site/j2s/jalview/analysis/AnnotationSorter.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");
   2 Clazz.load (["java.lang.Enum", "java.util.HashMap"], "jalview.analysis.AnnotationSorter", ["jalview.analysis.AlignmentUtils", "java.lang.UnsupportedOperationException", "java.util.Arrays"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.alignment = null;
   5 this.showAutocalcAbove = false;
   6 this.sequenceIndices = null;
   7 this.bySequenceAndLabel = null;
   8 this.byLabelAndSequence = null;
   9 this.noSort = null;
  10 Clazz.instantialize (this, arguments);
  11 }, jalview.analysis, "AnnotationSorter");
  12 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  13 this.sequenceIndices =  new java.util.HashMap ();
  14 this.bySequenceAndLabel = ((Clazz.isClassDefined ("jalview.analysis.AnnotationSorter$1") ? 0 : jalview.analysis.AnnotationSorter.$AnnotationSorter$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.analysis.AnnotationSorter$1, this, null));
  15 this.byLabelAndSequence = ((Clazz.isClassDefined ("jalview.analysis.AnnotationSorter$2") ? 0 : jalview.analysis.AnnotationSorter.$AnnotationSorter$2$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.analysis.AnnotationSorter$2, this, null));
  16 this.noSort = ((Clazz.isClassDefined ("jalview.analysis.AnnotationSorter$3") ? 0 : jalview.analysis.AnnotationSorter.$AnnotationSorter$3$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.analysis.AnnotationSorter$3, this, null));
  17 });
  18 Clazz.makeConstructor (c$,
  19 function (alignmentI, showAutocalculatedAbove) {
  20 this.alignment = alignmentI;
  21 this.showAutocalcAbove = showAutocalculatedAbove;
  22 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,~B");
  23 Clazz.defineMethod (c$, "sort",
  24 function (alignmentAnnotations, order) {
  25 if (alignmentAnnotations == null) {
  26 return;
  27 }this.saveSequenceIndices (alignmentAnnotations);
  28 var comparator = this.getComparator (order);
  29 if (alignmentAnnotations != null) {
  30 {
  31 java.util.Arrays.sort (alignmentAnnotations, comparator);
  32 }}}, "~A,jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder");
  33 Clazz.defineMethod (c$, "saveSequenceIndices",
  34  function (alignmentAnnotations) {
  35 this.sequenceIndices.clear ();
  36 for (var ann, $ann = 0, $$ann = alignmentAnnotations; $ann < $$ann.length && ((ann = $$ann[$ann]) || true); $ann++) {
  37 var seq = ann.sequenceRef;
  38 if (seq != null) {
  39 var index = jalview.analysis.AlignmentUtils.getSequenceIndex (this.alignment, seq);
  40 this.sequenceIndices.put (seq, new Integer (index));
  41 }}
  42 }, "~A");
  43 Clazz.defineMethod (c$, "getComparator",
  44  function (order) {
  45 if (order == null) {
  46 return this.noSort;
  47 }switch (order) {
  48 case jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder.NONE:
  49 return this.noSort;
  50 case jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder.SEQUENCE_AND_LABEL:
  51 return this.bySequenceAndLabel;
  52 case jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder.LABEL_AND_SEQUENCE:
  53 return this.byLabelAndSequence;
  54 default:
  55 throw  new UnsupportedOperationException (order.toString ());
  56 }
  57 }, "jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder");
  58 Clazz.defineMethod (c$, "compareLabels",
  59  function (o1, o2) {
  60 if (o1 == null || o2 == null) {
  61 return 0;
  62 }var label1 = o1.label;
  63 var label2 = o2.label;
  64 if (label1 == null && label2 == null) {
  65 return 0;
  66 }if (label1 == null) {
  67 return -1;
  68 }if (label2 == null) {
  69 return 1;
  70 }return label1.toUpperCase ().compareTo (label2.toUpperCase ());
  71 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
  72 Clazz.defineMethod (c$, "compareSequences",
  73  function (o1, o2) {
  74 var seq1 = o1.sequenceRef;
  75 var seq2 = o2.sequenceRef;
  76 if (seq1 == null && seq2 == null) {
  77 return 0;
  78 }if (seq1 == null) {
