site/j2s/jalview/analysis/scoremodels/FeatureScoreModel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis.scoremodels");
   2 Clazz.load (["jalview.api.analysis.ScoreModelI", "$.ViewBasedAnalysisI"], "jalview.analysis.scoremodels.FeatureScoreModel", ["jalview.util.Comparison", "java.util.ArrayList", "$.Arrays", "$.Hashtable"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.fr = null;
   5 Clazz.instantialize (this, arguments);
   6 }, jalview.analysis.scoremodels, "FeatureScoreModel", null, [jalview.api.analysis.ScoreModelI, jalview.api.analysis.ViewBasedAnalysisI]);
   7 Clazz.overrideMethod (c$, "configureFromAlignmentView",
   8 function (view) {
   9 this.fr = view.cloneFeatureRenderer ();
  10 return true;
  11 }, "jalview.api.AlignmentViewPanel");
  12 Clazz.overrideMethod (c$, "findDistances",
  13 function (seqData) {
  14 var nofeats = 0;
  15 var dft = java.util.Arrays.asList (this.fr.getDisplayedFeatureTypes ());
  16 if (dft != null) {
  17 nofeats = dft.size ();
  18 }var sequenceString = seqData.getVisibleAlignment (jalview.util.Comparison.GapChars.charAt (0)).getSequencesArray ();
  19 var noseqs = sequenceString.length;
  20 var cpwidth = seqData.getWidth ();
  21 var distance =  Clazz.newFloatArray (noseqs, noseqs, 0);
  22 if (nofeats == 0) {
  23 for (var d, $d = 0, $$d = distance; $d < $$d.length && ((d = $$d[$d]) || true); $d++) {
  24 for (var i = 0; i < d.length; d[i++] = 0) {
  25 ;}
  26 }
  27 return distance;
  28 }var max = 0;
  29 for (var cpos = 0; cpos < cpwidth; cpos++) {
  30 var sfap =  new java.util.ArrayList ();
  31 for (var i = 0; i < noseqs; i++) {
  32 var types =  new java.util.Hashtable ();
  33 var sfs = this.fr.findFeaturesAtRes (sequenceString[i], sequenceString[i].findPosition (cpos));
  34 for (var sf, $sf = sfs.iterator (); $sf.hasNext () && ((sf = $sf.next ()) || true);) {
  35 types.put (sf.getType (), sf);
  36 }
  37 sfap.add (types);
  38 }
  39 for (var i = 0; i < (noseqs - 1); i++) {
  40 if (cpos == 0) {
  41 distance[i][i] = 0;
  42 }for (var j = i + 1; j < noseqs; j++) {
  43 var sfcommon = 0;
  44 var fi = sfap.get (i);
  45 var fk;
  46 var fj = sfap.get (j);
  47 if (fi.size () > fj.size ()) {
  48 fk = fj;
  49 } else {
  50 fk = fi;
  51 fi = fj;
  52 }for (var k, $k = fi.keySet ().iterator (); $k.hasNext () && ((k = $k.next ()) || true);) {
  53 var sfj = fk.get (k);
  54 if (sfj != null) {
  55 sfcommon++;
  56 }}
  57 distance[i][j] += (fi.size () + fk.size () - 2 * sfcommon);
  58 distance[j][i] += distance[i][j];
  59 }
  60 }
  61 }
  62 for (var i = 0; i < noseqs; i++) {
  63 for (var j = i + 1; j < noseqs; j++) {
  64 distance[i][j] /= cpwidth;
  65 distance[j][i] = distance[i][j];
  66 }
  67 }
  68 return distance;
  69 }, "jalview.datamodel.AlignmentView");
  70 Clazz.overrideMethod (c$, "getName",
  71 function () {
  72 return "Sequence Feature Similarity";
  73 });
  74 Clazz.overrideMethod (c$, "isDNA",
  75 function () {
  76 return true;
  77 });
  78 Clazz.overrideMethod (c$, "isProtein",
  79 function () {
  80 return true;
  81 });
  82 Clazz.overrideMethod (c$, "toString",
  83 function () {
  84 return "Score between sequences based on hamming distance between binary vectors marking features displayed at each column";
  85 });
  86 });