bin/jalview/util/ShiftList.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.util");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.util.ShiftList", ["java.util.ArrayList"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.shifts = null;\r
   5 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   6 }, jalview.util, "ShiftList");\r
   7 Clazz.makeConstructor (c$, \r
   8 function () {\r
   9 this.shifts =  new java.util.ArrayList ();\r
  10 });\r
  11 Clazz.defineMethod (c$, "addShift", \r
  12 function (pos, shift) {\r
  13 {\r
  14 var sidx = 0;\r
  15 var rshift = null;\r
  16 while (sidx < this.shifts.size () && (rshift = this.shifts.get (sidx))[0] < pos) {\r
  17 sidx++;\r
  18 }\r
  19 if (sidx == this.shifts.size ()) {\r
  20 this.shifts.add (sidx,  Clazz.newIntArray (-1, [pos, shift]));\r
  21 } else {\r
  22 rshift[1] += shift;\r
  23 }}}, "~N,~N");\r
  24 Clazz.defineMethod (c$, "shift", \r
  25 function (pos) {\r
  26 if (this.shifts.size () == 0) {\r
  27 return pos;\r
  28 }var shifted = pos;\r
  29 var sidx = 0;\r
  30 var rshift;\r
  31 while (sidx < this.shifts.size () && (rshift = (this.shifts.get (sidx++)))[0] <= pos) {\r
  32 shifted += rshift[1];\r
  33 }\r
  34 return shifted;\r
  35 }, "~N");\r
  36 Clazz.defineMethod (c$, "clear", \r
  37 function () {\r
  38 this.shifts.clear ();\r
  39 });\r
  40 Clazz.defineMethod (c$, "getInverse", \r
  41 function () {\r
  42 var inverse =  new jalview.util.ShiftList ();\r
  43 {\r
  44 if (this.shifts != null) {\r
  45 for (var sh, $sh = this.shifts.iterator (); $sh.hasNext () && ((sh = $sh.next ()) || true);) {\r
  46 if (sh != null) {\r
  47 inverse.shifts.add ( Clazz.newIntArray (-1, [sh[0], -sh[1]]));\r
  48 }}\r
  49 }}return inverse;\r
  50 });\r
  51 c$.parseMap = Clazz.defineMethod (c$, "parseMap", \r
  52 function (gapMap) {\r
  53 var shiftList = null;\r
  54 if (gapMap != null && gapMap.length > 0) {\r
  55 shiftList =  new jalview.util.ShiftList ();\r
  56 for (var i = 0, p = 0; i < gapMap.length; p++, i++) {\r
  57 if (p != gapMap[i]) {\r
  58 shiftList.addShift (p, gapMap[i] - p);\r
  59 p = gapMap[i];\r
  60 }}\r
  61 }return shiftList;\r
  62 }, "~A");\r
  63 Clazz.defineMethod (c$, "getShifts", \r
  64 function () {\r
  65 return this.shifts;\r
  66 });\r
  67 });\r