site/j2s/jalview/analysis/Dna.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");\r
   2 Clazz.load (["jalview.analysis.CodonComparator"], "jalview.analysis.Dna", ["jalview.datamodel.AlignedCodon", "$.AlignedCodonFrame", "$.Alignment", "$.AlignmentAnnotation", "$.Annotation", "$.DBRefSource", "$.FeatureProperties", "$.GraphLine", "$.Sequence", "jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.Comparison", "$.DBRefUtils", "$.MapList", "$.ShiftList", "java.lang.IllegalStateException", "$.StringBuilder", "java.util.ArrayList", "$.Arrays"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.selection = null;\r
   5 this.seqstring = null;\r
   6 this.contigs = null;\r
   7 this.gapChar = '\0';\r
   8 this.annotations = null;\r
   9 this.dnaWidth = 0;\r
  10 this.dataset = null;\r
  11 this.aaWidth = 0;\r
  12 this.alignedCodons = null;\r
  13 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  14 }, jalview.analysis, "Dna");\r
  15 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  16 function (viewport, visibleContigs) {\r
  17 this.selection = java.util.Arrays.asList (viewport.getSequenceSelection ());\r
  18 this.seqstring = viewport.getViewAsString (true);\r
  19 this.contigs = visibleContigs;\r
  20 this.gapChar = viewport.getGapCharacter ();\r
  21 this.annotations = viewport.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();\r
  22 this.dnaWidth = viewport.getAlignment ().getWidth ();\r
  23 this.dataset = viewport.getAlignment ().getDataset ();\r
  24 }, "jalview.api.AlignViewportI,~A");\r
  25 c$.compareCodonPos = Clazz.defineMethod (c$, "compareCodonPos", \r
  26 function (ac1, ac2) {\r
  27 return jalview.analysis.Dna.comparator.compare (ac1, ac2);\r
  28 }, "jalview.datamodel.AlignedCodon,jalview.datamodel.AlignedCodon");\r
  29 Clazz.defineMethod (c$, "translateCdna", \r
  30 function () {\r
  31 var acf =  new jalview.datamodel.AlignedCodonFrame ();\r
  32 this.alignedCodons =  new Array (this.dnaWidth);\r
  33 var s;\r
  34 var sSize = this.selection.size ();\r
  35 var pepseqs =  new java.util.ArrayList ();\r
  36 for (s = 0; s < sSize; s++) {\r
  37 var newseq = this.translateCodingRegion (this.selection.get (s), this.seqstring[s], acf, pepseqs);\r
  38 if (newseq != null) {\r
  39 pepseqs.add (newseq);\r
  40 var ds = newseq;\r
  41 if (this.dataset != null) {\r
  42 while (ds.getDatasetSequence () != null) {\r
  43 ds = ds.getDatasetSequence ();\r
  44 }\r
  45 this.dataset.addSequence (ds);\r
  46 }}}\r
  47 var newseqs = pepseqs.toArray ( new Array (pepseqs.size ()));\r
  48 var al =  new jalview.datamodel.Alignment (newseqs);\r
  49 al.padGaps ();\r
  50 al.setDataset (this.dataset);\r
  51 this.translateAlignedAnnotations (al, acf);\r
  52 al.addCodonFrame (acf);\r
  53 return al;\r
  54 });\r
  55 c$.canTranslate = Clazz.defineMethod (c$, "canTranslate", \r
  56 function (selection, viscontigs) {\r
  57 for (var gd = 0; gd < selection.length; gd++) {\r
  58 var dna = selection[gd];\r
  59 var dnarefs = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs (dna.getDBRef (), jalview.datamodel.DBRefSource.DNACODINGDBS);\r
  60 if (dnarefs != null) {\r
  61 var mappedrefs =  new java.util.ArrayList ();\r
  62 var refs = dna.getDBRef ();\r
  63 for (var d = 0; d < refs.length; d++) {\r
  64 if (refs[d].getMap () != null && refs[d].getMap ().getMap () != null && refs[d].getMap ().getMap ().getFromRatio () == 3 && refs[d].getMap ().getMap ().getToRatio () == 1) {\r
  65 mappedrefs.add (refs[d]);\r
  66 }}\r
  67 dnarefs = mappedrefs.toArray ( new Array (mappedrefs.size ()));\r
  68 for (var d = 0; d < dnarefs.length; d++) {\r
  69 var mp = dnarefs[d].getMap ();\r
