bin/jalview/viewmodel/AlignmentViewport.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.viewmodel");\r
   2 Clazz.load (["jalview.api.AlignViewportI", "jalview.structure.CommandListener", "$.VamsasSource", "jalview.datamodel.ColumnSelection", "jalview.viewmodel.styles.ViewStyle", "jalview.workers.AlignCalcManager", "java.beans.PropertyChangeSupport", "java.util.ArrayDeque", "$.HashMap"], "jalview.viewmodel.AlignmentViewport", ["jalview.analysis.Conservation", "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation", "$.AlignmentView", "$.CigarArray", "$.Sequence", "$.SequenceGroup", "jalview.schemes.Blosum62ColourScheme", "$.PIDColourScheme", "$.ResidueProperties", "jalview.util.Comparison", "$.MappingUtils", "jalview.workers.ComplementConsensusThread", "$.ConsensusThread", "$.ConservationThread", "$.StrucConsensusThread", "java.awt.Color", "java.util.ArrayList", "$.BitSet", "$.Hashtable"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.viewStyle = null;\r
   5 this.codingComplement = null;\r
   6 this.featuresDisplayed = null;\r
   7 this.historyList = null;\r
   8 this.redoList = null;\r
   9 this.alignment = null;\r
  10 this.sequenceSetID = null;\r
  11 this.$isDataset = false;\r
  12 this.hiddenRepSequences = null;\r
  13 this.colSel = null;\r
  14 this.autoCalculateConsensus = true;\r
  15 this.autoCalculateStrucConsensus = true;\r
  16 this.ignoreGapsInConsensusCalculation = false;\r
  17 this.globalColourScheme = null;\r
  18 this.consensus = null;\r
  19 this.complementConsensus = null;\r
  20 this.strucConsensus = null;\r
  21 this.conservation = null;\r
  22 this.quality = null;\r
  23 this.groupConsensus = null;\r
  24 this.groupConservation = null;\r
  25 this.hconsensus = null;\r
  26 this.hcomplementConsensus = null;\r
  27 this.hStrucConsensus = null;\r
  28 this.hconservation = null;\r
  29 this.ConsPercGaps = 25;\r
  30 this.calculator = null;\r
  31 this.showGroupConservation = false;\r
  32 this.showGroupConsensus = false;\r
  33 this.showSequenceLogo = false;\r
  34 this.normaliseSequenceLogo = false;\r
  35 this.showConsensusHistogram = true;\r
  36 this.padGaps = false;\r
  37 this.sortByTree = false;\r
  38 this.selectionGroup = null;\r
  39 this.viewId = null;\r
  40 this.sgrouphash = -1;\r
  41 this.colselhash = -1;\r
  42 this.changeSupport = null;\r
  43 this.showConservation = true;\r
  44 this.showQuality = true;\r
  45 this.showConsensus = true;\r
  46 this.sequenceColours = null;\r
  47 this.sortAnnotationsBy = null;\r
  48 this.showAutocalculatedAbove = false;\r
  49 this.followHighlight = true;\r
  50 this.startRes = 0;\r
  51 this.endRes = 0;\r
  52 this.startSeq = 0;\r
  53 this.endSeq = 0;\r
  54 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  55 }, jalview.viewmodel, "AlignmentViewport", null, [jalview.api.AlignViewportI, jalview.structure.CommandListener, jalview.structure.VamsasSource]);\r
  56 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  57 this.viewStyle =  new jalview.viewmodel.styles.ViewStyle ();\r
  58 this.historyList =  new java.util.ArrayDeque ();\r
  59 this.redoList =  new java.util.ArrayDeque ();\r
  60 this.colSel =  new jalview.datamodel.ColumnSelection ();\r
  61 this.calculator =  new jalview.workers.AlignCalcManager ();\r
  62 this.changeSupport =  new java.beans.PropertyChangeSupport (this);\r
  63 this.sequenceColours =  new java.util.HashMap ();\r
  64 });\r
  65 Clazz.defineMethod (c$, "setFontName", \r
  66 function (name) {\r
  67 this.viewStyle.setFontName (name);\r
  68 }, "~S");\r
  69 Clazz.defineMethod (c$, "setFontStyle", \r
  70 function (style) {\r
  71 this.viewStyle.setFontStyle (style);\r
  72 }, "~N");\r
  73 Clazz.defineMethod (c$, "setFontSize", \r
  74 function (size) {\r
  75 this.viewStyle.setFontSize (size);\r
  76 }, "~N");\r
  77 Clazz.defineMethod (c$, "getFontStyle", \r
  78 function () {\r
  79 return this.viewStyle.getFontStyle ();\r
  80 });\r
  81 Clazz.defineMethod (c$, "getFontName", \r
  82 function () {\r
  83 return this.viewStyle.getFontName ();\r
  84 });\r
  85 Clazz.defineMethod (c$, "getFontSize", \r
  86 function () {\r
  87 return this.viewStyle.getFontSize ();\r
  88 });\r
  89 Clazz.defineMethod (c$, "setUpperCasebold", \r
  90 function (upperCasebold) {\r
  91 this.viewStyle.setUpperCasebold (upperCasebold);\r
  92 }, "~B");\r
  93 Clazz.defineMethod (c$, "isUpperCasebold", \r
  94 function () {\r
  95 return this.viewStyle.isUpperCasebold ();\r
  96 });\r
  97 Clazz.defineMethod (c$, "isSeqNameItalics", \r
  98 function () {\r
  99 return this.viewStyle.isSeqNameItalics ();\r
 100 });\r
 101 Clazz.defineMethod (c$, "setColourByReferenceSeq", \r
 102 function (colourByReferenceSeq) {\r
 103 this.viewStyle.setColourByReferenceSeq (colourByReferenceSeq);\r
 104 }, "~B");\r
 105 Clazz.defineMethod (c$, "setColourAppliesToAllGroups", \r
 106 function (b) {\r
 107 this.viewStyle.setColourAppliesToAllGroups (b);\r
 108 }, "~B");\r
 109 Clazz.defineMethod (c$, "getColourAppliesToAllGroups", \r
 110 function () {\r
 111 return this.viewStyle.getColourAppliesToAllGroups ();\r
 112 });\r
 113 Clazz.defineMethod (c$, "getAbovePIDThreshold", \r
 114 function () {\r
 115 return this.viewStyle.getAbovePIDThreshold ();\r
 116 });\r
 117 Clazz.defineMethod (c$, "setIncrement", \r
 118 function (inc) {\r
 119 this.viewStyle.setIncrement (inc);\r
 120 }, "~N");\r
 121 Clazz.defineMethod (c$, "getIncrement", \r
 122 function () {\r
 123 return this.viewStyle.getIncrement ();\r
 124 });\r
 125 Clazz.defineMethod (c$, "setConservationSelected", \r
 126 function (b) {\r
 127 this.viewStyle.setConservationSelected (b);\r
 128 }, "~B");\r
 129 Clazz.defineMethod (c$, "setShowHiddenMarkers", \r
 130 function (show) {\r
 131 this.viewStyle.setShowHiddenMarkers (show);\r
 132 }, "~B");\r
 133 Clazz.defineMethod (c$, "getShowHiddenMarkers", \r
 134 function () {\r
 135 return this.viewStyle.getShowHiddenMarkers ();\r
 136 });\r
 137 Clazz.defineMethod (c$, "setScaleRightWrapped", \r
 138 function (b) {\r
 139 this.viewStyle.setScaleRightWrapped (b);\r
 140 }, "~B");\r
 141 Clazz.defineMethod (c$, "setScaleLeftWrapped", \r
 142 function (b) {\r
 143 this.viewStyle.setScaleLeftWrapped (b);\r
 144 }, "~B");\r
 145 Clazz.defineMethod (c$, "setScaleAboveWrapped", \r
 146 function (b) {\r
 147 this.viewStyle.setScaleAboveWrapped (b);\r
 148 }, "~B");\r
 149 Clazz.defineMethod (c$, "getScaleLeftWrapped", \r
 150 function () {\r
 151 return this.viewStyle.getScaleLeftWrapped ();\r
