bin/jalview/viewmodel/PCAModel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.viewmodel");
   2 Clazz.load (null, "jalview.viewmodel.PCAModel", ["jalview.analysis.PCA", "jalview.datamodel.SequencePoint", "java.lang.StringBuffer", "java.util.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.pca = null;
   5 this.top = 0;
   6 this.seqstrings = null;
   7 this.seqs = null;
   8 this.score_matrix = null;
   9 this.nucleotide = false;
  10 this.points = null;
  11 this.jvCalcMode = true;
  12 Clazz.instantialize (this, arguments);
  13 }, jalview.viewmodel, "PCAModel");
  14 Clazz.makeConstructor (c$,
  15 function (seqstrings2, seqs2, nucleotide2) {
  16 this.seqstrings = seqstrings2;
  17 this.seqs = seqs2;
  18 this.nucleotide = nucleotide2;
  19 this.score_matrix = nucleotide2 ? "PID" : "BLOSUM62";
  20 }, "jalview.datamodel.AlignmentView,~A,~B");
  21 Clazz.defineMethod (c$, "isJvCalcMode",
  22 function () {
  23 return this.jvCalcMode;
  24 });
  25 Clazz.defineMethod (c$, "run",
  26 function () {
  27 this.pca =  new jalview.analysis.PCA (this.seqstrings.getSequenceStrings (' '), this.nucleotide, this.score_matrix);
  28 this.pca.setJvCalcMode (this.jvCalcMode);
  29 this.pca.run ();
  30 var ii = 0;
  31 while ((ii < this.seqs.length) && (this.seqs[ii] != null)) {
  32 ii++;
  33 }
  34 var comps =  Clazz.newDoubleArray (ii, ii, 0);
  35 for (var i = 0; i < ii; i++) {
  36 if (this.pca.getEigenvalue (i) > 1e-4) {
  37 comps[i] = this.pca.component (i);
  38 }}
  39 this.top = this.pca.getM ().rows - 1;
  40 this.points =  new java.util.Vector ();
  41 var scores = this.pca.getComponents (this.top - 1, this.top - 2, this.top - 3, 100);
  42 for (var i = 0; i < this.pca.getM ().rows; i++) {
  43 var sp =  new jalview.datamodel.SequencePoint (this.seqs[i], scores[i]);
  44 this.points.addElement (sp);
  45 }
  46 });
  47 Clazz.defineMethod (c$, "updateRc",
  48 function (rc) {
  49 rc.setPoints (this.points, this.pca.getM ().rows);
  50 }, "jalview.api.RotatableCanvasI");
  51 Clazz.defineMethod (c$, "isNucleotide",
  52 function () {
  53 return this.nucleotide;
  54 });
  55 Clazz.defineMethod (c$, "setNucleotide",
  56 function (nucleotide) {
  57 this.nucleotide = nucleotide;
  58 }, "~B");
  59 Clazz.defineMethod (c$, "getTop",
  60 function () {
  61 return this.top;
  62 });
  63 Clazz.defineMethod (c$, "updateRcView",
  64 function (dim1, dim2, dim3) {
  65 var scores = this.pca.getComponents (dim1 - 1, dim2 - 1, dim3 - 1, 100);
  66 for (var i = 0; i < this.pca.getM ().rows; i++) {
  67 (this.points.elementAt (i)).coord = scores[i];
  68 }
  69 }, "~N,~N,~N");
  70 Clazz.defineMethod (c$, "getDetails",
  71 function () {
  72 return this.pca.getDetails ();
  73 });
  74 Clazz.defineMethod (c$, "getSeqtrings",
  75 function () {
  76 return this.seqstrings;
  77 });
  78 Clazz.defineMethod (c$, "getPointsasCsv",
  79 function (transformed, xdim, ydim, zdim) {
  80 var csv =  new StringBuffer ();
  81 csv.append ("\"Sequence\"");
  82 if (transformed) {
  83 csv.append (",");
  84 csv.append ("" + xdim);
  85 csv.append (",");
  86 csv.append ("" + ydim);
  87 csv.append (",");
  88 csv.append ("" + zdim);
  89 } else {
  90 for (var d = 1, dmax = this.pca.component (1).length; d <= dmax; d++) {
  91 csv.append ("," + d);
  92 }
  93 }csv.append ("\n");
  94 for (var s = 0; s < this.seqs.length; s++) {
  95 csv.append ("\"" + this.seqs[s].getName () + "\"");
  96 var fl;
  97 if (!transformed) {
  98 fl = this.pca.component (s);
  99 for (var d = fl.length - 1; d >= 0; d--) {
 100 csv.append (",");
 101 csv.append (fl[d]);
 102 }
 103 } else {
 104 fl = this.getPointPosition (s);
 105 for (var d = 0; d < fl.length; d++) {
 106 csv.append (",");
 107 csv.append (fl[d]);
 108 }
 109 }csv.append ("\n");
 110 }
 111 return csv.toString ();
 112 }, "~B,~N,~N,~N");
 113 Clazz.defineMethod (c$, "getPointPosition",
 114 function (s) {
 115 var pts =  Clazz.newDoubleArray (3, 0);
 116 var p = this.points.elementAt (s).coord;
 117 pts[0] = p[0];
 118 pts[1] = p[1];
 119 pts[2] = p[2];
 120 return pts;
 121 }, "~N");
 122 Clazz.defineMethod (c$, "setJvCalcMode",
 123 function (state) {
 124 this.jvCalcMode = state;
 125 }, "~B");
 126 Clazz.defineMethod (c$, "getScore_matrix",
 127 function () {
 128 return this.score_matrix;
 129 });
 130 Clazz.defineMethod (c$, "setScore_matrix",
 131 function (score_matrix) {
 132 this.score_matrix = score_matrix;
 133 }, "~S");
 134 });