bin/javajs/util/CifDataParser.js

   1 Clazz.declarePackage ("javajs.util");\r
   2 Clazz.load (["javajs.api.GenericCifDataParser", "java.util.Hashtable", "javajs.util.SB"], "javajs.util.CifDataParser", ["javajs.util.Lst", "$.PT"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.reader = null;\r
   5 this.br = null;\r
   6 this.line = null;\r
   7 this.str = null;\r
   8 this.ich = 0;\r
   9 this.cch = 0;\r
  10 this.wasUnQuoted = false;\r
  11 this.strPeeked = null;\r
  12 this.ichPeeked = 0;\r
  13 this.fieldCount = 0;\r
  14 this.loopData = null;\r
  15 this.fileHeader = null;\r
  16 this.isHeader = true;\r
  17 this.nullString = "\0";\r
  18 this.fields = null;\r
  19 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  20 }, javajs.util, "CifDataParser", null, javajs.api.GenericCifDataParser);\r
  21 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  22 this.fileHeader =  new javajs.util.SB ();\r
  23 });\r
  24 Clazz.defineMethod (c$, "setNullValue", \r
  25 function (nullString) {\r
  26 this.nullString = nullString;\r
  27 }, "~S");\r
  28 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  29 function () {\r
  30 });\r
  31 Clazz.overrideMethod (c$, "getLoopData", \r
  32 function (i) {\r
  33 return this.loopData[i];\r
  34 }, "~N");\r
  35 Clazz.overrideMethod (c$, "getFieldCount", \r
  36 function () {\r
  37 return this.fieldCount;\r
  38 });\r
  39 Clazz.overrideMethod (c$, "getField", \r
  40 function (i) {\r
  41 return this.fields[i];\r
  42 }, "~N");\r
  43 Clazz.overrideMethod (c$, "set", \r
  44 function (reader, br) {\r
  45 this.reader = reader;\r
  46 this.br = br;\r
  47 return this;\r
  48 }, "javajs.api.GenericLineReader,java.io.BufferedReader");\r
  49 Clazz.overrideMethod (c$, "getFileHeader", \r
  50 function () {\r
  51 return this.fileHeader.toString ();\r
  52 });\r
  53 Clazz.overrideMethod (c$, "getAllCifData", \r
  54 function () {\r
  55 this.line = "";\r
  56 var key;\r
  57 var data = null;\r
  58 var allData =  new java.util.Hashtable ();\r
  59 var models =  new javajs.util.Lst ();\r
  60 allData.put ("models", models);\r
  61 try {\r
  62 while ((key = this.getNextToken ()) != null) {\r
  63 if (key.startsWith ("global_") || key.startsWith ("data_")) {\r
  64 models.addLast (data =  new java.util.Hashtable ());\r
  65 data.put ("name", key);\r
  66 continue;\r
  67 }if (key.startsWith ("loop_")) {\r
  68 this.getAllCifLoopData (data);\r
  69 continue;\r
  70 }if (key.charAt (0) != '_') {\r
  71 System.out.println ("CIF ERROR ? should be an underscore: " + key);\r
  72 } else {\r
  73 var value = this.getNextToken ();\r
  74 if (value == null) {\r
  75 System.out.println ("CIF ERROR ? end of file; data missing: " + key);\r
  76 } else {\r
  77 data.put (this.fixKey (key), value);\r
  78 }}}\r
  79 } catch (e) {\r
  80 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
  81 } else {\r
  82 throw e;\r
  83 }\r
  84 }\r
  85 try {\r
  86 if (this.br != null) this.br.close ();\r
