site/j2s/jalview/analysis/Conservation.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.analysis.Conservation", ["jalview.datamodel.Annotation", "$.Sequence", "jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.Comparison", "java.awt.Color", "java.lang.Character", "$.Double", "$.StringBuffer", "java.util.Hashtable", "$.Vector", "JU.DebugJS"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.sequences = null;\r
   5 this.start = 0;\r
   6 this.end = 0;\r
   7 this.seqNums = null;\r
   8 this.maxLength = 0;\r
   9 this.seqNumsChanged = false;\r
  10 this.total = null;\r
  11 this.canonicaliseAa = true;\r
  12 this.quality = null;\r
  13 this.qualityRange = null;\r
  14 this.consString = "";\r
  15 this.consSequence = null;\r
  16 this.propHash = null;\r
  17 this.threshold = 0;\r
  18 this.name = "";\r
  19 this.cons2 = null;\r
  20 this.consSymbs = null;\r
  21 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  22 }, jalview.analysis, "Conservation");\r
  23 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  24 this.qualityRange =  new Array (2);\r
  25 });\r
  26 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  27 function (name, propHash, threshold, sequences, start, end) {\r
  28 this.name = name;\r
  29 this.propHash = propHash;\r
  30 this.threshold = threshold;\r
  31 this.start = start;\r
  32 this.end = end;\r
  33 this.maxLength = end - start + 1;\r
  34 var s;\r
  35 var sSize = sequences.size ();\r
  36 var sarray =  new Array (sSize);\r
  37 this.sequences = sarray;\r
  38 try {\r
  39 for (s = 0; s < sSize; s++) {\r
  40 sarray[s] = sequences.get (s);\r
  41 if (sarray[s].getLength () > this.maxLength) {\r
  42 this.maxLength = sarray[s].getLength ();\r
  43 }}\r
  44 } catch (ex) {\r
  45 if (Clazz.exceptionOf (ex, ArrayIndexOutOfBoundsException)) {\r
  46 this.sequences =  new Array (0);\r
  47 this.maxLength = 0;\r
  48 } else {\r
  49 throw ex;\r
  50 }\r
  51 }\r
  52 }, "~S,java.util.Hashtable,~N,java.util.List,~N,~N");\r
  53 Clazz.defineMethod (c$, "calcSeqNum", \r
  54  function (i) {\r
  55 var sq = null;\r
  56 var sqnum = null;\r
  57 var sSize = this.sequences.length;\r
  58 if ((i > -1) && (i < sSize)) {\r
  59 sq = this.sequences[i].getSequenceAsString ();\r
  60 if (this.seqNums.size () <= i) {\r
  61 this.seqNums.addElement ( Clazz.newIntArray (sq.length + 1, 0));\r
  62 }if (sq.hashCode () != (this.seqNums.elementAt (i))[0]) {\r
  63 var j;\r
  64 var len;\r
  65 this.seqNumsChanged = true;\r
  66 len = sq.length;\r
  67 if (this.maxLength < len) {\r
  68 this.maxLength = len;\r
  69 }sqnum =  Clazz.newIntArray (len + 1, 0);\r
  70 sqnum[0] = sq.hashCode ();\r
  71 for (j = 1; j <= len; j++) {\r
  72 sqnum[j] = jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[sq.charCodeAt (j - 1)];\r
  73 }\r
  74 this.seqNums.setElementAt (sqnum, i);\r
  75 } else {\r
  76 System.out.println ("SEQUENCE HAS BEEN DELETED!!!");\r
  77 }} else {\r
  78 System.err.println ("ERROR: calcSeqNum called with out of range sequence index for Alignment\n");\r
  79 }}, "~N");\r
  80 Clazz.defineMethod (c$, "calculate", \r
  81 function () {\r
  82 var resultHash;\r
  83 var ht;\r
  84 var thresh;\r
  85 var j;\r
  86 var jSize = this.sequences.length;\r
  87 var values;\r
  88 var type;\r
  89 var res = null;\r
  90 var c;\r
  91 var enumeration2;\r
