JAL-1807 Bob's JalviewJS prototype first commit
[jalviewjs.git] / bin / javajs / util / Rdr.js
1 Clazz.declarePackage ("javajs.util");\r
2 Clazz.load (["javajs.api.GenericLineReader"], "javajs.util.Rdr", ["java.io.BufferedInputStream", "$.BufferedReader", "$.ByteArrayInputStream", "$.InputStreamReader", "$.StringReader", "javajs.util.AU", "$.Base64", "$.Encoding", "$.SB"], function () {\r
3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
4 this.reader = null;\r
5 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
6 }, javajs.util, "Rdr", null, javajs.api.GenericLineReader);\r
7 Clazz.makeConstructor (c$, \r
8 function (reader) {\r
9 this.reader = reader;\r
10 }, "java.io.BufferedReader");\r
11 Clazz.overrideMethod (c$, "readNextLine", \r
12 function () {\r
13 return this.reader.readLine ();\r
14 });\r
15 c$.readCifData = Clazz.defineMethod (c$, "readCifData", \r
16 function (parser, br) {\r
17 return parser.set (null, br).getAllCifData ();\r
18 }, "javajs.api.GenericCifDataParser,java.io.BufferedReader");\r
19 c$.fixUTF = Clazz.defineMethod (c$, "fixUTF", \r
20 function (bytes) {\r
21 var encoding = javajs.util.Rdr.getUTFEncoding (bytes);\r
22 if (encoding !== javajs.util.Encoding.NONE) try {\r
23 var s =  String.instantialize (bytes, encoding.name ().$replace ('_', '-'));\r
24 switch (encoding) {\r
25 case javajs.util.Encoding.UTF8:\r
26 case javajs.util.Encoding.UTF_16BE:\r
27 case javajs.util.Encoding.UTF_16LE:\r
28 s = s.substring (1);\r
29 break;\r
30 default:\r
31 break;\r
32 }\r
33 return s;\r
34 } catch (e) {\r
35 if (Clazz.exceptionOf (e, java.io.UnsupportedEncodingException)) {\r
36 System.out.println (e);\r
37 } else {\r
38 throw e;\r
39 }\r
40 }\r
41 return  String.instantialize (bytes);\r
42 }, "~A");\r
43 c$.getUTFEncoding = Clazz.defineMethod (c$, "getUTFEncoding", \r
44 ($fz = function (bytes) {\r
45 if (bytes.length >= 3 && bytes[0] == 0xEF && bytes[1] == 0xBB && bytes[2] == 0xBF) return javajs.util.Encoding.UTF8;\r
46 if (bytes.length >= 4 && bytes[0] == 0 && bytes[1] == 0 && bytes[2] == 0xFE && bytes[3] == 0xFF) return javajs.util.Encoding.UTF_32BE;\r
47 if (bytes.length >= 4 && bytes[0] == 0xFF && bytes[1] == 0xFE && bytes[2] == 0 && bytes[3] == 0) return javajs.util.Encoding.UTF_32LE;\r
48 if (bytes.length >= 2 && bytes[0] == 0xFF && bytes[1] == 0xFE) return javajs.util.Encoding.UTF_16LE;\r
49 if (bytes.length >= 2 && bytes[0] == 0xFE && bytes[1] == 0xFF) return javajs.util.Encoding.UTF_16BE;\r
50 return javajs.util.Encoding.NONE;\r
51 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~A");\r
52 c$.getUTFEncodingForStream = Clazz.defineMethod (c$, "getUTFEncodingForStream", \r
53 ($fz = function (is) {\r
54 {\r
55 is.resetStream();\r
56 }var abMagic =  Clazz.newByteArray (4, 0);\r
57 abMagic[3] = 1;\r
58 try {\r
59 is.mark (5);\r
60 } catch (e) {\r
61 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
62 return javajs.util.Encoding.NONE;\r
63 } else {\r
64 throw e;\r
65 }\r
66 }\r
67 is.read (abMagic, 0, 4);\r
68 is.reset ();\r
69 return javajs.util.Rdr.getUTFEncoding (abMagic);\r
70 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "java.io.BufferedInputStream");\r
