obj.toShifts == null) {\r
  26 return false;\r
  27 }return java.util.Arrays.deepEquals (this.fromShifts.toArray (), obj.fromShifts.toArray ()) && java.util.Arrays.deepEquals (this.toShifts.toArray (), obj.toShifts.toArray ());\r
  28 }, "~O");\r
  29 Clazz.defineMethod (c$, "getFromRanges", \r
  30 function () {\r
  31 return this.fromShifts;\r
  32 });\r
  33 Clazz.defineMethod (c$, "getToRanges", \r
  34 function () {\r
  35 return this.toShifts;\r
  36 });\r
  37 c$.getRanges = Clazz.defineMethod (c$, "getRanges", \r
  38 function (shifts) {\r
  39 var rnges =  Clazz.newIntArray (2 * shifts.size (), 0);\r
  40 var i = 0;\r
  41 for (var r, $r = shifts.iterator (); $r.hasNext () && ((r = $r.next ()) || true);) {\r
  42 rnges[i++] = r[0];\r
  43 rnges[i++] = r[1];\r
  44 }\r
  45 return rnges;\r
  46 }, "java.util.List");\r
  47 Clazz.defineMethod (c$, "getFromRatio", \r
  48 function () {\r
  49 return this.fromRatio;\r
  50 });\r
  51 Clazz.defineMethod (c$, "getToRatio", \r
  52 function () {\r
  53 return this.toRatio;\r
  54 });\r
  55 Clazz.defineMethod (c$, "getFromLowest", \r
  56 function () {\r
  57 return this.fromLowest;\r
  58 });\r
  59 Clazz.defineMethod (c$, "getFromHighest", \r
  60 function () {\r
  61 return this.fromHighest;\r
  62 });\r
  63 Clazz.defineMethod (c$, "getToLowest", \r
  64 function () {\r
  65 return this.toLowest;\r
  66 });\r
  67 Clazz.defineMethod (c$, "getToHighest", \r
  68 function () {\r
  69 return this.toHighest;\r
  70 });\r
  71 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  72 function (from, to, fromRatio, toRatio) {\r
  73 this.fromRatio = fromRatio;\r
  74 this.toRatio = toRatio;\r
  75 this.fromLowest = from[0];\r
  76 this.fromHighest = from[1];\r
  77 for (var i = 0; i < from.length; i += 2) {\r
  78 this.fromLowest = Math.min (this.fromLowest, from[i]);\r
  79 this.fromHighest = Math.max (this.fromHighest, from[i + 1]);\r
  80 this.fromShifts.add ( Clazz.newIntArray (-1, [from[i], from[i + 1]]));\r
  81 }\r
  82 this.toLowest = to[0];\r
  83 this.toHighest = to[1];\r
  84 for (var i = 0; i < to.length; i += 2) {\r
  85 this.toLowest = Math.min (this.toLowest, to[i]);\r
  86 this.toHighest = Math.max (this.toHighest, to[i + 1]);\r
  87 this.toShifts.add ( Clazz.newIntArray (-1, [to[i], to[i + 1]]));\r
  88 }\r
  89 }, "~A,~A,~N,~N");\r
  90 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  91 function (map) {\r
  92 this.fromLowest = map.fromLowest;\r
  93 this.fromHighest = map.fromHighest;\r
  94 this.toLowest = map.toLowest;\r
  95 this.toHighest = map.toHighest;\r
  96 this.fromRatio = map.fromRatio;\r
  97 this.toRatio = map.toRatio;\r
  98 if (map.fromShifts != null) {\r
  99 for (var r, $r = map.fromShifts.iterator (); $r.hasNext () && ((r = $r.next ()) || true);) {\r
 100 this.fromShifts.add ( Clazz.newIntArray (-1, [r[0], r[1]]));\r