 152 });\r
 153 Clazz.defineMethod (c$, "getScaleAboveWrapped", \r
 154 function () {\r
 155 return this.viewStyle.getScaleAboveWrapped ();\r
 156 });\r
 157 Clazz.defineMethod (c$, "getScaleRightWrapped", \r
 158 function () {\r
 159 return this.viewStyle.getScaleRightWrapped ();\r
 160 });\r
 161 Clazz.defineMethod (c$, "setAbovePIDThreshold", \r
 162 function (b) {\r
 163 this.viewStyle.setAbovePIDThreshold (b);\r
 164 }, "~B");\r
 165 Clazz.defineMethod (c$, "setThreshold", \r
 166 function (thresh) {\r
 167 this.viewStyle.setThreshold (thresh);\r
 168 }, "~N");\r
 169 Clazz.defineMethod (c$, "getThreshold", \r
 170 function () {\r
 171 return this.viewStyle.getThreshold ();\r
 172 });\r
 173 Clazz.defineMethod (c$, "getShowJVSuffix", \r
 174 function () {\r
 175 return this.viewStyle.getShowJVSuffix ();\r
 176 });\r
 177 Clazz.defineMethod (c$, "setShowJVSuffix", \r
 178 function (b) {\r
 179 this.viewStyle.setShowJVSuffix (b);\r
 180 }, "~B");\r
 181 Clazz.defineMethod (c$, "setWrapAlignment", \r
 182 function (state) {\r
 183 this.viewStyle.setWrapAlignment (state);\r
 184 }, "~B");\r
 185 Clazz.defineMethod (c$, "setShowText", \r
 186 function (state) {\r
 187 this.viewStyle.setShowText (state);\r
 188 }, "~B");\r
 189 Clazz.defineMethod (c$, "setRenderGaps", \r
 190 function (state) {\r
 191 this.viewStyle.setRenderGaps (state);\r
 192 }, "~B");\r
 193 Clazz.defineMethod (c$, "getColourText", \r
 194 function () {\r
 195 return this.viewStyle.getColourText ();\r
 196 });\r
 197 Clazz.defineMethod (c$, "setColourText", \r
 198 function (state) {\r
 199 this.viewStyle.setColourText (state);\r
 200 }, "~B");\r
 201 Clazz.defineMethod (c$, "getWrapAlignment", \r
 202 function () {\r
 203 return this.viewStyle.getWrapAlignment ();\r
 204 });\r
 205 Clazz.defineMethod (c$, "getShowText", \r
 206 function () {\r
 207 return this.viewStyle.getShowText ();\r
 208 });\r
 209 Clazz.defineMethod (c$, "getWrappedWidth", \r
 210 function () {\r
 211 return this.viewStyle.getWrappedWidth ();\r
 212 });\r
 213 Clazz.defineMethod (c$, "setWrappedWidth", \r
 214 function (w) {\r
 215 this.viewStyle.setWrappedWidth (w);\r
 216 }, "~N");\r
 217 Clazz.defineMethod (c$, "getCharHeight", \r
 218 function () {\r
 219 return this.viewStyle.getCharHeight ();\r
 220 });\r
 221 Clazz.defineMethod (c$, "setCharHeight", \r
 222 function (h) {\r
 223 this.viewStyle.setCharHeight (h);\r
 224 }, "~N");\r
 225 Clazz.defineMethod (c$, "getCharWidth", \r
 226 function () {\r
 227 return this.viewStyle.getCharWidth ();\r
 228 });\r
 229 Clazz.defineMethod (c$, "setCharWidth", \r
 230 function (w) {\r
 231 this.viewStyle.setCharWidth (w);\r
 232 }, "~N");\r
 233 Clazz.defineMethod (c$, "getShowBoxes", \r
 234 function () {\r
 235 return this.viewStyle.getShowBoxes ();\r
 236 });\r
 237 Clazz.defineMethod (c$, "getShowUnconserved", \r
 238 function () {\r
 239 return this.viewStyle.getShowUnconserved ();\r
 240 });\r
 241 Clazz.defineMethod (c$, "setShowUnconserved", \r
 242 function (showunconserved) {\r
 243 this.viewStyle.setShowUnconserved (showunconserved);\r
 244 }, "~B");\r
 245 Clazz.defineMethod (c$, "setSeqNameItalics", \r
 246 function (default1) {\r
 247 this.viewStyle.setSeqNameItalics (default1);\r
 248 }, "~B");\r
 249 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignment", \r
 250 function () {\r
 251 return this.alignment;\r
 252 });\r
 253 Clazz.overrideMethod (c$, "getGapCharacter", \r
 254 function () {\r
 255 return this.alignment.getGapCharacter ();\r
 256 });\r
 257 Clazz.defineMethod (c$, "setDataset", \r
 258 function (b) {\r
 259 this.$isDataset = b;\r
 260 }, "~B");\r
 261 Clazz.defineMethod (c$, "isDataset", \r
 262 function () {\r
 263 return this.$isDataset;\r
 264 });\r
 265 Clazz.overrideMethod (c$, "setGlobalColourScheme", \r
 266 function (cs) {\r
 267 this.globalColourScheme = cs;\r
 268 var recalc = false;\r
 269 if (cs != null) {\r
 270 cs.setConservationApplied (recalc = this.getConservationSelected ());\r
 271 if (this.getAbovePIDThreshold () || Clazz.instanceOf (cs, jalview.schemes.PIDColourScheme) || Clazz.instanceOf (cs, jalview.schemes.Blosum62ColourScheme)) {\r
 272 recalc = true;\r
 273 cs.setThreshold (this.viewStyle.getThreshold (), this.ignoreGapsInConsensusCalculation);\r
 274 } else {\r
 275 cs.setThreshold (0, this.ignoreGapsInConsensusCalculation);\r
 276 }if (recalc) {\r
 277 cs.setConsensus (this.hconsensus);\r
 278 cs.setConservation (this.hconservation);\r
 279 }cs.alignmentChanged (this.alignment, this.hiddenRepSequences);\r
 280 }if (this.getColourAppliesToAllGroups ()) {\r
 281 for (var sg, $sg = this.getAlignment ().getGroups ().iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {\r
 282 if (cs == null) {\r
 283 sg.cs = null;\r
 284 continue;\r
 285 }sg.cs = cs.applyTo (sg, this.getHiddenRepSequences ());\r
 286 sg.setConsPercGaps (this.ConsPercGaps);\r
 287 if (this.getAbovePIDThreshold () || Clazz.instanceOf (cs, jalview.schemes.PIDColourScheme) || Clazz.instanceOf (cs, jalview.schemes.Blosum62ColourScheme)) {\r
 288 sg.cs.setThreshold (this.viewStyle.getThreshold (), this.isIgnoreGapsConsensus ());\r
 289 recalc = true;\r
 290 } else {\r
 291 sg.cs.setThreshold (0, this.isIgnoreGapsConsensus ());\r
 292 }if (this.getConservationSelected ()) {\r
 293 sg.cs.setConservationApplied (true);\r
 294 recalc = true;\r
 295 } else {\r
 296 sg.cs.setConservation (null);\r
 297 }if (recalc) {\r
 298 sg.recalcConservation ();\r
 299 } else {\r
 300 sg.cs.alignmentChanged (sg, this.hiddenRepSequences);\r
 301 }}\r
 302 }}, "jalview.schemes.ColourSchemeI");\r
 303 Clazz.overrideMethod (c$, "getGlobalColourScheme", \r
 304 function () {\r
 305 return this.globalColourScheme;\r
 306 });\r
 307 Clazz.overrideMethod (c$, "setConservation", \r
 308 function (cons) {\r
 309 this.hconservation = cons;\r
 310 }, "jalview.analysis.Conservation");\r
 311 Clazz.overrideMethod (c$, "getConsPercGaps", \r
 312 function () {\r
 313 return this.ConsPercGaps;\r
 314 });\r
 315 Clazz.overrideMethod (c$, "setSequenceConsensusHash", \r
 316 function (hconsensus) {\r
 317 this.hconsensus = hconsensus;\r
 318 }, "~A");\r
 319 Clazz.overrideMethod (c$, "setComplementConsensusHash", \r
 320 function (hconsensus) {\r
 321 this.hcomplementConsensus = hconsensus;\r
 322 }, "~A");\r
 323 Clazz.overrideMethod (c$, "getSequenceConsensusHash", \r
 324 function () {\r
 325 return this.hconsensus;\r
 326 });\r
