bin/jalview/util/MappingUtils.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.util");
   2 Clazz.load (null, "jalview.util.MappingUtils", ["jalview.analysis.AlignmentSorter", "jalview.commands.EditCommand", "$.OrderCommand", "jalview.datamodel.AlignmentOrder", "$.ColumnSelection", "$.SearchResults", "$.Sequence", "$.SequenceGroup", "jalview.util.Comparison", "$.StringUtils", "java.util.ArrayList", "$.Collections", "$.HashMap"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.util, "MappingUtils");
   4 c$.mapCutOrPaste = Clazz.defineMethod (c$, "mapCutOrPaste",
   5 function (edit, undo, targetSeqs, result, mappings) {
   6 var action = edit.getAction ();
   7 if (undo) {
   8 action = action.getUndoAction ();
   9 }System.err.println ("MappingUtils.mapCutOrPaste not yet implemented");
  10 }, "jalview.commands.EditCommand.Edit,~B,java.util.List,jalview.commands.EditCommand,java.util.Set");
  11 c$.mapEditCommand = Clazz.defineMethod (c$, "mapEditCommand",
  12 function (command, undo, mapTo, gapChar, mappings) {
  13 if (!mapTo.isNucleotide ()) {
  14 return null;
  15 }var targetCopies =  new java.util.HashMap ();
  16 for (var seq, $seq = mapTo.getSequences ().iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {
  17 var ds = seq.getDatasetSequence ();
  18 if (ds != null) {
  19 var copy =  new jalview.datamodel.Sequence (seq);
  20 copy.setDatasetSequence (ds);
  21 targetCopies.put (ds, copy);
  22 }}
  23 var originalSequences = command.priorState (undo);
  24 var result =  new jalview.commands.EditCommand ();
  25 var edits = command.getEditIterator (!undo);
  26 while (edits.hasNext ()) {
  27 var edit = edits.next ();
  28 if (edit.getAction () === jalview.commands.EditCommand.Action.CUT || edit.getAction () === jalview.commands.EditCommand.Action.PASTE) {
  29 jalview.util.MappingUtils.mapCutOrPaste (edit, undo, mapTo.getSequences (), result, mappings);
  30 } else if (edit.getAction () === jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_GAP || edit.getAction () === jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP) {
  31 jalview.util.MappingUtils.mapInsertOrDelete (edit, undo, originalSequences, mapTo.getSequences (), targetCopies, gapChar, result, mappings);
  32 }}
  33 return result.getSize () > 0 ? result : null;
  34 }, "jalview.commands.EditCommand,~B,jalview.datamodel.AlignmentI,~S,java.util.Set");
  35 c$.mapInsertOrDelete = Clazz.defineMethod (c$, "mapInsertOrDelete",
  36 function (edit, undo, originalSequences, targetSeqs, targetCopies, gapChar, result, mappings) {
  37 var action = edit.getAction ();
  38 if (undo) {
  39 action = action.getUndoAction ();
  40 }var count = edit.getNumber ();
  41 var editPos = edit.getPosition ();
  42 for (var seq, $seq = 0, $$seq = edit.getSequences (); $seq < $$seq.length && ((seq = $$seq[$seq]) || true); $seq++) {
  43 var ds = seq.getDatasetSequence ();
  44 if (ds == null) {
  45 continue;
  46 }var actedOn = originalSequences.get (ds);
  47 var seqpos = actedOn.findPosition (editPos);
  48 var sr = jalview.util.MappingUtils.buildSearchResults (seq, seqpos, mappings);
  49 if (!sr.isEmpty ()) {
  50 for (var targetSeq, $targetSeq = targetSeqs.iterator (); $targetSeq.hasNext () && ((targetSeq = $targetSeq.next ()) || true);) {
  51 ds = targetSeq.getDatasetSequence ();
  52 if (ds == null) {
  53 continue;
  54 }var copyTarget = targetCopies.get (ds);
  55 var match = sr.getResults (copyTarget, 0, copyTarget.getLength ());
  56 if (match != null) {