  70 if (mp != null) {\r
  71 for (var vc = 0; vc < viscontigs.length; vc += 2) {\r
  72 var mpr = mp.locateMappedRange (viscontigs[vc], viscontigs[vc + 1]);\r
  73 if (mpr != null) {\r
  74 return true;\r
  75 }}\r
  76 }}\r
  77 }}\r
  78 return false;\r
  79 }, "~A,~A");\r
  80 Clazz.defineMethod (c$, "translateAlignedAnnotations", \r
  81 function (al, acf) {\r
  82 if (this.annotations != null) {\r
  83 for (var annotation, $annotation = 0, $$annotation = this.annotations; $annotation < $$annotation.length && ((annotation = $$annotation[$annotation]) || true); $annotation++) {\r
  84 if (annotation.autoCalculated || !annotation.visible || annotation.isRNA ()) {\r
  85 continue;\r
  86 }var aSize = this.aaWidth;\r
  87 var anots = (annotation.annotations == null) ? null :  new Array (aSize);\r
  88 if (anots != null) {\r
  89 for (var a = 0; a < aSize; a++) {\r
  90 if (a < this.alignedCodons.length && this.alignedCodons[a] != null && this.alignedCodons[a].pos1 == (this.alignedCodons[a].pos3 - 2)) {\r
  91 anots[a] = jalview.analysis.Dna.getCodonAnnotation (this.alignedCodons[a], annotation.annotations);\r
  92 }}\r
  93 }var aa =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (annotation.label, annotation.description, anots);\r
  94 aa.graph = annotation.graph;\r
  95 aa.graphGroup = annotation.graphGroup;\r
  96 aa.graphHeight = annotation.graphHeight;\r
  97 if (annotation.getThreshold () != null) {\r
  98 aa.setThreshold ( new jalview.datamodel.GraphLine (annotation.getThreshold ()));\r
  99 }if (annotation.$hasScore) {\r
 100 aa.setScore (annotation.getScore ());\r
 101 }var seqRef = annotation.sequenceRef;\r
 102 if (seqRef != null) {\r
 103 var aaSeq = acf.getAaForDnaSeq (seqRef);\r
 104 if (aaSeq != null) {\r
 105 aa.setSequenceRef (aaSeq);\r
 106 aa.createSequenceMapping (aaSeq, aaSeq.getStart (), true);\r
 107 aa.adjustForAlignment ();\r
 108 aaSeq.addAlignmentAnnotation (aa);\r
 109 }}al.addAnnotation (aa);\r
 110 }\r
 111 }}, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.AlignedCodonFrame");\r
 112 c$.getCodonAnnotation = Clazz.defineMethod (c$, "getCodonAnnotation", \r
 113  function (is, annotations) {\r
 114 var contrib = 0;\r
 115 var annot = null;\r
 116 for (var p = 1; p <= 3; p++) {\r
 117 var dnaCol = is.getBaseColumn (p);\r
 118 if (annotations[dnaCol] != null) {\r
 119 if (annot == null) {\r
 120 annot =  new jalview.datamodel.Annotation (annotations[dnaCol]);\r
 121 contrib = 1;\r
 122 } else {\r
 123 var cpy =  new jalview.datamodel.Annotation (annotations[dnaCol]);\r
 124 if (annot.colour == null) {\r
 125 annot.colour = cpy.colour;\r
 126 }if (annot.description == null || annot.description.length == 0) {\r
 127 annot.description = cpy.description;\r
 128 }if (annot.displayCharacter == null) {\r
 129 annot.displayCharacter = cpy.displayCharacter;\r
 130 }if (annot.secondaryStructure.charCodeAt (0) == 0) {\r
 131 annot.secondaryStructure = cpy.secondaryStructure;\r
 132 }annot.value += cpy.value;\r
 133 contrib++;\r
 134 }}}\r
 135 if (contrib > 1) {\r
 136 annot.value /= contrib;\r
 137 }return annot;\r
 138 }, "jalview.datamodel.AlignedCodon,~A");\r
 139 Clazz.defineMethod (c$, "translateCodingRegion", \r
 140 function (selection, seqstring, acf, proteinSeqs) {\r
 141 var skip =  new java.util.ArrayList ();\r
 142 var skipint = null;\r
 143 var vismapping =  new jalview.util.ShiftList ();\r
 144 var vc;\r
 145 var scontigs =  Clazz.newIntArray (this.contigs.length, 0);\r
 146 var npos = 0;\r
 147 for (vc = 0; vc < this.contigs.length; vc += 2) {\r
 148 if (vc == 0) {\r
 149 vismapping.addShift (npos, this.contigs[vc]);\r
 150 } else {\r
