site/j2s/jalview/analysis/ParseProperties.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.analysis.ParseProperties", ["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation", "jalview.jsdev.RegExp", "java.lang.Double"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.al = null;\r
   5 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   6 }, jalview.analysis, "ParseProperties");\r
   7 Clazz.makeConstructor (c$, \r
   8 function (al) {\r
   9 this.al = al;\r
  10 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");\r
  11 Clazz.defineMethod (c$, "getScoresFromDescription", \r
  12 function (ScoreName, ScoreDescriptions, regex, repeat) {\r
  13 return this.getScoresFromDescription ( Clazz.newArray (-1, [ScoreName]),  Clazz.newArray (-1, [ScoreDescriptions]), regex, repeat);\r
  14 }, "~S,~S,~S,~B");\r
  15 Clazz.defineMethod (c$, "getScoresFromDescription", \r
  16 function (ScoreNames, ScoreDescriptions, regex, repeat) {\r
  17 return this.getScoresFromDescription (this.al.getSequencesArray (), ScoreNames, ScoreDescriptions, regex, repeat);\r
  18 }, "~A,~A,~S,~B");\r
  19 Clazz.defineMethod (c$, "getScoresFromDescription", \r
  20 function (seqs, ScoreNames, ScoreDescriptions, regex, repeat) {\r
  21 var count = 0;\r
  22 var pattern = jalview.jsdev.RegExp.newRegex ([regex]);\r
  23 if (pattern.numSubs () > ScoreNames.length) {\r
  24 var onamelen = ScoreNames.length;\r
  25 var tnames =  new Array (pattern.numSubs () + 1);\r
  26 System.arraycopy (ScoreNames, 0, tnames, 0, ScoreNames.length);\r
  27 var base = tnames[ScoreNames.length - 1];\r
  28 ScoreNames = tnames;\r
  29 var descrbase = ScoreDescriptions[onamelen - 1];\r
  30 if (descrbase == null) {\r
  31 descrbase = "Score parsed from (" + regex + ")";\r
  32 }tnames =  new Array (pattern.numSubs () + 1);\r
  33 System.arraycopy (ScoreDescriptions, 0, tnames, 0, ScoreDescriptions.length);\r
  34 ScoreDescriptions = tnames;\r
  35 for (var i = onamelen; i < ScoreNames.length; i++) {\r
  36 ScoreNames[i] = base + "_" + i;\r
  37 ScoreDescriptions[i] = descrbase + " (column " + i + ")";\r
  38 }\r
  39 }for (var i = 0; i < seqs.length; i++) {\r
  40 var descr = seqs[i].getDescription ();\r
  41 if (descr == null) {\r
  42 continue;\r
  43 }var pos = 0;\r
  44 var added = false;\r
  45 var reps = 0;\r
  46 while ((repeat || pos == 0) && pattern.searchFrom (descr, pos)) {\r
  47 pos = pattern.matchedTo ();\r
  48 for (var cols = 0; cols < pattern.numSubs (); cols++) {\r
  49 var sstring = pattern.stringMatchedI (cols + 1);\r
  50 var score = NaN;\r
  51 try {\r
  52 score =  new Double (sstring).doubleValue ();\r
  53 } catch (e) {\r
  54 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
  55 continue;\r
  56 } else {\r
  57 throw e;\r
  58 }\r
  59 }\r
  60 var an =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (ScoreNames[cols] + ((reps > 0) ? "_" + reps : ""), ScoreDescriptions[cols], null);\r
  61 an.setScore (score);\r
  62 System.out.println (seqs[i].getName () + " score: '" + ScoreNames[cols] + "' = " + score);\r
  63 an.setSequenceRef (seqs[i]);\r
  64 seqs[i].addAlignmentAnnotation (an);\r
  65 this.al.addAnnotation (an);\r
  66 added = true;\r
  67 }\r
  68 reps++;\r
  69 }\r
  70 if (added) {\r
  71 count++;\r
  72 }}\r
  73 return count;\r
  74 }, "~A,~A,~A,~S,~B");\r
  75 });\r