  57 var ratio = 3;
  58 var mappedCount = count * 3;
  59 var mappedEditPos = action === jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP ? match[0] - mappedCount : match[0];
  60 var e = resultClazz.innerTypeInstance (jalview.commands.EditCommand.Edit, this, null, action,  Clazz.newArray (-1, [targetSeq]), mappedEditPos, mappedCount, gapChar);
  61 result.addEdit (e);
  62 if (action === jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_GAP) {
  63 copyTarget.setSequence ( String.instantialize (jalview.util.StringUtils.insertCharAt (copyTarget.getSequence (), mappedEditPos, mappedCount, gapChar)));
  64 } else if (action === jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP) {
  65 copyTarget.setSequence ( String.instantialize (jalview.util.StringUtils.deleteChars (copyTarget.getSequence (), mappedEditPos, mappedEditPos + mappedCount)));
  66 }}}
  67 }if (action === jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_GAP) {
  68 actedOn.setSequence ( String.instantialize (jalview.util.StringUtils.insertCharAt (actedOn.getSequence (), editPos, count, gapChar)));
  69 } else if (action === jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP) {
  70 actedOn.setSequence ( String.instantialize (jalview.util.StringUtils.deleteChars (actedOn.getSequence (), editPos, editPos + count)));
  71 }}
  72 }, "jalview.commands.EditCommand.Edit,~B,java.util.Map,java.util.List,java.util.Map,~S,jalview.commands.EditCommand,java.util.Set");
  73 c$.buildSearchResults = Clazz.defineMethod (c$, "buildSearchResults",
  74 function (seq, index, seqmappings) {
  75 var results =  new jalview.datamodel.SearchResults ();
  76 jalview.util.MappingUtils.addSearchResults (results, seq, index, seqmappings);
  77 return results;
  78 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,java.util.Set");
  79 c$.addSearchResults = Clazz.defineMethod (c$, "addSearchResults",
  80 function (results, seq, index, seqmappings) {
  81 if (index >= seq.getStart () && index <= seq.getEnd ()) {
  82 for (var acf, $acf = seqmappings.iterator (); $acf.hasNext () && ((acf = $acf.next ()) || true);) {
  83 acf.markMappedRegion (seq, index, results);
  84 }
  85 }}, "jalview.datamodel.SearchResults,jalview.datamodel.SequenceI,~N,java.util.Set");
  86 c$.mapSequenceGroup = Clazz.defineMethod (c$, "mapSequenceGroup",
  87 function (sg, mapFrom, mapTo) {
  88 var targetIsNucleotide = mapTo.isNucleotide ();
  89 var protein = targetIsNucleotide ? mapFrom : mapTo;
  90 var codonFrames = protein.getAlignment ().getCodonFrames ();
  91 var mappedGroup =  new jalview.datamodel.SequenceGroup (sg);
  92 mappedGroup.cs = mapTo.getGlobalColourScheme ();
  93 mappedGroup.clear ();
  94 var minStartCol = -1;
  95 var maxEndCol = -1;
  96 var selectionStartRes = sg.getStartRes ();
  97 var selectionEndRes = sg.getEndRes ();
  98 for (var selected, $selected = sg.getSequences ().iterator (); $selected.hasNext () && ((selected = $selected.next ()) || true);) {
  99 var firstUngappedPos = selectionStartRes;
 100 while (firstUngappedPos <= selectionEndRes && jalview.util.Comparison.isGap (selected.getCharAt (firstUngappedPos))) {
 101 firstUngappedPos++;
 102 }
 103 if (firstUngappedPos > selectionEndRes) {
 104 continue;
 105 }var lastUngappedPos = selectionEndRes;
 106 while (lastUngappedPos >= selectionStartRes && jalview.util.Comparison.isGap (selected.getCharAt (lastUngappedPos))) {
 107 lastUngappedPos--;
 108 }
