bin/jalview/viewmodel/styles/ViewStyle.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.viewmodel.styles");\r
   2 Clazz.load (["jalview.api.ViewStyleI", "java.awt.Color"], "jalview.viewmodel.styles.ViewStyle", ["java.lang.Boolean"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.abovePIDThreshold = false;\r
   5 this.charHeight = 0;\r
   6 this.charWidth = 0;\r
   7 this.idWidth = -1;\r
   8 this.colourAppliesToAllGroups = false;\r
   9 this.centreColumnLabels = false;\r
  10 this.showdbrefs = false;\r
  11 this.shownpfeats = false;\r
  12 this.colourByReferenceSeq = false;\r
  13 this.conservationColourSelected = false;\r
  14 this.displayReferenceSeq = false;\r
  15 this.increment = 0;\r
  16 this.renderGaps = true;\r
  17 this.rightAlignIds = false;\r
  18 this.scaleAboveWrapped = false;\r
  19 this.scaleLeftWrapped = true;\r
  20 this.scaleRightWrapped = true;\r
  21 this.seqNameItalics = false;\r
  22 this.showAnnotation = true;\r
  23 this.showBoxes = true;\r
  24 this.showColourText = false;\r
  25 this.showHiddenMarkers = true;\r
  26 this.showJVSuffix = true;\r
  27 this.showSeqFeaturesHeight = false;\r
  28 this.showSequenceFeatures = false;\r
  29 this.showText = true;\r
  30 this.showUnconserved = false;\r
  31 this.textColour = null;\r
  32 this.textColour2 = null;\r
  33 this.threshold = 0;\r
  34 this.thresholdTextColour = 0;\r
  35 this.upperCasebold = false;\r
  36 this.fontName = null;\r
  37 this.fontSize = 0;\r
  38 this.scaleProteinAsCdna = true;\r
  39 this.wrapAlignment = false;\r
  40 this.wrappedWidth = 0;\r
  41 this.fontStyle = 0;\r
  42 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  43 }, jalview.viewmodel.styles, "ViewStyle", null, jalview.api.ViewStyleI);\r
  44 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  45 this.textColour = java.awt.Color.black;\r
  46 this.textColour2 = java.awt.Color.white;\r
  47 });\r
  48 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  49 function (vs) {\r
  50 this.setAbovePIDThreshold (vs.getAbovePIDThreshold ());\r
  51 this.setCentreColumnLabels (vs.isCentreColumnLabels ());\r
  52 this.setCharHeight (vs.getCharHeight ());\r
  53 this.setCharWidth (vs.getCharWidth ());\r
  54 this.setColourAppliesToAllGroups (vs.getColourAppliesToAllGroups ());\r
  55 this.setColourByReferenceSeq (vs.isColourByReferenceSeq ());\r
  56 this.setColourText (vs.getColourText ());\r
  57 this.setConservationColourSelected (vs.isConservationColourSelected ());\r
  58 this.setConservationSelected (vs.getConservationSelected ());\r
  59 this.setDisplayReferenceSeq (vs.isDisplayReferenceSeq ());\r
  60 this.setFontName (vs.getFontName ());\r
  61 this.setFontSize (vs.getFontSize ());\r
  62 this.setFontStyle (vs.getFontStyle ());\r
  63 this.setIdWidth (vs.getIdWidth ());\r
  64 this.setIncrement (vs.getIncrement ());\r
  65 this.setRenderGaps (vs.isRenderGaps ());\r
  66 this.setRightAlignIds (vs.isRightAlignIds ());\r
  67 this.setScaleAboveWrapped (vs.getScaleAboveWrapped ());\r
  68 this.setScaleLeftWrapped (vs.getScaleLeftWrapped ());\r
  69 this.setScaleProteinAsCdna (vs.isScaleProteinAsCdna ());\r
  70 this.setScaleRightWrapped (vs.getScaleRightWrapped ());\r