  87 } catch (e) {\r
  88 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
  89 } else {\r
  90 throw e;\r
  91 }\r
  92 }\r
  93 return allData;\r
  94 });\r
  95 Clazz.defineMethod (c$, "getAllCifLoopData", \r
  96 ($fz = function (data) {\r
  97 var key;\r
  98 var keyWords =  new javajs.util.Lst ();\r
  99 while ((key = this.peekToken ()) != null && key.charAt (0) == '_') {\r
 100 key = this.fixKey (this.getTokenPeeked ());\r
 101 keyWords.addLast (key);\r
 102 data.put (key,  new javajs.util.Lst ());\r
 103 }\r
 104 this.fieldCount = keyWords.size ();\r
 105 if (this.fieldCount == 0) return;\r
 106 this.loopData =  new Array (this.fieldCount);\r
 107 while (this.getData ()) for (var i = 0; i < this.fieldCount; i++) (data.get (keyWords.get (i))).addLast (this.loopData[i]);\r
 108 \r
 109 \r
 110 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "java.util.Map");\r
 111 Clazz.overrideMethod (c$, "readLine", \r
 112 function () {\r
 113 try {\r
 114 this.line = (this.reader == null ? this.br.readLine () : this.reader.readNextLine ());\r
 115 if (this.line == null) return null;\r
 116 if (this.isHeader) {\r
 117 if (this.line.startsWith ("#")) this.fileHeader.append (this.line).appendC ('\n');\r
 118  else this.isHeader = false;\r
 119 }return this.line;\r
 120 } catch (e) {\r
 121 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 122 return null;\r
 123 } else {\r
 124 throw e;\r
 125 }\r
 126 }\r
 127 });\r
 128 Clazz.overrideMethod (c$, "getData", \r
 129 function () {\r
 130 for (var i = 0; i < this.fieldCount; ++i) if ((this.loopData[i] = this.getNextDataToken ()) == null) return false;\r
 131 \r
 132 return (this.fieldCount > 0);\r
 133 });\r
 134 Clazz.overrideMethod (c$, "skipLoop", \r
 135 function (doReport) {\r
 136 var str;\r
 137 var ret = (doReport ?  new javajs.util.SB () : null);\r
 138 var n = 0;\r
 139 while ((str = this.peekToken ()) != null && str.charAt (0) == '_') {\r
 140 if (ret != null) ret.append (str).append ("\n");\r
 141 this.getTokenPeeked ();\r
 142 n++;\r
 143 }\r
 144 var m = 0;\r
 145 while ((str = this.getNextDataToken ()) != null) {\r
 146 if (ret == null) continue;\r
 147 ret.append (str).append (" ");\r
 148 if ((++m % n) == 0) ret.append ("\n");\r
 149 }\r
 150 return (ret == null ? null : ret.toString ());\r
 151 }, "~B");\r
 152 Clazz.overrideMethod (c$, "getNextToken", \r
 153 function () {\r
 154 while (!this.strHasMoreTokens ()) if (this.setStringNextLine () == null) return null;\r
 155 \r
 156 return this.nextStrToken ();\r
 157 });\r
 158 Clazz.overrideMethod (c$, "getNextDataToken", \r
 159 function () {\r
 160 var str = this.peekToken ();\r
 161 if (str == null) return null;\r
 162 if (this.wasUnQuoted) if (str.charAt (0) == '_' || str.startsWith ("loop_") || str.startsWith ("data_") || str.startsWith ("stop_") || str.startsWith ("global_")) return null;\r
 163 return this.getTokenPeeked ();\r
 164 });\r
 165 Clazz.overrideMethod (c$, "peekToken", \r
 166 function () {\r