71 c$.isBase64 = Clazz.defineMethod (c$, "isBase64", \r
72 function (sb) {\r
73 return (sb.indexOf (";base64,") == 0);\r
74 }, "javajs.util.SB");\r
75 c$.isCompoundDocumentS = Clazz.defineMethod (c$, "isCompoundDocumentS", \r
76 function (is) {\r
77 return javajs.util.Rdr.isCompoundDocumentB (javajs.util.Rdr.getMagic (is, 8));\r
78 }, "java.io.InputStream");\r
79 c$.isCompoundDocumentB = Clazz.defineMethod (c$, "isCompoundDocumentB", \r
80 function (bytes) {\r
81 return (bytes.length >= 8 && bytes[0] == 0xD0 && bytes[1] == 0xCF && bytes[2] == 0x11 && bytes[3] == 0xE0 && bytes[4] == 0xA1 && bytes[5] == 0xB1 && bytes[6] == 0x1A && bytes[7] == 0xE1);\r
82 }, "~A");\r
83 c$.isGzipS = Clazz.defineMethod (c$, "isGzipS", \r
84 function (is) {\r
85 return javajs.util.Rdr.isGzipB (javajs.util.Rdr.getMagic (is, 2));\r
86 }, "java.io.InputStream");\r
87 c$.isGzipB = Clazz.defineMethod (c$, "isGzipB", \r
88 function (bytes) {\r
89 return (bytes != null && bytes.length >= 2 && bytes[0] == 0x1F && bytes[1] == 0x8B);\r
90 }, "~A");\r
91 c$.isPickleS = Clazz.defineMethod (c$, "isPickleS", \r
92 function (is) {\r
93 return javajs.util.Rdr.isPickleB (javajs.util.Rdr.getMagic (is, 2));\r
94 }, "java.io.InputStream");\r
95 c$.isPickleB = Clazz.defineMethod (c$, "isPickleB", \r
96 function (bytes) {\r
97 return (bytes != null && bytes.length >= 2 && bytes[0] == 0x7D && bytes[1] == 0x71);\r
98 }, "~A");\r
99 c$.isPngZipStream = Clazz.defineMethod (c$, "isPngZipStream", \r
100 function (is) {\r
101 return javajs.util.Rdr.isPngZipB (javajs.util.Rdr.getMagic (is, 55));\r
102 }, "java.io.InputStream");\r
103 c$.isPngZipB = Clazz.defineMethod (c$, "isPngZipB", \r
104 function (bytes) {\r
105 return (bytes[50] == 0 && bytes[51] == 0x50 && bytes[52] == 0x4E && bytes[53] == 0x47 && bytes[54] == 0x4A);\r
106 }, "~A");\r
107 c$.isZipS = Clazz.defineMethod (c$, "isZipS", \r
108 function (is) {\r
109 return javajs.util.Rdr.isZipB (javajs.util.Rdr.getMagic (is, 4));\r
110 }, "java.io.InputStream");\r
111 c$.isZipB = Clazz.defineMethod (c$, "isZipB", \r
112 function (bytes) {\r
113 return (bytes.length >= 4 && bytes[0] == 0x50 && bytes[1] == 0x4B && bytes[2] == 0x03 && bytes[3] == 0x04);\r
114 }, "~A");\r
115 c$.getMagic = Clazz.defineMethod (c$, "getMagic", \r
116 ($fz = function (is, n) {\r
117 var abMagic =  Clazz.newByteArray (n, 0);\r
118 {\r
119 is.resetStream();\r
120 }try {\r
121 is.mark (n + 1);\r
122 is.read (abMagic, 0, n);\r
123 } catch (e) {\r
124 if (Clazz.exceptionOf (e, java.io.IOException)) {\r
125 } else {\r
126 throw e;\r
127 }\r
128 }\r
129 try {\r
130 is.reset ();\r
131 } catch (e) {\r
132 if (Clazz.exceptionOf (e, java.io.IOException)) {\r
133 } else {\r
134 throw e;\r
135 }\r
136 }\r
137 return abMagic;\r
138 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "java.io.InputStream,~N");\r
139 c$.guessMimeTypeForBytes = Clazz.defineMethod (c$, "guessMimeTypeForBytes", \r
140 function (bytes) {\r
141 switch (bytes.length < 2 ? -1 : bytes[1]) {\r
142 case 0:\r
143 return "image/jpg";\r
144 case 0x49:\r
145 return "image/gif";\r
146 case 0x4D:\r
147 return "image/BMP";\r
148 case 0x50:\r
149 return "image/png";\r
150 default:\r
151 return "image/unknown";\r
152 }\r
153 }, "~A");\r
