site/j2s/jalview/analysis/AAFrequency.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.analysis.AAFrequency", ["jalview.analysis.CodingUtils", "jalview.datamodel.Annotation", "jalview.util.Format", "$.MappingUtils", "$.QuickSort", "java.lang.Float", "$.StringBuilder", "java.util.Arrays", "$.Hashtable"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.analysis, "AAFrequency");\r
   4 c$.calculate = Clazz.defineMethod (c$, "calculate", \r
   5 function (list, start, end) {\r
   6 return jalview.analysis.AAFrequency.calculate (list, start, end, false);\r
   7 }, "java.util.List,~N,~N");\r
   8 c$.calculate = Clazz.defineMethod (c$, "calculate", \r
   9 function (sequences, start, end, profile) {\r
  10 var seqs =  new Array (sequences.size ());\r
  11 var width = 0;\r
  12 {\r
  13 for (var i = 0; i < sequences.size (); i++) {\r
  14 seqs[i] = sequences.get (i);\r
  15 if (seqs[i].getLength () > width) {\r
  16 width = seqs[i].getLength ();\r
  17 }}\r
  18 var reply =  new Array (width);\r
  19 if (end >= width) {\r
  20 end = width;\r
  21 }jalview.analysis.AAFrequency.calculate (seqs, start, end, reply, profile);\r
  22 return reply;\r
  23 }}, "java.util.List,~N,~N,~B");\r
  24 c$.calculate = Clazz.defineMethod (c$, "calculate", \r
  25 function (sequences, start, end, result, profile) {\r
  26 var residueHash;\r
  27 var maxCount;\r
  28 var nongap;\r
  29 var i;\r
  30 var j;\r
  31 var v;\r
  32 var jSize = sequences.length;\r
  33 var maxResidue;\r
  34 var c = '-';\r
  35 var percentage;\r
  36 var values =  Clazz.newIntArray (255, 0);\r
  37 var seq;\r
  38 for (i = start; i < end; i++) {\r
  39 residueHash =  new java.util.Hashtable ();\r
  40 maxCount = 0;\r
  41 maxResidue = "";\r
  42 nongap = 0;\r
  43 values =  Clazz.newIntArray (255, 0);\r
  44 for (j = 0; j < jSize; j++) {\r
  45 if (sequences[j] == null) {\r
  46 System.err.println ("WARNING: Consensus skipping null sequence - possible race condition.");\r
  47 continue;\r
  48 }seq = sequences[j].getSequence ();\r
  49 if (seq.length > i) {\r
  50 c = seq[i];\r
  51 if (c == '.' || c == ' ') {\r
  52 c = '-';\r
  53 }if (c == '-') {\r
  54 values['-'.charCodeAt (0)]++;\r
  55 continue;\r
  56 } else if ('a' <= c && c <= 'z') {\r
  57 c = String.fromCharCode (c.charCodeAt (0) + -32);\r
  58 }nongap++;\r
  59 values[c.charCodeAt (0)]++;\r
  60 } else {\r
  61 values['-'.charCodeAt (0)]++;\r
  62 }}\r
  63 if (jSize == 1) {\r
  64 maxResidue = String.valueOf (c);\r
  65 maxCount = 1;\r
  66 } else {\r
  67 for (v = 65; v <= 90; v++) {\r
  68 if (values[v] < 1 || values[v] < maxCount) {\r
  69 continue;\r
  70 }if (values[v] > maxCount) {\r
  71 maxResidue = jalview.analysis.AAFrequency.CHARS[v - 65];\r
  72 } else if (values[v] == maxCount) {\r
  73 maxResidue += jalview.analysis.AAFrequency.CHARS[v - 65];\r
  74 }maxCount = values[v];\r
  75 }\r
  76 }if (maxResidue.length == 0) {\r
  77 maxResidue = "-";\r
  78 }if (profile) {\r
  79 residueHash.put ("P",  Clazz.newArray (-1, [values,  Clazz.newIntArray (-1, [jSize, nongap])]));\r
  80 }residueHash.put ("C",  new Integer (maxCount));\r
  81 residueHash.put ("R", maxResidue);\r
  82 percentage = (maxCount * 100) / jSize;\r
  83 residueHash.put ("G",  new Float (percentage));\r
  84 if (nongap > 0) {\r
  85 percentage = (maxCount * 100) / nongap;\r
  86 }residueHash.put ("N",  new Float (percentage));\r
  87 result[i] = residueHash;\r
  88 }\r
  89 }, "~A,~N,~N,~A,~B");\r
  90 c$.completeConsensus = Clazz.defineMethod (c$, "completeConsensus", \r