  71 this.setSeqNameItalics (vs.isSeqNameItalics ());\r
  72 this.setShowAnnotation (vs.isShowAnnotation ());\r
  73 this.setShowBoxes (vs.getShowBoxes ());\r
  74 this.setShowColourText (vs.isShowColourText ());\r
  75 this.setShowDBRefs (vs.isShowDBRefs ());\r
  76 this.setShowHiddenMarkers (vs.getShowHiddenMarkers ());\r
  77 this.setShowJVSuffix (vs.getShowJVSuffix ());\r
  78 this.setShowNPFeats (vs.isShowNPFeats ());\r
  79 this.setShowSequenceFeaturesHeight (vs.isShowSequenceFeaturesHeight ());\r
  80 this.setShowSequenceFeatures (vs.isShowSequenceFeatures ());\r
  81 this.setShowText (vs.getShowText ());\r
  82 this.setShowUnconserved (vs.getShowUnconserved ());\r
  83 this.setTextColour (vs.getTextColour ());\r
  84 this.setTextColour2 (vs.getTextColour2 ());\r
  85 this.setThreshold (vs.getThreshold ());\r
  86 this.setThresholdTextColour (vs.getThresholdTextColour ());\r
  87 this.setUpperCasebold (vs.isUpperCasebold ());\r
  88 this.setWrapAlignment (vs.getWrapAlignment ());\r
  89 this.setWrappedWidth (vs.getWrappedWidth ());\r
  90 }, "jalview.api.ViewStyleI");\r
  91 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  92 function () {\r
  93 });\r
  94 Clazz.overrideMethod (c$, "equals", \r
  95 function (other) {\r
  96 if (other == null || !(Clazz.instanceOf (other, jalview.viewmodel.styles.ViewStyle))) {\r
  97 return false;\r
  98 }var vs = other;\r
  99 var match = (this.getAbovePIDThreshold () == vs.getAbovePIDThreshold () && this.isCentreColumnLabels () == vs.isCentreColumnLabels () && this.getCharHeight () == vs.getCharHeight () && this.getCharWidth () == vs.getCharWidth () && this.getColourAppliesToAllGroups () == vs.getColourAppliesToAllGroups () && this.isColourByReferenceSeq () == vs.isColourByReferenceSeq () && this.getColourText () == vs.getColourText () && this.isConservationColourSelected () == vs.isConservationColourSelected () && this.getConservationSelected () == vs.getConservationSelected () && this.isDisplayReferenceSeq () == vs.isDisplayReferenceSeq () && this.getFontSize () == vs.getFontSize () && this.getFontStyle () == vs.getFontStyle () && this.getIdWidth () == vs.getIdWidth () && this.getIncrement () == vs.getIncrement () && this.isRenderGaps () == vs.isRenderGaps () && this.isRightAlignIds () == vs.isRightAlignIds () && this.getScaleAboveWrapped () == vs.getScaleAboveWrapped () && this.getScaleLeftWrapped () == vs.getScaleLeftWrapped () && this.isScaleProteinAsCdna () == vs.isScaleProteinAsCdna () && this.getScaleRightWrapped () == vs.getScaleRightWrapped () && this.isSeqNameItalics () == vs.isSeqNameItalics () && this.isShowAnnotation () == vs.isShowAnnotation () && this.getShowBoxes () == vs.getShowBoxes () && this.isShowColourText () == vs.isShowColourText () && this.isShowDBRefs () == vs.isShowDBRefs () && this.getShowHiddenMarkers () == vs.getShowHiddenMarkers () && this.getShowJVSuffix () == vs.getShowJVSuffix () && this.isShowNPFeats () == vs.isShowNPFeats () && this.isShowSequenceFeaturesHeight () == vs.isShowSequenceFeaturesHeight () && this.isShowSequenceFeatures () == vs.isShowSequenceFeatures () && this.getShowText () == vs.getShowText () && this.getShowUnconserved () == vs.getShowUnconserved () && this.getThreshold () == vs.getThreshold () && this.getThresholdTextColour () == vs.getThresholdTextColour () && this.isUpperCasebold () == vs.isUpperCasebold () && this.getWrapAlignment () == vs.getWrapAlignment () && this.getWrappedWidth () == vs.getWrappedWidth ());\r