 109 var startResiduePos = selected.findPosition (firstUngappedPos);
 110 var endResiduePos = selected.findPosition (lastUngappedPos);
 111 for (var acf, $acf = codonFrames.iterator (); $acf.hasNext () && ((acf = $acf.next ()) || true);) {
 112 var mappedSequence = targetIsNucleotide ? acf.getDnaForAaSeq (selected) : acf.getAaForDnaSeq (selected);
 113 if (mappedSequence != null) {
 114 for (var seq, $seq = mapTo.getAlignment ().getSequences ().iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {
 115 var mappedStartResidue = 0;
 116 var mappedEndResidue = 0;
 117 if (seq.getDatasetSequence () === mappedSequence) {
 118 var sr = jalview.util.MappingUtils.buildSearchResults (selected, startResiduePos, java.util.Collections.singleton (acf));
 119 for (var m, $m = sr.getResults ().iterator (); $m.hasNext () && ((m = $m.next ()) || true);) {
 120 mappedStartResidue = m.getStart ();
 121 mappedEndResidue = m.getEnd ();
 122 }
 123 sr = jalview.util.MappingUtils.buildSearchResults (selected, endResiduePos, java.util.Collections.singleton (acf));
 124 for (var m, $m = sr.getResults ().iterator (); $m.hasNext () && ((m = $m.next ()) || true);) {
 125 mappedStartResidue = Math.min (mappedStartResidue, m.getStart ());
 126 mappedEndResidue = Math.max (mappedEndResidue, m.getEnd ());
 127 }
 128 var mappedStartCol = seq.findIndex (mappedStartResidue) - 1;
 129 minStartCol = minStartCol == -1 ? mappedStartCol : Math.min (minStartCol, mappedStartCol);
 130 var mappedEndCol = seq.findIndex (mappedEndResidue) - 1;
 131 maxEndCol = maxEndCol == -1 ? mappedEndCol : Math.max (maxEndCol, mappedEndCol);
 132 mappedGroup.addSequence (seq, false);
 133 break;
 134 }}
 135 }}
 136 }
 137 mappedGroup.setStartRes (minStartCol < 0 ? 0 : minStartCol);
 138 mappedGroup.setEndRes (maxEndCol < 0 ? 0 : maxEndCol);
 139 return mappedGroup;
 140 }, "jalview.datamodel.SequenceGroup,jalview.api.AlignViewportI,jalview.api.AlignViewportI");
 141 c$.mapOrderCommand = Clazz.defineMethod (c$, "mapOrderCommand",
 142 function (command, undo, mapTo, mappings) {
 143 var sortOrder = command.getSequenceOrder (undo);
 144 var mappedOrder =  new java.util.ArrayList ();
 145 var j = 0;
 146 var mappingToNucleotide = mapTo.isNucleotide ();
 147 for (var seq, $seq = 0, $$seq = sortOrder; $seq < $$seq.length && ((seq = $$seq[$seq]) || true); $seq++) {
 148 for (var acf, $acf = mappings.iterator (); $acf.hasNext () && ((acf = $acf.next ()) || true);) {
 149 var mappedSeq = mappingToNucleotide ? acf.getDnaForAaSeq (seq) : acf.getAaForDnaSeq (seq);
 150 if (mappedSeq != null) {
 151 for (var seq2, $seq2 = mapTo.getSequences ().iterator (); $seq2.hasNext () && ((seq2 = $seq2.next ()) || true);) {
 152 if (seq2.getDatasetSequence () === mappedSeq) {
 153 mappedOrder.add (seq2);
 154 j++;
 155 break;
 156 }}
 157 }}
 158 }
 159 if (j == 0) {
 160 return null;
 161 }if (j < mapTo.getHeight ()) {
 162 for (var seq, $seq = mapTo.getSequences ().iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {
 163 if (!mappedOrder.contains (seq)) {
 164 mappedOrder.add (seq);
 165 }}
 166 }var mappedOrderArray = mappedOrder.toArray ( new Array (mappedOrder.size ()));
 167 var oldOrder = mapTo.getSequencesArray ();
 168 jalview.analysis.AlignmentSorter.sortBy (mapTo,  new jalview.datamodel.AlignmentOrder (mappedOrderArray));
 169 var result =  new jalview.commands.OrderCommand (command.getDescription (), oldOrder, mapTo);
 170 return result;
 171 }, "jalview.commands.OrderCommand,~B,jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.Set");