  91 function (consensus, hconsensus, iStart, width, ignoreGapsInConsensusCalculation, includeAllConsSymbols, nseq) {\r
  92 jalview.analysis.AAFrequency.completeConsensus (consensus, hconsensus, iStart, width, ignoreGapsInConsensusCalculation, includeAllConsSymbols, null, nseq);\r
  93 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~A,~N,~N,~B,~B,~N");\r
  94 c$.completeConsensus = Clazz.defineMethod (c$, "completeConsensus", \r
  95 function (consensus, hconsensus, iStart, width, ignoreGapsInConsensusCalculation, includeAllConsSymbols, alphabet, nseq) {\r
  96 if (consensus == null || consensus.annotations == null || consensus.annotations.length < width) {\r
  97 return;\r
  98 }var fmt = jalview.analysis.AAFrequency.getPercentageFormat (nseq);\r
  99 for (var i = iStart; i < width; i++) {\r
 100 var hci;\r
 101 if (i >= hconsensus.length || ((hci = hconsensus[i]) == null)) {\r
 102 consensus.annotations[i] = null;\r
 103 continue;\r
 104 }var fv = hci.get (ignoreGapsInConsensusCalculation ? "N" : "G");\r
 105 if (fv == null) {\r
 106 consensus.annotations[i] = null;\r
 107 continue;\r
 108 }var value = fv.floatValue ();\r
 109 var maxRes = hci.get ("R").toString ();\r
 110 var mouseOver =  new StringBuilder (64);\r
 111 if (maxRes.length > 1) {\r
 112 mouseOver.append ("[").append (maxRes).append ("] ");\r
 113 maxRes = "+";\r
 114 } else {\r
 115 mouseOver.append (hci.get ("R") + " ");\r
 116 }var profile = hci.get ("P");\r
 117 if (profile != null && includeAllConsSymbols) {\r
 118 var sequenceCount = profile[1][0];\r
 119 var nonGappedCount = profile[1][1];\r
 120 var normalisedBy = ignoreGapsInConsensusCalculation ? nonGappedCount : sequenceCount;\r
 121 mouseOver.setLength (0);\r
 122 if (alphabet != null) {\r
 123 for (var c = 0; c < alphabet.length; c++) {\r
 124 var tval = profile[0][alphabet[c].charCodeAt (0)] * 100 / normalisedBy;\r
 125 mouseOver.append (((c == 0) ? "" : "; ")).append (alphabet[c]).append (" ").append (((fmt != null) ? fmt.formDouble (tval) : (Clazz.floatToInt (tval)))).append ("%");\r
 126 }\r
 127 } else {\r
 128 var ca =  Clazz.newCharArray (profile[0].length, '\0');\r
 129 var vl =  Clazz.newFloatArray (profile[0].length, 0);\r
 130 for (var c = 0; c < ca.length; c++) {\r
 131 ca[c] = String.fromCharCode (c);\r
 132 vl[c] = profile[0][c];\r
 133 }\r
 134 jalview.util.QuickSort.sortFloatChar (vl, ca);\r
 135 for (var p = 0, c = ca.length - 1; profile[0][ca[c].charCodeAt (0)] > 0; c--) {\r
 136 var residue = ca[c];\r
 137 if (residue != '-') {\r
 138 var tval = profile[0][residue.charCodeAt (0)] * 100 / normalisedBy;\r
 139 mouseOver.append ((((p == 0) ? "" : "; "))).append (residue).append (" ").append (((fmt != null) ? fmt.formDouble (tval) : (Clazz.floatToInt (tval)))).append ("%");\r
 140 p++;\r
 141 }}\r
 142 }} else {\r
 143 mouseOver.append ((((fmt != null) ? fmt.formDouble (value) : (Clazz.floatToInt (value))))).append ("%");\r
 144 }consensus.annotations[i] =  new jalview.datamodel.Annotation (maxRes, mouseOver.toString (), ' ', value);\r
 145 }\r
 146 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~A,~N,~N,~B,~B,~A,~N");\r
 147 c$.getPercentageFormat = Clazz.defineMethod (c$, "getPercentageFormat", \r
 148 function (nseq) {\r
 149 var scale = 0;\r
 150 while (nseq >= 10) {\r
 151 scale++;\r
 152 nseq /= 10;\r
 153 }\r
 154 return scale <= 1 ? null :  new jalview.util.Format ("%3." + (scale - 1) + "f");\r
 155 }, "~N");\r
 156 c$.extractProfile = Clazz.defineMethod (c$, "extractProfile", \r
 157 function (hconsensus, ignoreGaps) {\r
 158 var rtnval =  Clazz.newIntArray (64, 0);\r