 327 Clazz.overrideMethod (c$, "getComplementConsensusHash", \r
 328 function () {\r
 329 return this.hcomplementConsensus;\r
 330 });\r
 331 Clazz.overrideMethod (c$, "getRnaStructureConsensusHash", \r
 332 function () {\r
 333 return this.hStrucConsensus;\r
 334 });\r
 335 Clazz.overrideMethod (c$, "setRnaStructureConsensusHash", \r
 336 function (hStrucConsensus) {\r
 337 this.hStrucConsensus = hStrucConsensus;\r
 338 }, "~A");\r
 339 Clazz.overrideMethod (c$, "getAlignmentQualityAnnot", \r
 340 function () {\r
 341 return this.quality;\r
 342 });\r
 343 Clazz.overrideMethod (c$, "getAlignmentConservationAnnotation", \r
 344 function () {\r
 345 return this.conservation;\r
 346 });\r
 347 Clazz.overrideMethod (c$, "getAlignmentConsensusAnnotation", \r
 348 function () {\r
 349 return this.consensus;\r
 350 });\r
 351 Clazz.overrideMethod (c$, "getComplementConsensusAnnotation", \r
 352 function () {\r
 353 return this.complementConsensus;\r
 354 });\r
 355 Clazz.overrideMethod (c$, "getAlignmentStrucConsensusAnnotation", \r
 356 function () {\r
 357 return this.strucConsensus;\r
 358 });\r
 359 Clazz.defineMethod (c$, "updateConservation", \r
 360 function (ap) {\r
 361 if (this.alignment.isNucleotide () || this.conservation == null || !this.autoCalculateConsensus) {\r
 362 return;\r
 363 }if (this.calculator.getRegisteredWorkersOfClass (jalview.workers.ConservationThread) == null) {\r
 364 this.calculator.registerWorker ( new jalview.workers.ConservationThread (this, ap));\r
 365 }}, "jalview.api.AlignmentViewPanel");\r
 366 Clazz.defineMethod (c$, "updateConsensus", \r
 367 function (ap) {\r
 368 if (this.consensus == null || !this.autoCalculateConsensus) {\r
 369 return;\r
 370 }if (this.calculator.getRegisteredWorkersOfClass (jalview.workers.ConsensusThread) == null) {\r
 371 this.calculator.registerWorker ( new jalview.workers.ConsensusThread (this, ap));\r
 372 }var al = this.getAlignment ();\r
 373 if (!al.isNucleotide () && al.getCodonFrames () != null && !al.getCodonFrames ().isEmpty ()) {\r
 374 if (this.calculator.getRegisteredWorkersOfClass (jalview.workers.ComplementConsensusThread) == null) {\r
 375 this.calculator.registerWorker ( new jalview.workers.ComplementConsensusThread (this, ap));\r
 376 }}}, "jalview.api.AlignmentViewPanel");\r
 377 Clazz.defineMethod (c$, "updateStrucConsensus", \r
 378 function (ap) {\r
 379 if (this.autoCalculateStrucConsensus && this.strucConsensus == null && this.alignment.isNucleotide () && this.alignment.hasRNAStructure ()) {\r
 380 this.initRNAStructure ();\r
 381 }if (this.strucConsensus == null || !this.autoCalculateStrucConsensus) {\r
 382 return;\r
 383 }if (this.calculator.getRegisteredWorkersOfClass (jalview.workers.StrucConsensusThread) == null) {\r
 384 this.calculator.registerWorker ( new jalview.workers.StrucConsensusThread (this, ap));\r
 385 }}, "jalview.api.AlignmentViewPanel");\r
 386 Clazz.defineMethod (c$, "isCalcInProgress", \r
 387 function () {\r
 388 return this.calculator.isWorking ();\r
 389 });\r
 390 Clazz.overrideMethod (c$, "isCalculationInProgress", \r
 391 function (alignmentAnnotation) {\r
 392 if (!alignmentAnnotation.autoCalculated) {\r
 393 return false;\r
 394 }if (this.calculator.workingInvolvedWith (alignmentAnnotation)) {\r
 395 return true;\r
 396 }return false;\r
 397 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
 398 Clazz.overrideMethod (c$, "isClosed", \r
 399 function () {\r
 400 return this.alignment == null;\r
 401 });\r
 402 Clazz.overrideMethod (c$, "getCalcManager", \r
 403 function () {\r
 404 return this.calculator;\r
 405 });\r
 406 Clazz.overrideMethod (c$, "isShowSequenceLogo", \r
 407 function () {\r
 408 return this.showSequenceLogo;\r
 409 });\r
 410 Clazz.defineMethod (c$, "setShowSequenceLogo", \r
 411 function (showSequenceLogo) {\r
 412 if (showSequenceLogo != this.showSequenceLogo) {\r
 413 this.showSequenceLogo = showSequenceLogo;\r
 414 this.calculator.updateAnnotationFor (jalview.workers.ConsensusThread);\r
 415 this.calculator.updateAnnotationFor (jalview.workers.ComplementConsensusThread);\r
 416 this.calculator.updateAnnotationFor (jalview.workers.StrucConsensusThread);\r
 417 }this.showSequenceLogo = showSequenceLogo;\r
 418 }, "~B");\r
 419 Clazz.defineMethod (c$, "setShowConsensusHistogram", \r
 420 function (showConsensusHistogram) {\r
 421 this.showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;\r
 422 }, "~B");\r
 423 Clazz.defineMethod (c$, "isShowGroupConservation", \r
 424 function () {\r
 425 return this.showGroupConservation;\r
 426 });\r
 427 Clazz.defineMethod (c$, "setShowGroupConservation", \r
 428 function (showGroupConservation) {\r
 429 this.showGroupConservation = showGroupConservation;\r
 430 }, "~B");\r
 431 Clazz.defineMethod (c$, "isShowGroupConsensus", \r
 432 function () {\r
 433 return this.showGroupConsensus;\r
 434 });\r
 435 Clazz.defineMethod (c$, "setShowGroupConsensus", \r
 436 function (showGroupConsensus) {\r
 437 this.showGroupConsensus = showGroupConsensus;\r
 438 }, "~B");\r
 439 Clazz.overrideMethod (c$, "isShowConsensusHistogram", \r
 440 function () {\r
 441 return this.showConsensusHistogram;\r
 442 });\r
 443 Clazz.overrideMethod (c$, "getSelectionGroup", \r
 444 function () {\r
 445 return this.selectionGroup;\r
 446 });\r
 447 Clazz.overrideMethod (c$, "setSelectionGroup", \r
 448 function (sg) {\r
 449 this.selectionGroup = sg;\r
 450 }, "jalview.datamodel.SequenceGroup");\r
 451 Clazz.defineMethod (c$, "setHiddenColumns", \r
 452 function (colsel) {\r
 453 this.colSel = colsel;\r
 454 }, "jalview.datamodel.ColumnSelection");\r
 455 Clazz.overrideMethod (c$, "getColumnSelection", \r
 456 function () {\r
 457 return this.colSel;\r
 458 });\r
 459 Clazz.overrideMethod (c$, "setColumnSelection", \r
 460 function (colSel) {\r
 461 this.colSel = colSel;\r
 462 if (colSel != null) {\r
 463 this.updateHiddenColumns ();\r
 464 }}, "jalview.datamodel.ColumnSelection");\r
 465 Clazz.overrideMethod (c$, "getHiddenRepSequences", \r
 466 function () {\r
 467 return this.hiddenRepSequences;\r
 468 });\r
 469 Clazz.overrideMethod (c$, "setHiddenRepSequences", \r
 470 function (hiddenRepSequences) {\r
 471 this.hiddenRepSequences = hiddenRepSequences;\r
 472 }, "java.util.Map");\r
 473 Clazz.overrideMethod (c$, "hasHiddenColumns", \r
 474 function () {\r
 475 return this.colSel != null && this.colSel.hasHiddenColumns ();\r
 476 });\r
 477 Clazz.defineMethod (c$, "updateHiddenColumns", \r
 478 function () {\r
 479 });\r