 151 vismapping.addShift (npos, this.contigs[vc] - this.contigs[vc - 1] + 1);\r
 152 }scontigs[vc] = this.contigs[vc];\r
 153 scontigs[vc + 1] = this.contigs[vc + 1];\r
 154 }\r
 155 var protein =  new StringBuilder (Clazz.doubleToInt (seqstring.length / 2));\r
 156 var seq = seqstring.$replace ('U', 'T').$replace ('u', 'T');\r
 157 var codon =  Clazz.newCharArray (3, '\0');\r
 158 var cdp =  Clazz.newIntArray (3, 0);\r
 159 var rf = 0;\r
 160 var lastnpos = 0;\r
 161 var nend;\r
 162 var aspos = 0;\r
 163 var resSize = 0;\r
 164 for (npos = 0, nend = seq.length; npos < nend; npos++) {\r
 165 if (!jalview.util.Comparison.isGap (seq.charAt (npos))) {\r
 166 cdp[rf] = npos;\r
 167 codon[rf++] = seq.charAt (npos);\r
 168 }if (rf == 3) {\r
 169 var alignedCodon =  new jalview.datamodel.AlignedCodon (cdp[0], cdp[1], cdp[2]);\r
 170 var aa = jalview.schemes.ResidueProperties.codonTranslate ( String.instantialize (codon));\r
 171 rf = 0;\r
 172 var gapString = String.valueOf (this.gapChar);\r
 173 if (aa == null) {\r
 174 aa = gapString;\r
 175 if (skipint == null) {\r
 176 skipint =  Clazz.newIntArray (-1, [alignedCodon.pos1, alignedCodon.pos3]);\r
 177 }skipint[1] = alignedCodon.pos3;\r
 178 } else {\r
 179 if (skipint != null) {\r
 180 skipint[0] = vismapping.shift (skipint[0]);\r
 181 skipint[1] = vismapping.shift (skipint[1]);\r
 182 for (vc = 0; vc < scontigs.length; ) {\r
 183 if (scontigs[vc + 1] < skipint[0]) {\r
 184 vc += 2;\r
 185 continue;\r
 186 }if (scontigs[vc] > skipint[1]) {\r
 187 break;\r
 188 }var t;\r
 189 if (scontigs[vc] <= skipint[0]) {\r
 190 if (skipint[0] == scontigs[vc]) {\r
 191 if (scontigs[vc + 1] > skipint[1]) {\r
 192 scontigs[vc] = skipint[1];\r
 193 vc += 2;\r
 194 } else {\r
 195 if (scontigs[vc + 1] == skipint[1]) {\r
 196 t =  Clazz.newIntArray (scontigs.length - 2, 0);\r
 197 if (vc > 0) {\r
 198 System.arraycopy (scontigs, 0, t, 0, vc - 1);\r
 199 }if (vc + 2 < t.length) {\r
 200 System.arraycopy (scontigs, vc + 2, t, vc, t.length - vc + 2);\r
 201 }scontigs = t;\r
 202 } else {\r
 203 scontigs[vc + 1] = skipint[0] - 1;\r
 204 vc += 2;\r
 205 }}} else {\r
 206 if (scontigs[vc + 1] < skipint[1]) {\r
 207 scontigs[vc + 1] = skipint[0] - 1;\r
 208 vc += 2;\r
 209 } else {\r
 210 t =  Clazz.newIntArray (scontigs.length + 2, 0);\r
 211 System.arraycopy (scontigs, 0, t, 0, vc + 1);\r
 212 t[vc + 1] = skipint[0];\r
 213 t[vc + 2] = skipint[1];\r
 214 System.arraycopy (scontigs, vc + 1, t, vc + 3, scontigs.length - (vc + 1));\r
 215 scontigs = t;\r
 216 vc += 4;\r
 217 }}}}\r
 218 skip.add (skipint);\r
 219 skipint = null;\r
 220 }if (aa.equals ("STOP")) {\r
 221 aa = "X";\r
 222 }resSize++;\r
 223 }var findpos = true;\r
 224 while (findpos) {\r
 225 var compareCodonPos = jalview.analysis.Dna.compareCodonPos (alignedCodon, this.alignedCodons[aspos]);\r
 226 switch (compareCodonPos) {\r
 227 case -1:\r
 228 this.insertAAGap (aspos, proteinSeqs);\r
 229 findpos = false;\r
 230 break;\r
 231 case 1:\r
 232 aa = gapString + aa;\r
 233 aspos++;\r
 234 break;\r
 235 case 0:\r
 236 findpos = false;\r
 237 }\r
 238 }\r
 239 protein.append (aa);\r
 240 lastnpos = npos;\r
 241 if (this.alignedCodons[aspos] == null) {\r
 242 this.alignedCodons[aspos] = alignedCodon;\r
 243 } else if (!this.alignedCodons[aspos].equals (alignedCodon)) {\r
 244 throw  new IllegalStateException ("Tried to coalign " + this.alignedCodons[aspos].toString () + " with " + alignedCodon.toString ());\r
 245 }if (aspos >= this.aaWidth) {\r
 246 this.aaWidth = aspos;\r
 247 }aspos++;\r
 248 }}\r
 249 if (resSize > 0) {\r
 250 var newseq =  new jalview.datamodel.Sequence (selection.getName (), protein.toString ());\r