 100 match = match && String.valueOf (this.getFontName ()).equals (String.valueOf (vs.getFontName ()));\r
 101 match = match && String.valueOf (this.getTextColour ()).equals (String.valueOf (vs.getTextColour ()));\r
 102 match = match && String.valueOf (this.getTextColour2 ()).equals (String.valueOf (vs.getTextColour2 ()));\r
 103 return match;\r
 104 }, "~O");\r
 105 Clazz.overrideMethod (c$, "hashCode", \r
 106 function () {\r
 107 var hash = 0;\r
 108 var m = 1;\r
 109 hash += m++ * Boolean.$valueOf (this.abovePIDThreshold).hashCode ();\r
 110 hash += m++ * Boolean.$valueOf (this.centreColumnLabels).hashCode ();\r
 111 hash += m++ * Boolean.$valueOf (this.colourAppliesToAllGroups).hashCode ();\r
 112 hash += m++ * Boolean.$valueOf (this.displayReferenceSeq).hashCode ();\r
 113 hash += m++ * Boolean.$valueOf (this.renderGaps).hashCode ();\r
 114 hash += m++ * Boolean.$valueOf (this.rightAlignIds).hashCode ();\r
 115 hash += m++ * Boolean.$valueOf (this.scaleProteinAsCdna).hashCode ();\r
 116 hash += m++ * Boolean.$valueOf (this.scaleRightWrapped).hashCode ();\r
 117 hash += m++ * Boolean.$valueOf (this.seqNameItalics).hashCode ();\r
 118 hash += m++ * Boolean.$valueOf (this.showAnnotation).hashCode ();\r
 119 hash += m++ * Boolean.$valueOf (this.showBoxes).hashCode ();\r
 120 hash += m++ * Boolean.$valueOf (this.showdbrefs).hashCode ();\r
 121 hash += m++ * Boolean.$valueOf (this.showJVSuffix).hashCode ();\r
 122 hash += m++ * Boolean.$valueOf (this.showSequenceFeatures).hashCode ();\r
 123 hash += m++ * Boolean.$valueOf (this.showUnconserved).hashCode ();\r
 124 hash += m++ * Boolean.$valueOf (this.wrapAlignment).hashCode ();\r
 125 hash += m++ * this.charHeight;\r
 126 hash += m++ * this.charWidth;\r
 127 hash += m++ * this.fontSize;\r
 128 hash += m++ * this.fontStyle;\r
 129 hash += m++ * this.idWidth;\r
 130 hash += String.valueOf (this.fontName).hashCode ();\r
 131 return hash;\r
 132 });\r
 133 Clazz.defineMethod (c$, "isUpperCasebold", \r
 134 function () {\r
 135 return this.upperCasebold;\r
 136 });\r
 137 Clazz.overrideMethod (c$, "setUpperCasebold", \r
 138 function (upperCasebold) {\r
 139 this.upperCasebold = upperCasebold;\r
 140 }, "~B");\r
 141 Clazz.defineMethod (c$, "getAbovePIDThreshold", \r
 142 function () {\r
 143 return this.abovePIDThreshold;\r
 144 });\r
 145 Clazz.defineMethod (c$, "getCharHeight", \r
 146 function () {\r
 147 return this.charHeight;\r
 148 });\r
 149 Clazz.defineMethod (c$, "getCharWidth", \r
 150 function () {\r
 151 return this.charWidth;\r
 152 });\r
 153 Clazz.defineMethod (c$, "getColourAppliesToAllGroups", \r
 154 function () {\r
 155 return this.colourAppliesToAllGroups;\r
 156 });\r
 157 Clazz.defineMethod (c$, "getColourText", \r
 158 function () {\r
 159 return this.showColourText;\r
 160 });\r
 161 Clazz.defineMethod (c$, "getConservationSelected", \r
 162 function () {\r