  92 this.total =  new Array (this.maxLength);\r
  93 for (var i = this.start; i <= this.end; i++) {\r
  94 values =  Clazz.newIntArray (255, 0);\r
  95 for (j = 0; j < jSize; j++) {\r
  96 if (this.sequences[j].getLength () > i) {\r
  97 c = this.sequences[j].getCharAt (i);\r
  98 if (this.canonicaliseAa) {\r
  99 c = String.fromCharCode (jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[this.sequences[j].getCharAt (i).charCodeAt (0)]);\r
 100 if (c.charCodeAt (0) > 20) {\r
 101 c = '-';\r
 102 } else {\r
 103 c = jalview.schemes.ResidueProperties.aa[c.charCodeAt (0)].charAt (0);\r
 104 }} else {\r
 105 if (c == '.' || c == ' ') {\r
 106 c = '-';\r
 107 }if (!this.canonicaliseAa && 'a' <= c && c <= 'z') {\r
 108 c = String.fromCharCode (c.charCodeAt (0) - (32));\r
 109 }}values[c.charCodeAt (0)]++;\r
 110 } else {\r
 111 values['-'.charCodeAt (0)]++;\r
 112 }}\r
 113 thresh = Clazz.doubleToInt ((this.threshold * (jSize)) / 100);\r
 114 resultHash =  new java.util.Hashtable ();\r
 115 for (var v = '-'; v < 'Z'; v = String.fromCharCode (v.charCodeAt (0) + 1)) {\r
 116 if (values[v.charCodeAt (0)] > thresh) {\r
 117 res = String.valueOf (v);\r
 118 enumeration2 = this.propHash.keys ();\r
 119 while (enumeration2.hasMoreElements ()) {\r
 120 type = enumeration2.nextElement ();\r
 121 ht = this.propHash.get (type);\r
 122 if (!resultHash.containsKey (type)) {\r
 123 if (ht.containsKey (res)) {\r
 124 resultHash.put (type, ht.get (res));\r
 125 } else {\r
 126 resultHash.put (type, ht.get ("-"));\r
 127 }} else if ((resultHash.get (type)).equals (ht.get (res)) == false) {\r
 128 resultHash.put (type,  new Integer (-1));\r
 129 }}\r
 130 }}\r
 131 if (this.total.length > 0) {\r
 132 this.total[i - this.start] = resultHash;\r
 133 }}\r
 134 });\r
 135 Clazz.defineMethod (c$, "countConsNGaps", \r
 136 function (j) {\r
 137 var count = 0;\r
 138 var cons = 0;\r
 139 var nres = 0;\r
 140 var r =  Clazz.newIntArray (2, 0);\r
 141 var f = '$';\r
 142 var i;\r
 143 var iSize = this.sequences.length;\r
 144 var c;\r
 145 for (i = 0; i < iSize; i++) {\r
 146 if (j >= this.sequences[i].getLength ()) {\r
 147 count++;\r
 148 continue;\r
 149 }c = this.sequences[i].getCharAt (j);\r
 150 if (jalview.util.Comparison.isGap ((c))) {\r
 151 count++;\r
 152 } else {\r
 153 nres++;\r
 154 if (nres == 1) {\r
 155 f = c;\r
 156 cons++;\r
 157 } else if (f == c) {\r
 158 cons++;\r
 159 }}}\r
 160 r[0] = (nres == cons) ? 1 : 0;\r
 161 r[1] = count;\r
 162 return r;\r
 163 }, "~N");\r
 164 Clazz.defineMethod (c$, "verdict", \r
 165 function (consflag, percentageGaps) {\r
 166 var consString =  new StringBuffer ();\r
 167 var type;\r
 168 var result;\r
 169 var gapcons;\r
 170 var totGaps;\r
 171 var count;\r
 172 var pgaps;\r
 173 var resultHash;\r
 174 var enumeration;\r
 175 for (var i = 0; i < this.start; i++) {\r
 176 consString.append ('-');\r
 177 }\r
 178 this.consSymbs =  new Array (this.end - this.start + 1);\r
 179 for (var i = this.start; i <= this.end; i++) {\r
 180 gapcons = this.countConsNGaps (i);\r
 181 totGaps = gapcons[1];\r
 182 pgaps = (totGaps * 100) / this.sequences.length;\r
 183 this.consSymbs[i - this.start] =  String.instantialize ();\r
 184 if (percentageGaps > pgaps) {\r
 185 resultHash = this.total[i - this.start];\r
 186 count = 0;\r
 187 enumeration = resultHash.keys ();\r