 159 var profile = hconsensus.get ("P");\r
 160 if (profile == null) {\r
 161 return null;\r
 162 }var ca =  Clazz.newCharArray (profile[0].length, '\0');\r
 163 var vl =  Clazz.newFloatArray (profile[0].length, 0);\r
 164 for (var c = 0; c < ca.length; c++) {\r
 165 ca[c] = String.fromCharCode (c);\r
 166 vl[c] = profile[0][c];\r
 167 }\r
 168 jalview.util.QuickSort.sortFloatChar (vl, ca);\r
 169 var nextArrayPos = 2;\r
 170 var totalPercentage = 0;\r
 171 var distinctValuesCount = 0;\r
 172 var divisor = profile[1][ignoreGaps ? 1 : 0];\r
 173 for (var c = ca.length - 1; profile[0][ca[c].charCodeAt (0)] > 0; c--) {\r
 174 if (ca[c] != '-') {\r
 175 rtnval[nextArrayPos++] = (ca[c]).charCodeAt (0);\r
 176 var percentage = Clazz.floatToInt (profile[0][ca[c].charCodeAt (0)] * 100 / divisor);\r
 177 rtnval[nextArrayPos++] = percentage;\r
 178 totalPercentage += percentage;\r
 179 distinctValuesCount++;\r
 180 }}\r
 181 rtnval[0] = distinctValuesCount;\r
 182 rtnval[1] = totalPercentage;\r
 183 var result =  Clazz.newIntArray (rtnval.length + 1, 0);\r
 184 result[0] = 0;\r
 185 System.arraycopy (rtnval, 0, result, 1, rtnval.length);\r
 186 return result;\r
 187 }, "java.util.Hashtable,~B");\r
 188 c$.extractCdnaProfile = Clazz.defineMethod (c$, "extractCdnaProfile", \r
 189 function (hashtable, ignoreGaps) {\r
 190 var codonCounts = hashtable.get ("P");\r
 191 var sortedCounts =  Clazz.newIntArray (codonCounts.length - 2, 0);\r
 192 System.arraycopy (codonCounts, 2, sortedCounts, 0, codonCounts.length - 2);\r
 193 var result =  Clazz.newIntArray (3 + 2 * sortedCounts.length, 0);\r
 194 result[0] = 2;\r
 195 var codons =  Clazz.newCharArray (sortedCounts.length, '\0');\r
 196 for (var i = 0; i < codons.length; i++) {\r
 197 codons[i] = String.fromCharCode (i);\r
 198 }\r
 199 jalview.util.QuickSort.sortIntChar (sortedCounts, codons);\r
 200 var totalPercentage = 0;\r
 201 var distinctValuesCount = 0;\r
 202 var j = 3;\r
 203 var divisor = ignoreGaps ? codonCounts[1] : codonCounts[0];\r
 204 for (var i = codons.length - 1; i >= 0; i--) {\r
 205 var codonCount = sortedCounts[i];\r
 206 if (codonCount == 0) {\r
 207 break;\r
 208 }distinctValuesCount++;\r
 209 result[j++] = (codons[i]).charCodeAt (0);\r
 210 var percentage = Clazz.doubleToInt (codonCount * 100 / divisor);\r
 211 result[j++] = percentage;\r
 212 totalPercentage += percentage;\r
 213 }\r
 214 result[2] = totalPercentage;\r
 215 result[1] = distinctValuesCount;\r
 216 return java.util.Arrays.copyOfRange (result, 0, j);\r
 217 }, "java.util.Hashtable,~B");\r
 218 c$.calculateCdna = Clazz.defineMethod (c$, "calculateCdna", \r
 219 function (alignment, mappings, hconsensus, col0, col1) {\r
 220 var gapCharacter = alignment.getGapCharacter ();\r
 221 for (var col = col0; col < col1; col++) {\r
 222 var columnHash =  new java.util.Hashtable ();\r
 223 var codonCounts =  Clazz.newIntArray (66, 0);\r
 224 codonCounts[0] = alignment.getSequences ().size ();\r
 225 var ungappedCount = 0;\r
 226 for (var seq, $seq = alignment.getSequences ().iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {\r
 227 if (seq.getCharAt (col) == gapCharacter) {\r
 228 continue;\r
 229 }var codon = jalview.util.MappingUtils.findCodonFor (seq, col, mappings);\r
 230 var codonEncoded = jalview.analysis.CodingUtils.encodeCodon (codon);\r
 231 if (codonEncoded >= 0) {\r
 232 codonCounts[codonEncoded + 2]++;\r
 233 ungappedCount++;\r
 234 }}\r
 235 codonCounts[1] = ungappedCount;\r
 236 columnHash.put ("P", codonCounts);\r
 237 hconsensus[col] = columnHash;\r
 238 }\r