 163 return this.conservationColourSelected;\r
 164 });\r
 165 Clazz.defineMethod (c$, "getIncrement", \r
 166 function () {\r
 167 return this.increment;\r
 168 });\r
 169 Clazz.defineMethod (c$, "getScaleAboveWrapped", \r
 170 function () {\r
 171 return this.scaleAboveWrapped;\r
 172 });\r
 173 Clazz.defineMethod (c$, "getScaleLeftWrapped", \r
 174 function () {\r
 175 return this.scaleLeftWrapped;\r
 176 });\r
 177 Clazz.defineMethod (c$, "getScaleRightWrapped", \r
 178 function () {\r
 179 return this.scaleRightWrapped;\r
 180 });\r
 181 Clazz.defineMethod (c$, "getShowBoxes", \r
 182 function () {\r
 183 return this.showBoxes;\r
 184 });\r
 185 Clazz.defineMethod (c$, "getShowHiddenMarkers", \r
 186 function () {\r
 187 return this.showHiddenMarkers;\r
 188 });\r
 189 Clazz.defineMethod (c$, "getShowJVSuffix", \r
 190 function () {\r
 191 return this.showJVSuffix;\r
 192 });\r
 193 Clazz.defineMethod (c$, "getShowText", \r
 194 function () {\r
 195 return this.showText;\r
 196 });\r
 197 Clazz.defineMethod (c$, "getShowUnconserved", \r
 198 function () {\r
 199 return this.showUnconserved;\r
 200 });\r
 201 Clazz.defineMethod (c$, "getTextColour", \r
 202 function () {\r
 203 return this.textColour;\r
 204 });\r
 205 Clazz.defineMethod (c$, "getTextColour2", \r
 206 function () {\r
 207 return this.textColour2;\r
 208 });\r
 209 Clazz.defineMethod (c$, "getThreshold", \r
 210 function () {\r
 211 return this.threshold;\r
 212 });\r
 213 Clazz.defineMethod (c$, "getThresholdTextColour", \r
 214 function () {\r
 215 return this.thresholdTextColour;\r
 216 });\r
 217 Clazz.defineMethod (c$, "getWrapAlignment", \r
 218 function () {\r
 219 return this.wrapAlignment;\r
 220 });\r
 221 Clazz.defineMethod (c$, "getWrappedWidth", \r
 222 function () {\r
 223 return this.wrappedWidth;\r
 224 });\r
 225 Clazz.defineMethod (c$, "isColourByReferenceSeq", \r
 226 function () {\r
 227 return this.colourByReferenceSeq;\r
 228 });\r
 229 Clazz.defineMethod (c$, "isConservationColourSelected", \r
 230 function () {\r
 231 return this.conservationColourSelected;\r
 232 });\r
 233 Clazz.defineMethod (c$, "isDisplayReferenceSeq", \r
 234 function () {\r
 235 return this.displayReferenceSeq;\r
 236 });\r
 237 Clazz.defineMethod (c$, "isRenderGaps", \r
 238 function () {\r
 239 return this.renderGaps;\r
 240 });\r
 241 Clazz.defineMethod (c$, "isRightAlignIds", \r
 242 function () {\r
 243 return this.rightAlignIds;\r
 244 });\r
 245 Clazz.defineMethod (c$, "isSeqNameItalics", \r
 246 function () {\r
 247 return this.seqNameItalics;\r
 248 });\r
 249 Clazz.defineMethod (c$, "isShowAnnotation", \r
 250 function () {\r
 251 return this.showAnnotation;\r
 252 });\r
 253 Clazz.defineMethod (c$, "isShowColourText", \r
 254 function () {\r
 255 return this.showColourText;\r
 256 });\r
 257 Clazz.defineMethod (c$, "isShowSequenceFeaturesHeight", \r
 258 function () {\r
 259 return this.showSeqFeaturesHeight;\r
 260 });\r
 261 Clazz.defineMethod (c$, "isShowSequenceFeatures", \r
 262 function () {\r
 263 return this.showSequenceFeatures;\r
 264 });\r
 265 Clazz.overrideMethod (c$, "setAbovePIDThreshold", \r
 266 function (b) {\r
 267 this.abovePIDThreshold = b;\r
