bin/jalview/viewmodel/PCAModel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.viewmodel");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.viewmodel.PCAModel", ["jalview.analysis.PCA", "jalview.datamodel.SequencePoint", "java.lang.StringBuffer", "java.util.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.pca = null;\r
   5 this.top = 0;\r
   6 this.seqstrings = null;\r
   7 this.seqs = null;\r
   8 this.score_matrix = null;\r
   9 this.nucleotide = false;\r
  10 this.points = null;\r
  11 this.jvCalcMode = true;\r
  12 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  13 }, jalview.viewmodel, "PCAModel");\r
  14 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  15 function (seqstrings2, seqs2, nucleotide2) {\r
  16 this.seqstrings = seqstrings2;\r
  17 this.seqs = seqs2;\r
  18 this.nucleotide = nucleotide2;\r
  19 this.score_matrix = nucleotide2 ? "PID" : "BLOSUM62";\r
  20 }, "jalview.datamodel.AlignmentView,~A,~B");\r
  21 Clazz.defineMethod (c$, "isJvCalcMode", \r
  22 function () {\r
  23 return this.jvCalcMode;\r
  24 });\r
  25 Clazz.defineMethod (c$, "run", \r
  26 function () {\r
  27 this.pca =  new jalview.analysis.PCA (this.seqstrings.getSequenceStrings (' '), this.nucleotide, this.score_matrix);\r
  28 this.pca.setJvCalcMode (this.jvCalcMode);\r
  29 this.pca.run ();\r
  30 var ii = 0;\r
  31 while ((ii < this.seqs.length) && (this.seqs[ii] != null)) {\r
  32 ii++;\r
  33 }\r
  34 var comps =  Clazz.newDoubleArray (ii, ii, 0);\r
  35 for (var i = 0; i < ii; i++) {\r
  36 if (this.pca.getEigenvalue (i) > 1e-4) {\r
  37 comps[i] = this.pca.component (i);\r
  38 }}\r
  39 this.top = this.pca.getM ().rows - 1;\r
  40 this.points =  new java.util.Vector ();\r
  41 var scores = this.pca.getComponents (this.top - 1, this.top - 2, this.top - 3, 100);\r
  42 for (var i = 0; i < this.pca.getM ().rows; i++) {\r
  43 var sp =  new jalview.datamodel.SequencePoint (this.seqs[i], scores[i]);\r
  44 this.points.addElement (sp);\r
  45 }\r
  46 });\r
  47 Clazz.defineMethod (c$, "updateRc", \r
  48 function (rc) {\r
  49 rc.setPoints (this.points, this.pca.getM ().rows);\r
  50 }, "jalview.api.RotatableCanvasI");\r
  51 Clazz.defineMethod (c$, "isNucleotide", \r
  52 function () {\r
  53 return this.nucleotide;\r
  54 });\r
  55 Clazz.defineMethod (c$, "setNucleotide", \r
  56 function (nucleotide) {\r
  57 this.nucleotide = nucleotide;\r
  58 }, "~B");\r
  59 Clazz.defineMethod (c$, "getTop", \r
  60 function () {\r
  61 return this.top;\r
  62 });\r
  63 Clazz.defineMethod (c$, "updateRcView", \r
  64 function (dim1, dim2, dim3) {\r
  65 var scores = this.pca.getComponents (dim1 - 1, dim2 - 1, dim3 - 1, 100);\r
  66 for (var i = 0; i < this.pca.getM ().rows; i++) {\r
  67 (this.points.elementAt (i)).coord = scores[i];\r
  68 }\r
  69 }, "~N,~N,~N");\r
  70 Clazz.defineMethod (c$, "getDetails", \r
  71 function () {\r
  72 return this.pca.getDetails ();\r
  73 });\r
  74 Clazz.defineMethod (c$, "getSeqtrings", \r
  75 function () {\r
  76 return this.seqstrings;\r
  77 });\r
  78 Clazz.defineMethod (c$, "getPointsasCsv", \r
  79 function (transformed, xdim, ydim, zdim) {\r
  80 var csv =  new StringBuffer ();\r
  81 csv.append ("\"Sequence\"");\r
  82 if (transformed) {\r
  83 csv.append (",");\r
  84 csv.append (xdim);\r
  85 csv.append (",");\r
  86 csv.append (ydim);\r
  87 csv.append (",");\r
  88 csv.append (zdim);\r
  89 } else {\r
  90 for (var d = 1, dmax = this.pca.component (1).length; d <= dmax; d++) {\r
  91 csv.append ("," + d);\r
  92 }\r
  93 }csv.append ("\n");\r
  94 for (var s = 0; s < this.seqs.length; s++) {\r
  95 csv.append ("\"" + this.seqs[s].getName () + "\"");\r
  96 var fl;\r
  97 if (!transformed) {\r
  98 fl = this.pca.component (s);\r
  99 for (var d = fl.length - 1; d >= 0; d--) {\r
 100 csv.append (",");\r
 101 csv.append (fl[d]);\r
 102 }\r
 103 } else {\r
 104 fl = this.getPointPosition (s);\r
 105 for (var d = 0; d < fl.length; d++) {\r
 106 csv.append (",");\r
 107 csv.append (fl[d]);\r
 108 }\r
 109 }csv.append ("\n");\r
 110 }\r
 111 return csv.toString ();\r
 112 }, "~B,~N,~N,~N");\r
 113 Clazz.defineMethod (c$, "getPointPosition", \r
 114 function (s) {\r
 115 var pts =  Clazz.newDoubleArray (3, 0);\r
 116 var p = this.points.elementAt (s).coord;\r
 117 pts[0] = p[0];\r
 118 pts[1] = p[1];\r
 119 pts[2] = p[2];\r
 120 return pts;\r
 121 }, "~N");\r
 122 Clazz.defineMethod (c$, "setJvCalcMode", \r
 123 function (state) {\r
 124 this.jvCalcMode = state;\r
 125 }, "~B");\r
 126 Clazz.defineMethod (c$, "getScore_matrix", \r
 127 function () {\r
 128 return this.score_matrix;\r
 129 });\r
 130 Clazz.defineMethod (c$, "setScore_matrix", \r
 131 function (score_matrix) {\r
 132 this.score_matrix = score_matrix;\r
 133 }, "~S");\r
 134 });\r