bin/jalview/workers/ConsensusThread.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.workers");
   2 Clazz.load (["jalview.api.AlignCalcWorkerI", "jalview.workers.AlignCalcWorker"], "jalview.workers.ConsensusThread", ["jalview.analysis.AAFrequency"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.hconsensus = null;
   5 this.aseqs = null;
   6 Clazz.instantialize (this, arguments);
   7 }, jalview.workers, "ConsensusThread", jalview.workers.AlignCalcWorker, jalview.api.AlignCalcWorkerI);
   8 Clazz.overrideMethod (c$, "getNewWorker",
   9 function () {
  10 return  new jalview.workers.ConsensusThread (this.alignViewport, this.ap);
  11 });
  12 Clazz.overrideMethod (c$, "run1",
  13 function (state) {
  14 while (!Thread.interrupted ()) {
  15 if (this.alignViewport.isClosed ()) {
  16 this.abortAndDestroy ();
  17 return;
  18 }try {
  19 switch (state) {
  20 case 0:
  21 if (this.calcMan.isPending (this)) return;
  22 this.calcMan.notifyStart (this);
  23 var consensus = this.getConsensusAnnotation ();
  24 if (consensus == null || this.calcMan.isPending (this)) {
  25 this.calcMan.workerComplete (this);
  26 return;
  27 }state = 3;
  28 break;
  29 case 3:
  30 while (!this.calcMan.notifyWorking (this)) {
  31 if (this.ap != null) {
  32 this.ap.paintAlignment (false);
  33 }try {
  34 if (this.sleepAndReturn (200, state)) return;
  35 } catch (e) {
  36 if (Clazz.exceptionOf (e, InterruptedException)) {
  37 state = 2;
  38 break;
  39 } else {
  40 throw e;
  41 }
  42 }
  43 }
  44 if (this.alignViewport.isClosed ()) {
  45 this.abortAndDestroy ();
  46 state = 2;
  47 break;
  48 }this.alignment = this.alignViewport.getAlignment ();
  49 this.aWidth = -1;
  50 if (this.alignment == null || (this.aWidth = this.alignment.getWidth ()) < 0) {
  51 state = 2;
  52 }this.eraseConsensus (this.aWidth);
  53 state = (this.initializeCalc () ? 4 : 2);
  54 break;
  55 case 4:
  56 this.iFirst = this.iLast;
  57 this.iLast = Math.min (this.iLast + this.nPer, this.aWidth);
  58 if (this.iLast == this.iFirst) {
  59 state = 2;
  60 } else {
  61 this.computeConsensus ();
  62 if (this.sleepAndReturn (0, state)) return;
  63 }break;
  64 case 2:
  65 this.finalizeCalc ();
  66 this.updateAlignment ();
  67 this.notifyDone ();
  68 return;
  69 }
  70 } catch (e$$) {
  71 if (Clazz.exceptionOf (e$$, OutOfMemoryError)) {
  72 var error = e$$;
  73 {
  74 this.calcMan.workerCannotRun (this);
  75 this.ap.raiseOOMWarning ("calculating consensus", error);
  76 }
  77 } else {
  78 var e = e$$;
  79 {
  80 System.out.println ("Error in ConsensusThread: " + e);
  81 e.printStackTrace ();
  82 this.calcMan.workerComplete (this);
  83 }
  84 }
  85 }
  86 }
  87 }, "~N");
  88 Clazz.defineMethod (c$, "initializeCalc",
  89 function () {
  90 this.iLast = 0;
  91 this.hconsensus =  new Array (this.aWidth);
  92 this.aseqs = this.getSequences ();
  93 return true;
  94 });
  95 Clazz.defineMethod (c$, "computeConsensus",
  96 function () {
  97 this.started = System.currentTimeMillis ();
  98 jalview.analysis.AAFrequency.calculate (this.aseqs, this.iFirst, this.iLast, this.hconsensus, true);
  99 if (System.currentTimeMillis () - this.started < 500) this.nPer *= 2;
 100 });
 101 Clazz.defineMethod (c$, "finalizeCalc",
 102 function () {
 103 this.alignViewport.setSequenceConsensusHash (this.hconsensus);
 104 });
 105 Clazz.defineMethod (c$, "updateAlignment",
 106 function () {
 107 this.setColourSchemeConsensus (this.hconsensus);
 108 this.updateResultAnnotation (true);
 109 });
 110 Clazz.defineMethod (c$, "eraseConsensus",
 111 function (aWidth) {
 112 var consensus = this.getConsensusAnnotation ();
 113 consensus.annotations =  new Array (aWidth);
 114 }, "~N");
 115 Clazz.defineMethod (c$, "getSequences",
 116 function () {
 117 return this.alignViewport.getAlignment ().getSequencesArray ();
 118 });
 119 Clazz.defineMethod (c$, "setColourSchemeConsensus",
 120 function (hconsensus) {
 121 var globalColourScheme = this.alignViewport.getGlobalColourScheme ();
 122 if (globalColourScheme != null) {
 123 globalColourScheme.setConsensus (hconsensus);
 124 }}, "~A");
 125 Clazz.defineMethod (c$, "getConsensusAnnotation",
 126 function () {
 127 return this.alignViewport.getAlignmentConsensusAnnotation ();
 128 });
 129 Clazz.overrideMethod (c$, "updateAnnotation",
 130 function () {
 131 this.updateResultAnnotation (false);
 132 });
 133 Clazz.defineMethod (c$, "updateResultAnnotation",
 134 function (immediate) {
 135 var consensus = this.getConsensusAnnotation ();
 136 var hconsensus = this.getViewportConsensus ();
 137 if (immediate || !this.calcMan.isWorking (this) && consensus != null && hconsensus != null) {
 138 this.deriveConsensus (consensus, hconsensus);
 139 }}, "~B");
 140 Clazz.defineMethod (c$, "deriveConsensus",
 141 function (consensusAnnotation, consensusData) {
 142 var nseq = this.getSequences ().length;
 143 jalview.analysis.AAFrequency.completeConsensus (consensusAnnotation, consensusData, 0, consensusData.length, this.alignViewport.isIgnoreGapsConsensus (), this.alignViewport.isShowSequenceLogo (), nseq);
 144 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~A");
 145 Clazz.defineMethod (c$, "getViewportConsensus",
 146 function () {
 147 return this.alignViewport.getSequenceConsensusHash ();
 148 });
 149 });