 268 }, "~B");\r
 269 Clazz.overrideMethod (c$, "setCharHeight", \r
 270 function (h) {\r
 271 this.charHeight = h;\r
 272 }, "~N");\r
 273 Clazz.overrideMethod (c$, "setCharWidth", \r
 274 function (w) {\r
 275 this.charWidth = w;\r
 276 }, "~N");\r
 277 Clazz.overrideMethod (c$, "setColourAppliesToAllGroups", \r
 278 function (b) {\r
 279 this.colourAppliesToAllGroups = b;\r
 280 }, "~B");\r
 281 Clazz.overrideMethod (c$, "setColourByReferenceSeq", \r
 282 function (colourByReferenceSeq) {\r
 283 this.colourByReferenceSeq = colourByReferenceSeq;\r
 284 }, "~B");\r
 285 Clazz.overrideMethod (c$, "setColourText", \r
 286 function (state) {\r
 287 this.showColourText = state;\r
 288 }, "~B");\r
 289 Clazz.overrideMethod (c$, "setConservationColourSelected", \r
 290 function (conservationColourSelected) {\r
 291 this.conservationColourSelected = conservationColourSelected;\r
 292 }, "~B");\r
 293 Clazz.overrideMethod (c$, "setConservationSelected", \r
 294 function (b) {\r
 295 this.conservationColourSelected = b;\r
 296 }, "~B");\r
 297 Clazz.overrideMethod (c$, "setDisplayReferenceSeq", \r
 298 function (displayReferenceSeq) {\r
 299 this.displayReferenceSeq = displayReferenceSeq;\r
 300 }, "~B");\r
 301 Clazz.overrideMethod (c$, "setIncrement", \r
 302 function (inc) {\r
 303 this.increment = inc;\r
 304 }, "~N");\r
 305 Clazz.overrideMethod (c$, "setRenderGaps", \r
 306 function (state) {\r
 307 this.renderGaps = state;\r
 308 }, "~B");\r
 309 Clazz.overrideMethod (c$, "setRightAlignIds", \r
 310 function (rightAlignIds) {\r
 311 this.rightAlignIds = rightAlignIds;\r
 312 }, "~B");\r
 313 Clazz.overrideMethod (c$, "setScaleAboveWrapped", \r
 314 function (b) {\r
 315 this.scaleAboveWrapped = b;\r
 316 }, "~B");\r
 317 Clazz.overrideMethod (c$, "setScaleLeftWrapped", \r
 318 function (b) {\r
 319 this.scaleLeftWrapped = b;\r
 320 }, "~B");\r
 321 Clazz.overrideMethod (c$, "setScaleRightWrapped", \r
 322 function (b) {\r
 323 this.scaleRightWrapped = b;\r
 324 }, "~B");\r
 325 Clazz.overrideMethod (c$, "setSeqNameItalics", \r
 326 function (italics) {\r
 327 this.seqNameItalics = italics;\r
 328 }, "~B");\r
 329 Clazz.overrideMethod (c$, "setShowAnnotation", \r
 330 function (b) {\r
 331 this.showAnnotation = b;\r
 332 }, "~B");\r
 333 Clazz.overrideMethod (c$, "setShowBoxes", \r
 334 function (state) {\r
 335 this.showBoxes = state;\r
 336 }, "~B");\r
 337 Clazz.overrideMethod (c$, "setShowColourText", \r
 338 function (showColourText) {\r
 339 this.showColourText = showColourText;\r
 340 }, "~B");\r
 341 Clazz.overrideMethod (c$, "setShowHiddenMarkers", \r
 342 function (show) {\r
 343 this.showHiddenMarkers = show;\r
 344 }, "~B");\r
 345 Clazz.overrideMethod (c$, "setShowJVSuffix", \r
 346 function (b) {\r
 347 this.showJVSuffix = b;\r
 348 }, "~B");\r
 349 Clazz.overrideMethod (c$, "setShowSequenceFeaturesHeight", \r
 350 function (selected) {\r
 351 this.showSeqFeaturesHeight = selected;\r
 352 }, "~B");\r
 353 Clazz.overrideMethod (c$, "setShowSequenceFeatures", \r
 354 function (b) {\r
 355 this.showSequenceFeatures = b;\r
 356 }, "~B");\r
 357 Clazz.overrideMethod (c$, "setShowText", \r
 358 function (state) {\r
