bin/jalview/workers/AlignCalcWorker.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.workers");\r
   2 Clazz.load (["jalview.api.AlignCalcWorkerI", "swingjs.JSThread"], "jalview.workers.AlignCalcWorker", null, function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.iFirst = 0;\r
   5 this.iLast = 0;\r
   6 this.nPer = 2;\r
   7 this.started = 0;\r
   8 this.alignment = null;\r
   9 this.aWidth = 0;\r
  10 this.alignViewport = null;\r
  11 this.calcMan = null;\r
  12 this.ap = null;\r
  13 this.ourAnnots = null;\r
  14 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  15 }, jalview.workers, "AlignCalcWorker", swingjs.JSThread, jalview.api.AlignCalcWorkerI);\r
  16 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  17 function (alignViewport, alignPanel) {\r
  18 Clazz.superConstructor (this, jalview.workers.AlignCalcWorker, [null, "AlignCalcWorker"]);\r
  19 this.alignViewport = alignViewport;\r
  20 this.calcMan = alignViewport.getCalcManager ();\r
  21 this.ap = alignPanel;\r
  22 }, "jalview.api.AlignViewportI,jalview.api.AlignmentViewPanel");\r
  23 Clazz.defineMethod (c$, "abortAndDestroy", \r
  24 function () {\r
  25 if (this.calcMan != null) {\r
  26 this.calcMan.workerComplete (this);\r
  27 }this.alignViewport = null;\r
  28 this.calcMan = null;\r
  29 this.ap = null;\r
  30 });\r
  31 Clazz.overrideMethod (c$, "involves", \r
  32 function (i) {\r
  33 return this.ourAnnots != null && this.ourAnnots.contains (i);\r
  34 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
  35 Clazz.overrideMethod (c$, "removeOurAnnotation", \r
  36 function () {\r
  37 if (this.ourAnnots != null && this.alignViewport != null) {\r
  38 var alignment = this.alignViewport.getAlignment ();\r
  39 {\r
  40 for (var aa, $aa = this.ourAnnots.iterator (); $aa.hasNext () && ((aa = $aa.next ()) || true);) {\r
  41 alignment.deleteAnnotation (aa, true);\r
  42 }\r
  43 }}});\r
  44 Clazz.defineMethod (c$, "notifyDone", \r
  45 function () {\r
  46 if (this.ap != null) {\r
  47 this.ap.paintAlignment (true);\r
  48 }this.calcMan.workerComplete (this);\r
  49 });\r
  50 Clazz.defineStatics (c$,\r
  51 "LOOP_STANDBY", 3,\r
  52 "LOOP_CALCULATE", 4,\r
  53 "MS_MAX", 500);\r
  54 });\r