 101 }\r
 102 }if (map.toShifts != null) {\r
 103 for (var r, $r = map.toShifts.iterator (); $r.hasNext () && ((r = $r.next ()) || true);) {\r
 104 this.toShifts.add ( Clazz.newIntArray (-1, [r[0], r[1]]));\r
 105 }\r
 106 }}, "jalview.util.MapList");\r
 107 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 108 function (fromRange, toRange, fromRatio, toRatio) {\r
 109 this.fromShifts = fromRange;\r
 110 this.toShifts = toRange;\r
 111 this.fromRatio = fromRatio;\r
 112 this.toRatio = toRatio;\r
 113 this.fromLowest = 2147483647;\r
 114 this.fromHighest = 0;\r
 115 for (var range, $range = fromRange.iterator (); $range.hasNext () && ((range = $range.next ()) || true);) {\r
 116 this.fromLowest = Math.min (this.fromLowest, range[0]);\r
 117 this.fromHighest = Math.max (this.fromHighest, range[1]);\r
 118 }\r
 119 this.toLowest = 2147483647;\r
 120 this.toHighest = 0;\r
 121 for (var range, $range = toRange.iterator (); $range.hasNext () && ((range = $range.next ()) || true);) {\r
 122 this.toLowest = Math.min (this.toLowest, range[0]);\r
 123 this.toHighest = Math.max (this.toHighest, range[1]);\r
 124 }\r
 125 }, "java.util.List,java.util.List,~N,~N");\r
 126 Clazz.defineMethod (c$, "makeFromMap", \r
 127 function () {\r
 128 return this.posMap (this.fromShifts, this.fromRatio, this.toShifts, this.toRatio);\r
 129 });\r
 130 Clazz.defineMethod (c$, "makeToMap", \r
 131 function () {\r
 132 return this.posMap (this.toShifts, this.toRatio, this.fromShifts, this.fromRatio);\r
 133 });\r
 134 Clazz.defineMethod (c$, "posMap", \r
 135 ($fz = function (shiftTo, ratio, shiftFrom, toRatio) {\r
 136 var iv = 0;\r
 137 var ivSize = shiftTo.size ();\r
 138 if (iv >= ivSize) {\r
 139 return null;\r
 140 }var intv = shiftTo.get (iv++);\r
 141 var from = intv[0];\r
 142 var to = intv[1];\r
 143 if (from > to) {\r
 144 from = intv[1];\r
 145 to = intv[0];\r
 146 }while (iv < ivSize) {\r
 147 intv = shiftTo.get (iv++);\r
 148 if (intv[0] < from) {\r
 149 from = intv[0];\r
 150 }if (intv[1] < from) {\r
 151 from = intv[1];\r
 152 }if (intv[0] > to) {\r
 153 to = intv[0];\r
 154 }if (intv[1] > to) {\r
 155 to = intv[1];\r
 156 }}\r
 157 var tF = 0;\r
 158 var tT = 0;\r
 159 var mp =  Clazz.newIntArray (to - from + 2, 0);\r
 160 for (var i = 0; i < mp.length; i++) {\r
 161 var m = jalview.util.MapList.shift (i + from, shiftTo, ratio, shiftFrom, toRatio);\r
 162 if (m != null) {\r
 163 if (i == 0) {\r
 164 tF = tT = m[0];\r
 165 } else {\r
 166 if (m[0] < tF) {\r
 167 tF = m[0];\r
 168 }if (m[0] > tT) {\r
 169 tT = m[0];\r
 170 }}}mp[i] = m;\r
 171 }\r
 172 var map =  Clazz.newArray (-1, [ Clazz.newIntArray (-1, [from, to, tF, tT]),  Clazz.newIntArray (to - from + 2, 0)]);\r
 173 map[0][2] = tF;\r
 174 map[0][3] = tT;\r
 175 for (var i = 0; i < mp.length; i++) {\r