 480 Clazz.overrideMethod (c$, "hasHiddenRows", \r
 481 function () {\r
 482 return this.alignment.getHiddenSequences ().getSize () > 0;\r
 483 });\r
 484 Clazz.defineMethod (c$, "setSequenceSetId", \r
 485 function (newid) {\r
 486 if (this.sequenceSetID != null) {\r
 487 System.err.println ("Warning - overwriting a sequenceSetId for a viewport!");\r
 488 }this.sequenceSetID =  String.instantialize (newid);\r
 489 }, "~S");\r
 490 Clazz.overrideMethod (c$, "getSequenceSetId", \r
 491 function () {\r
 492 if (this.sequenceSetID == null) {\r
 493 this.sequenceSetID = this.alignment.hashCode () + "";\r
 494 }return this.sequenceSetID;\r
 495 });\r
 496 Clazz.overrideMethod (c$, "getViewId", \r
 497 function () {\r
 498 if (this.viewId == null) {\r
 499 this.viewId = this.getSequenceSetId () + "." + this.hashCode () + "";\r
 500 }return this.viewId;\r
 501 });\r
 502 Clazz.defineMethod (c$, "setIgnoreGapsConsensus", \r
 503 function (b, ap) {\r
 504 this.ignoreGapsInConsensusCalculation = b;\r
 505 if (ap != null) {\r
 506 this.updateConsensus (ap);\r
 507 if (this.globalColourScheme != null) {\r
 508 this.globalColourScheme.setThreshold (this.globalColourScheme.getThreshold (), this.ignoreGapsInConsensusCalculation);\r
 509 }}}, "~B,jalview.api.AlignmentViewPanel");\r
 510 Clazz.defineMethod (c$, "isSelectionGroupChanged", \r
 511 function (b) {\r
 512 var hc = (this.selectionGroup == null || this.selectionGroup.getSize () == 0) ? -1 : this.selectionGroup.hashCode ();\r
 513 if (hc != -1 && hc != this.sgrouphash) {\r
 514 if (b) {\r
 515 this.sgrouphash = hc;\r
 516 }return true;\r
 517 }return false;\r
 518 }, "~B");\r
 519 Clazz.defineMethod (c$, "isColSelChanged", \r
 520 function (b) {\r
 521 var hc = (this.colSel == null || this.colSel.size () == 0) ? -1 : this.colSel.hashCode ();\r
 522 if (hc != -1 && hc != this.colselhash) {\r
 523 if (b) {\r
 524 this.colselhash = hc;\r
 525 }return true;\r
 526 }return false;\r
 527 }, "~B");\r
 528 Clazz.overrideMethod (c$, "isIgnoreGapsConsensus", \r
 529 function () {\r
 530 return this.ignoreGapsInConsensusCalculation;\r
 531 });\r
 532 Clazz.defineMethod (c$, "addPropertyChangeListener", \r
 533 function (listener) {\r
 534 this.changeSupport.addPropertyChangeListener (listener);\r
 535 }, "java.beans.PropertyChangeListener");\r
 536 Clazz.defineMethod (c$, "removePropertyChangeListener", \r
 537 function (listener) {\r
 538 this.changeSupport.removePropertyChangeListener (listener);\r
 539 }, "java.beans.PropertyChangeListener");\r
 540 Clazz.defineMethod (c$, "firePropertyChange", \r
 541 function (prop, oldvalue, newvalue) {\r
 542 this.changeSupport.firePropertyChange (prop, oldvalue, newvalue);\r
 543 }, "~S,~O,~O");\r
 544 Clazz.defineMethod (c$, "hideSelectedColumns", \r
 545 function () {\r
 546 if (this.colSel.size () < 1) {\r
 547 return;\r
 548 }this.colSel.hideSelectedColumns ();\r
 549 this.setSelectionGroup (null);\r
 550 });\r
 551 Clazz.defineMethod (c$, "hideColumns", \r
 552 function (start, end) {\r
 553 if (start == end) {\r
 554 this.colSel.hideColumns (start);\r
 555 } else {\r
 556 this.colSel.hideColumns (start, end);\r
 557 }}, "~N,~N");\r
 558 Clazz.defineMethod (c$, "showColumn", \r
 559 function (col) {\r
 560 this.colSel.revealHiddenColumns (col);\r
 561 }, "~N");\r
 562 Clazz.defineMethod (c$, "showAllHiddenColumns", \r
 563 function () {\r
 564 this.colSel.revealAllHiddenColumns ();\r
 565 });\r
 566 Clazz.defineMethod (c$, "showAllHiddenSeqs", \r
 567 function () {\r
 568 if (this.alignment.getHiddenSequences ().getSize () > 0) {\r
 569 if (this.selectionGroup == null) {\r
 570 this.selectionGroup =  new jalview.datamodel.SequenceGroup ();\r
 571 this.selectionGroup.setEndRes (this.alignment.getWidth () - 1);\r
 572 }var tmp = this.alignment.getHiddenSequences ().showAll (this.hiddenRepSequences);\r
 573 for (var seq, $seq = tmp.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {\r
 574 this.selectionGroup.addSequence (seq, false);\r
 575 this.setSequenceAnnotationsVisible (seq, true);\r
 576 }\r
 577 this.hiddenRepSequences = null;\r
 578 this.firePropertyChange ("alignment", null, this.alignment.getSequences ());\r
 579 this.sendSelection ();\r
 580 }});\r
 581 Clazz.defineMethod (c$, "showSequence", \r
 582 function (index) {\r
 583 var tmp = this.alignment.getHiddenSequences ().showSequence (index, this.hiddenRepSequences);\r
 584 if (tmp.size () > 0) {\r
 585 if (this.selectionGroup == null) {\r
 586 this.selectionGroup =  new jalview.datamodel.SequenceGroup ();\r
 587 this.selectionGroup.setEndRes (this.alignment.getWidth () - 1);\r
 588 }for (var seq, $seq = tmp.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {\r
 589 this.selectionGroup.addSequence (seq, false);\r
 590 this.setSequenceAnnotationsVisible (seq, true);\r
 591 }\r
 592 this.firePropertyChange ("alignment", null, this.alignment.getSequences ());\r
 593 this.sendSelection ();\r
 594 }}, "~N");\r
 595 Clazz.defineMethod (c$, "hideAllSelectedSeqs", \r
 596 function () {\r
 597 if (this.selectionGroup == null || this.selectionGroup.getSize () < 1) {\r
 598 return;\r
 599 }var seqs = this.selectionGroup.getSequencesInOrder (this.alignment);\r
 600 this.hideSequence (seqs);\r
 601 this.setSelectionGroup (null);\r
 602 });\r
 603 Clazz.defineMethod (c$, "hideSequence", \r
 604 function (seq) {\r
 605 if (seq != null) {\r
 606 for (var i = 0; i < seq.length; i++) {\r
 607 this.alignment.getHiddenSequences ().hideSequence (seq[i]);\r
 608 this.setSequenceAnnotationsVisible (seq[i], false);\r
 609 }\r
 610 this.firePropertyChange ("alignment", null, this.alignment.getSequences ());\r
 611 }}, "~A");\r
 612 Clazz.defineMethod (c$, "setSequenceAnnotationsVisible", \r
 613 function (sequenceI, visible) {\r
 614 for (var ann, $ann = 0, $$ann = this.alignment.getAlignmentAnnotation (); $ann < $$ann.length && ((ann = $$ann[$ann]) || true); $ann++) {\r
 615 if (ann.sequenceRef === sequenceI) {\r
 616 ann.visible = visible;\r
 617 }}\r
 618 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~B");\r
 619 Clazz.defineMethod (c$, "hideRepSequences", \r
 620 function (repSequence, sg) {\r
 621 var sSize = sg.getSize ();\r
 622 if (sSize < 2) {\r
 623 return;\r
 624 }if (this.hiddenRepSequences == null) {\r
 625 this.hiddenRepSequences =  new java.util.Hashtable ();\r
 626 }this.hiddenRepSequences.put (repSequence, sg);\r
 627 var seqs =  new Array (sSize - 1);\r
 628 var index = 0;\r
 629 for (var i = 0; i < sSize; i++) {\r
