bin/jalview/workers/AlignCalcManager.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.workers");\r
   2 Clazz.load (["jalview.api.AlignCalcManagerI", "java.util.ArrayList", "$.Collections", "$.HashSet", "$.Hashtable"], "jalview.workers.AlignCalcManager", null, function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.restartable = null;\r
   5 this.blackList = null;\r
   6 this.inProgress = null;\r
   7 this.updating = null;\r
   8 this.canUpdate = null;\r
   9 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  10 }, jalview.workers, "AlignCalcManager", null, jalview.api.AlignCalcManagerI);\r
  11 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  12 this.restartable = java.util.Collections.synchronizedList ( new java.util.ArrayList ());\r
  13 this.blackList = java.util.Collections.synchronizedList ( new java.util.ArrayList ());\r
  14 this.inProgress = java.util.Collections.synchronizedMap ( new java.util.Hashtable ());\r
  15 this.updating = java.util.Collections.synchronizedMap ( new java.util.Hashtable ());\r
  16 this.canUpdate =  new java.util.HashSet ();\r
  17 });\r
  18 Clazz.overrideMethod (c$, "notifyStart", \r
  19 function (worker) {\r
  20 {\r
  21 var upd = this.updating.get (worker.getClass ());\r
  22 if (upd == null) {\r
  23 this.updating.put (worker.getClass (), upd = java.util.Collections.synchronizedList ( new java.util.ArrayList ()));\r
  24 }{\r
  25 upd.add (worker);\r
  26 }}}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");\r
  27 Clazz.overrideMethod (c$, "alreadyDoing", \r
  28 function (worker) {\r
  29 {\r
  30 return this.inProgress.containsKey (worker.getClass ());\r
  31 }}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");\r
  32 Clazz.overrideMethod (c$, "isPending", \r
  33 function (workingClass) {\r
  34 var upd;\r
  35 {\r
  36 upd = this.updating.get (workingClass.getClass ());\r
  37 if (upd == null) {\r
  38 return false;\r
  39 }{\r
  40 if (upd.size () > 1) {\r
  41 return true;\r
  42 }}return false;\r
  43 }}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");\r
  44 Clazz.defineMethod (c$, "numberLive", \r
  45 function (worker) {\r
  46 {\r
  47 var upd = this.updating.get (worker.getClass ());\r
  48 if (upd == null) {\r
  49 return 0;\r
  50 };return upd.size ();\r
  51 }}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");\r
  52 Clazz.overrideMethod (c$, "notifyWorking", \r
  53 function (worker) {\r
  54 {\r
  55 if (this.inProgress.get (worker.getClass ()) != null) {\r
  56 if (false) {\r
  57 System.err.println ("Warning: Multiple workers are running of type " + worker.getClass ());\r
  58 }return false;\r
  59 }this.inProgress.put (worker.getClass (), worker);\r
  60 }return true;\r
  61 }, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");\r
  62 Clazz.overrideMethod (c$, "workerComplete", \r
  63 function (worker) {\r
  64 {\r
  65 this.inProgress.remove (worker.getClass ());\r
  66 var upd = this.updating.get (worker.getClass ());\r
  67 if (upd != null) {\r
  68 {\r
  69 upd.remove (worker);\r
  70 }this.canUpdate.add (worker);\r
  71 }}}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");\r
  72 Clazz.overrideMethod (c$, "workerCannotRun", \r
  73 function (worker) {\r
  74 {\r
  75 this.blackList.add (worker.getClass ());\r
  76 }}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");\r
  77 Clazz.defineMethod (c$, "isBlackListed", \r
  78 function (workerType) {\r
  79 {\r
  80 return this.blackList.contains (workerType);\r
  81 }}, "Class");\r
  82 Clazz.overrideMethod (c$, "startWorker", \r
  83 function (worker) {\r
  84 var workerAsThread = worker;\r
  85 if (workerAsThread.isAlive ()) {\r
  86 workerAsThread.interrupt ();\r
  87 worker = worker.getNewWorker ();\r
  88 }worker.setName (worker.getClass ().getName ());\r
  89 worker.start ();\r
  90 }, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");\r
  91 Clazz.defineMethod (c$, "isWorking", \r
  92 function (worker) {\r
  93 {\r
  94 return worker != null && this.inProgress.get (worker.getClass ()) === worker;\r
  95 }}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");\r
  96 Clazz.defineMethod (c$, "isWorking", \r