 176 if (mp[i] != null) {\r
 177 map[1][i] = mp[i][0] - tF;\r
 178 } else {\r
 179 map[1][i] = -1;\r
 180 }}\r
 181 return map;\r
 182 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "java.util.List,~N,java.util.List,~N");\r
 183 Clazz.defineMethod (c$, "shiftFrom", \r
 184 function (pos) {\r
 185 return jalview.util.MapList.shift (pos, this.fromShifts, this.fromRatio, this.toShifts, this.toRatio);\r
 186 }, "~N");\r
 187 Clazz.defineMethod (c$, "shiftTo", \r
 188 function (pos) {\r
 189 return jalview.util.MapList.shift (pos, this.toShifts, this.toRatio, this.fromShifts, this.fromRatio);\r
 190 }, "~N");\r
 191 c$.shift = Clazz.defineMethod (c$, "shift", \r
 192 function (pos, shiftTo, fromRatio, shiftFrom, toRatio) {\r
 193 var fromCount = jalview.util.MapList.countPos (shiftTo, pos);\r
 194 if (fromCount == null) {\r
 195 return null;\r
 196 }var fromRemainder = (fromCount[0] - 1) % fromRatio;\r
 197 var toCount = 1 + ((Clazz.doubleToInt ((fromCount[0] - 1) / fromRatio)) * toRatio);\r
 198 var toPos = jalview.util.MapList.countToPos (shiftFrom, toCount);\r
 199 if (toPos == null) {\r
 200 return null;\r
 201 }return  Clazz.newIntArray (-1, [toPos[0], fromRemainder, toPos[1]]);\r
 202 }, "~N,java.util.List,~N,java.util.List,~N");\r
 203 c$.countPos = Clazz.defineMethod (c$, "countPos", \r
 204 function (shiftTo, pos) {\r
 205 var count = 0;\r
 206 var intv;\r
 207 var iv = 0;\r
 208 var ivSize = shiftTo.size ();\r
 209 while (iv < ivSize) {\r
 210 intv = shiftTo.get (iv++);\r
 211 if (intv[0] <= intv[1]) {\r
 212 if (pos >= intv[0] && pos <= intv[1]) {\r
 213 return  Clazz.newIntArray (-1, [count + pos - intv[0] + 1, 1]);\r
 214 } else {\r
 215 count += intv[1] - intv[0] + 1;\r
 216 }} else {\r
 217 if (pos >= intv[1] && pos <= intv[0]) {\r
 218 return  Clazz.newIntArray (-1, [count + intv[0] - pos + 1, -1]);\r
 219 } else {\r
 220 count += intv[0] - intv[1] + 1;\r
 221 }}}\r
 222 return null;\r
 223 }, "java.util.List,~N");\r
 224 c$.countToPos = Clazz.defineMethod (c$, "countToPos", \r
 225 function (shiftFrom, pos) {\r
 226 var count = 0;\r
 227 var diff = 0;\r
 228 var iv = 0;\r
 229 var ivSize = shiftFrom.size ();\r
 230 var intv =  Clazz.newIntArray (-1, [0, 0]);\r
 231 while (iv < ivSize) {\r
 232 intv = shiftFrom.get (iv++);\r
 233 diff = intv[1] - intv[0];\r
 234 if (diff >= 0) {\r
 235 if (pos <= count + 1 + diff) {\r
 236 return  Clazz.newIntArray (-1, [pos - count - 1 + intv[0], 1]);\r
 237 } else {\r
 238 count += 1 + diff;\r
 239 }} else {\r
 240 if (pos <= count + 1 - diff) {\r
 241 return  Clazz.newIntArray (-1, [intv[0] - (pos - count - 1), -1]);\r
 242 } else {\r
 243 count += 1 - diff;\r
 244 }}}\r
 245 return null;\r
 246 }, "java.util.List,~N");\r
 247 Clazz.defineMethod (c$, "locateInFrom", \r
 248 function (start, end) {\r
 249 var fromStart = this.shiftTo (start);\r