 630 if (sg.getSequenceAt (i) !== repSequence) {\r
 631 if (index == sSize - 1) {\r
 632 return;\r
 633 }seqs[index++] = sg.getSequenceAt (i);\r
 634 }}\r
 635 sg.setSeqrep (repSequence);\r
 636 sg.setHidereps (true);\r
 637 this.hideSequence (seqs);\r
 638 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceGroup");\r
 639 Clazz.defineMethod (c$, "isHiddenRepSequence", \r
 640 function (seq) {\r
 641 return this.alignment.getSeqrep () === seq || (this.hiddenRepSequences != null && this.hiddenRepSequences.containsKey (seq));\r
 642 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 643 Clazz.defineMethod (c$, "getRepresentedSequences", \r
 644 function (seq) {\r
 645 return (this.hiddenRepSequences == null ? null : this.hiddenRepSequences.get (seq));\r
 646 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 647 Clazz.overrideMethod (c$, "adjustForHiddenSeqs", \r
 648 function (alignmentIndex) {\r
 649 return this.alignment.getHiddenSequences ().adjustForHiddenSeqs (alignmentIndex);\r
 650 }, "~N");\r
 651 Clazz.overrideMethod (c$, "invertColumnSelection", \r
 652 function () {\r
 653 this.colSel.invertColumnSelection (0, this.alignment.getWidth ());\r
 654 });\r
 655 Clazz.overrideMethod (c$, "getSelectionAsNewSequence", \r
 656 function () {\r
 657 var sequences;\r
 658 if (this.selectionGroup == null || this.selectionGroup.getSize () == 0) {\r
 659 sequences = this.alignment.getSequencesArray ();\r
 660 var annots = this.alignment.getAlignmentAnnotation ();\r
 661 for (var i = 0; i < sequences.length; i++) {\r
 662 sequences[i] =  new jalview.datamodel.Sequence (sequences[i], annots);\r
 663 }\r
 664 } else {\r
 665 sequences = this.selectionGroup.getSelectionAsNewSequences (this.alignment);\r
 666 }return sequences;\r
 667 });\r
 668 Clazz.overrideMethod (c$, "getSequenceSelection", \r
 669 function () {\r
 670 var sequences = null;\r
 671 if (this.selectionGroup != null) {\r
 672 sequences = this.selectionGroup.getSequencesInOrder (this.alignment);\r
 673 }if (sequences == null) {\r
 674 sequences = this.alignment.getSequencesArray ();\r
 675 }return sequences;\r
 676 });\r
 677 Clazz.overrideMethod (c$, "getViewAsCigars", \r
 678 function (selectedRegionOnly) {\r
 679 return  new jalview.datamodel.CigarArray (this.alignment, this.colSel, (selectedRegionOnly ? this.selectionGroup : null));\r
 680 }, "~B");\r
 681 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignmentView", \r
 682 function (selectedOnly) {\r
 683 return this.getAlignmentView (selectedOnly, false);\r
 684 }, "~B");\r
 685 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignmentView", \r
 686 function (selectedOnly, markGroups) {\r
 687 return  new jalview.datamodel.AlignmentView (this.alignment, this.colSel, this.selectionGroup, this.colSel != null && this.colSel.hasHiddenColumns (), selectedOnly, markGroups);\r
 688 }, "~B,~B");\r
 689 Clazz.overrideMethod (c$, "getViewAsString", \r
 690 function (selectedRegionOnly) {\r
 691 var selection = null;\r
 692 var seqs = null;\r
 693 var i;\r
 694 var iSize;\r
 695 var start = 0;\r
 696 var end = 0;\r
 697 if (selectedRegionOnly && this.selectionGroup != null) {\r
 698 iSize = this.selectionGroup.getSize ();\r
 699 seqs = this.selectionGroup.getSequencesInOrder (this.alignment);\r
 700 start = this.selectionGroup.getStartRes ();\r
 701 end = this.selectionGroup.getEndRes () + 1;\r
 702 } else {\r
 703 iSize = this.alignment.getHeight ();\r
 704 seqs = this.alignment.getSequencesArray ();\r
 705 end = this.alignment.getWidth ();\r
 706 }selection =  new Array (iSize);\r
 707 if (this.colSel != null && this.colSel.hasHiddenColumns ()) {\r
 708 selection = this.colSel.getVisibleSequenceStrings (start, end, seqs);\r
 709 } else {\r
 710 for (i = 0; i < iSize; i++) {\r
 711 selection[i] = seqs[i].getSequenceAsString (start, end);\r
 712 }\r
 713 }return selection;\r
 714 }, "~B");\r
 715 Clazz.overrideMethod (c$, "getVisibleRegionBoundaries", \r
 716 function (min, max) {\r
 717 var regions =  new java.util.ArrayList ();\r
 718 var start = min;\r
 719 var end = max;\r
 720 do {\r
 721 if (this.colSel != null && this.colSel.hasHiddenColumns ()) {\r
 722 if (start == 0) {\r
 723 start = this.colSel.adjustForHiddenColumns (start);\r
 724 }end = this.colSel.getHiddenBoundaryRight (start);\r
 725 if (start == end) {\r
 726 end = max;\r
 727 }if (end > max) {\r
 728 end = max;\r
 729 }}regions.add ( Clazz.newIntArray (-1, [start, end]));\r
 730 if (this.colSel != null && this.colSel.hasHiddenColumns ()) {\r
 731 start = this.colSel.adjustForHiddenColumns (end);\r
 732 start = this.colSel.getHiddenBoundaryLeft (start) + 1;\r
 733 }} while (end < max);\r
 734 var startEnd =  Clazz.newIntArray (regions.size (), 2, 0);\r
 735 return regions;\r
 736 }, "~N,~N");\r
 737 Clazz.overrideMethod (c$, "getVisibleAlignmentAnnotation", \r
 738 function (selectedOnly) {\r
 739 var ala =  new java.util.ArrayList ();\r
 740 var aa;\r
 741 if ((aa = this.alignment.getAlignmentAnnotation ()) != null) {\r
 742 for (var annot, $annot = 0, $$annot = aa; $annot < $$annot.length && ((annot = $$annot[$annot]) || true); $annot++) {\r
 743 var clone =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (annot);\r
 744 if (selectedOnly && this.selectionGroup != null) {\r
 745 this.colSel.makeVisibleAnnotation (this.selectionGroup.getStartRes (), this.selectionGroup.getEndRes (), clone);\r
 746 } else {\r
 747 this.colSel.makeVisibleAnnotation (clone);\r
 748 }ala.add (clone);\r
 749 }\r
 750 }return ala;\r
 751 }, "~B");\r
 752 Clazz.overrideMethod (c$, "isPadGaps", \r
 753 function () {\r
 754 return this.padGaps;\r
 755 });\r
 756 Clazz.overrideMethod (c$, "setPadGaps", \r
 757 function (padGaps) {\r
 758 this.padGaps = padGaps;\r
 759 }, "~B");\r
 760 Clazz.overrideMethod (c$, "alignmentChanged", \r
 761 function (ap) {\r
 762 if (this.isPadGaps ()) {\r
 763 this.alignment.padGaps ();\r
 764 }if (this.autoCalculateConsensus) {\r
 765 this.updateConsensus (ap);\r
 766 }if (this.hconsensus != null && this.autoCalculateConsensus) {\r
 767 this.updateConservation (ap);\r
 768 }if (this.autoCalculateStrucConsensus) {\r
 769 this.updateStrucConsensus (ap);\r
 770 }var alWidth = this.alignment.getWidth ();\r
 771 var groups = this.alignment.getGroups ();\r
 772 if (groups != null) {\r
 773 for (var sg, $sg = groups.iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {\r
 774 if (sg.getEndRes () > alWidth) {\r
 775 sg.setEndRes (alWidth - 1);\r