 167 while (!this.strHasMoreTokens ()) if (this.setStringNextLine () == null) return null;\r
 168 \r
 169 var ich = this.ich;\r
 170 this.strPeeked = this.nextStrToken ();\r
 171 this.ichPeeked = this.ich;\r
 172 this.ich = ich;\r
 173 return this.strPeeked;\r
 174 });\r
 175 Clazz.overrideMethod (c$, "getTokenPeeked", \r
 176 function () {\r
 177 this.ich = this.ichPeeked;\r
 178 return this.strPeeked;\r
 179 });\r
 180 Clazz.overrideMethod (c$, "fullTrim", \r
 181 function (str) {\r
 182 var pt0 = -1;\r
 183 var pt1 = str.length;\r
 184 while (++pt0 < pt1 && javajs.util.PT.isWhitespace (str.charAt (pt0))) {\r
 185 }\r
 186 while (--pt1 > pt0 && javajs.util.PT.isWhitespace (str.charAt (pt1))) {\r
 187 }\r
 188 return str.substring (pt0, pt1 + 1);\r
 189 }, "~S");\r
 190 Clazz.overrideMethod (c$, "toUnicode", \r
 191 function (data) {\r
 192 var pt;\r
 193 try {\r
 194 while ((pt = data.indexOf ('\\')) >= 0) {\r
 195 var c = data.charCodeAt (pt + 1);\r
 196 var ch = (c >= 65 && c <= 90 ? "ABX\u0394E\u03a6\u0393HI_K\u039bMNO\u03a0\u0398P\u03a3TY_\u03a9\u039e\u03a5Z".substring (c - 65, c - 64) : c >= 97 && c <= 122 ? "\u03b1\u03b2\u03c7\u03a4\u03a5\u03c6\u03b3\u03b7\u03b9_\u03ba\u03bb\u03bc\u03bd\u03bf\u03c0\u03b8\u03c1\u03c3\u03c4\u03c5_\u03c9\u03be\u03c5\u03b6".substring (c - 97, c - 96) : "_");\r
 197 data = data.substring (0, pt) + ch + data.substring (pt + 2);\r
 198 }\r
 199 } catch (e) {\r
 200 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 201 } else {\r
 202 throw e;\r
 203 }\r
 204 }\r
 205 return data;\r
 206 }, "~S");\r
 207 Clazz.overrideMethod (c$, "parseLoopParameters", \r
 208 function (fields, fieldOf, propertyOf) {\r
 209 var propertyCount = 0;\r
 210 if (fields == null) {\r
 211 this.fields =  new Array (100);\r
 212 } else {\r
 213 if (!javajs.util.CifDataParser.htFields.containsKey (fields[0])) for (var i = fields.length; --i >= 0; ) javajs.util.CifDataParser.htFields.put (fields[i], Integer.$valueOf (i));\r
 214 \r
 215 for (var i = fields.length; --i >= 0; ) fieldOf[i] = -1;\r
 216 \r
 217 propertyCount = fields.length;\r
 218 }this.fieldCount = 0;\r
 219 while (true) {\r
 220 var str = this.peekToken ();\r
 221 if (str == null) {\r
 222 this.fieldCount = 0;\r
 223 break;\r
 224 }if (str.charAt (0) != '_') break;\r
 225 var pt = this.fieldCount++;\r
 226 str = this.fixKey (this.getTokenPeeked ());\r
 227 if (fields == null) {\r
 228 this.fields[propertyOf[pt] = fieldOf[pt] = pt] = str;\r
 229 continue;\r
 230 }var iField = javajs.util.CifDataParser.htFields.get (str);\r
 231 var i = (iField == null ? -1 : iField.intValue ());\r
 232 if ((propertyOf[pt] = i) != -1) fieldOf[i] = pt;\r
 233 }\r
 234 if (this.fieldCount > 0) this.loopData =  new Array (this.fieldCount);\r
 235 return propertyCount;\r
 236 }, "~A,~A,~A");\r
 237 Clazz.overrideMethod (c$, "fixKey", \r
 238 function (key) {\r
 239 return (javajs.util.PT.rep (key.startsWith ("_magnetic") ? key.substring (9) : key.startsWith ("_jana") ? key.substring (5) : key, ".", "_").toLowerCase ());\r