 250 var fromEnd = this.shiftTo (end);\r
 251 return jalview.util.MapList.getIntervals (this.fromShifts, fromStart, fromEnd, this.fromRatio);\r
 252 }, "~N,~N");\r
 253 Clazz.defineMethod (c$, "locateInTo", \r
 254 function (start, end) {\r
 255 var toStart = this.shiftFrom (start);\r
 256 var toEnd = this.shiftFrom (end);\r
 257 return jalview.util.MapList.getIntervals (this.toShifts, toStart, toEnd, this.toRatio);\r
 258 }, "~N,~N");\r
 259 c$.getIntervals = Clazz.defineMethod (c$, "getIntervals", \r
 260 function (shiftFrom, fromStart, fromEnd, fromRatio2) {\r
 261 if (fromStart == null || fromEnd == null) {\r
 262 return null;\r
 263 }var startpos;\r
 264 var endpos;\r
 265 startpos = fromStart[0];\r
 266 endpos = fromEnd[0];\r
 267 var endindx = (fromRatio2 - 1);\r
 268 var intv = 0;\r
 269 var intvSize = shiftFrom.size ();\r
 270 var iv;\r
 271 var i = 0;\r
 272 var fs = -1;\r
 273 var fe_s = -1;\r
 274 var fe = -1;\r
 275 while (intv < intvSize && (fs == -1 || fe == -1)) {\r
 276 iv = shiftFrom.get (intv++);\r
 277 if (fe_s > -1) {\r
 278 endpos = iv[0];\r
 279 endindx--;\r
 280 }if (iv[0] <= iv[1]) {\r
 281 if (fs == -1 && startpos >= iv[0] && startpos <= iv[1]) {\r
 282 fs = i;\r
 283 }if (endpos >= iv[0] && endpos <= iv[1]) {\r
 284 if (fe_s == -1) {\r
 285 fe_s = i;\r
 286 }if (fe_s != -1) {\r
 287 if (endpos + endindx <= iv[1]) {\r
 288 fe = i;\r
 289 endpos = endpos + endindx;\r
 290 } else {\r
 291 endindx -= iv[1] - endpos;\r
 292 }}}} else {\r
 293 if (fs == -1 && startpos <= iv[0] && startpos >= iv[1]) {\r
 294 fs = i;\r
 295 }if (endpos <= iv[0] && endpos >= iv[1]) {\r
 296 if (fe_s == -1) {\r
 297 fe_s = i;\r
 298 }if (fe_s != -1) {\r
 299 if (endpos - endindx >= iv[1]) {\r
 300 fe = i;\r
 301 endpos = endpos - endindx;\r
 302 } else {\r
 303 endindx -= endpos - iv[1];\r
 304 }}}}i++;\r
 305 }\r
 306 if (fs == fe && fe == -1) {\r
 307 return null;\r
 308 }var ranges =  new java.util.ArrayList ();\r
 309 if (fs <= fe) {\r
 310 intv = fs;\r
 311 i = fs;\r
 312 iv = shiftFrom.get (intv++);\r
 313 iv =  Clazz.newIntArray (-1, [iv[0], iv[1]]);\r
 314 if (i == fs) {\r
 315 iv[0] = startpos;\r
 316 }while (i != fe) {\r
 317 ranges.add (iv);\r
 318 iv = shiftFrom.get (intv++);\r
 319 iv =  Clazz.newIntArray (-1, [iv[0], iv[1]]);\r
 320 i++;\r
 321 }\r
 322 if (i == fe) {\r
 323 iv[1] = endpos;\r
 324 }ranges.add (iv);\r
 325 } else {\r
 326 i = shiftFrom.size () - 1;\r
 327 while (i > fs) {\r
 328 i--;\r
 329 }\r
 330 iv = shiftFrom.get (i);\r
 331 iv =  Clazz.newIntArray (-1, [iv[1], iv[0]]);\r
 332 if (i == fs) {\r
 333 iv[0] = startpos;\r
 334 }while (--i != fe) {\r
 335 ranges.add (iv);\r
 336 iv = shiftFrom.get (i);\r
 337 iv =  Clazz.newIntArray (-1, [iv[1], iv[0]]);\r
 338 }\r
 339 if (i == fe) {\r
 340 iv[1] = endpos;\r
 341 }ranges.add (iv);\r