 172 c$.mapColumnSelection = Clazz.defineMethod (c$, "mapColumnSelection",
 173 function (colsel, mapFrom, mapTo) {
 174 var targetIsNucleotide = mapTo.isNucleotide ();
 175 var protein = targetIsNucleotide ? mapFrom : mapTo;
 176 var codonFrames = protein.getAlignment ().getCodonFrames ();
 177 var mappedColumns =  new jalview.datamodel.ColumnSelection ();
 178 if (colsel == null) {
 179 return mappedColumns;
 180 }var fromGapChar = mapFrom.getAlignment ().getGapCharacter ();
 181 for (var obj, $obj = colsel.getSelected ().iterator (); $obj.hasNext () && ((obj = $obj.next ()) || true);) {
 182 var col = (obj).intValue ();
 183 var mappedToMin = 2147483647;
 184 var mappedToMax = -2147483648;
 185 for (var fromSeq, $fromSeq = mapFrom.getAlignment ().getSequences ().iterator (); $fromSeq.hasNext () && ((fromSeq = $fromSeq.next ()) || true);) {
 186 if (fromSeq.getCharAt (col) == fromGapChar) {
 187 continue;
 188 }var residuePos = fromSeq.findPosition (col);
 189 var sr = jalview.util.MappingUtils.buildSearchResults (fromSeq, residuePos, codonFrames);
 190 for (var m, $m = sr.getResults ().iterator (); $m.hasNext () && ((m = $m.next ()) || true);) {
 191 var mappedStartResidue = m.getStart ();
 192 var mappedEndResidue = m.getEnd ();
 193 var mappedSeq = m.getSequence ();
 194 for (var toSeq, $toSeq = mapTo.getAlignment ().getSequences ().iterator (); $toSeq.hasNext () && ((toSeq = $toSeq.next ()) || true);) {
 195 if (toSeq.getDatasetSequence () === mappedSeq) {
 196 var mappedStartCol = toSeq.findIndex (mappedStartResidue);
 197 var mappedEndCol = toSeq.findIndex (mappedEndResidue);
 198 mappedToMin = Math.min (mappedToMin, mappedStartCol);
 199 mappedToMax = Math.max (mappedToMax, mappedEndCol);
 200 break;
 201 }}
 202 }
 203 }
 204 for (var i = mappedToMin; i <= mappedToMax; i++) {
 205 mappedColumns.addElement (i - 1);
 206 }
 207 }
 208 return mappedColumns;
 209 }, "jalview.datamodel.ColumnSelection,jalview.api.AlignViewportI,jalview.api.AlignViewportI");
 210 c$.findCodonFor = Clazz.defineMethod (c$, "findCodonFor",
 211 function (seq, col, mappings) {
 212 var dsPos = seq.findPosition (col);
 213 for (var mapping, $mapping = mappings.iterator (); $mapping.hasNext () && ((mapping = $mapping.next ()) || true);) {
 214 if (mapping.involvesSequence (seq)) {
 215 return mapping.getMappedCodon (seq.getDatasetSequence (), dsPos);
 216 }}
 217 return null;
 218 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,java.util.Set");
 219 c$.flattenRanges = Clazz.defineMethod (c$, "flattenRanges",
 220 function (ranges) {
 221 var count = 0;
 222 for (var i = 0; i < ranges.length - 1; i += 2) {
 223 count += ranges[i + 1] - ranges[i] + 1;
 224 }
 225 var result =  Clazz.newIntArray (count, 0);
 226 var k = 0;
 227 for (var i = 0; i < ranges.length - 1; i += 2) {
 228 for (var j = ranges[i]; j <= ranges[i + 1]; j++) {
 229 result[k++] = j;
 230 }
 231 }
 232 return result;
 233 }, "~A");
 234 c$.findMappingsForSequence = Clazz.defineMethod (c$, "findMappingsForSequence",
 235 function (sequence, mappings) {
 236 var result =  new java.util.ArrayList ();
 237 if (sequence == null || mappings == null) {
 238 return result;
 239 }for (var mapping, $mapping = mappings.iterator (); $mapping.hasNext () && ((mapping = $mapping.next ()) || true);) {
 240 if (mapping.involvesSequence (sequence)) {
 241 result.add (mapping);
 242 }}
 243 return result;
 244 }, "jalview.datamodel.SequenceI,java.util.Set");
 245 });