 359 this.showText = state;\r
 360 }, "~B");\r
 361 Clazz.overrideMethod (c$, "setShowUnconserved", \r
 362 function (showunconserved) {\r
 363 this.showUnconserved = showunconserved;\r
 364 }, "~B");\r
 365 Clazz.overrideMethod (c$, "setTextColour", \r
 366 function (textColour) {\r
 367 this.textColour = textColour;\r
 368 }, "java.awt.Color");\r
 369 Clazz.overrideMethod (c$, "setTextColour2", \r
 370 function (textColour2) {\r
 371 this.textColour2 = textColour2;\r
 372 }, "java.awt.Color");\r
 373 Clazz.overrideMethod (c$, "setThreshold", \r
 374 function (thresh) {\r
 375 this.threshold = thresh;\r
 376 }, "~N");\r
 377 Clazz.overrideMethod (c$, "setThresholdTextColour", \r
 378 function (thresholdTextColour) {\r
 379 this.thresholdTextColour = thresholdTextColour;\r
 380 }, "~N");\r
 381 Clazz.overrideMethod (c$, "setWrapAlignment", \r
 382 function (state) {\r
 383 this.wrapAlignment = state;\r
 384 }, "~B");\r
 385 Clazz.overrideMethod (c$, "setWrappedWidth", \r
 386 function (w) {\r
 387 this.wrappedWidth = w;\r
 388 }, "~N");\r
 389 Clazz.overrideMethod (c$, "sameStyle", \r
 390 function (that) {\r
 391 return this.equals (that);\r
 392 }, "jalview.api.ViewStyleI");\r
 393 Clazz.defineMethod (c$, "getFontName", \r
 394 function () {\r
 395 return this.fontName;\r
 396 });\r
 397 Clazz.defineMethod (c$, "getFontSize", \r
 398 function () {\r
 399 return this.fontSize;\r
 400 });\r
 401 Clazz.defineMethod (c$, "getFontStyle", \r
 402 function () {\r
 403 return this.fontStyle;\r
 404 });\r
 405 Clazz.overrideMethod (c$, "setFontName", \r
 406 function (name) {\r
 407 this.fontName = name;\r
 408 }, "~S");\r
 409 Clazz.overrideMethod (c$, "setFontSize", \r
 410 function (size) {\r
 411 this.fontSize = size;\r
 412 }, "~N");\r
 413 Clazz.overrideMethod (c$, "setFontStyle", \r
 414 function (style) {\r
 415 this.fontStyle = style;\r
 416 }, "~N");\r
 417 Clazz.defineMethod (c$, "getIdWidth", \r
 418 function () {\r
 419 return this.idWidth;\r
 420 });\r
 421 Clazz.overrideMethod (c$, "setIdWidth", \r
 422 function (idWidth) {\r
 423 this.idWidth = idWidth;\r
 424 }, "~N");\r
 425 Clazz.defineMethod (c$, "isCentreColumnLabels", \r
 426 function () {\r
 427 return this.centreColumnLabels;\r
 428 });\r
 429 Clazz.overrideMethod (c$, "setCentreColumnLabels", \r
 430 function (centreColumnLabels) {\r
 431 this.centreColumnLabels = centreColumnLabels;\r
 432 }, "~B");\r
 433 Clazz.defineMethod (c$, "isShowDBRefs", \r
 434 function () {\r
 435 return this.showdbrefs;\r
 436 });\r
 437 Clazz.overrideMethod (c$, "setShowDBRefs", \r
 438 function (showdbrefs) {\r
 439 this.showdbrefs = showdbrefs;\r
 440 }, "~B");\r
 441 Clazz.defineMethod (c$, "isShowNPFeats", \r
 442 function () {\r
 443 return this.shownpfeats;\r
 444 });\r
 445 Clazz.overrideMethod (c$, "setShowNPFeats", \r
 446 function (shownpfeats) {\r
 447 this.shownpfeats = shownpfeats;\r
 448 }, "~B");\r
 449 Clazz.defineMethod (c$, "isScaleProteinAsCdna", \r
 450 function () {\r
 451 return this.scaleProteinAsCdna;\r
 452 });\r
 453 Clazz.overrideMethod (c$, "setScaleProteinAsCdna", \r
 454 function (b) {\r
 455 this.scaleProteinAsCdna = b;\r
 456 }, "~B");\r
 457 });\r