 342 }var range = null;\r
 343 if (ranges != null && ranges.size () > 0) {\r
 344 range =  Clazz.newIntArray (ranges.size () * 2, 0);\r
 345 intv = 0;\r
 346 intvSize = ranges.size ();\r
 347 i = 0;\r
 348 while (intv < intvSize) {\r
 349 iv = ranges.get (intv);\r
 350 range[i++] = iv[0];\r
 351 range[i++] = iv[1];\r
 352 ranges.set (intv++, null);\r
 353 }\r
 354 }return range;\r
 355 }, "java.util.List,~A,~A,~N");\r
 356 Clazz.defineMethod (c$, "getToPosition", \r
 357 function (mpos) {\r
 358 var mp = this.shiftTo (mpos);\r
 359 if (mp != null) {\r
 360 return mp[0];\r
 361 }return mpos;\r
 362 }, "~N");\r
 363 Clazz.defineMethod (c$, "getToWord", \r
 364 function (mpos) {\r
 365 var mp = this.shiftTo (mpos);\r
 366 if (mp != null) {\r
 367 return  Clazz.newIntArray (-1, [mp[0], mp[0] + mp[2] * (this.getFromRatio () - 1)]);\r
 368 }return null;\r
 369 }, "~N");\r
 370 Clazz.defineMethod (c$, "getMappedPosition", \r
 371 function (pos) {\r
 372 var mp = this.shiftFrom (pos);\r
 373 if (mp != null) {\r
 374 return mp[0];\r
 375 }return pos;\r
 376 }, "~N");\r
 377 Clazz.defineMethod (c$, "getMappedWord", \r
 378 function (pos) {\r
 379 var mp = this.shiftFrom (pos);\r
 380 if (mp != null) {\r
 381 return  Clazz.newIntArray (-1, [mp[0], mp[0] + mp[2] * (this.getToRatio () - 1)]);\r
 382 }return null;\r
 383 }, "~N");\r
 384 Clazz.defineMethod (c$, "getInverse", \r
 385 function () {\r
 386 return  new jalview.util.MapList (this.getToRanges (), this.getFromRanges (), this.getToRatio (), this.getFromRatio ());\r
 387 });\r
 388 Clazz.defineMethod (c$, "containsEither", \r
 389 function (local, map) {\r
 390 if (local) {\r
 391 return ((this.getFromLowest () >= map.getFromLowest () && this.getFromHighest () <= map.getFromHighest ()) || (this.getFromLowest () <= map.getFromLowest () && this.getFromHighest () >= map.getFromHighest ()));\r
 392 } else {\r
 393 return ((this.getToLowest () >= map.getToLowest () && this.getToHighest () <= map.getToHighest ()) || (this.getToLowest () <= map.getToLowest () && this.getToHighest () >= map.getToHighest ()));\r
 394 }}, "~B,jalview.util.MapList");\r
 395 Clazz.overrideMethod (c$, "toString", \r
 396 function () {\r
 397 var sb =  new StringBuilder (64);\r
 398 sb.append ("From (").append (this.fromRatio).append (":").append (this.toRatio).append (") [");\r
 399 for (var shift, $shift = this.fromShifts.iterator (); $shift.hasNext () && ((shift = $shift.next ()) || true);) {\r
 400 sb.append (" ").append (java.util.Arrays.toString (shift));\r
 401 }\r
 402 sb.append (" ] To [");\r
 403 for (var shift, $shift = this.toShifts.iterator (); $shift.hasNext () && ((shift = $shift.next ()) || true);) {\r
 404 sb.append (" ").append (java.util.Arrays.toString (shift));\r
 405 }\r
 406 sb.append (" ]");\r
 407 return sb.toString ();\r
 408 });\r
 409 });\r