 188 while (enumeration.hasMoreElements ()) {\r
 189 type = enumeration.nextElement ();\r
 190 result = resultHash.get (type);\r
 191 if (consflag) {\r
 192 if (result.intValue () == 1) {\r
 193 this.consSymbs[i - this.start] = type + " " + this.consSymbs[i - this.start];\r
 194 count++;\r
 195 }} else {\r
 196 if (result.intValue () != -1) {\r
 197 {\r
 198 if (result.intValue () == 0) {\r
 199 this.consSymbs[i - this.start] = this.consSymbs[i - this.start] + " !" + type;\r
 200 } else {\r
 201 this.consSymbs[i - this.start] = type + " " + this.consSymbs[i - this.start];\r
 202 }}count++;\r
 203 }}}\r
 204 if (count < 10) {\r
 205 consString.append ("" + count);\r
 206 } else {\r
 207 consString.append ((gapcons[0] == 1) ? "*" : "+");\r
 208 }} else {\r
 209 consString.append ('-');\r
 210 }}\r
 211 this.consSequence =  new jalview.datamodel.Sequence (this.name, consString.toString (), this.start, this.end);\r
 212 }, "~B,~N");\r
 213 Clazz.defineMethod (c$, "getConsSequence", \r
 214 function () {\r
 215 return this.consSequence;\r
 216 });\r
 217 Clazz.defineMethod (c$, "findQuality", \r
 218 function () {\r
 219 this.findQuality (0, this.maxLength - 1);\r
 220 });\r
 221 Clazz.defineMethod (c$, "percentIdentity2", \r
 222  function () {\r
 223 this.seqNums =  new java.util.Vector ();\r
 224 var i = 0;\r
 225 var iSize = this.sequences.length;\r
 226 for (i = 0; i < iSize; i++) {\r
 227 this.calcSeqNum (i);\r
 228 }\r
 229 if ((this.cons2 == null) || this.seqNumsChanged) {\r
 230 this.cons2 =  Clazz.newIntArray (this.maxLength, 24, 0);\r
 231 for (var j = 0; j < 24; j++) {\r
 232 for (i = 0; i < this.maxLength; i++) {\r
 233 this.cons2[i][j] = 0;\r
 234 }\r
 235 }\r
 236 var sqnum;\r
 237 var j = 0;\r
 238 while (j < this.sequences.length) {\r
 239 sqnum = this.seqNums.elementAt (j);\r
 240 for (i = 1; i < sqnum.length; i++) {\r
 241 this.cons2[i - 1][sqnum[i]]++;\r
 242 }\r
 243 for (i = sqnum.length - 1; i < this.maxLength; i++) {\r
 244 this.cons2[i][23]++;\r
 245 }\r
 246 j++;\r
 247 }\r
 248 }});\r
 249 Clazz.defineMethod (c$, "findQuality", \r
 250 function (start, end) {\r
 251 this.quality =  new java.util.Vector ();\r
 252 var max = -10000;\r
 253 var BLOSUM62 = jalview.schemes.ResidueProperties.getBLOSUM62 ();\r
 254 this.percentIdentity2 ();\r
 255 var size = this.seqNums.size ();\r
 256 var lengths =  Clazz.newIntArray (size, 0);\r
 257 var tot;\r
 258 var bigtot;\r
 259 var sr;\r
 260 var tmp;\r
 261 var x;\r
 262 var xx;\r
 263 var l;\r
 264 var j;\r
 265 var i;\r
 266 var ii;\r
 267 var i2;\r
 268 var k;\r
 269 var seqNum;\r
 270 for (l = 0; l < size; l++) {\r
 271 lengths[l] = (this.seqNums.elementAt (l)).length - 1;\r
 272 }\r
 273 for (j = start; j <= end; j++) {\r
 274 bigtot = 0;\r
 275 x =  Clazz.newDoubleArray (24, 0);\r
 276 for (ii = 0; ii < 24; ii++) {\r
 277 x[ii] = 0;\r
 278 for (i2 = 0; i2 < 24; i2++) {\r
 279 x[ii] += ((this.cons2[j][i2] * BLOSUM62[ii][i2]) + 4);\r
 280 }\r
 281 x[ii] /= size;\r
 282 }\r
 283 for (k = 0; k < size; k++) {\r
 284 tot = 0;\r
 285 xx =  Clazz.newDoubleArray (24, 0);\r
 286 seqNum = (j < lengths[k]) ? (this.seqNums.elementAt (k))[j + 1] : 23;\r
 287 for (i = 0; i < 23; i++) {\r
 288 sr = 0;\r
 289 sr = BLOSUM62[i][seqNum] + 4;\r
 290 xx[i] = x[i] - sr;\r
 291 tot += (xx[i] * xx[i]);\r
 292 }\r
 293 bigtot += Math.sqrt (tot);\r
