bin/jalview/workers/StrucConsensusThread.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.workers");
   2 Clazz.load (["jalview.api.AlignCalcWorkerI", "jalview.workers.AlignCalcWorker"], "jalview.workers.StrucConsensusThread", ["jalview.analysis.StructureFrequency", "java.lang.Thread"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.strucConsensus = null;
   5 this.hStrucConsensus = null;
   6 this.nseq = -1;
   7 Clazz.instantialize (this, arguments);
   8 }, jalview.workers, "StrucConsensusThread", jalview.workers.AlignCalcWorker, jalview.api.AlignCalcWorkerI);
   9 Clazz.overrideMethod (c$, "getNewWorker",
  10 function () {
  11 return  new jalview.workers.StrucConsensusThread (this.alignViewport, this.ap);
  12 });
  13 Clazz.overrideMethod (c$, "run",
  14 function () {
  15 try {
  16 if (this.calcMan.isPending (this)) {
  17 return;
  18 }this.calcMan.notifyStart (this);
  19 while (!this.calcMan.notifyWorking (this)) {
  20 try {
  21 if (this.ap != null) {
  22 }Thread.sleep (200);
  23 } catch (ex) {
  24 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
  25 ex.printStackTrace ();
  26 } else {
  27 throw ex;
  28 }
  29 }
  30 }
  31 if (this.alignViewport.isClosed ()) {
  32 this.abortAndDestroy ();
  33 return;
  34 }var alignment = this.alignViewport.getAlignment ();
  35 var aWidth = -1;
  36 if (alignment == null || (aWidth = alignment.getWidth ()) < 0) {
  37 this.calcMan.workerComplete (this);
  38 return;
  39 }this.strucConsensus = this.alignViewport.getAlignmentStrucConsensusAnnotation ();
  40 this.hStrucConsensus = this.alignViewport.getRnaStructureConsensusHash ();
  41 this.strucConsensus.annotations = null;
  42 this.strucConsensus.annotations =  new Array (aWidth);
  43 this.hStrucConsensus =  new Array (aWidth);
  44 var aa = this.alignViewport.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();
  45 var rnaStruc = null;
  46 for (var i = 0; i < aa.length; i++) {
  47 if (aa[i].getRNAStruc () != null && aa[i].isValidStruc ()) {
  48 rnaStruc = aa[i];
  49 break;
  50 }}
  51 if (rnaStruc == null || !rnaStruc.isValidStruc ()) {
  52 this.calcMan.workerComplete (this);
  53 return;
  54 }try {
  55 var arr = alignment.getSequencesArray ();
  56 this.nseq = arr.length;
  57 jalview.analysis.StructureFrequency.calculate (arr, 0, alignment.getWidth (), this.hStrucConsensus, true, rnaStruc);
  58 } catch (x) {
  59 if (Clazz.exceptionOf (x, ArrayIndexOutOfBoundsException)) {
  60 this.calcMan.workerComplete (this);
  61 return;
  62 } else {
  63 throw x;
  64 }
  65 }
  66 this.alignViewport.setRnaStructureConsensusHash (this.hStrucConsensus);
  67 this.updateResultAnnotation (true);
  68 if (this.alignViewport.getGlobalColourScheme () != null) {
  69 this.alignViewport.getGlobalColourScheme ().setConsensus (this.hStrucConsensus);
  70 }} catch (error) {
  71 if (Clazz.exceptionOf (error, OutOfMemoryError)) {
  72 this.calcMan.workerCannotRun (this);
  73 this.ap.raiseOOMWarning ("calculating RNA structure consensus", error);
  74 } else {
  75 throw error;
  76 }
  77 } finally {
  78 this.calcMan.workerComplete (this);
  79 if (this.ap != null) {
  80 this.ap.paintAlignment (true);
  81 }}
  82 });
  83 Clazz.overrideMethod (c$, "updateAnnotation",
  84 function () {
  85 this.updateResultAnnotation (false);
  86 });
  87 Clazz.defineMethod (c$, "updateResultAnnotation",
  88 function (immediate) {
  89 if (immediate || !this.calcMan.isWorking (this) && this.strucConsensus != null && this.hStrucConsensus != null) {
  90 jalview.analysis.StructureFrequency.completeConsensus (this.strucConsensus, this.hStrucConsensus, 0, this.hStrucConsensus.length, this.alignViewport.isIgnoreGapsConsensus (), this.alignViewport.isShowSequenceLogo (), this.nseq);
  91 }}, "~B");
  92 Clazz.overrideMethod (c$, "run1",
  93 function (state) {
  94 }, "~N");
  95 });