  79 return this.showAutocalcAbove ? -1 : 1;
  80 }if (seq2 == null) {
  81 return this.showAutocalcAbove ? 1 : -1;
  82 }var index1 = (this.sequenceIndices.get (seq1)).intValue ();
  83 var index2 = (this.sequenceIndices.get (seq2)).intValue ();
  84 if (index1 == index2) {
  85 return 0;
  86 }if (index1 == -1) {
  87 return -1;
  88 }if (index2 == -1) {
  89 return 1;
  90 }return Integer.compare (index1, index2);
  91 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
  92 c$.$AnnotationSorter$1$ = function () {
  93 Clazz.pu$h(self.c$);
  94 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.analysis, "AnnotationSorter$1", null, java.util.Comparator);
  95 Clazz.overrideMethod (c$, "compare",
  96 function (o1, o2) {
  97 if (o1 == null && o2 == null) {
  98 return 0;
  99 }if (o1 == null) {
 100 return -1;
 101 }if (o2 == null) {
 102 return 1;
 103 }if (o1.sequenceRef == null && o2.sequenceRef == null) {
 104 return 0;
 105 }var sequenceOrder = this.b$["jalview.analysis.AnnotationSorter"].compareSequences (o1, o2);
 106 return sequenceOrder == 0 ? this.b$["jalview.analysis.AnnotationSorter"].compareLabels (o1, o2) : sequenceOrder;
 107 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
 108 c$ = Clazz.p0p ();
 109 };
 110 c$.$AnnotationSorter$2$ = function () {
 111 Clazz.pu$h(self.c$);
 112 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.analysis, "AnnotationSorter$2", null, java.util.Comparator);
 113 Clazz.overrideMethod (c$, "compare",
 114 function (o1, o2) {
 115 if (o1 == null && o2 == null) {
 116 return 0;
 117 }if (o1 == null) {
 118 return -1;
 119 }if (o2 == null) {
 120 return 1;
 121 }if (o1.sequenceRef == null && o2.sequenceRef == null) {
 122 return 0;
 123 }if (o1.sequenceRef == null) {
 124 return this.b$["jalview.analysis.AnnotationSorter"].showAutocalcAbove ? -1 : 1;
 125 }if (o2.sequenceRef == null) {
 126 return this.b$["jalview.analysis.AnnotationSorter"].showAutocalcAbove ? 1 : -1;
 127 }var labelOrder = this.b$["jalview.analysis.AnnotationSorter"].compareLabels (o1, o2);
 128 return labelOrder == 0 ? this.b$["jalview.analysis.AnnotationSorter"].compareSequences (o1, o2) : labelOrder;
 129 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
 130 c$ = Clazz.p0p ();
 131 };
 132 c$.$AnnotationSorter$3$ = function () {
 133 Clazz.pu$h(self.c$);
 134 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.analysis, "AnnotationSorter$3", null, java.util.Comparator);
 135 Clazz.overrideMethod (c$, "compare",
 136 function (o1, o2) {
 137 if (o1 != null && o2 != null) {
 138 if (o1.sequenceRef == null && o2.sequenceRef != null) {
 139 return this.b$["jalview.analysis.AnnotationSorter"].showAutocalcAbove ? -1 : 1;
 140 }if (o1.sequenceRef != null && o2.sequenceRef == null) {
 141 return this.b$["jalview.analysis.AnnotationSorter"].showAutocalcAbove ? 1 : -1;
 142 }}return 0;
 143 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
 144 c$ = Clazz.p0p ();
 145 };
 146 Clazz.pu$h(self.c$);
 147 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
 148 this.description = null;
 149 Clazz.instantialize (this, arguments);
 150 }, jalview.analysis.AnnotationSorter, "SequenceAnnotationOrder", Enum);
 151 Clazz.makeConstructor (c$,
 152  function (a) {
 153 this.description = a;
 154 }, "~S");
 155 Clazz.overrideMethod (c$, "toString",
 156 function () {
 157 return this.description;
 158 });
 159 c$.forDescription = Clazz.defineMethod (c$, "forDescription",
 160 function (a) {
 161 for (var order, $order = 0, $$order = jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder.values (); $order < $$order.length && ((order = $$order[$order]) || true); $order++) {
 162 if (order.toString ().equals (a)) {
 163 return order;
 164 }}
 165 return null;
 166 }, "~S");
 167 Clazz.defineEnumConstant (c$, "SEQUENCE_AND_LABEL", 0, ["Sequence"]);
 168 Clazz.defineEnumConstant (c$, "LABEL_AND_SEQUENCE", 1, ["Label"]);
 169 Clazz.defineEnumConstant (c$, "NONE", 2, ["No sort"]);
 170 c$ = Clazz.p0p ();
 171 });