154 c$.getBIS = Clazz.defineMethod (c$, "getBIS", \r
155 function (bytes) {\r
156 return  new java.io.BufferedInputStream ( new java.io.ByteArrayInputStream (bytes));\r
157 }, "~A");\r
158 c$.getBR = Clazz.defineMethod (c$, "getBR", \r
159 function (string) {\r
160 return  new java.io.BufferedReader ( new java.io.StringReader (string));\r
161 }, "~S");\r
162 c$.getUnzippedInputStream = Clazz.defineMethod (c$, "getUnzippedInputStream", \r
163 function (jzt, bis) {\r
164 while (javajs.util.Rdr.isGzipS (bis)) bis =  new java.io.BufferedInputStream (jzt.newGZIPInputStream (bis));\r
165 \r
166 return bis;\r
167 }, "javajs.api.GenericZipTools,java.io.BufferedInputStream");\r
168 c$.getBytesFromSB = Clazz.defineMethod (c$, "getBytesFromSB", \r
169 function (sb) {\r
170 return (javajs.util.Rdr.isBase64 (sb) ? javajs.util.Base64.decodeBase64 (sb.substring (8)) : sb.toBytes (0, -1));\r
171 }, "javajs.util.SB");\r
172 c$.getStreamAsBytes = Clazz.defineMethod (c$, "getStreamAsBytes", \r
173 function (bis, out) {\r
174 var buf =  Clazz.newByteArray (1024, 0);\r
175 var bytes = (out == null ?  Clazz.newByteArray (4096, 0) : null);\r
176 var len = 0;\r
177 var totalLen = 0;\r
178 while ((len = bis.read (buf, 0, 1024)) > 0) {\r
179 totalLen += len;\r
180 if (out == null) {\r
181 if (totalLen >= bytes.length) bytes = javajs.util.AU.ensureLengthByte (bytes, totalLen * 2);\r
182 System.arraycopy (buf, 0, bytes, totalLen - len, len);\r
183 } else {\r
184 out.write (buf, 0, len);\r
185 }}\r
186 bis.close ();\r
187 if (out == null) {\r
188 return javajs.util.AU.arrayCopyByte (bytes, totalLen);\r
189 }return totalLen + " bytes";\r
190 }, "java.io.BufferedInputStream,javajs.util.OC");\r
191 c$.getBufferedReader = Clazz.defineMethod (c$, "getBufferedReader", \r
192 function (bis, charSet) {\r
193 if (javajs.util.Rdr.getUTFEncodingForStream (bis) === javajs.util.Encoding.NONE) return  new java.io.BufferedReader ( new java.io.InputStreamReader (bis, (charSet == null ? "UTF-8" : charSet)));\r
194 var bytes = javajs.util.Rdr.getLimitedStreamBytes (bis, -1);\r
195 bis.close ();\r
196 return javajs.util.Rdr.getBR (charSet == null ? javajs.util.Rdr.fixUTF (bytes) :  String.instantialize (bytes, charSet));\r
197 }, "java.io.BufferedInputStream,~S");\r
198 c$.getLimitedStreamBytes = Clazz.defineMethod (c$, "getLimitedStreamBytes", \r
199 function (is, n) {\r
200 var buflen = (n > 0 && n < 1024 ? n : 1024);\r
201 var buf =  Clazz.newByteArray (buflen, 0);\r
202 var bytes =  Clazz.newByteArray (n < 0 ? 4096 : n, 0);\r
203 var len = 0;\r
204 var totalLen = 0;\r
205 if (n < 0) n = 2147483647;\r
206 while (totalLen < n && (len = is.read (buf, 0, buflen)) > 0) {\r
207 totalLen += len;\r
208 if (totalLen > bytes.length) bytes = javajs.util.AU.ensureLengthByte (bytes, totalLen * 2);\r
209 System.arraycopy (buf, 0, bytes, totalLen - len, len);\r
210 if (n != 2147483647 && totalLen + buflen > bytes.length) buflen = bytes.length - totalLen;\r
211 }\r
212 if (totalLen == bytes.length) return bytes;\r
213 buf =  Clazz.newByteArray (totalLen, 0);\r
214 System.arraycopy (bytes, 0, buf, 0, totalLen);\r
215 return buf;\r
216 }, "java.io.InputStream,~N");\r