 240 }, "~S");\r
 241 Clazz.defineMethod (c$, "setString", \r
 242 ($fz = function (str) {\r
 243 this.str = this.line = str;\r
 244 this.cch = (str == null ? 0 : str.length);\r
 245 this.ich = 0;\r
 246 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~S");\r
 247 Clazz.defineMethod (c$, "setStringNextLine", \r
 248 ($fz = function () {\r
 249 this.setString (this.readLine ());\r
 250 if (this.line == null || this.line.length == 0) return this.line;\r
 251 if (this.line.charAt (0) != ';') {\r
 252 if (this.str.startsWith ("###non-st#")) this.ich = 10;\r
 253 return this.line;\r
 254 }this.ich = 1;\r
 255 var str = '\1' + this.line.substring (1) + '\n';\r
 256 while (this.readLine () != null) {\r
 257 if (this.line.startsWith (";")) {\r
 258 str = str.substring (0, str.length - 1) + '\1' + this.line.substring (1);\r
 259 break;\r
 260 }str += this.line + '\n';\r
 261 }\r
 262 this.setString (str);\r
 263 return str;\r
 264 }, $fz.isPrivate = true, $fz));\r
 265 Clazz.defineMethod (c$, "strHasMoreTokens", \r
 266 ($fz = function () {\r
 267 if (this.str == null) return false;\r
 268 var ch = '#';\r
 269 while (this.ich < this.cch && ((ch = this.str.charAt (this.ich)) == ' ' || ch == '\t')) ++this.ich;\r
 270 \r
 271 return (this.ich < this.cch && ch != '#');\r
 272 }, $fz.isPrivate = true, $fz));\r
 273 Clazz.defineMethod (c$, "nextStrToken", \r
 274 ($fz = function () {\r
 275 if (this.ich == this.cch) return null;\r
 276 var ichStart = this.ich;\r
 277 var ch = this.str.charAt (ichStart);\r
 278 if (ch != '\'' && ch != '"' && ch != '\1') {\r
 279 this.wasUnQuoted = true;\r
 280 while (this.ich < this.cch && (ch = this.str.charAt (this.ich)) != ' ' && ch != '\t') ++this.ich;\r
 281 \r
 282 if (this.ich == ichStart + 1) if (this.nullString != null && (this.str.charAt (ichStart) == '.' || this.str.charAt (ichStart) == '?')) return this.nullString;\r
 283 var s = this.str.substring (ichStart, this.ich);\r
 284 return s;\r
 285 }this.wasUnQuoted = false;\r
 286 var chOpeningQuote = ch;\r
 287 var previousCharacterWasQuote = false;\r
 288 while (++this.ich < this.cch) {\r
 289 ch = this.str.charAt (this.ich);\r
 290 if (previousCharacterWasQuote && (ch == ' ' || ch == '\t')) break;\r
 291 previousCharacterWasQuote = (ch == chOpeningQuote);\r
 292 }\r
 293 if (this.ich == this.cch) {\r
 294 if (previousCharacterWasQuote) return this.str.substring (ichStart + 1, this.ich - 1);\r
 295 return this.str.substring (ichStart, this.ich);\r
 296 }++this.ich;\r
 297 return this.str.substring (ichStart + 1, this.ich - 2);\r
 298 }, $fz.isPrivate = true, $fz));\r
 299 c$.htFields = c$.prototype.htFields =  new java.util.Hashtable ();\r
 300 Clazz.defineStatics (c$,\r
 301 "grABC", "ABX\u0394E\u03a6\u0393HI_K\u039bMNO\u03a0\u0398P\u03a3TY_\u03a9\u039e\u03a5Z",\r
 302 "grabc", "\u03b1\u03b2\u03c7\u03a4\u03a5\u03c6\u03b3\u03b7\u03b9_\u03ba\u03bb\u03bc\u03bd\u03bf\u03c0\u03b8\u03c1\u03c3\u03c4\u03c5_\u03c9\u03be\u03c5\u03b6");\r
 303 });\r