 776 }}\r
 777 }if (this.selectionGroup != null && this.selectionGroup.getEndRes () > alWidth) {\r
 778 this.selectionGroup.setEndRes (alWidth - 1);\r
 779 }this.resetAllColourSchemes ();\r
 780 this.calculator.restartWorkers ();\r
 781 }, "jalview.api.AlignmentViewPanel");\r
 782 Clazz.defineMethod (c$, "resetAllColourSchemes", \r
 783 function () {\r
 784 var cs = this.globalColourScheme;\r
 785 if (cs != null) {\r
 786 cs.alignmentChanged (this.alignment, this.hiddenRepSequences);\r
 787 cs.setConsensus (this.hconsensus);\r
 788 if (cs.conservationApplied ()) {\r
 789 cs.setConservation (jalview.analysis.Conservation.calculateConservation ("All", jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3, this.alignment.getSequences (), 0, this.alignment.getWidth (), false, this.getConsPercGaps (), false));\r
 790 }}for (var sg, $sg = this.alignment.getGroups ().iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {\r
 791 if (sg.cs != null) {\r
 792 sg.cs.alignmentChanged (sg, this.hiddenRepSequences);\r
 793 }sg.recalcConservation ();\r
 794 }\r
 795 });\r
 796 Clazz.defineMethod (c$, "initAutoAnnotation", \r
 797 function () {\r
 798 if (this.hconsensus == null && !this.$isDataset) {\r
 799 if (!this.alignment.isNucleotide ()) {\r
 800 this.initConservation ();\r
 801 this.initQuality ();\r
 802 } else {\r
 803 this.initRNAStructure ();\r
 804 }this.consensus =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation ("Consensus", "PID",  new Array (1), 0, 100, 1);\r
 805 this.initConsensus (this.consensus);\r
 806 this.initComplementConsensus ();\r
 807 }});\r
 808 Clazz.defineMethod (c$, "initComplementConsensus", \r
 809 function () {\r
 810 if (!this.alignment.isNucleotide ()) {\r
 811 var codonMappings = this.alignment.getCodonFrames ();\r
 812 if (codonMappings != null && !codonMappings.isEmpty ()) {\r
 813 this.complementConsensus =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation ("cDNA Consensus", "PID for cDNA",  new Array (1), 0, 100, 1);\r
 814 this.initConsensus (this.complementConsensus);\r
 815 }}});\r
 816 Clazz.defineMethod (c$, "initConsensus", \r
 817 ($fz = function (aa) {\r
 818 aa.hasText = true;\r
 819 aa.autoCalculated = true;\r
 820 if (this.showConsensus) {\r
 821 this.alignment.addAnnotation (aa);\r
 822 }}, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
 823 Clazz.defineMethod (c$, "initConservation", \r
 824 ($fz = function () {\r
 825 if (this.showConservation) {\r
 826 if (this.conservation == null) {\r
 827 this.conservation =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation ("Conservation", "Conservation of total alignment less than " + this.getConsPercGaps () + "% gaps",  new Array (1), 0, 11, 1);\r
 828 this.conservation.hasText = true;\r
 829 this.conservation.autoCalculated = true;\r
 830 this.alignment.addAnnotation (this.conservation);\r
 831 }}}, $fz.isPrivate = true, $fz));\r
 832 Clazz.defineMethod (c$, "initQuality", \r
 833 ($fz = function () {\r
 834 if (this.showQuality) {\r
 835 if (this.quality == null) {\r
 836 this.quality =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation ("Quality", "Alignment Quality based on Blosum62 scores",  new Array (1), 0, 11, 1);\r
 837 this.quality.hasText = true;\r
 838 this.quality.autoCalculated = true;\r
 839 this.alignment.addAnnotation (this.quality);\r
 840 }}}, $fz.isPrivate = true, $fz));\r
 841 Clazz.defineMethod (c$, "initRNAStructure", \r
 842 ($fz = function () {\r
 843 if (this.alignment.hasRNAStructure () && this.strucConsensus == null) {\r
 844 this.strucConsensus =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation ("StrucConsensus", "PID",  new Array (1), 0, 100, 1);\r
 845 this.strucConsensus.hasText = true;\r
 846 this.strucConsensus.autoCalculated = true;\r
 847 if (this.showConsensus) {\r
 848 this.alignment.addAnnotation (this.strucConsensus);\r
 849 }}}, $fz.isPrivate = true, $fz));\r
 850 Clazz.overrideMethod (c$, "calcPanelHeight", \r
 851 function () {\r
 852 var anns = this.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();\r
 853 var height = 0;\r
 854 var charHeight = this.getCharHeight ();\r
 855 if (anns != null) {\r
 856 var graphgrp =  new java.util.BitSet ();\r
 857 for (var aa, $aa = 0, $$aa = anns; $aa < $$aa.length && ((aa = $$aa[$aa]) || true); $aa++) {\r
 858 if (aa == null) {\r
 859 System.err.println ("Null annotation row: ignoring.");\r
 860 continue;\r
 861 }if (!aa.visible) {\r
 862 continue;\r
 863 }if (aa.graphGroup > -1) {\r
 864 if (graphgrp.get (aa.graphGroup)) {\r
 865 continue;\r
 866 } else {\r
 867 graphgrp.set (aa.graphGroup);\r
 868 }}aa.height = 0;\r
 869 if (aa.hasText) {\r
 870 aa.height += charHeight;\r
 871 }if (aa.hasIcons) {\r
 872 aa.height += 16;\r
 873 }if (aa.graph > 0) {\r
 874 aa.height += aa.graphHeight;\r
 875 }if (aa.height == 0) {\r
 876 aa.height = 20;\r
 877 }height += aa.height;\r
 878 }\r
 879 }if (height == 0) {\r
 880 height = 20;\r
 881 }return height;\r
 882 });\r
 883 Clazz.overrideMethod (c$, "updateGroupAnnotationSettings", \r
 884 function (applyGlobalSettings, preserveNewGroupSettings) {\r
 885 var updateCalcs = false;\r
 886 var conv = this.isShowGroupConservation ();\r
 887 var cons = this.isShowGroupConsensus ();\r
 888 var showprf = this.isShowSequenceLogo ();\r
 889 var showConsHist = this.isShowConsensusHistogram ();\r
 890 var normLogo = this.isNormaliseSequenceLogo ();\r
 891 var sortg = true;\r
 892 var aan = this.alignment.getAlignmentAnnotation ();\r
 893 var oldrfs =  new java.util.ArrayList ();\r
 894 if (aan != null) {\r
 895 for (var an = 0; an < aan.length; an++) {\r
 896 if (aan[an].autoCalculated && aan[an].groupRef != null) {\r
 897 oldrfs.add (aan[an].groupRef);\r
 898 this.alignment.deleteAnnotation (aan[an], false);\r
 899 }}\r
 900 }if (this.alignment.getGroups () != null) {\r
 901 for (var sg, $sg = this.alignment.getGroups ().iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {\r
 902 updateCalcs = false;\r
 903 if (applyGlobalSettings || (!preserveNewGroupSettings && !oldrfs.contains (sg))) {\r
 904 sg.setshowSequenceLogo (showprf);\r
 905 sg.setShowConsensusHistogram (showConsHist);\r
 906 sg.setNormaliseSequenceLogo (normLogo);\r
 907 }if (conv) {\r
 908 updateCalcs = true;\r
 909 this.alignment.addAnnotation (sg.getConservationRow (), 0);\r
 910 }if (cons) {\r
 911 updateCalcs = true;\r
 912 this.alignment.addAnnotation (sg.getConsensus (), 0);\r
 913 }if (updateCalcs) {\r
 914 sg.recalcConservation ();\r
 915 }}\r