 294 }\r
 295 if (max < bigtot) {\r
 296 max = bigtot;\r
 297 }this.quality.addElement ( new Double (bigtot));\r
 298 }\r
 299 var newmax = -10000;\r
 300 for (j = start; j <= end; j++) {\r
 301 tmp = (this.quality.elementAt (j)).doubleValue ();\r
 302 tmp = ((max - tmp) * (size - this.cons2[j][23])) / size;\r
 303 this.quality.setElementAt ( new Double (tmp), j);\r
 304 if (tmp > newmax) {\r
 305 newmax = tmp;\r
 306 }}\r
 307 this.qualityRange[0] =  new Double (0);\r
 308 this.qualityRange[1] =  new Double (newmax);\r
 309 }, "~N,~N");\r
 310 Clazz.defineMethod (c$, "completeAnnotations", \r
 311 function (conservation, quality2, istart, alWidth) {\r
 312 var sequence = this.getConsSequence ().getSequence ();\r
 313 var minR;\r
 314 var minG;\r
 315 var minB;\r
 316 var maxR;\r
 317 var maxG;\r
 318 var maxB;\r
 319 minR = 0.3;\r
 320 minG = 0.0;\r
 321 minB = 0;\r
 322 maxR = 1.0 - minR;\r
 323 maxG = 0.9 - minG;\r
 324 maxB = 0 - minB;\r
 325 var min = 0;\r
 326 var max = 11;\r
 327 var qmin = 0;\r
 328 var qmax = 0;\r
 329 var c;\r
 330 if (conservation.annotations != null && conservation.annotations.length < alWidth) {\r
 331 conservation.annotations =  new Array (alWidth);\r
 332 }if (quality2 != null) {\r
 333 quality2.graphMax = this.qualityRange[1].floatValue ();\r
 334 if (quality2.annotations != null && quality2.annotations.length < alWidth) {\r
 335 quality2.annotations =  new Array (alWidth);\r
 336 }qmin = this.qualityRange[0].floatValue ();\r
 337 qmax = this.qualityRange[1].floatValue ();\r
 338 }for (var i = 0; i < alWidth; i++) {\r
 339 var value = 0;\r
 340 c = sequence[i];\r
 341 if (Character.isDigit (c)) {\r
 342 value = c.charCodeAt (0) - 48;\r
 343 } else if (c == '*') {\r
 344 value = 11;\r
 345 } else if (c == '+') {\r
 346 value = 10;\r
 347 }var vprop = value - min;\r
 348 vprop /= max;\r
 349 conservation.annotations[i] =  new jalview.datamodel.Annotation (String.valueOf (c), this.consSymbs[i - this.start], ' ', value,  new java.awt.Color (minR + (maxR * vprop), minG + (maxG * vprop), minB + (maxB * vprop)));\r
 350 if (quality2 != null) {\r
 351 value = (this.quality.elementAt (i)).floatValue ();\r
 352 vprop = value - qmin;\r
 353 vprop /= qmax;\r
 354 quality2.annotations[i] =  new jalview.datamodel.Annotation (" ", String.valueOf (value), ' ', value,  new java.awt.Color (minR + (maxR * vprop), minG + (maxG * vprop), minB + (maxB * vprop)));\r
 355 }}\r
 356 JU.DebugJS._ ("Conservation");\r
 357 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~N,~N");\r
 358 c$.calculateConservation = Clazz.defineMethod (c$, "calculateConservation", \r
 359 function (name, consHash, threshold, seqs, start, end, posOrNeg, consPercGaps, calcQuality) {\r
 360 var cons =  new jalview.analysis.Conservation (name, consHash, threshold, seqs, start, end);\r
 361 return jalview.analysis.Conservation.calculateConservation (cons, posOrNeg, consPercGaps, calcQuality);\r
 362 }, "~S,java.util.Hashtable,~N,java.util.List,~N,~N,~B,~N,~B");\r
 363 c$.calculateConservation = Clazz.defineMethod (c$, "calculateConservation", \r
 364 function (cons, b, consPercGaps, calcQuality) {\r
 365 cons.calculate ();\r
 366 cons.verdict (b, consPercGaps);\r
 367 if (calcQuality) {\r
 368 cons.findQuality ();\r
 369 }return cons;\r
 370 }, "jalview.analysis.Conservation,~B,~N,~B");\r
 371 });\r