  97 function () {\r
  98 {\r
  99 return this.inProgress.size () > 0;\r
 100 }});\r
 101 Clazz.overrideMethod (c$, "registerWorker", \r
 102 function (worker) {\r
 103 {\r
 104 if (!this.restartable.contains (worker)) {\r
 105 this.restartable.add (worker);\r
 106 }this.startWorker (worker);\r
 107 }}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");\r
 108 Clazz.overrideMethod (c$, "restartWorkers", \r
 109 function () {\r
 110 {\r
 111 for (var worker, $worker = this.restartable.iterator (); $worker.hasNext () && ((worker = $worker.next ()) || true);) {\r
 112 this.startWorker (worker);\r
 113 }\r
 114 }});\r
 115 Clazz.overrideMethod (c$, "workingInvolvedWith", \r
 116 function (alignmentAnnotation) {\r
 117 {\r
 118 for (var worker, $worker = this.inProgress.values ().iterator (); $worker.hasNext () && ((worker = $worker.next ()) || true);) {\r
 119 if (worker.involves (alignmentAnnotation)) {\r
 120 return true;\r
 121 }}\r
 122 }{\r
 123 for (var workers, $workers = this.updating.values ().iterator (); $workers.hasNext () && ((workers = $workers.next ()) || true);) {\r
 124 for (var worker, $worker = workers.iterator (); $worker.hasNext () && ((worker = $worker.next ()) || true);) {\r
 125 if (worker.involves (alignmentAnnotation)) {\r
 126 return true;\r
 127 }}\r
 128 }\r
 129 }return false;\r
 130 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
 131 Clazz.overrideMethod (c$, "updateAnnotationFor", \r
 132 function (workerClass) {\r
 133 var workers;\r
 134 {\r
 135 workers = this.canUpdate.toArray ( new Array (0));\r
 136 }for (var worker, $worker = 0, $$worker = workers; $worker < $$worker.length && ((worker = $$worker[$worker]) || true); $worker++) {\r
 137 if (workerClass.equals (worker.getClass ())) {\r
 138 worker.updateAnnotation ();\r
 139 }}\r
 140 }, "Class");\r
 141 Clazz.overrideMethod (c$, "getRegisteredWorkersOfClass", \r
 142 function (workerClass) {\r
 143 var workingClass =  new java.util.ArrayList ();\r
 144 var workers;\r
 145 {\r
 146 workers = this.canUpdate.toArray ( new Array (this.canUpdate.size ()));\r
 147 }for (var worker, $worker = 0, $$worker = workers; $worker < $$worker.length && ((worker = $$worker[$worker]) || true); $worker++) {\r
 148 if (workerClass.equals (worker.getClass ())) {\r
 149 workingClass.add (worker);\r
 150 }}\r
 151 return (workingClass.size () == 0) ? null : workingClass;\r
 152 }, "Class");\r
 153 Clazz.overrideMethod (c$, "startRegisteredWorkersOfClass", \r
 154 function (workerClass) {\r
 155 var workers = this.getRegisteredWorkersOfClass (workerClass);\r
 156 if (workers == null) {\r
 157 return false;\r
 158 }for (var worker, $worker = workers.iterator (); $worker.hasNext () && ((worker = $worker.next ()) || true);) {\r
 159 if (!this.isPending (worker)) {\r
 160 this.startWorker (worker);\r
 161 } else {\r
 162 System.err.println ("Pending exists for " + workerClass);\r
 163 }}\r
 164 return true;\r
 165 }, "Class");\r
 166 Clazz.overrideMethod (c$, "workerMayRun", \r
 167 function (worker) {\r
 168 {\r
 169 if (this.blackList.contains (worker.getClass ())) {\r
 170 this.blackList.remove (worker.getClass ());\r
 171 }}}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");\r
 172 Clazz.overrideMethod (c$, "removeRegisteredWorkersOfClass", \r
 173 function (typeToRemove) {\r
 174 var workers = this.getRegisteredWorkersOfClass (typeToRemove);\r
 175 var removable =  new java.util.ArrayList ();\r
 176 var toremovannot =  new java.util.HashSet ();\r
 177 {\r
 178 for (var worker, $worker = this.restartable.iterator (); $worker.hasNext () && ((worker = $worker.next ()) || true);) {\r
 179 if (typeToRemove.equals (worker.getClass ())) {\r
 180 removable.add (worker);\r
 181 toremovannot.add (worker);\r
 182 }}\r
 183 this.restartable.removeAll (removable);\r
 184 }{\r
 185 for (var worker, $worker = this.canUpdate.iterator (); $worker.hasNext () && ((worker = $worker.next ()) || true);) {\r
 186 if (typeToRemove.equals (worker.getClass ())) {\r
 187 removable.add (worker);\r
 188 toremovannot.add (worker);\r
 189 }}\r
 190 this.canUpdate.removeAll (removable);\r
 191 }}, "Class");\r
 192 });\r