 916 }oldrfs.clear ();\r
 917 }, "~B,~B");\r
 918 Clazz.defineMethod (c$, "isDisplayReferenceSeq", \r
 919 function () {\r
 920 return this.alignment.hasSeqrep () && this.viewStyle.isDisplayReferenceSeq ();\r
 921 });\r
 922 Clazz.defineMethod (c$, "setDisplayReferenceSeq", \r
 923 function (displayReferenceSeq) {\r
 924 this.viewStyle.setDisplayReferenceSeq (displayReferenceSeq);\r
 925 }, "~B");\r
 926 Clazz.defineMethod (c$, "isColourByReferenceSeq", \r
 927 function () {\r
 928 return this.alignment.hasSeqrep () && this.viewStyle.isColourByReferenceSeq ();\r
 929 });\r
 930 Clazz.overrideMethod (c$, "getSequenceColour", \r
 931 function (seq) {\r
 932 var sqc = this.sequenceColours.get (seq);\r
 933 return (sqc == null ? java.awt.Color.white : sqc);\r
 934 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 935 Clazz.overrideMethod (c$, "setSequenceColour", \r
 936 function (seq, col) {\r
 937 if (col == null) {\r
 938 this.sequenceColours.remove (seq);\r
 939 } else {\r
 940 this.sequenceColours.put (seq, col);\r
 941 }}, "jalview.datamodel.SequenceI,java.awt.Color");\r
 942 Clazz.overrideMethod (c$, "updateSequenceIdColours", \r
 943 function () {\r
 944 for (var sg, $sg = this.alignment.getGroups ().iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {\r
 945 if (sg.idColour != null) {\r
 946 for (var s, $s = sg.getSequences (this.getHiddenRepSequences ()).iterator (); $s.hasNext () && ((s = $s.next ()) || true);) {\r
 947 this.sequenceColours.put (s, sg.idColour);\r
 948 }\r
 949 }}\r
 950 });\r
 951 Clazz.overrideMethod (c$, "clearSequenceColours", \r
 952 function () {\r
 953 this.sequenceColours.clear ();\r
 954 });\r
 955 Clazz.defineMethod (c$, "getCodingComplement", \r
 956 function () {\r
 957 return this.codingComplement;\r
 958 });\r
 959 Clazz.defineMethod (c$, "setCodingComplement", \r
 960 function (av) {\r
 961 if (this === av) {\r
 962 System.err.println ("Ignoring recursive setCodingComplement request");\r
 963 } else {\r
 964 this.codingComplement = av;\r
 965 if (av.getCodingComplement () !== this) {\r
 966 av.setCodingComplement (this);\r
 967 }}}, "jalview.api.AlignViewportI");\r
 968 Clazz.overrideMethod (c$, "isNucleotide", \r
 969 function () {\r
 970 return this.getAlignment () == null ? false : this.getAlignment ().isNucleotide ();\r
 971 });\r
 972 Clazz.overrideMethod (c$, "getFeaturesDisplayed", \r
 973 function () {\r
 974 return this.featuresDisplayed;\r
 975 });\r
 976 Clazz.overrideMethod (c$, "setFeaturesDisplayed", \r
 977 function (featuresDisplayedI) {\r
 978 this.featuresDisplayed = featuresDisplayedI;\r
 979 }, "jalview.api.FeaturesDisplayedI");\r
 980 Clazz.overrideMethod (c$, "areFeaturesDisplayed", \r
 981 function () {\r
 982 return this.featuresDisplayed != null && this.featuresDisplayed.getRegisterdFeaturesCount () > 0;\r
 983 });\r
 984 Clazz.defineMethod (c$, "setShowSequenceFeatures", \r
 985 function (b) {\r
 986 this.viewStyle.setShowSequenceFeatures (b);\r
 987 }, "~B");\r
 988 Clazz.defineMethod (c$, "isShowSequenceFeatures", \r
 989 function () {\r
 990 return this.viewStyle.isShowSequenceFeatures ();\r
 991 });\r
 992 Clazz.defineMethod (c$, "setShowSequenceFeaturesHeight", \r
 993 function (selected) {\r
 994 this.viewStyle.setShowSequenceFeaturesHeight (selected);\r
 995 }, "~B");\r
 996 Clazz.defineMethod (c$, "isShowSequenceFeaturesHeight", \r
 997 function () {\r
 998 return this.viewStyle.isShowSequenceFeaturesHeight ();\r
 999 });\r
1000 Clazz.defineMethod (c$, "setShowAnnotation", \r
1001 function (b) {\r
1002 this.viewStyle.setShowAnnotation (b);\r
1003 }, "~B");\r
1004 Clazz.defineMethod (c$, "isShowAnnotation", \r
1005 function () {\r
1006 return this.viewStyle.isShowAnnotation ();\r
1007 });\r
1008 Clazz.defineMethod (c$, "isRightAlignIds", \r
1009 function () {\r
1010 return this.viewStyle.isRightAlignIds ();\r
1011 });\r
1012 Clazz.defineMethod (c$, "setRightAlignIds", \r
1013 function (rightAlignIds) {\r
1014 this.viewStyle.setRightAlignIds (rightAlignIds);\r
1015 }, "~B");\r
1016 Clazz.defineMethod (c$, "getConservationSelected", \r
1017 function () {\r
1018 return this.viewStyle.getConservationSelected ();\r
1019 });\r
1020 Clazz.defineMethod (c$, "setShowBoxes", \r
1021 function (state) {\r
1022 this.viewStyle.setShowBoxes (state);\r
1023 }, "~B");\r
1024 Clazz.defineMethod (c$, "getTextColour", \r
1025 function () {\r
1026 return this.viewStyle.getTextColour ();\r
1027 });\r
1028 Clazz.defineMethod (c$, "getTextColour2", \r
1029 function () {\r
1030 return this.viewStyle.getTextColour2 ();\r
1031 });\r
1032 Clazz.defineMethod (c$, "getThresholdTextColour", \r
1033 function () {\r
1034 return this.viewStyle.getThresholdTextColour ();\r
1035 });\r
1036 Clazz.defineMethod (c$, "isConservationColourSelected", \r
1037 function () {\r
1038 return this.viewStyle.isConservationColourSelected ();\r
1039 });\r
1040 Clazz.defineMethod (c$, "isRenderGaps", \r
1041 function () {\r
1042 return this.viewStyle.isRenderGaps ();\r
1043 });\r
1044 Clazz.defineMethod (c$, "isShowColourText", \r
1045 function () {\r
1046 return this.viewStyle.isShowColourText ();\r
1047 });\r
1048 Clazz.defineMethod (c$, "setConservationColourSelected", \r
1049 function (conservationColourSelected) {\r
1050 this.viewStyle.setConservationColourSelected (conservationColourSelected);\r
1051 }, "~B");\r
1052 Clazz.defineMethod (c$, "setShowColourText", \r
1053 function (showColourText) {\r
1054 this.viewStyle.setShowColourText (showColourText);\r
1055 }, "~B");\r
1056 Clazz.defineMethod (c$, "setTextColour", \r
1057 function (textColour) {\r
1058 this.viewStyle.setTextColour (textColour);\r
1059 }, "java.awt.Color");\r
1060 Clazz.defineMethod (c$, "setThresholdTextColour", \r
1061 function (thresholdTextColour) {\r
1062 this.viewStyle.setThresholdTextColour (thresholdTextColour);\r
1063 }, "~N");\r
1064 Clazz.defineMethod (c$, "setTextColour2", \r
1065 function (textColour2) {\r
1066 this.viewStyle.setTextColour2 (textColour2);\r
1067 }, "java.awt.Color");\r
1068 Clazz.overrideMethod (c$, "getViewStyle", \r
1069 function () {\r
1070 return  new jalview.viewmodel.styles.ViewStyle (this.viewStyle);\r
1071 });\r
1072 Clazz.overrideMethod (c$, "setViewStyle", \r
1073 function (settingsForView) {\r
1074 this.viewStyle =  new jalview.viewmodel.styles.ViewStyle (settingsForView);\r
1075 }, "jalview.api.ViewStyleI");\r
1076 Clazz.defineMethod (c$, "sameStyle", \r
1077 function (them) {\r
1078 return this.viewStyle.sameStyle (them);\r