217 c$.StreamToUTF8String = Clazz.defineMethod (c$, "StreamToUTF8String", \r
218 function (bis) {\r
219 var data =  new Array (1);\r
220 try {\r
221 javajs.util.Rdr.readAllAsString (javajs.util.Rdr.getBufferedReader (bis, "UTF-8"), -1, true, data, 0);\r
222 } catch (e) {\r
223 if (Clazz.exceptionOf (e, java.io.IOException)) {\r
224 } else {\r
225 throw e;\r
226 }\r
227 }\r
228 return data[0];\r
229 }, "java.io.BufferedInputStream");\r
230 c$.readAllAsString = Clazz.defineMethod (c$, "readAllAsString", \r
231 function (br, nBytesMax, allowBinary, data, i) {\r
232 try {\r
233 var sb = javajs.util.SB.newN (8192);\r
234 var line;\r
235 if (nBytesMax < 0) {\r
236 line = br.readLine ();\r
237 if (allowBinary || line != null && line.indexOf ('\0') < 0 && (line.length != 4 || line.charCodeAt (0) != 65533 || line.indexOf ("PNG") != 1)) {\r
238 sb.append (line).appendC ('\n');\r
239 while ((line = br.readLine ()) != null) sb.append (line).appendC ('\n');\r
240 \r
241 }} else {\r
242 var n = 0;\r
243 var len;\r
244 while (n < nBytesMax && (line = br.readLine ()) != null) {\r
245 if (nBytesMax - n < (len = line.length) + 1) line = line.substring (0, nBytesMax - n - 1);\r
246 sb.append (line).appendC ('\n');\r
247 n += len + 1;\r
248 }\r
249 }br.close ();\r
250 data[i] = sb.toString ();\r
251 return true;\r
252 } catch (ioe) {\r
253 if (Clazz.exceptionOf (ioe, Exception)) {\r
254 data[i] = ioe.toString ();\r
255 return false;\r
256 } else {\r
257 throw ioe;\r
258 }\r
259 }\r
260 }, "java.io.BufferedReader,~N,~B,~A,~N");\r
261 c$.getPngZipPointAndCount = Clazz.defineMethod (c$, "getPngZipPointAndCount", \r
262 function (bis, pt_count) {\r
263 bis.mark (75);\r
264 try {\r
265 var data = javajs.util.Rdr.getLimitedStreamBytes (bis, 74);\r
266 bis.reset ();\r
267 var pt = 0;\r
268 for (var i = 64, f = 1; --i > 54; f *= 10) pt += (data[i] - 48) * f;\r
269 \r
270 var n = 0;\r
271 for (var i = 74, f = 1; --i > 64; f *= 10) n += (data[i] - 48) * f;\r
272 \r
273 pt_count[0] = pt;\r
274 pt_count[1] = n;\r
275 } catch (e) {\r
276 pt_count[1] = 0;\r
277 }\r
278 }, "java.io.BufferedInputStream,~A");\r
279 c$.getPngZipStream = Clazz.defineMethod (c$, "getPngZipStream", \r
280 function (bis, asNewStream) {\r
281 if (!javajs.util.Rdr.isPngZipStream (bis)) return bis;\r
282 var data =  Clazz.newByteArray (0, 0);\r
283 bis.mark (75);\r
284 try {\r
285 var pt_count =  Clazz.newIntArray (2, 0);\r
286 javajs.util.Rdr.getPngZipPointAndCount (bis, pt_count);\r
287 if (pt_count[1] != 0) {\r
288 var pt = pt_count[0];\r
289 while (pt > 0) pt -= bis.skip (pt);\r
290 \r
291 if (!asNewStream) return bis;\r
292 data = javajs.util.Rdr.getLimitedStreamBytes (bis, pt_count[1]);\r
293 }} catch (e) {\r
294 } finally {\r
295 try {\r
296 if (asNewStream) bis.close ();\r
297 } catch (e) {\r
298 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
299 } else {\r
300 throw e;\r
301 }\r
302 }\r
303 }\r
304 return javajs.util.Rdr.getBIS (data);\r
305 }, "java.io.BufferedInputStream,~B");\r
306 c$.getZipRoot = Clazz.defineMethod (c$, "getZipRoot", \r
307 function (fileName) {\r
308 var pt = fileName.indexOf ("|");\r
309 return (pt < 0 ? fileName : fileName.substring (0, pt));\r
310 }, "~S");\r
311 });\r