 239 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.Set,~A,~N,~N");\r
 240 c$.completeCdnaConsensus = Clazz.defineMethod (c$, "completeCdnaConsensus", \r
 241 function (consensusAnnotation, consensusData, showProfileLogo, nseqs) {\r
 242 if (consensusAnnotation == null || consensusAnnotation.annotations == null || consensusAnnotation.annotations.length < consensusData.length) {\r
 243 return;\r
 244 }consensusAnnotation.scaleColLabel = true;\r
 245 for (var col = 0; col < consensusData.length; col++) {\r
 246 var hci = consensusData[col];\r
 247 if (hci == null) {\r
 248 continue;\r
 249 }var codonCounts = hci.get ("P");\r
 250 var totalCount = 0;\r
 251 var codons =  Clazz.newCharArray (codonCounts.length - 2, '\0');\r
 252 for (var j = 2; j < codonCounts.length; j++) {\r
 253 var codonCount = codonCounts[j];\r
 254 codons[j - 2] = String.fromCharCode (j - 2);\r
 255 totalCount += codonCount;\r
 256 }\r
 257 var sortedCodonCounts =  Clazz.newIntArray (codonCounts.length - 2, 0);\r
 258 System.arraycopy (codonCounts, 2, sortedCodonCounts, 0, codonCounts.length - 2);\r
 259 jalview.util.QuickSort.sortIntChar (sortedCodonCounts, codons);\r
 260 var modalCodonEncoded = (codons[codons.length - 1]).charCodeAt (0);\r
 261 var modalCodonCount = sortedCodonCounts[codons.length - 1];\r
 262 var modalCodon = String.valueOf (jalview.analysis.CodingUtils.decodeCodon (modalCodonEncoded));\r
 263 if (sortedCodonCounts.length > 1 && sortedCodonCounts[codons.length - 2] == modalCodonEncoded) {\r
 264 modalCodon = "+";\r
 265 }var pid = sortedCodonCounts[sortedCodonCounts.length - 1] * 100 / totalCount;\r
 266 var mouseOver =  new StringBuilder (32);\r
 267 var samePercent =  new StringBuilder ();\r
 268 var percent = null;\r
 269 var lastPercent = null;\r
 270 var fmt = jalview.analysis.AAFrequency.getPercentageFormat (nseqs);\r
 271 for (var j = codons.length - 1; j >= 0; j--) {\r
 272 var codonCount = sortedCodonCounts[j];\r
 273 if (codonCount == 0) {\r
 274 if (samePercent.length () > 0) {\r
 275 mouseOver.append (samePercent).append (": ").append (percent).append ("% ");\r
 276 }break;\r
 277 }var codonEncoded = (codons[j]).charCodeAt (0);\r
 278 var pct = Clazz.doubleToInt (codonCount * 100 / totalCount);\r
 279 var codon = String.valueOf (jalview.analysis.CodingUtils.decodeCodon (codonEncoded));\r
 280 percent = fmt == null ? Integer.toString (pct) : fmt.formLong (pct);\r
 281 if (showProfileLogo || codonCount == modalCodonCount) {\r
 282 if (percent.equals (lastPercent) && j > 0) {\r
 283 samePercent.append (samePercent.length () == 0 ? "" : ", ");\r
 284 samePercent.append (codon);\r
 285 } else {\r
 286 if (samePercent.length () > 0) {\r
 287 mouseOver.append (samePercent).append (": ").append (lastPercent).append ("% ");\r
 288 }samePercent.setLength (0);\r
 289 samePercent.append (codon);\r
 290 }lastPercent = percent;\r
 291 }}\r
 292 consensusAnnotation.annotations[col] =  new jalview.datamodel.Annotation (modalCodon, mouseOver.toString (), ' ', pid);\r
 293 }\r
 294 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~A,~B,~N");\r
 295 Clazz.defineStatics (c$,\r
 296 "TO_UPPER_CASE", -32,\r
 297 "MAXCOUNT", "C",\r
 298 "MAXRESIDUE", "R",\r
 299 "PID_GAPS", "G",\r
 300 "PID_NOGAPS", "N",\r
 301 "PROFILE", "P",\r
 302 "ENCODED_CHARS", "E");\r
 303 c$.CHARS = c$.prototype.CHARS =  new Array (26);\r
 304 {\r
 305 for (var c = 'A'; c <= 'Z'; c = String.fromCharCode (c.charCodeAt (0) + 1)) {\r
 306 jalview.analysis.AAFrequency.CHARS[c.charCodeAt (0) - 65] = String.valueOf (c);\r
 307 }\r
 308 }});\r