1079 }, "jalview.api.ViewStyleI");\r
1080 Clazz.defineMethod (c$, "getIdWidth", \r
1081 function () {\r
1082 return this.viewStyle.getIdWidth ();\r
1083 });\r
1084 Clazz.defineMethod (c$, "setIdWidth", \r
1085 function (i) {\r
1086 this.viewStyle.setIdWidth (i);\r
1087 }, "~N");\r
1088 Clazz.defineMethod (c$, "isCentreColumnLabels", \r
1089 function () {\r
1090 return this.viewStyle.isCentreColumnLabels ();\r
1091 });\r
1092 Clazz.defineMethod (c$, "setCentreColumnLabels", \r
1093 function (centreColumnLabels) {\r
1094 this.viewStyle.setCentreColumnLabels (centreColumnLabels);\r
1095 }, "~B");\r
1096 Clazz.defineMethod (c$, "setShowDBRefs", \r
1097 function (showdbrefs) {\r
1098 this.viewStyle.setShowDBRefs (showdbrefs);\r
1099 }, "~B");\r
1100 Clazz.defineMethod (c$, "isShowDBRefs", \r
1101 function () {\r
1102 return this.viewStyle.isShowDBRefs ();\r
1103 });\r
1104 Clazz.defineMethod (c$, "isShowNPFeats", \r
1105 function () {\r
1106 return this.viewStyle.isShowNPFeats ();\r
1107 });\r
1108 Clazz.defineMethod (c$, "setShowNPFeats", \r
1109 function (shownpfeats) {\r
1110 this.viewStyle.setShowNPFeats (shownpfeats);\r
1111 }, "~B");\r
1112 Clazz.defineMethod (c$, "addToHistoryList", \r
1113 function (command) {\r
1114 if (this.historyList != null) {\r
1115 this.historyList.push (command);\r
1116 this.broadcastCommand (command, false);\r
1117 }}, "jalview.commands.CommandI");\r
1118 Clazz.defineMethod (c$, "broadcastCommand", \r
1119 function (command, undo) {\r
1120 this.getStructureSelectionManager ().commandPerformed (command, undo, this.getVamsasSource ());\r
1121 }, "jalview.commands.CommandI,~B");\r
1122 Clazz.defineMethod (c$, "addToRedoList", \r
1123 function (command) {\r
1124 if (this.redoList != null) {\r
1125 this.redoList.push (command);\r
1126 }this.broadcastCommand (command, true);\r
1127 }, "jalview.commands.CommandI");\r
1128 Clazz.defineMethod (c$, "clearRedoList", \r
1129 function () {\r
1130 if (this.redoList != null) {\r
1131 this.redoList.clear ();\r
1132 }});\r
1133 Clazz.defineMethod (c$, "setHistoryList", \r
1134 function (list) {\r
1135 this.historyList = list;\r
1136 }, "java.util.Deque");\r
1137 Clazz.defineMethod (c$, "getHistoryList", \r
1138 function () {\r
1139 return this.historyList;\r
1140 });\r
1141 Clazz.defineMethod (c$, "setRedoList", \r
1142 function (list) {\r
1143 this.redoList = list;\r
1144 }, "java.util.Deque");\r
1145 Clazz.defineMethod (c$, "getRedoList", \r
1146 function () {\r
1147 return this.redoList;\r
1148 });\r
1149 Clazz.overrideMethod (c$, "getVamsasSource", \r
1150 function () {\r
1151 return this;\r
1152 });\r
1153 Clazz.defineMethod (c$, "getSortAnnotationsBy", \r
1154 function () {\r
1155 return this.sortAnnotationsBy;\r
1156 });\r
1157 Clazz.defineMethod (c$, "setSortAnnotationsBy", \r
1158 function (sortAnnotationsBy) {\r
1159 this.sortAnnotationsBy = sortAnnotationsBy;\r
1160 }, "jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder");\r
1161 Clazz.defineMethod (c$, "isShowAutocalculatedAbove", \r
1162 function () {\r
1163 return this.showAutocalculatedAbove;\r
1164 });\r
1165 Clazz.defineMethod (c$, "setShowAutocalculatedAbove", \r
1166 function (showAutocalculatedAbove) {\r
1167 this.showAutocalculatedAbove = showAutocalculatedAbove;\r
1168 }, "~B");\r
1169 Clazz.defineMethod (c$, "isScaleProteinAsCdna", \r
1170 function () {\r
1171 return this.viewStyle.isScaleProteinAsCdna ();\r
1172 });\r
1173 Clazz.defineMethod (c$, "setScaleProteinAsCdna", \r
1174 function (b) {\r
1175 this.viewStyle.setScaleProteinAsCdna (b);\r
1176 }, "~B");\r
1177 Clazz.defineMethod (c$, "isFollowHighlight", \r
1178 function () {\r
1179 return this.followHighlight;\r
1180 });\r
1181 Clazz.overrideMethod (c$, "setFollowHighlight", \r
1182 function (b) {\r
1183 this.followHighlight = b;\r
1184 }, "~B");\r
1185 Clazz.defineMethod (c$, "getStartRes", \r
1186 function () {\r
1187 return this.startRes;\r
1188 });\r
1189 Clazz.overrideMethod (c$, "getEndRes", \r
1190 function () {\r
1191 return this.endRes;\r
1192 });\r
1193 Clazz.defineMethod (c$, "getStartSeq", \r
1194 function () {\r
1195 return this.startSeq;\r
1196 });\r
1197 Clazz.defineMethod (c$, "setStartRes", \r
1198 function (res) {\r
1199 this.startRes = res;\r
1200 }, "~N");\r
1201 Clazz.defineMethod (c$, "setStartSeq", \r
1202 function (seq) {\r
1203 this.startSeq = seq;\r
1204 }, "~N");\r
1205 Clazz.defineMethod (c$, "setEndRes", \r
1206 function (res) {\r
1207 if (res > this.alignment.getWidth () - 1) {\r
1208 res = this.alignment.getWidth () - 1;\r
1209 }if (res < 0) {\r
1210 res = 0;\r
1211 }this.endRes = res;\r
1212 }, "~N");\r
1213 Clazz.defineMethod (c$, "setEndSeq", \r
1214 function (seq) {\r
1215 if (seq > this.alignment.getHeight ()) {\r
1216 seq = this.alignment.getHeight ();\r
1217 }if (seq < 0) {\r
1218 seq = 0;\r
1219 }this.endSeq = seq;\r
1220 }, "~N");\r
1221 Clazz.defineMethod (c$, "getEndSeq", \r
1222 function () {\r
1223 return this.endSeq;\r
1224 });\r
1225 Clazz.defineMethod (c$, "findComplementScrollTarget", \r
1226 function (sr) {\r
1227 var complement = this.getCodingComplement ();\r
1228 if (complement == null || !complement.isFollowHighlight ()) {\r
1229 return 0;\r
1230 }var iAmProtein = !this.getAlignment ().isNucleotide ();\r
1231 var proteinAlignment = iAmProtein ? this.getAlignment () : complement.getAlignment ();\r
1232 if (proteinAlignment == null) {\r
1233 return 0;\r
1234 }var mappings = proteinAlignment.getCodonFrames ();\r
1235 var seqOffset = 0;\r
1236 var sequence = null;\r
1237 var middleColumn = this.getStartRes () + Clazz.doubleToInt ((this.getEndRes () - this.getStartRes ()) / 2);\r
1238 var hiddenSequences = this.getAlignment ().getHiddenSequences ();\r
1239 for (var seqNo = this.getStartSeq (); seqNo < this.getEndSeq (); seqNo++, seqOffset++) {\r
1240 sequence = this.getAlignment ().getSequenceAt (seqNo);\r
1241 if (hiddenSequences != null && hiddenSequences.isHidden (sequence)) {\r
1242 continue;\r
1243 }if (jalview.util.Comparison.isGap (sequence.getCharAt (middleColumn))) {\r
1244 continue;\r
1245 }var seqMappings = jalview.util.MappingUtils.findMappingsForSequence (sequence, mappings);\r
1246 if (!seqMappings.isEmpty ()) {\r
1247 break;\r
1248 }}\r
1249 if (sequence == null) {\r
1250 return 0;\r
1251 }jalview.util.MappingUtils.addSearchResults (sr, sequence, sequence.findPosition (middleColumn), mappings);\r
1252 return seqOffset;\r
1253 }, "jalview.datamodel.SearchResults");\r
1254 });\r