 251 if (rf != 0) {\r
 252 var errMsg = "trimming contigs for incomplete terminal codon.";\r
 253 System.err.println ("trimming contigs for incomplete terminal codon.");\r
 254 vc = scontigs.length - 1;\r
 255 lastnpos = vismapping.shift (lastnpos);\r
 256 while (vc >= 0 && scontigs[vc] > lastnpos) {\r
 257 if (vc > 0 && scontigs[vc - 1] > lastnpos) {\r
 258 vc -= 2;\r
 259 } else {\r
 260 scontigs[vc] = lastnpos;\r
 261 }}\r
 262 if (vc > 0 && (vc + 1) < scontigs.length) {\r
 263 var t =  Clazz.newIntArray (vc + 1, 0);\r
 264 System.arraycopy (scontigs, 0, t, 0, vc + 1);\r
 265 scontigs = t;\r
 266 }if (vc <= 0) {\r
 267 scontigs = null;\r
 268 }}if (scontigs != null) {\r
 269 npos = 0;\r
 270 for (vc = 0; vc < scontigs.length; vc += 2) {\r
 271 scontigs[vc] = selection.findPosition (scontigs[vc]);\r
 272 scontigs[vc + 1] = selection.findPosition (scontigs[vc + 1]);\r
 273 if (scontigs[vc + 1] == selection.getEnd ()) {\r
 274 break;\r
 275 }}\r
 276 if ((vc + 2) < scontigs.length) {\r
 277 var t =  Clazz.newIntArray (vc + 2, 0);\r
 278 System.arraycopy (scontigs, 0, t, 0, vc + 2);\r
 279 scontigs = t;\r
 280 }var map =  new jalview.util.MapList (scontigs,  Clazz.newIntArray (-1, [1, resSize]), 3, 1);\r
 281 jalview.analysis.Dna.transferCodedFeatures (selection, newseq, map, null, null);\r
 282 var rseq = newseq.deriveSequence ();\r
 283 acf.addMap (selection, rseq, map);\r
 284 return rseq;\r
 285 }}return null;\r
 286 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S,jalview.datamodel.AlignedCodonFrame,java.util.List");\r
 287 Clazz.defineMethod (c$, "insertAAGap", \r
 288 function (pos, proteinSeqs) {\r
 289 this.aaWidth++;\r
 290 for (var seq, $seq = proteinSeqs.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {\r
 291 seq.insertCharAt (pos, this.gapChar);\r
 292 }\r
 293 this.checkCodonFrameWidth ();\r
 294 if (pos < this.aaWidth) {\r
 295 this.aaWidth++;\r
 296 System.arraycopy (this.alignedCodons, pos, this.alignedCodons, pos + 1, this.alignedCodons.length - pos - 1);\r
 297 this.alignedCodons[pos] = null;\r
 298 }}, "~N,java.util.List");\r
 299 Clazz.defineMethod (c$, "checkCodonFrameWidth", \r
 300 function () {\r
 301 if (this.alignedCodons[this.alignedCodons.length - 1] != null) {\r
 302 var c =  new Array (this.alignedCodons.length + 10);\r
 303 System.arraycopy (this.alignedCodons, 0, c, 0, this.alignedCodons.length);\r
 304 this.alignedCodons = c;\r
 305 }});\r
 306 c$.transferCodedFeatures = Clazz.defineMethod (c$, "transferCodedFeatures", \r
 307  function (dna, pep, map, featureTypes, featureGroups) {\r
 308 var sfs = dna.getSequenceFeatures ();\r
 309 var fgstate;\r
 310 var dnarefs = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs (dna.getDBRef (), jalview.datamodel.DBRefSource.DNACODINGDBS);\r
 311 if (dnarefs != null) {\r
 312 for (var d = 0; d < dnarefs.length; d++) {\r
 313 var mp = dnarefs[d].getMap ();\r
 314 if (mp != null) {\r
 315 }}\r
 316 }if (sfs != null) {\r
 317 for (var sf, $sf = 0, $$sf = sfs; $sf < $$sf.length && ((sf = $$sf[$sf]) || true); $sf++) {\r
 318 fgstate = (featureGroups == null) ? null : featureGroups.get (sf.featureGroup);\r
 319 if ((featureTypes == null || featureTypes.containsKey (sf.getType ())) && (fgstate == null || fgstate.booleanValue ())) {\r
 320 if (jalview.datamodel.FeatureProperties.isCodingFeature (null, sf.getType ())) {\r
 321 {\r
 322 }}}}\r
 323 }}, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI,jalview.util.MapList,java.util.Map,java.util.Map");\r
 324 Clazz.defineStatics (c$,\r
 325 "STOP_X", "X");\r
 326 c$.comparator = c$.prototype.comparator =  new jalview.analysis.CodonComparator ();\r
 327 });\r